检索结果-内蒙古大学图书馆

基于生物信息学和机器学习鉴定慢性阻塞性肺病合并肺动脉高压标志物及实验验证

陆军军医大学学报 2025年第9期47卷 948-958页

作者：杨燕陶春容朱佑君张聪李德峰陆军军医大学(第三军医大学)第二附属医院心内科重庆陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院实验动物学教研室重庆陆军军医大学(第三军医大学)第二附属医院临床医学研究中心重庆

目的利用生物信息学筛选诊断慢性阻塞性肺病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension, PAH)的关键生物标志物,并验证其临床意义。方法通过高通量测序数据分析鉴定了COPD合并PAH... 详细信息

目的利用生物信息学筛选诊断慢性阻塞性肺病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension, PAH)的关键生物标志物,并验证其临床意义。方法通过高通量测序数据分析鉴定了COPD合并PAH的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并通过功能富集分析探讨了这些基因的生物学功能。利用最小绝对收缩与选择算子(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO)、随机森林(random forest, RF)、支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination, SVM-RFE)机器学习方法筛选出5个潜在的生物标志物。通过单细胞分析揭示了关键基因在巨噬细胞中的表达模式。提取肺组织巨噬细胞进行细胞水平验证,观察肺PAH关键生物标志物表达差异。通过外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells, PBMC)数据验证关键生物标志物临床意义。利用缺氧方法建立COPD合并PAH小鼠模型,将16只8周龄普通级COPD小鼠(雌雄不限,体质量20~22 g)按随机数字抽样法分为(n=8):缺氧组(氧浓度为10%±0.5%,COPD合并PAH组)和常氧组(COPD组)。使用免疫荧光技术标记关键生物标志物,计算表达情况。结果 COPD合并PAH筛选出28个DEGs(|Log_(2)FC|≥2, P<0.05)。功能富集分析显示,COPD合并PAH的DEGs与主要组织相容性复合体(majorhistocompatibility complex,MHC)Ⅱ和细胞分裂相关,参与溶酶体、氧化磷酸化及细胞周期通路(P<0.05)。机器学习得到5个潜在的生物标志物(GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB),进一步的单细胞分析揭示了这些标志物在疾病发展中存在逆向表达模式。从PBMCs中构建的诺模图模型,用于诊断COPD合并PAH[受试者操作曲线下面积(area under the subject curve,AUC)为0.907]。COPD合并PAH组GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB蛋白和基因显著高表达(P<0.05)。结论本研究发现了GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB可作为COPD合并PAH预测和诊断的关键生物标志物,为COPD合并PAH的临床治疗提供了新的见解。

关键词：慢性阻塞性肺病合并肺动脉高压诊断标志物机器学习生物信息学分析肺巨噬细胞

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利用生物信息和机器学习鉴定慢阻肺合并肺动脉高压标志物及实验验证

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陆军军医大学学报 2025年

作者：杨燕陶春容朱佑君张聪李德峰陆军军医大学(第三军医大学)第二附属医院心内科陆军军医大学基础医学院实验动物学教研室陆军军医大学(第三军医大学)第二附属医院临床医学研究中心

目的本研究旨在利用生物信息学筛选诊断慢阻肺（Chronic Obstructive Pulmonary Disease， COPD）合并肺动脉高压（Pulmonary Arterial Hypertension， PAH）的关键生物标志物，并验证其临床意义。方法通过高通量测序数据分析鉴定了CO... 详细信息

