检索结果-内蒙古大学图书馆

基于生物信息学和机器学习鉴定慢性阻塞性肺病合并肺动脉高压标志物及实验验证

陆军军医大学学报 2025年第9期47卷 948-958页

作者：杨燕陶春容朱佑君张聪李德峰陆军军医大学(第三军医大学)第二附属医院心内科重庆陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院实验动物学教研室重庆陆军军医大学(第三军医大学)第二附属医院临床医学研究中心重庆

目的利用生物信息学筛选诊断慢性阻塞性肺病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension, PAH)的关键生物标志物,并验证其临床意义。方法通过高通量测序数据分析鉴定了COPD合并PAH... 详细信息

目的利用生物信息学筛选诊断慢性阻塞性肺病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension, PAH)的关键生物标志物,并验证其临床意义。方法通过高通量测序数据分析鉴定了COPD合并PAH的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并通过功能富集分析探讨了这些基因的生物学功能。利用最小绝对收缩与选择算子(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO)、随机森林(random forest, RF)、支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination, SVM-RFE)机器学习方法筛选出5个潜在的生物标志物。通过单细胞分析揭示了关键基因在巨噬细胞中的表达模式。提取肺组织巨噬细胞进行细胞水平验证,观察肺PAH关键生物标志物表达差异。通过外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells, PBMC)数据验证关键生物标志物临床意义。利用缺氧方法建立COPD合并PAH小鼠模型,将16只8周龄普通级COPD小鼠(雌雄不限,体质量20~22 g)按随机数字抽样法分为(n=8):缺氧组(氧浓度为10%±0.5%,COPD合并PAH组)和常氧组(COPD组)。使用免疫荧光技术标记关键生物标志物,计算表达情况。结果 COPD合并PAH筛选出28个DEGs(|Log_(2)FC|≥2, P<0.05)。功能富集分析显示,COPD合并PAH的DEGs与主要组织相容性复合体(majorhistocompatibility complex,MHC)Ⅱ和细胞分裂相关,参与溶酶体、氧化磷酸化及细胞周期通路(P<0.05)。机器学习得到5个潜在的生物标志物(GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB),进一步的单细胞分析揭示了这些标志物在疾病发展中存在逆向表达模式。从PBMCs中构建的诺模图模型,用于诊断COPD合并PAH[受试者操作曲线下面积(area under the subject curve,AUC)为0.907]。COPD合并PAH组GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB蛋白和基因显著高表达(P<0.05)。结论本研究发现了GRN、KLF4、SHTN1、LRP1和GPNMB可作为COPD合并PAH预测和诊断的关键生物标志物,为COPD合并PAH的临床治疗提供了新的见解。

关键词：慢性阻塞性肺病合并肺动脉高压诊断标志物机器学习生物信息学分析肺巨噬细胞

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产生辅酶Q_(10)的光合细菌菌株的分离及鉴定

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微生物学报 2005年第5期45卷 772-775页

作者：方立超黄雪峰杜珍辉袁静魏泓陈海华刘宇第三军医大学基础部实验动物学教研室重庆400038

对水塘污泥中富集分离的13株光合细菌产生的CoQ10进行定性定量分析,筛出CoQ10含量较高的菌株2c并对其进行系统鉴定。菌株2c为革兰氏阴性菌,细胞杆状,菌体大小0.6μm^0.9μm×1.2μm^2.0μm,单极生鞭毛,片层状光合内膜,位于细胞质膜... 详细信息

对水塘污泥中富集分离的13株光合细菌产生的CoQ10进行定性定量分析,筛出CoQ10含量较高的菌株2c并对其进行系统鉴定。菌株2c为革兰氏阴性菌,细胞杆状,菌体大小0.6μm^0.9μm×1.2μm^2.0μm,单极生鞭毛,片层状光合内膜,位于细胞质膜下并与之平行。光照厌氧或黑暗好氧条件下均可生长,光照下菌体产生红色素,菌体含有细菌叶绿素a和类胡萝卜素。最适生长温度30~35℃,pH7.0~8.0。多种有机化合物均可作为光合作用的电子供体和碳源,蛋白胨和硫酸铵是其生长的较好氮源,酵母膏对其生长有明显刺激作用。16S rDNA序列系统发育分析表明,菌株2c在系统进化树上与GenBank中序列号为AY751758、DQ001155、DQ001158的沼泽红假单胞菌聚为一族。菌株2c至少能稳定传代15次。初步确定菌株2c为沼泽红假单胞菌。

