目的通过分析tsRNA在肺腺癌中的差异表达情况及其表达水平与患者预后的关系,进一步筛选并验证肺腺癌相关tsRNA,以了解其在肺腺癌发生和进展中的相关机制。方法基于计算医学中心数据库筛选出在肺腺癌组织和正常组织中差异表达的tsRNA;基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析tsRNA表达水平对肺腺癌患者预后的影响;基于TRFtarget2.0和tRFTar数据库预测靶基因;基于DAVID、KOBA KEGG在线网站进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析;基于阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham CANcer data analysis Portal,UALCAN)分析靶基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平。采用增殖实验、迁移实验、侵袭实验验证tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌细胞中的生物学功能。结果与正常组织相比,tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌组织中表达上调(log2FC=4.28,FDR<0.05)。高表达水平的tRF-19-69M8LOJX预示着更短的无进展生存期(HR=1.565,95%CI=1.142~2.145,P=0.005);过表达tRF-19-69M8LOJX促进A549细胞的增殖、迁移(P<0.001)和侵袭(P=0.009);COL1A1(P=0.002)和VCAN(P=0.022)在tRF-19-69M8LOJX过表达细胞模型中显著上调。结论tRF-19-69M8LOJX在肺腺癌组织的表达水平上调,与患者不良预后密切相关,可能在肺腺癌的发生发展中起着重要作用。
目的本研究旨在探讨转录共激活因子(transcriptional coactivator with PDZ-binding motif,TAZ)与组蛋白H2A(histone H2A,H2A)的一种组蛋白变体H2A.Z,在缺氧诱导的肺损伤后修复中的作用及其潜在机制。方法利用缺氧模拟仓(5800 m)处理4 d...
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目的本研究旨在探讨转录共激活因子(transcriptional coactivator with PDZ-binding motif,TAZ)与组蛋白H2A(histone H2A,H2A)的一种组蛋白变体H2A.Z,在缺氧诱导的肺损伤后修复中的作用及其潜在机制。方法利用缺氧模拟仓(5800 m)处理4 d后,构建小鼠缺氧肺损伤模型,肺组织切片HE染色评估肺损伤程度。利用缺氧工作站(1%O_(2)浓度)处理小鼠肺泡上皮细胞系(murine lung epithelial-12,MLE12)24 h,构建MLE12缺氧细胞模型,Western blot分析检测TAZ表达。CCK-8实验评价肺泡上皮细胞(alveolar epithelial cells,AECs)增殖。免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)实验验证TAZ与H2A.Z二者之间的相互作用。靶向剪切及转座酶标记技术(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序分析TAZ影响H2A.Z在染色质沉积情况。结果缺氧显著诱导小鼠肺组织肺泡萎缩及炎症浸润(P<0.01)。缺氧培养显著上调MLE12细胞中TAZ蛋白表达(P<0.05)。CCK-8实验发现,敲低TAZ后AECs增殖能力显著下降(P<0.01)。Co-IP证实TAZ与H2A.Z存在物理相互作用。靶向剪切及转座酶标记技术(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序显示缺氧促进H2A.Z在染色质上的沉积(常氧结合位点31817,缺氧结合位点44078),而TAZ敲低部分逆转此现象(结合位点37840)。结论缺氧显著上调TAZ表达,后者与H2A.Z的结合并促进H2A.Z在染色质上的沉积,增强AECs增殖以应对缺氧损伤。
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