检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机与应用化学 2013年第7期30卷 776-780页

作者：李海鸥吕强吴宏杰苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006 苏州科技学院电子与信息工程学院江苏苏州215009

蛋白质-肽段对接时受体的骨架柔性问题一直以来都是计算生物学中的一个挑战。目前,绝大多数的对接都是一种半柔性对接(只考虑配体的柔性)。然而在真实的对接过程中,受体也会产生构象变化,包括侧链运动、骨架运动或其它突变。本文提出了... 详细信息

蛋白质-肽段对接时受体的骨架柔性问题一直以来都是计算生物学中的一个挑战。目前,绝大多数的对接都是一种半柔性对接(只考虑配体的柔性)。然而在真实的对接过程中,受体也会产生构象变化,包括侧链运动、骨架运动或其它突变。本文提出了一种包含受体骨架柔性的蛋白质-肽段柔性对接方法。在8个较难的Unbound蛋白质-肽段复合物和2个受体有明显柔性区域的对接案例上进行了测试。分析表明本文提出的这种柔性对接方法在受体有明显柔性区域的案例上都取得了很大的改进。

关键词：蛋白质-肽段对接骨架柔性 Unbound

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一种基于折叠模式识别的蛋白质结构片段库构建方法

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小型微型计算机系统 2013年第2期34卷 356-359页

作者：陈沙沙吴宏杰吕强苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006 苏州科技学院电子与信息工程学院江苏苏州215009

片段组装方法是从头预测蛋白质三维结构的一类重要方法.现有的基于序列相似的片段库质量限制了低同源目标的预测精度,所以寻找与天然结构更加拟合的已知蛋白质结构片段来构建高质量的片段库是片段组装方法的一项重要任务.本文利用SCOP... 详细信息

片段组装方法是从头预测蛋白质三维结构的一类重要方法.现有的基于序列相似的片段库质量限制了低同源目标的预测精度,所以寻找与天然结构更加拟合的已知蛋白质结构片段来构建高质量的片段库是片段组装方法的一项重要任务.本文利用SCOP数据库中的三维结构相似性,对SCOP的折叠模式进行预测,提取预测出的相同折叠模式的已知蛋白质结构的信息,生成保存残基信息的数据库(Vall库).然后将目标蛋白质序列分割成的残基片段与Vall库进行综合评价后生成一种新的片段库,该片段库可以用于一个骨架预测并行蚁群算法.将本文方法与蛋白质结构预测程序RosettaAbinitio的基于序列的片段库进行了比较,实验结果表明采用本文方法的片段库可以找到更接近天然构象的蛋白质结构.

关键词：蛋白质折叠模式片段库 SCOP

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基于租户的访问控制模型T-ARBAC

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计算机科学与应用 2013年第3期3卷 173-179页

作者：曹进李培峰朱巧明钱培德苏州大学计算机科学与技术学院苏州江苏省计算机信息处理技术重点实验室苏州

SaaS服务模式极大地降低了企业成本、提高了企业效率,同时也提高了企业的管理水平及加快了其创新步伐。但由于租户数据存储于服务提供商数据存储平台,如何保障租户的数据安全是一个无法回避的问题,并且平台用户数量巨大,如何有效地对用... 详细信息

SaaS服务模式极大地降低了企业成本、提高了企业效率,同时也提高了企业的管理水平及加快了其创新步伐。但由于租户数据存储于服务提供商数据存储平台,如何保障租户的数据安全是一个无法回避的问题,并且平台用户数量巨大,如何有效地对用户进行管理也是一个值得探索的问题。本文结合基于角色的访问控制模型,设计出一个支持多租户、方便租户权限控制与管理的SaaS平台访问控制模型T-ARBAC (Tenant-Admin- istrative Role Based Access Control),满足了租户访问控制策略多样性与安全、独立访问共存数据的要求。

关键词：多租户访问控制 T-ARBAC

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基于距离特征的蛋白质无序段建模方法及应用

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苏州科技学院学报（自然科学版） 2013年第2期30卷 37-40,56页