关键词：光合细菌分离菌株鉴定 16SrDNA 稳定性

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山羊精子结合外源DNA能力的年龄及品种依赖性

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动物学报 2005年第6期51卷 1058-1066页

作者：赵永聚李福兵孙新明周建华魏泓第三军医大学基础部实验动物学教研室

本文应用正交设计L16(44),优化精子和外源DNA处理条件;用建立的方法转染1-4岁川东白山羊和波南F1公羊、2岁波尔山羊和南江黄羊公羊共149只,用原位杂交法检测精子结合外源DNA的效率,比较不同品种、年龄的山羊(Capra hircus)精子结合外源... 详细信息

本文应用正交设计L16(44),优化精子和外源DNA处理条件;用建立的方法转染1-4岁川东白山羊和波南F1公羊、2岁波尔山羊和南江黄羊公羊共149只,用原位杂交法检测精子结合外源DNA的效率,比较不同品种、年龄的山羊(Capra hircus)精子结合外源DNA的能力。结果显示川东白山羊1岁时的阳性精子率为39.34%±13.76%,4岁时降为23.40%±19.37%,与1岁和2岁时相比,差异显著;南江黄羊的阳性精子率最高,波尔山羊最低;并筛选到一种山羊精子和外源DNA处理方法。表明实验山羊的精子结合外源DNA的能力有随着年龄的增长而减少的趋势,并表现出品种间差异。

关键词：山羊精子外源DNA 发育品种

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茶多酚饮食对HFA小鼠肠道菌群和脂肪代谢的影响

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中国食品学报 2015年第6期15卷 26-31页

作者：刘智伟曾本华张晓婧廖振林方祥魏泓华南农业大学食品学院广州510642 第三军医大学基础部实验动物学教研室重庆400038

探讨茶多酚饮食对HFA小鼠肠道菌群多样性和脂肪代谢的影响。将24只无菌C57BL/6J小鼠灌胃健康志愿者粪便悬液,构建HFA模型后随机分为3组(n=8),分别为常规组(Low Fat,LF),喂养常规饲料;高脂组喂养高脂饲料(High Fat,HF);茶多酚组在饮用水... 详细信息

探讨茶多酚饮食对HFA小鼠肠道菌群多样性和脂肪代谢的影响。将24只无菌C57BL/6J小鼠灌胃健康志愿者粪便悬液,构建HFA模型后随机分为3组(n=8),分别为常规组(Low Fat,LF),喂养常规饲料;高脂组喂养高脂饲料(High Fat,HF);茶多酚组在饮用水中添加质量分数0.2%的茶多酚(Tea polyphenol,TP),同时喂养高脂饲料(HF+0.2%TP)。干预8周后,测定小鼠体重、脂肪质量及血糖血脂水平,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析小鼠肠道菌群的多样性。高脂组小鼠的体重、脂肪质量、血清中TCH、TG、LDL-C水平相比于常规饲料组极显著升高(P<0.01),肝质量显著增加(P<0.05),茶多酚组小鼠体重、脂肪质量、TCH、TG水平极显著低于高脂组(P<0.01),LDL-C含量显著低于高脂组(P<0.05)。此外,高脂组小鼠肠道菌群的多样性显著低于常规饲料组和茶多酚组(P<0.05)。茶多酚干预能有效缓解高脂饮食引起的肠道菌群多样性降低以及血清中甘油三脂、胆固醇和低密度脂蛋白的升高。

关键词：茶多酚饮食人源菌群化小鼠肠道菌群 PCR-DGGE 脂肪代谢

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DXB／c近交系小鼠的生物学特性初步观察

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第三军医大学学报 1996年第1期18卷 75-77页

作者：魏泓牛荣黄中波陈丙波周建华第三军医大学基础部实验动物学教研室

ＤＸＢ／ｃ近交系小鼠的生物学特性初步观察ＯｂｓｅｒｖａｔｉｏｎｏｎｔｈｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆＤＸＢ／ｃｉｎｂｒｅｄｓｔｒａｉｎｍｏｕｓｅ魏泓，牛荣，黄中波，陈丙波，周建华（第三军医大... 详细信息

ＤＸＢ／ｃ近交系小鼠的生物学特性初步观察ＯｂｓｅｒｖａｔｉｏｎｏｎｔｈｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆＤＸＢ／ｃｉｎｂｒｅｄｓｔｒａｉｎｍｏｕｓｅ魏泓，牛荣，黄中波，陈丙波，周建华（第三军医大学基础部实验动物学教研室）重庆，６...