目的本研究旨在利用生物信息学筛选诊断慢阻肺（Chronic Obstructive Pulmonary Disease， COPD）合并肺动脉高压（Pulmonary Arterial Hypertension， PAH）的关键生物标志物，并验证其临床意义。方法通过高通量测序数据分析鉴定了COPD-PAH的差异表达基因（Differentially Expressed Genes， DEGs），并通过功能富集分析探讨了这些基因的生物学功能。利用最小绝对收缩与选择算子（Least Absolute Shrinkage and Selection Operator， LASSO）、随机森林（Random Forest， RF）、支持向量机递归特征消除（Support Vector Machine - Recursive Feature Elimination， SVM-RFE）机器学习方法筛选出5个潜在的生物标志物。通过单细胞分析揭示了关键基因在巨噬细胞中的表达模式。提取肺组织巨噬细胞进行细胞水平验证，观察肺动脉高压关键生物标志物表达差异。通过外周血单个核细胞（Peripheral Blood Mononuclear Cells， PBMC）数据验证关键生物标志物临床意义。利用缺氧方法建立COPD-PAH小鼠模型，将16只COPD模型小鼠（雌雄不限，8周龄，体质量20～22 g）按随机数字抽样法分为缺氧组（氧浓度为10% ± 0.5%，n=8）和常氧组（n=8）。使用免疫荧光技术标记关键生物标志物，通过计算平均光密度（Average Optical Density， AOD）反应表达情况。结果 COPD-PAH 筛选出28个DEGs（|log2FC| ≥ 2， P < 0.05）。功能富集分析显示，COPD的DEGs主要与主要组织相容性复合体（majorhistocompatibility complex，MHC）相关，而PAH的DEGs主要与细胞分裂及DNA功能有关(P < 0.05)。机器学习得到5个潜在的生物标志物（GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB），进一步的单细胞分析揭示了这些标志物在疾病发展中存在逆向表达模式。从PBMCs中构建的诺模图模型，用于诊断COPD-PAH（AUC=0.907）。COPD-PAH组GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB显著高表达（P < 0.05）结论本研究发现了GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB可作为COPD-PAH预测和诊断的关键生物标志物，为COPD-PAH的临床治疗提供了新的见解。

关键词：慢阻肺合并肺动脉高压诊断标志物机器学习生物信息学分析肺巨噬细胞

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川陈皮素在体内外模型中对肠干细胞增殖的影响

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陆军军医大学学报 2023年第21期45卷 2195-2205页

作者：吴静峰郭科男张宁吴天宇周子默陆治宇王锋超陈文生陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院消化内科重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)军事预防医学系复合伤研究所创伤与化学中毒全国重点实验室重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院实验动物学教研室重庆400038

目的探讨在体内外模型中常用有效剂量川陈皮素(nobiletin,NOB)对肠道干细胞的调节作用。方法构建小鼠结肠癌细胞系MC38的3D培养模型,加入不同浓度NOB,观察克隆死亡和存活。构建小鼠小肠类器官模型,在类器官培养体系中添加不同浓度的NOB... 详细信息

目的探讨在体内外模型中常用有效剂量川陈皮素(nobiletin,NOB)对肠道干细胞的调节作用。方法构建小鼠结肠癌细胞系MC38的3D培养模型,加入不同浓度NOB,观察克隆死亡和存活。构建小鼠小肠类器官模型,在类器官培养体系中添加不同浓度的NOB,观察类器官的出芽和生长,利用MTT染色后的类器官成像进行面积和吸光值计算。在50、100μmol/L浓度NOB干预体系中不同时间撤掉NOB,观察类器官生长。在50μmol/L浓度NOB处理类器官的体系中分别加入R-spondin1、CHIR99021加强Wnt通路激活信号,观察类器官的生长。对C57/B6J小鼠灌胃不同浓度NOB,连续给药4 d,观察肠道隐窝和绒毛长度比,观察隐窝细胞凋亡,以及隐窝底部干细胞龛中Olfm4/BrdU染色阳性的细胞数量。结果与对照组相比,50μmol/L NOB即可显著促进肿瘤细胞MC38成球后死亡,显著降低克隆形成率(P<0.001)。与对照组相比,NOB从50μmol/L起可以显著抑制肠类器官的出芽,50~200μmol/L NOB可以显著抑制类器官的生长(P<0.001),并且具有剂量依赖效应;NOB撤药后在50μmol/L时肠类器官生长容易恢复,在100μmol/L时难以恢复到正常水平。增强Wnt通路的激活可以部分挽救NOB对肠类器官的抑制作用。在体给予高于常用浓度的NOB不能诱导肠隐窝细胞凋亡,不影响肠干细胞的数目和增殖,不影响隐窝和绒毛比。结论NOB具有抑制正常肠干细胞的能力,可能通过调控干细胞相关通路如Wnt发挥作用,但其在在体不能发挥抑制干细胞增殖的效应;这提示NOB在常规浓度应用的安全性,同时提醒对NOB在在体肿瘤模型中发挥的抑制作用需要进行更深入的评估。