作者：刘宏伟吕强苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006

蛋白质无序段在天然条件下无法折叠到特定的三维结构,具有高度的结构动态性。现有的对无序段从能量角度建模的方法缺少对无序段的空间约束。首先提取无序段的空间特征,并找到使预测过程趋于最低能量的最优特征值,最后将这些特征值作为... 详细信息

蛋白质无序段在天然条件下无法折叠到特定的三维结构,具有高度的结构动态性。现有的对无序段从能量角度建模的方法缺少对无序段的空间约束。首先提取无序段的空间特征,并找到使预测过程趋于最低能量的最优特征值,最后将这些特征值作为约束应用到并行蚁群蛋白质结构预测算法。实验结果表明:该方法可以有效地利用无序段对蛋白质结构的连接作用,有助于搜索到更接近天然结构的折叠区域结构。

关键词：无序段折叠区域并行蚁群结构预测

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蛋白质loop区域闭合数值方法分析与比较

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软件导刊 2013年第8期12卷 29-33页

作者：孙路吕强徐维维权丽君苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006

针对蛋白质loop区域的闭合问题,比较分析了两种来源于机器人学的数值方法——循环坐标下降法(CCD)和雅可比矩阵方法,进行了实现并设计实验。在计算时间和闭合效率方面循环坐标下降法要明显优于雅可比矩阵方法,而雅可比矩阵方法则可以较... 详细信息

针对蛋白质loop区域的闭合问题,比较分析了两种来源于机器人学的数值方法——循环坐标下降法(CCD)和雅可比矩阵方法,进行了实现并设计实验。在计算时间和闭合效率方面循环坐标下降法要明显优于雅可比矩阵方法,而雅可比矩阵方法则可以较平均地改变每一个二面角值。

关键词：蛋白质 loop区域闭合数值方法,循环坐标下降法雅可比矩阵

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GPCR跨膜螺旋的结构拓扑建模及其预测方法

GPCR跨膜螺旋的结构拓扑建模及其预测方法

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2013中国计算机大会

作者：吴宏杰吕强权丽君陈荣陈沙沙李海鸥钱培德苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州 215006 苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州 215006 苏州科技学院电子与信息工程学院江苏苏州 215009 苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州 215006 苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州 215006 苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州 215006

7个a跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜螺旋... 详细信息

7个a跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜螺旋结构的保守性与局部多样性之间获得平衡,其实质是未将两者统一到一个系统模型中.文中针对跨膜螺旋的空间结构特点,建立了兼顾保守性与多样性的结构拓扑模型,并利用该模型形成了4阶段的结构优化方法,试图获得采样广度与深度的平衡.同时,引入基于结构拓扑的能量项与约束,起到了优化评判标准和剪裁采样空间的作用,有效地预测了跨膜螺旋的三维结构.使用文中方法展开了3组验证实验,用8个已解构的目标分别与GPCRDOCK2010的参赛结果、知名结构预测工具Swiss和MODELLER进行了比较.与Swiss的比较中,文中方法有5个目标获得了更优的三维螺旋结构;与单模板、多模板的MODELLER的比较中,文中方法分别在6个目标与7个目标上取得了优势.

关键词： G蛋白偶联受体跨膜螺旋结构拓扑模型计算机应用

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中英文指代消解中待消解项识别的研究

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计算机研究与发展 2012年第5期49卷 1072-1085页

作者：孔芳朱巧明周国栋苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006

深入研究了中英文指代消解中的待消解项识别问题.在前人工作的基础上,首先使用规则方法识别与上下文无关或具有显著固定模式的非待消解项;针对与上下文相关的非待消解项识别,从平面特征方法和结构化树核函数方法两方面入手进行了探索;... 详细信息

深入研究了中英文指代消解中的待消解项识别问题.在前人工作的基础上,首先使用规则方法识别与上下文无关或具有显著固定模式的非待消解项;针对与上下文相关的非待消解项识别,从平面特征方法和结构化树核函数方法两方面入手进行了探索;利用复合核函数将平面特征和结构化特征有效结合,对待消解识别问题进行了进一步研究.在ACE2003英文语料和ACE2005中文语料上的实验结果表明,提出的多种待消解项识别方案各具特色,都取得了不错的性能.最后将得到的待消解项识别模块应用于中英文的指代消解任务.实验结果表明,合适的待消解项识别能够大大提高中英文指代消解的性能.