关键词：实验动物近交系小鼠生物学特性

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不同转移特性人肺癌裸鼠移植瘤及临床标本Ⅳ型胶原酶的表达

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第三军医大学学报 1997年第2期19卷 122-124页

作者：魏泓周建华吴丰春牛荣史景泉陈意生第三军医大学基础部实验动物学教研室

目的：观察人肺癌移植瘤及临床标本中Ⅳ型胶原酶表达与其转移的相关性。方法：以ＡＢＣ免疫组化染色对四株不同转移特性人肺癌裸鼠移植瘤及８７例有或无淋巴结转移的人肺癌临床标本进行Ⅳ型胶原酶表达的观察。四株移植瘤的淋巴结及肺转... 详细信息

目的：观察人肺癌移植瘤及临床标本中Ⅳ型胶原酶表达与其转移的相关性。方法：以ＡＢＣ免疫组化染色对四株不同转移特性人肺癌裸鼠移植瘤及８７例有或无淋巴结转移的人肺癌临床标本进行Ⅳ型胶原酶表达的观察。四株移植瘤的淋巴结及肺转移率由低到高依次为ＰＬＡ－８０１Ｃ、Ａｎｉｐ９７３、ＰＬＡ－８０１Ｄ、ＰＬＡ－８０１ＤＬ。结果：Ａｎｉｐ９７３、ＰＬＡ－８０１Ｄ、ＰＬＡ－８０１ＤＬ裸鼠移植瘤呈阳性反应，而ＰＬＡ－８０１Ｃ则呈阴性反应；人肺癌临床标本阳性率８７．３％，有淋巴结转移的肺癌阳性率９５．３％，无淋巴结转移的肺癌阳性率７５．５％，其差异显著。结论：Ⅳ型胶原酶的表达与肺癌转移力呈明显正相关。

关键词：胶原酶肺肿瘤肿瘤转移

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不同转移特性人肺癌裸鼠移植瘤模型的建立及复制

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第三军医大学学报 1996年第6期18卷 484-488页

作者：魏泓牛荣吴丰春史景泉 陈意生 第三军医大学基础部实验动物学教研室

以人肺巨细胞癌细胞系ＰＬＡ－８０１的两个细胞克隆Ｃ株及Ｄ株，建立了ＰＬＡ－８０１Ｃ及ＰＬＡ－８０１Ｄ裸鼠皮下移植瘤模型，以人肺腺癌裸鼠移植瘤培养细胞Ａｎｉｐ９７３，复制了Ａｎｉｐ９７３裸鼠皮下移植瘤及腹水瘤模型，对其... 详细信息

以人肺巨细胞癌细胞系ＰＬＡ－８０１的两个细胞克隆Ｃ株及Ｄ株，建立了ＰＬＡ－８０１Ｃ及ＰＬＡ－８０１Ｄ裸鼠皮下移植瘤模型，以人肺腺癌裸鼠移植瘤培养细胞Ａｎｉｐ９７３，复制了Ａｎｉｐ９７３裸鼠皮下移植瘤及腹水瘤模型，对其生物学特性进行了研究。这４株移植瘤模型的淋巴结及肺转移率由低到高依次为ＰＬＡ－８０１Ｃ皮下瘤（０％，０％）、Ａｎｉｐ９７３皮下瘤（８．６％，４．３％）、Ａｎｉｐ９７３腹水瘤（１００％，１２．０％）、ＰＬＡ－８０１Ｄ皮下瘤（１００％，３１．６％）。

关键词：疾病模型肺肿瘤肿瘤转移

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nm23/NDPK基因、整合蛋白、Ⅳ型胶原酶及尿激酶的表达与鼠肺癌转移的关系