关键词：川陈皮素小肠干细胞小肠类器官细胞增殖在体

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人Waardenburg综合征点突变SOX10 p.R106W小鼠模型的构建及听力表型初步研究

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陆军军医大学学报 2023年第24期45卷 2512-2520页

作者：王露露谢飞赵清远徐凯刘传宏贺秋月郭科男孙宇王勇陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院实验动物学教研室重庆400038 华中科技大学同济医学院附属协和医院耳鼻咽喉科湖北武汉430022

目的制备人Waardenburg综合征点突变SOX10 p.R106W小鼠模型,比较分析该突变在小鼠、小型猪及人中诱发的听觉功能表型的异同。方法通过比对人、猪和小鼠的SOX10编码蛋白的氨基酸序列,找到与人SOX10 p.R106W突变所对应的小鼠Sox10基因同... 详细信息

目的制备人Waardenburg综合征点突变SOX10 p.R106W小鼠模型,比较分析该突变在小鼠、小型猪及人中诱发的听觉功能表型的异同。方法通过比对人、猪和小鼠的SOX10编码蛋白的氨基酸序列,找到与人SOX10 p.R106W突变所对应的小鼠Sox10基因同源位点,通过CRISPR/Cas9介导的基因编辑引入突变,构建Sox10 c.316A>T(Sox10 p.R106W)点突变小鼠。采用听觉脑干反应测试、耳蜗组织切片等方法评估突变小鼠听力表型。对耳蜗组织进行mRNA转录组测序,对差异表达基因进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析,借助String数据库分析差异表达基因与Sox10之间的关联性。结果获得了携带有Sox10 c.316A>T突变的基因编辑小鼠,该突变小鼠表现为腹部白斑,杂合稳定遗传。与野生型小鼠比较,Sox10 c.316A>T杂合突变小鼠对声波刺激的敏感性及内耳形态结构均没有明显的差异。转录组分析发现突变小鼠耳蜗中323个基因表达上调,283个基因表达下调,但大部分基因表达差异较小。对差异表达基因GO富集分析发现上调基因与免疫相关,下调基因与神经功能有关。利用String数据库分析显示,表达下调的基因中有5个与Sox10基因有关联,分别是神经丝重多肽(neurofilament heavy polypeptide,Nefh)、脂肪酸2-羟化酶(fatty acid 2-hydroxylase,Fa2h)、缝隙连接蛋白B1(gap junction protein beta 1,Gjb1)、神经生长因子受体(nerve growth factor receptor,Ngfr)、锌指蛋白536(zinc finger protein 536,Zfp536),均与内耳发育或功能无关。结论应用CRISPR/Cas9系统成功构建Sox10 p.R106W基因编辑小鼠,其听力表型无显著改变,与该突变在人和小型猪中诱发的疾病表型差异较大。

关键词： Waardenburg综合征 SOX10 CRISPR/Cas9 小鼠模型

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高迁移率族蛋白A2促进胃癌细胞侵袭转移及其可能机制

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第三军医大学学报 2020年第10期42卷 1028-1034页

作者：孙伟郝迎学张荣杰杨世伟连继勤陆军军医大学(第三军医大学)附属第一医院血管外科重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)基础医学部生物化学与分子生物学教研室重庆400038