关键词：待消解项识别规则方法平面特征方法结构化树核函数方法复合核函数

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基于最短划分距离的网络流量决策树分类方法

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通信学报 2012年第3期33卷 90-102页

作者：杨哲李领治纪其进朱艳琴苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006

对不同类别的应用数据流,根据其在最初若干分组中进行握手和参数协商的差异性,通过通信模式、载荷长度以及信息熵等特征,采用基于最短划分距离的方法构建决策树模型,对其进行流量分类。经过在4个不同类型的真实网络数据集上的离线分类实... 详细信息

对不同类别的应用数据流,根据其在最初若干分组中进行握手和参数协商的差异性,通过通信模式、载荷长度以及信息熵等特征,采用基于最短划分距离的方法构建决策树模型,对其进行流量分类。经过在4个不同类型的真实网络数据集上的离线分类实验,以及在校园网环境中的在线流量分类实验。结果表明该模型对8种常见协议的网络流量,分析其前4到6个分组的特征,能够在分类准确性和系统开销上取得较好的效果。与其他机器学习算法相比,该模型构建的决策树规模较小,分类时间较短,适合于实时流量分类问题。

关键词：流量分类双向流最短划分距离决策树

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抗自适应泄漏的基于身份加密方案

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通信学报 2012年第7期33卷 90-95页

作者：汤佳惠朱艳琴罗喜召苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006

针对基于身份的加密(IBE)体制中缺乏有效抗自适应泄漏方案的问题,运用熵抗泄漏的基本思想,定义了自适应泄漏攻击下IBE的安全性;利用基于身份的散列证明系统(IB-HPS)和提取器,提出了抗自适应泄漏的IBE方案;并对其进行实例化,构建了基于q-... 详细信息

针对基于身份的加密(IBE)体制中缺乏有效抗自适应泄漏方案的问题,运用熵抗泄漏的基本思想,定义了自适应泄漏攻击下IBE的安全性;利用基于身份的散列证明系统(IB-HPS)和提取器,提出了抗自适应泄漏的IBE方案;并对其进行实例化,构建了基于q-TABDHE假设的抗自适应泄漏的IBE方案。安全性分析表明,设计的IBE方案是选择明文攻击安全的,它不仅能够有效地抵抗自适应泄漏,而且能够容忍较大的密钥泄漏量。

关键词：自适应泄漏基于身份的加密熵抗泄漏 q-TABDHE假设

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基于树核函数的中英文代词消解

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软件学报 2012年第5期23卷 1085-1099页

作者：孔芳周国栋苏州大学计算机科学与技术学院自然语言处理实验室江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006

基于树核函数,提出了从使用中心理论、集成竞争者信息和融入语义角色相关信息这3个方面对结构化句法树进行动态扩展来提升中英文代词消解的性能.首先探索了3种基本结构化句法树捕获方案,并使用SVMLight中提供的卷积树核函数直接进行基... 详细信息

基于树核函数,提出了从使用中心理论、集成竞争者信息和融入语义角色相关信息这3个方面对结构化句法树进行动态扩展来提升中英文代词消解的性能.首先探索了3种基本结构化句法树捕获方案,并使用SVMLight中提供的卷积树核函数直接进行基于结构化句法树的相似度计算,从而完成指代消解任务;其次,在分析3种结构化句法树捕获方案的基础上,从中心理论、竞争者信息和语义角色相关信息等几方面对捕获的结构化句法树进行了扩展;最后,通过ACE 2004 NWIRE英文语料和ACE 2005 NWIRE中文语料上的实验,说明了这些扩展能够提升代词消解的性能.

关键词：代词消解结构化句法树树核函数

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