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中华医学杂志 1997年第8期77卷 597-600页

作者：魏泓吴丰春周建华牛荣史景泉陈意生第三军医大学实验动物学教研室

观察肺癌ｎｍ２３／ＮＤＰＫ、整合蛋白、Ⅳ型胶原酶、尿激酶（ｕＰＡ）的表达与肺癌转移的相关性。方法以ＡＢＣ免疫组织化学染色，对不同转移力（由低到高依次为ＰＬＡ－８０１Ｃ、Ａｎｉｐ９７３、ＰＬＡ－８０１Ｄ及ＰＬＡ－８０１... 详细信息

观察肺癌ｎｍ２３／ＮＤＰＫ、整合蛋白、Ⅳ型胶原酶、尿激酶（ｕＰＡ）的表达与肺癌转移的相关性。方法以ＡＢＣ免疫组织化学染色，对不同转移力（由低到高依次为ＰＬＡ－８０１Ｃ、Ａｎｉｐ９７３、ＰＬＡ－８０１Ｄ及ＰＬＡ－８０１ＤＬ）４株人肺癌裸鼠移植瘤及８７例人肺癌临床标本作上述４种分子表达的观察，并在裸鼠体内观察整合蛋白β１抗体及其配体ＲＧＤ多肽对移植瘤生长及转移的影响。结果（１）人肺癌移植瘤与临床标本均呈ｎｍ２３／ＮＤＰＫ高表达，且与淋巴结转移无显著相关。（２）４株移植瘤总体上呈β１亚族整合蛋白低表达，且与淋巴结转移无显著相关。β１抗体及ＲＧＤ多肽对ＰＬＡ－８０１ＤＬ移植瘤的转移无明显影响。（３）人肺癌移植瘤及临床标本中Ⅳ型胶原酶的表达与其转移力呈显著正相关。（４）Ａ－ｎｉｐ９７３及ＰＬＡ－８０１ＤｕＰＡ阳性，而ＰＬＡ－８０１ＤＬ及ＰＬＡ－８０１Ｃ则ｕＰＡ阴性。结论肺癌中Ⅳ型胶原酶的表达与其转移力呈显著正相关；ｎｍ２３呈高表达，整合蛋白呈低表达，ｕＰＡ在不同瘤株的表达不一，但均与其转移无显著相关。

关键词：肺肿瘤胶原酶类基因表达肿瘤转移

来源：评论

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肿瘤转移抑制基因nm23的研究概况

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癌症 1996年第4期15卷 309-310页

作者：魏泓第三军医大学实验动物学教研室

肿瘤转移抑制基因ｎｍ２３的研究概况魏泓肿瘤转移基因及转移抑制基因，是当今肿瘤转移研究者致力寻找的一类对肿瘤转移起关键性正、负调控作用的基因。目前这方面的研究刚刚开始，取得的成果不多，且多数划入该类的基因如整合蛋白基因... 详细信息

肿瘤转移抑制基因ｎｍ２３的研究概况魏泓肿瘤转移基因及转移抑制基因，是当今肿瘤转移研究者致力寻找的一类对肿瘤转移起关键性正、负调控作用的基因。目前这方面的研究刚刚开始，取得的成果不多，且多数划入该类的基因如整合蛋白基因、金属蛋白酶及其抑制因子的基因、尿...

关键词：肿瘤转移抑制抑制基因基因 nm23

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尿激酶型纤溶酶原激活因子作用系统与肿瘤转移

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肿瘤 1998年第2期18卷 110-113页

作者：魏泓第三军医大学实验动物学教研室

尿激酶型纤溶酶原激活因子作用系统与肿瘤转移魏泓作者单位：第三军医大学实验动物学教研室（重庆６３００３８）纤溶酶原激活因子（ＰＡ）可分为尿激酶型（ｕＰＡ）及组织型（ｔＰＡ）两种。两者均具有水解纤溶酶原转化为纤溶酶的能力... 详细信息

尿激酶型纤溶酶原激活因子作用系统与肿瘤转移魏泓作者单位：第三军医大学实验动物学教研室（重庆６３００３８）纤溶酶原激活因子（ＰＡ）可分为尿激酶型（ｕＰＡ）及组织型（ｔＰＡ）两种。两者均具有水解纤溶酶原转化为纤溶酶的能力，其不同的是，ｔＰＡ与纤维蛋白有高...

关键词：肿瘤转移尿激酶纤溶酶原激活因子

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