目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色...
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目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色医学中心消化内科35例胃镜样本(正常胃窦/胃体15例,SRCC 20例)。采用以下多组学分析:染色质可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)检测染色质开放区域;染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)捕获H3K27me3沉默子区域;转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析转录组。测序于Illumina NovaSeq 6000平台完成(符合深度标准)。通过DESeq2筛选H3K27me3相关差异基因(|Log_(2)FC|>1,FDR<0.05),并通过基因本体论(Gene Oncology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析进行功能富集,Homer鉴定转录因子基序,Cytoscape构建调控网络,并使用免疫组化进行验证,探讨其调控机制。结果SRCC沉默子主要分布于基因组远端基因间区(占37.06%)。与正常组织相比,SRCC中H3K27me3沉默子信号显著降低(95%CI:1.34~2.30,P=0.007),共鉴定出6257个丢失位点(FDR<0.01)。CUT&Tag和RNA-seq整合分析显示,380个因沉默子丢失而上调的基因显著富集于免疫相关通路,如T细胞受体信号通路(OR=4.2,95%CI:2.8~6.3,P=0.002)。免疫组化验证表明,转录因子EHF表达显著升高(P<0.05)。结论SRCC中存在H3K27me3沉默子重塑现象,转录因子EHF可能在SRCC恶性进展中发挥关键作用。
目的通过分析tsRNA在肺腺癌中的差异表达情况及其表达水平与患者预后的关系,进一步筛选并验证肺腺癌相关tsRNA,以了解其在肺腺癌发生和进展中的相关机制。方法基于计算医学中心数据库筛选出在肺腺癌组织和正常组织中差异表达的tsRNA;基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析tsRNA表达水平对肺腺癌患者预后的影响;基于TRFtarget2.0和tRFTar数据库预测靶基因;基于DAVID、KOBA KEGG在线网站进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析;基于阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham CANcer data analysis Portal,UALCAN)分析靶基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平。采用增殖实验、迁移实验、侵袭实验验证tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌细胞中的生物学功能。结果与正常组织相比,tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌组织中表达上调(log2FC=4.28,FDR<0.05)。高表达水平的tRF-19-69M8LOJX预示着更短的无进展生存期(HR=1.565,95%CI=1.142~2.145,P=0.005);过表达tRF-19-69M8LOJX促进A549细胞的增殖、迁移(P<0.001)和侵袭(P=0.009);COL1A1(P=0.002)和VCAN(P=0.022)在tRF-19-69M8LOJX过表达细胞模型中显著上调。结论tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌组织的表达水平上调,与患者不良预后密切相关,可能在肺腺癌的发生发展中起着重要作用。
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