目的观察高迁移率族蛋白A2(high-mobility group protein A2,HMGA2)在胃癌组织中的表达及与临床病理特征和预后的关系,探讨HMGA2调控胃癌细胞侵袭和增殖的作用及机制。方法利用TCGA数据库、GTEx数据库及生物信息学分析工具(GEPIA、KM pl... 详细信息

目的观察高迁移率族蛋白A2(high-mobility group protein A2,HMGA2)在胃癌组织中的表达及与临床病理特征和预后的关系,探讨HMGA2调控胃癌细胞侵袭和增殖的作用及机制。方法利用TCGA数据库、GTEx数据库及生物信息学分析工具(GEPIA、KM plotter)对HMGA2 mRNA在胃癌中的表达及患者生存时间进行分析。并利用免疫组化检测HMGA2蛋白在胃癌及癌旁组织的表达,分析HMGA2表达与胃癌临床病理学参数的相关性及对预后的影响。在MGC-803细胞中敲低HMGA2,在SGC-7901细胞中过表达HMGA2,并利用平板克隆实验、transwell实验分别检测细胞增殖、侵袭能力的变化。在过表达HMGA2的细胞中敲低Snail1,检测细胞侵袭能力变化,Western Blot检测细胞中HMGA2及EMT标志物的表达变化。结果生物信息学分析发现胃癌组织中HMGA2 mRNA表达相较于正常胃组织显著增加(P<0.05)。免疫组化显示,与癌旁组织相比,胃癌组织中HMGA2蛋白表达量显著升高,且与TNM分期、淋巴结转移以及生存率等相关。HMGA2高表达的胃癌患者,总生存期及无复发生存期明显缩短(P<0.05)。敲低HMGA2后,MGC-803细胞的增殖和侵袭能力降低(P<0.05);过表达HMGA2后SGC-7901细胞的增殖和侵袭能力升高(P<0.05)。在过表达HMGA2的SGC-7901细胞中,敲低Snail1表达,细胞侵袭能力明显降低(P<0.05),且E-cadherin的表达升高,N-cadherin和Vimentin的表达降低。结论HMGA2高表达与胃癌患者的不良预后相关,其可能通过调控Snail1促进胃癌细胞侵袭转移。

关键词：胃癌 HMGA2 EMT Snail1 生物信息学

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一种转基因猪血中重组人血清白蛋白分离纯化新方法

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分析测试学报 2019年第5期38卷 539-545页

作者：余谦王勇钱小红秦伟捷张普民张养军安徽医科大学研究生院安徽合肥230032 军事医学研究院生命组学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 中国人民解放军陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院实验动物学教研室重庆400038

基因工程技术已经成为研究和生产重组人血清白蛋白(rHSA)替代人血清白蛋白(HSA)的重点技术,而白蛋白的纯化则是该技术的关键。本文主要介绍了从转基因猪血中纯化rHSA的一种新方法,即热乙醇沉淀与多级色谱分离相结合的rHSA纯化方法。热... 详细信息

基因工程技术已经成为研究和生产重组人血清白蛋白(rHSA)替代人血清白蛋白(HSA)的重点技术,而白蛋白的纯化则是该技术的关键。本文主要介绍了从转基因猪血中纯化rHSA的一种新方法,即热乙醇沉淀与多级色谱分离相结合的rHSA纯化方法。热乙醇沉淀法可从猪血浆中获得rHSA粗提取液,此时rHSA的纯度可达69.5%,回收率达51.3%。进一步采用多级色谱分离法,即阴离子交换色谱和反相色谱法进一步纯化,得到rHSA的最终纯度约为100.0%,总回收率为41.1%。该方法为从转基因猪血浆中大规模纯化用于临床和生化研究的高纯度rHSA提供可能,同时也为rHSA替代HSA奠定了基础。

关键词：重组人血清白蛋白(rHSA ) 纯化热乙醇沉淀法多级色谱分离法

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阿司匹林对小鼠胶质瘤干细胞增殖及凋亡的体外研究

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第三军医大学学报 2018年第16期40卷 1456-1460页

