检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机与应用化学 2011年第1期28卷 23-26页

作者：余劲聪方柏山福建省高校工业生物技术重点实验室(华侨大学) 福建厦门361021 厦门大学化学化工学院化学工程与生物工程系福建厦门361005

密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平。现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见。本文提出1种可统计任意密码子... 详细信息

密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平。现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见。本文提出1种可统计任意密码子用法的软件结构,开发出1个密码子用法统计软件"BestCodon",拥有序列检查和密码子用法统计2个模块。检查模块可代替人工校对,剔除输入序列中非规范字符,为后续分析提供正确的、符合规范的数据。统计模块根据用户指定的密码子组合类型,结果返回特定的密码子用法表。本文还探讨序列检查和密码子用法统计中计算机的运算特性,结果表明该软件检查1条长达150000 bp的序列仅耗时约0.2 s,而从中统计密码子十联体的用法仅耗时约0.1 s。

关键词： BestCodon软件密码子密码子用法密码子偏好生物信息学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于对应分析的密码子用法可视化研究

引用

计算机与应用化学 2011年第6期28卷 675-679页

作者：余劲聪方柏山福建省高校工业生物技术重点实验室(华侨大学) 福建厦门361021 厦门大学化学化工学院化学工程与生物工程系福建厦门361005

密码子用法可以简介为物种、基因组、基因或序列集中64种密码子的使用方式。密码子用法的可视化为研究样本的密码子用法特征、不同样本间的密码子偏好,提供了1种直观、有效的图形化手段。可基于多种参数的对应分析(CA)法是其中1种重要... 详细信息

密码子用法可以简介为物种、基因组、基因或序列集中64种密码子的使用方式。密码子用法的可视化为研究样本的密码子用法特征、不同样本间的密码子偏好,提供了1种直观、有效的图形化手段。可基于多种参数的对应分析(CA)法是其中1种重要的可视化方法。在本文中,以果蝇、人类、拟南芥、酿酒酵母、线虫、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌及除虫链霉菌8个物种的密码子用法数据为例,通过比较密码子实际出现次数(Number)、密码子用法频率(F1000)、密码子用法分值(Fraction)、相对适应度(RA)与相对同义密码子用法(RSCU)5种参数的可视化结果,得到如下初步结论:(1)不论采用5种参数中的哪1种,65维(一维物种+64维密码子)的数据都可通过CA降维为7维,而此时的累计惯量为100%,即完全还原原数据集中的所有信息;(2)采用密码子平均用法(F1000)是1个较好的选择,其前二维的累计惯量可以达到83.6%,但是基于Fraction可以获得更高的累计惯量,达到85.1%,Number、RSCU次之,在考虑计算量的情况下,选择Number也可以获得失真度较小的结果,RA参数的最低,仅有76.9%。

关键词：密码子用法可视化对应分析相对适应度相对同义密码子用法密码子优化

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

事件诱发电位信号分类的时空特征提取方法

引用

生物化学与生物物理进展 2011年第9期38卷 866-871页

作者：黄志华李明泓马原野周昌乐厦门大学智能科学与技术系厦门361005 厦门大学福建省仿脑智能系统重点实验室厦门361005 福州大学数学与计算机科学学院福州350108 昆明医学院基础医学院昆明650031 中国科学院昆明动物研究所昆明650223

准确对事件诱发电位(ERPs)进行分类,对于各种人类认知研究和临床医学评估非常有意义.由于ERPs信号是非常高维的数据,而且其中包含非常多的与分类无关的信息,从ERPs信号中提取特征尤显重要.分析了共空间模式(CSP)的原理和不足,引入自回归... 详细信息

准确对事件诱发电位(ERPs)进行分类,对于各种人类认知研究和临床医学评估非常有意义.由于ERPs信号是非常高维的数据,而且其中包含非常多的与分类无关的信息,从ERPs信号中提取特征尤显重要.分析了共空间模式(CSP)的原理和不足,引入自回归(AR)模型与白化变换相结合,提出了针对ERPs分类的时空特征提取方法,并设计了验证该方法的认知实验,在认知实验数据上分别用时空特征提取方法与CSP提取特征,用同样的分类器支持向量机(SVM)训练分类器,比较它们的分类效果.实验表明,在ERPs分类问题上,时空特征提取方法与CSP相比具有明显的优势,在参数确定合理的情况下,时空特征提取方法可使分类准确率达到90%以上.

