目的探讨DNA损伤应答蛋白1(regulated in development and DNA damage responses-1,REDD1)在幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,***)感染中的表达及调控机制。方法建立***感染C57小鼠及胃上皮细胞模型,运用实时荧光定量PCR、免疫组织化学...
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目的探讨DNA损伤应答蛋白1(regulated in development and DNA damage responses-1,REDD1)在幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,***)感染中的表达及调控机制。方法建立***感染C57小鼠及胃上皮细胞模型,运用实时荧光定量PCR、免疫组织化学染色和Western blot检测REDD1 mRNA和蛋白的表达;并在细胞模型中采用信号通路抑制剂的方法探讨***感染诱导REDD1上调的机制。结果相对于未感染组,***感染小鼠胃黏膜中的REDD1水平显著增高;而相对于野生型(Wild Type,WT)全毒株,敲除cagA基因后,***感染诱导REDD1上调的能力则显著下降(P<0.05);***感染可诱导胃上皮细胞AGS REDD1表达上调,并具有时间、感染菌量以及cagA依赖性(P<0.05);P38/MAPK信号通路阻断可显著抑制***感染诱导的REDD1上调表达(P<0.05)。结论***依赖磷酸化的cagA蛋白激活MAPKp38通路诱导REDD1表达增高。
目的构建并验证一种头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)自噬相关基因预后风险评分模型。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载全部HNSCC转录组表达数据(RNA sequencing,RNA-seq)及...
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目的构建并验证一种头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)自噬相关基因预后风险评分模型。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载全部HNSCC转录组表达数据(RNA sequencing,RNA-seq)及临床信息,筛选出差异表达基因,与GeneCards数据库检索的自噬相关基因(autophagy related genes,ARGs)取交集,得到差异表达的ARGs,整合临床信息后经预后分析获得预后相关的ARGs,再对其富集分析。应用套索(the least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归和Cox回归模型构建一种用于预测HNSCC预后及生存情况的风险评分模型;绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,计算曲线下面积(area under the curve,AUC)及最佳截断(cut-off)值,并以最佳cut-off值将患者分为高、低风险评分组;绘制Kaplan-Meier生存曲线评价该模型的预测性能;将临床信息与风险评分对应整合,再次利用Cox回归分析评价风险评分的独立预后价值。结果通过对差异表达的ARGs进行预后分析初筛出20个与预后相关的ARGs,再应用LASSO回归和Cox回归分析获得9个与预后显著相关的ARGs,以此构建HNSCC的预后风险评分模型。ROC曲线及Kaplan-Meier生存曲线分析显示,低风险评分组生存时间优于高风险评分组,两组生存时间差异有统计学意义(P<0.001),且该模型在训练集(AUC最大值为0.69)与外部验证集(AUC最大值为0.822)中均展现出良好的预测性能。纳入临床信息后,对风险评分进行Cox回归分析,提示其与HNSCC患者预后显著相关(P<0.001),表明风险评分对HNSCC具有独立预后价值。结论由9个ARGs组成的HNSCC风险评分模型,可有效预测HNSCC患者的预后情况。
目的探索乳腺癌/卵巢癌易感基因1相关蛋白1(breast/ovarian cancer susceptibility gene 1 associated protein 1,BAP1)对人源恶性胶质瘤发生、发展的作用与BAP1作为恶性胶质瘤临床诊断标志物的可行性。方法基于基因表达综合数据库(gene...
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目的探索乳腺癌/卵巢癌易感基因1相关蛋白1(breast/ovarian cancer susceptibility gene 1 associated protein 1,BAP1)对人源恶性胶质瘤发生、发展的作用与BAP1作为恶性胶质瘤临床诊断标志物的可行性。方法基于基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)的子数据集GSE4290,GSE90598,分析BAP1在正常组织及胶质瘤组织中的差异性表达情况;受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析BAP1对恶性胶质瘤的早期诊断价值;选取自主收集的非配对28例恶性胶质瘤患者的原发灶组织、5例颅脑外伤患者内减压术切除的非瘤脑组织,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测BAP1的表达水平;利用靶向BAP1的特异性小干扰RNAs(small interfering RNAs,siRNAs)瞬时转染U251细胞系,进一步检测其干涉效率;基于流式细胞仪分析BAP1下调的U251细胞系,其细胞周期、凋亡的变化情况。结果生物信息学结果显示,BAP1在恶性胶质瘤组织中的表达水平均低于正常脑组织(GSE4290:1209±18.49 vs 1476±53.90;GSE90598:5.19±0.10 vs 5.65±0.21),差异具有统计学意义(t=5.115,2.267,均P<0.05)。ROC曲线显示,BAP1可高效区分恶性胶质瘤组织与正常脑组织(GSE4290:AUC=0.78;GSE90598:AUC=0.75,均P<0.05)。临床标本结果显示,BAP1在恶性胶质瘤原发灶组织中的表达水平显著低于非瘤脑组织(0.27±0.04 vs 1.06±0.07),差异具有统计学意义(t=10.22,P<0.001)。在U251细胞系中下调BAP1的表达,其细胞周期中S期细胞比例明显增多,由17.59%分别增至27.21%(siBAP1-1)和25.79%(siBAP1-2),差异具有统计学意义(t=6.576,6.642,均P<0.01),而细胞凋亡水平则有所下降,由10.17%分别降至2.70%(siBAP-1)和3.00%(siBAP-2),差异具有统计学意义(t=10.31,9.428,均P<0.01)。结论组蛋白H2A去泛素化酶BAP1能够通过抑制恶性胶质瘤细胞周期快速进展并促进其凋亡,进而发挥肿瘤抑癌基因的功能,可作为潜在的恶性胶质瘤临床诊断标志物。
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