目的通过分析tsRNA在肺腺癌中的差异表达情况及其表达水平与患者预后的关系,进一步筛选并验证肺腺癌相关tsRNA,以了解其在肺腺癌发生和进展中的相关机制。方法基于计算医学中心数据库筛选出在肺腺癌组织和正常组织中差异表达的tsRNA;基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析tsRNA表达水平对肺腺癌患者预后的影响;基于TRFtarget2.0和tRFTar数据库预测靶基因;基于DAVID、KOBA KEGG在线网站进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析;基于阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham CANcer data analysis Portal,UALCAN)分析靶基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平。采用增殖实验、迁移实验、侵袭实验验证tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌细胞中的生物学功能。结果与正常组织相比,tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌组织中表达上调(log2FC=4.28,FDR<0.05)。高表达水平的tRF-19-69M8LOJX预示着更短的无进展生存期(HR=1.565,95%CI=1.142~2.145,P=0.005);过表达tRF-19-69M8LOJX促进A549细胞的增殖、迁移(P<0.001)和侵袭(P=0.009);COL1A1(P=0.002)和VCAN(P=0.022)在tRF-19-69M8LOJX过表达细胞模型中显著上调。结论tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌组织的表达水平上调,与患者不良预后密切相关,可能在肺腺癌的发生发展中起着重要作用。
目的分析ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及其与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联。方法下载TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库肺鳞癌患者临床信息和癌组织ADAP2基因转录水平,运用KM生存曲线和Cox比例风险模型分析ADAP2基因和患者预后的关联...
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目的分析ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及其与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联。方法下载TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库肺鳞癌患者临床信息和癌组织ADAP2基因转录水平,运用KM生存曲线和Cox比例风险模型分析ADAP2基因和患者预后的关联;采用xCell数据库分析ADAP2基因表达和肿瘤微环境免疫浸润的关系;利用免疫荧光双染实验观察ADAP2蛋白与M2型巨噬细胞标志物CD163的空间共定位。结果多因素Cox分析结果显示,ADAP2表达是肺鳞癌患者独立的预后因素,其高表达与肺鳞癌患者不良预后密切相关(HR=1.533,95%CI:1.139~2.064,P=0.005)。ADAP2基因与肿瘤微环境评分呈正相关(r=0.609,95%CI:0.550~0.661,P<0.001),与免疫评分也同样呈正相关(r=0.596,95%CI:0.536~0.650,P<0.001)。ADAP2基因与肺鳞癌单核吞噬细胞系统(巨噬细胞、巨噬细胞M1、巨噬细胞M2、单核细胞)的浸润呈高度正相关(r=0.737、0.718、0.603、0.631,P<0.001)。ADAP2与CD163存在共定位,主要表达于细胞膜。结论ADAP2有望成为预测肺鳞癌患者预后和免疫治疗效果的潜在生物标志物。
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