关键词： ERPs信号分类时空特征提取法共空间模式支持向量机

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

分光光度法研究粉煤灰对亚甲基蓝的吸附及其机理研究

引用

光谱实验室 2010年第3期27卷 1116-1121页

作者：涂逢樟姚辉梅林竹光陈兰兰张亮龙岩学院化学与材料学院福建省龙岩市东肖北路1号364000 厦门大学化学化工学院化学系现代分析科学教育部重点实验室福建省厦门市361005

以龙岩雁石火电厂粉煤灰对亚甲基蓝进行吸附实验,探讨了改性粉煤灰、粉煤灰用量、吸附时间、温度对亚甲基蓝吸附的影响。当粉煤灰投加量为4g/L,亚甲基蓝浓度15mg/L,常温条件下,在60min左右,亚甲基蓝降解率达到了98%以上。结果表明,利用... 详细信息

以龙岩雁石火电厂粉煤灰对亚甲基蓝进行吸附实验,探讨了改性粉煤灰、粉煤灰用量、吸附时间、温度对亚甲基蓝吸附的影响。当粉煤灰投加量为4g/L,亚甲基蓝浓度15mg/L,常温条件下,在60min左右,亚甲基蓝降解率达到了98%以上。结果表明,利用粉煤灰处理亚甲基蓝,具有处理效果好、简单,经济等特点。利用Freundlich等温式和Langmuir等温式对其吸附行为进行描述,表明粉煤灰易于吸附亚甲基蓝,吸附属于化学吸附;用颗粒内扩散方程和准二级吸附动力学方程对实验数据进行回归分析,更好地描述亚甲基蓝在粉煤灰上的吸附。准二级吸附动力学方程能够反映亚甲基蓝在粉煤灰上的吸附机理,准二级吸附速率常数k2=0.5758g/(***)。本研究为粉煤灰处理印染废水提供了理论依据和实践依据。

关键词：粉煤灰吸附亚甲基蓝

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于ChemDraw和Gaussian软件的核磁共振波谱教学

引用

化学教与学（下半月） 2020年第12期 46-48页

作者：代亚楠王健涛刘亚男蔡开聪福建师范大学化学与材料学院先进材料化工基础实验室福建福州350007 福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005 固体表面物理化学国家重点实验室(厦门大学) 福建厦门361005

围绕核磁共振波谱教学中的难点,采用科教融合方式,借助ChemDraw和Gaussian软件,模拟了甲酰胺分子的核磁共振波谱(NMR),从其1H和13C谱图中解析各氢、碳原子的类型,积分高度及峰面积等相关信息,直观地展示NMR谱图中蕴含的分子三维空间结... 详细信息

围绕核磁共振波谱教学中的难点,采用科教融合方式,借助ChemDraw和Gaussian软件,模拟了甲酰胺分子的核磁共振波谱(NMR),从其1H和13C谱图中解析各氢、碳原子的类型,积分高度及峰面积等相关信息,直观地展示NMR谱图中蕴含的分子三维空间结构信息。将化学软件引入课堂教学,进行核磁共振波谱的预测与解析,能增强学生对核磁共振波谱图与分子微观结构相关性的认识,帮助学生开阔视野,普及化学中的计算思维,提高学生学习兴趣和实验素养,进而提高教学质量。

关键词： ChemDraw Gaussian 核磁共振波谱

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

电子激发和溶剂效应对芴酮-甲醇分子间氢键增强现象的理论研究(英文)

引用

Chinese Journal of Chemical Physics 2013年第6期 617-626+784页

作者：孙超刘杰梁万珍赵仪厦门大学固体表面物理化学国家重点实验室福建省理论与计算化学重点实验室厦门大学化学化工学院中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家实验室化学物理系

理论研究了电子激发和溶剂效应导致的芴酮-甲醇复合体系中分子间氢键增强现象.通过基态和激发态性质的计算,不仅展示了分子间氢键键长的变化以及变化在振动光谱中的影响,而且揭示了导致氢键变化的内在物理机制:溶质分子的电子激发及溶... 详细信息

理论研究了电子激发和溶剂效应导致的芴酮-甲醇复合体系中分子间氢键增强现象.通过基态和激发态性质的计算,不仅展示了分子间氢键键长的变化以及变化在振动光谱中的影响,而且揭示了导致氢键变化的内在物理机制:溶质分子的电子激发及溶剂化效应引起的电子重新分布,增大了溶质和溶剂分子的偶极矩,导致了它们之间的相互作用的增大,并最终加强了分子间氢键的强度.还分别对处于液相及气相中的复合体的基态和激发态的儿何结构、红外谱、复合体及构成分子的偶极矩进行了理论计算,结果阐明了电子激发与溶剂化效应对氢键变化的贡献,同时还发现只有进一步引入溶剂化效应,复合体的基态、激发态的性质才能与实验达到精确一致.所有激发态均采用所开发的基于含时密度泛函理论解析计算一阶、二阶激发态能量导数的方法.