作者：邹德伟王俊伟汪攀廖彬潘金玉李成仁吴南陆军军医大学(第三军医大学)附属第一医院神经外科重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)基础医学部组织胚胎学教研室重庆400038

目的研究阿司匹林(Aspirin)对小鼠胶质瘤干细胞增殖及凋亡的影响。方法体外培养小鼠胶质瘤GL261细胞株的干细胞,分为对照组(加入等体积生理盐水)和阿司匹林2.5、5、10 mmol/L处理组(n=5)。应用CCK-8试剂盒检测细胞增殖情况,流式细胞仪... 详细信息

目的研究阿司匹林(Aspirin)对小鼠胶质瘤干细胞增殖及凋亡的影响。方法体外培养小鼠胶质瘤GL261细胞株的干细胞,分为对照组(加入等体积生理盐水)和阿司匹林2.5、5、10 mmol/L处理组(n=5)。应用CCK-8试剂盒检测细胞增殖情况,流式细胞仪检测细胞周期,TUNEL染色检测细胞凋亡情况,LDH试剂盒检测细胞受损情况。结果与对照组相比较:不同浓度的阿司匹林均可抑制胶质瘤干细胞的增殖(P<0.05),并且呈剂量—时间依赖性。各种浓度的阿司匹林作用后胶质瘤干细胞的成球能力明显下降(P<0.05)。阿司匹林影响胶质瘤干细胞的细胞周期,S期的细胞比例减少,G0/G1期的细胞比例增加(P<0.05)。3种浓度阿司匹林作用3 d后,胶质瘤干细胞的凋亡细胞数目增多(P<0.05),细胞释放LDH明显上升(P<0.05)。结论阿司匹林具有抑制胶质瘤干细胞的增殖,并促进其凋亡的作用。

关键词：胶质瘤胶质瘤干细胞阿司匹林

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早期类风湿关节炎女性患者阴道微生态菌群基因组分析

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第三军医大学学报 2018年第11期40卷 1005-1010页

作者：惠彩霞张娟曾本华钟兵万萍杨莉吴力克魏泓方勇飞陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院中西医结合科重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院全军感染病研究所重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院实验动物学教研室重庆400038

目的从菌群总体角度分析和比较早期类风湿关节炎患者和健康育龄期女性阴道菌群差异。方法采集女性新发未治早期类风湿关节炎患者(RA组)及健康育龄期女性(对照组)各12例的阴道分泌物,提取样本细菌总基因组DNA,然后进行16S rRNA V3-V4区... 详细信息

目的从菌群总体角度分析和比较早期类风湿关节炎患者和健康育龄期女性阴道菌群差异。方法采集女性新发未治早期类风湿关节炎患者(RA组)及健康育龄期女性(对照组)各12例的阴道分泌物,提取样本细菌总基因组DNA,然后进行16S rRNA V3-V4区基因扩增及采用Illumina高通量测序技术对扩增的PCR产物进行测序,再采用Uparse、LEf Se等软件,分析两组样本阴道菌群物种丰度和阴道菌群结构。结果 RA组阴道菌群Alpha多样性显著增加,差异有统计学意义(P=0.04)。健康对照组阴道菌群以乳酸杆菌为优势菌属,占84.98%。RA组患者阴道菌群中乳酸杆菌属则显著减少(11.01%),加德纳菌属显著增加(43.16%),同时双歧杆菌属(9.94%)、链球菌属(8.05%)、奇异菌属(7.86%)等相对丰度亦增加。PCoA主坐标分析和样本层级聚类分析的结果表明:RA组阴道菌群结构有较高相似性,与健康对照组阴道菌群结构可明显区分。LEf Se分析结果显示,在属水平上,两组乳杆菌属、加德纳菌属、双歧杆菌属、奇异菌属等丰度差异有统计学意义(P值为0.017、0.046、0.018、0.007)。结论阴道菌群失调与类风湿关节炎之间存在相关性,RA患者阴道菌群多样性增加,乳杆菌显著减少,加德纳菌等厌氧菌属相对丰度增高。

关键词：类风湿关节炎阴道菌群高通量测序

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纳米金促进神经营养因子-3透皮实验研究

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第三军医大学学报 2018年第2期40卷 97-102页

作者：姚元江吴永慧高继宁王琳杰关东伟米俊伟陈冰肖志峰赵燕南戴建武陆军军医大学(第三军医大学)基础医学部神经生物学教研室重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)军事预防医学院全军复合伤研究所重庆市纳米医药工程技术研究中心重庆生物材料与再生医学工程技术中心重庆400038 中国科学院遗传与发育生物学研究所分子发育生物学国家重点实验室北京100101

目的探讨纳米金颗粒(gold nanoparticles,AuNP)运载神经营养因子-3(neurotrophin-3,NT3)透皮的效果及其对皮下神经的作用,以开发具有透皮作用的纳米金载药体系。方法通过共价偶联方式,将His标记的NT3与纳米金共价偶联,应用于动物皮肤组... 详细信息

目的探讨纳米金颗粒(gold nanoparticles,AuNP)运载神经营养因子-3(neurotrophin-3,NT3)透皮的效果及其对皮下神经的作用,以开发具有透皮作用的纳米金载药体系。方法通过共价偶联方式,将His标记的NT3与纳米金共价偶联,应用于动物皮肤组织。实验分为空白对照组、金纳米颗粒与牛血清蛋白结合(AuNP-CONH-BSA)组、金纳米颗粒与NT3结合(AuNP-CONH-NT3)组和NT3注射组。利用抗His抗体进行免疫组化分析其透皮效果,同时利用免疫组化对神经丝蛋白(neuropeptide,NF200)阳性细胞进行检测,分析载药体系对皮下神经的作用。结果透皮24 h后免疫组化分析结果显示,在实验组AuNP-CONH-NT3组和NT3注射组中均检测到了NT3,而空白对照组和AuNP-CONH-BSA组中则未检测到;在透皮1个月和3个月免疫组化分析结果显示,AuNP-CONH-NT3组NF200阳性细胞数量所占百分比明显高于空白对照组和AuNP-CONH-BSA组(P<0.01),而与NT3注射组比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论构建的AuNP-CONH-NT3具有很好的透皮效果,可以促进神经再生。

关键词：载药金纳米粒子神经营养因子-3 透皮

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金黄色葡萄球菌酚溶调控蛋白α小肽敲除对自溶素AtlA蛋白表达的影响

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第三军医大学学报 2017年第21期39卷 2066-2071页

作者：谭利李思瑞姜北张骁鹏陈江胡晓梅黎庶第三军医大学基础医学部微生物学教研室重庆400038

目的利用同源重组技术构建金黄色葡萄球菌Newman psmα基因缺失突变株,探究psmα缺失对金黄色葡萄球菌蛋白表达的影响。方法分别扩增psmα基因的上下游同源臂,根据同源重组原理,构建p BT2基因打靶载体,利用同源重组技术,构建psmα缺失的... 详细信息

目的利用同源重组技术构建金黄色葡萄球菌Newman psmα基因缺失突变株,探究psmα缺失对金黄色葡萄球菌蛋白表达的影响。方法分别扩增psmα基因的上下游同源臂,根据同源重组原理,构建p BT2基因打靶载体,利用同源重组技术,构建psmα缺失的Newman突变株。并对野生株和突变株培养上清蛋白进行研究。结果突变株培养上清中一个相对分子质量约为135×103的蛋白表达水平较野生株明显减少甚至缺失;质谱分析提示该蛋白为金黄色葡萄球菌atl A基因编码的双功能自溶素前体蛋白(Atl A蛋白);实时荧光定量PCR结果显示psmα基因敲除株atl A基因的转录水平较野生株显著降低。结论 psmα缺失后能够降低atl A基因的转录表达水平。

关键词：金黄色葡萄球菌 PSMα小肽自溶素 Atl A蛋白

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