关键词：含时密度泛函理论激发态性质氢键分子间相互作用

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

2种方法对不同pH下猪胰岛素结构的分子动力学模拟

引用

计算机与应用化学 2011年第9期28卷 1107-1111页

作者：马宁余劲聪方柏山福建省高校工业生物技术重点实验室(华侨大学) 福建厦门361021 厦门大学生物化工学院化学工程与生物工程系福建厦门361005

为了研究猪胰岛素单体在不同pH下的动态变化,本文从已有的NMR实验数据出发,通过2种不同的方法对胰岛素单体进行了MD模拟,方法1在已知不同pH下晶体结构及氨基酸侧链质子化状态时进行模拟,方法2为从特定晶体结构出发,通过设定部分氨基酸... 详细信息

为了研究猪胰岛素单体在不同pH下的动态变化,本文从已有的NMR实验数据出发,通过2种不同的方法对胰岛素单体进行了MD模拟,方法1在已知不同pH下晶体结构及氨基酸侧链质子化状态时进行模拟,方法2为从特定晶体结构出发,通过设定部分氨基酸侧链的质子化状态来模拟不同pH下蛋白的结构变化。方法2在某些文章中已被使用,但是没有人探索过该方法是否具有普适性。本文的研究表明,方法2可以比较好地模拟不同pH下蛋白的结构变化,该方法可能具有普适性。针对胰岛素B链C末端的PheB24和PheB25的结构变化,PheB25的侧链在pH为6左右时会移动到胰岛素表面,同时PheB24处的β折叠会转变为无规卷曲,这一结果表明该处的β折叠可能并不是胰岛素单体聚合为二聚体的必要条件。

关键词：猪胰岛素二级结构活性中心:分子动力学模拟 NAMD

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

Pnam相Li2FeSiO4正极材料电化学相关性质的计算模拟研究

Pnam相Li2FeSiO4正极材料电化学相关性质的计算模拟研究

引用

中国物理学会2015年秋季会议

作者：郑锋郑炎亭吴顺情朱梓忠厦门大学物理系厦门361005 厦门大学物理系厦门361005 福建省理论与计算化学重点实验室厦门 361005

Li2FeSiO4是最早被发现的也是被研究最为广泛的锂离子电池的硅酸盐正极材料.与其它硅酸盐正极材料相比,Li2FeSiO4表现出更为优良的电化学性能.第一,Li2FeSiO4具有较好的循环性能;第二,实验表明Li2FeSiO4具有脱嵌超过1个锂离子的可能性.L...

Li2FeSiO4是最早被发现的也是被研究最为广泛的锂离子电池的硅酸盐正极材料.与其它硅酸盐正极材料相比,Li2FeSiO4表现出更为优良的电化学性能.第一,Li2FeSiO4具有较好的循环性能;第二,实验表明Li2FeSiO4具有脱嵌超过1个锂离子的可能性.Li2FeSiO4有多种同质异构体结构,已有文献报道的合成结构相主要有为Pmn21、P21/n和Pmnb空间群的结构.

关键词：

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

鲁科版新旧教材中“原电池”主题对比研究

引用

中学化学 2021年第8期 10-13页

作者：林倩王健涛蔡开聪福建师范大学化学与材料学院福建省理论与计算化学重点实验室350007

原电池是高中化学知识的重要组成部分,同时也是国家"十四五"新能源发展规划的重点,以及国家"碳达峰、碳中和"的重大战略任务中学科交叉发展的重要研究方向之一。实现"碳达峰、碳中和"目标的关键在于推动... 详细信息

原电池是高中化学知识的重要组成部分,同时也是国家"十四五"新能源发展规划的重点,以及国家"碳达峰、碳中和"的重大战略任务中学科交叉发展的重要研究方向之一。实现"碳达峰、碳中和"目标的关键在于推动能源清洁低碳化,加快能源结构转型。通过原电池知识的学习,促使学生认识到原电池将化学能转化为电能,具有绿色环保特点,符合实现"碳中和"的目标,从而有效激发学生社会责任这一核心素养的觉醒,更深层次地感受到化学对环境保护的重要意义.

关键词：核心素养新旧教材原电池碳中和鲁科版能源发展规划环境保护学科交叉

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

LMOEDA方法及其发展

LMOEDA方法及其发展

引用

第十一届全国量子化学会议

作者：苏培峰福建省理论与计算化学重点实验室厦门大学化学化工学院福建厦门

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：