检索结果-内蒙古大学图书馆

西南林业大学学报（自然科学） 2023年第4期43卷 89-99页

作者：朱令王素杰杨娜蔡涵冰尹拓韩沛辰张汉尧西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650233 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650233

为分析峨眉含笑叶绿体基因组密码子的使用偏性,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,首先从NCBI数据库中下载峨眉含笑叶绿体基因组完整序列,用于CDS序列筛选,然后利用CodonW 1.4.2和EMBOSS在线软件对峨眉含笑密码子的组成成分进行分析,... 详细信息

为分析峨眉含笑叶绿体基因组密码子的使用偏性,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,首先从NCBI数据库中下载峨眉含笑叶绿体基因组完整序列,用于CDS序列筛选,然后利用CodonW 1.4.2和EMBOSS在线软件对峨眉含笑密码子的组成成分进行分析,从而得到GC含量、ENC、RSCU等参数,最后做中性、ENC和PR2绘图分析,研究导致密码子偏倚形成的主要原因,以期取得最优密码子。结果表明:峨眉含笑叶绿体基因组CDS序列的密码子在第三位上GC含量较低,平均值为31.26%。ENC为36.36~57.89,表明密码子的偏性较弱,ENC与GC2和GC3均呈极显著相关。有32个密码子的RSCU> 1,其中以G/C结尾的有3个,A/U结尾的有29个。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析显示:由于选择压力的存在,使峨眉含笑叶绿体基因组密码子在一定程度上表现出偏好性使用。对应性分析显示:编码核糖体蛋白的基因位点分布比较零散,说明该类基因密码子的使用模式相差较大,在峨眉含笑叶绿体基因组中的表达率较高。该研究明确了峨眉含笑叶绿体基因组密码子使用偏性主要受选择压力的影响,并最终从峨眉含笑叶绿体基因组中筛选出UUU、CUU和UCU等14个最优密码子,且均以碱基A和U结尾。

关键词：峨眉含笑叶绿体基因组偏性最优密码子

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

云南澳洲坚果果实内含物测定及多样性分析

引用

种子 2025年第1期44卷 31-38页

作者：周涛聂艳丽李翠萍王大玮云南省红河热带农业科学研究所云南蒙自661100 云南省林业和草原技术推广总站昆明650224 西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室昆明650224

为探究澳洲坚果果实内含物的多样性,本研究以71份澳洲坚果特异种质为材料,对种质果实的8种内含物进行遗传变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果表明,澳洲坚果种质果实内含物性状变异较为丰富,其中果糖、葡萄糖、蔗糖等变... 详细信息

为探究澳洲坚果果实内含物的多样性,本研究以71份澳洲坚果特异种质为材料,对种质果实的8种内含物进行遗传变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果表明,澳洲坚果种质果实内含物性状变异较为丰富,其中果糖、葡萄糖、蔗糖等变异系数较高,分别为53.25%、37.39%和35.47%;蔗糖与葡萄糖、粗脂肪与果糖含量呈显著负相关,其余内含物间相关性不显著。主成分分析提取前4个主成分,最大累积贡献率为64.591%。聚类分析将71份澳洲坚果种质果实含量分为七大类。对澳洲坚果种质内含物之间的差异和多样性进行深入分析,可为澳洲坚果育种工作提供基础数据支撑,从而促进澳洲坚果行业的持续发展和进步。

关键词：澳洲坚果种质资源内含物多样性

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

滇杨HD-ZIP转录因子基因家族鉴定与分析

引用

分子植物育种 2023年

作者：杨婷婷马少杰郭天骕甘沛华纵丹何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室

HD-ZIP转录因子在植物生长发育和胁迫响应等方面起着重要作用，为了解析HD-ZIP转录因子在滇杨(Populus yunnanensis)生根过程中的生物学功能，本研究基于滇杨基因组数据，通过生物信息学方法筛选得到HD-ZIP基因家族成员，并分析其理化... 详细信息

HD-ZIP转录因子在植物生长发育和胁迫响应等方面起着重要作用，为了解析HD-ZIP转录因子在滇杨(Populus yunnanensis)生根过程中的生物学功能，本研究基于滇杨基因组数据，通过生物信息学方法筛选得到HD-ZIP基因家族成员，并分析其理化性质、基因结构、亚细胞定位预测、系统发育分析、染色体定位、基因结构域和启动子顺式作用元件。结果表明，HD-ZIP基因家族由54个成员组成，分为4个亚族，其编码蛋白质氨基酸数量在196～844 aa，蛋白分子量范围为23.02～92.97 kD，理论等电点范围为4.64～9.28，亚细胞定位表明家族成员主要分布在细胞核。Ⅰ型和Ⅱ型的成员具有较少的保守基序和更简单的基因结构，而其他成员结构较为复杂。54个家族成员不均匀地分布在17条染色体上。基于大青杨生根相关基因，对PuHox52进行同源基因比对及其表达分析，发现PyHOX45基因负调控滇杨生根。本研究为杨属树种分子遗传改良及育种提供参考。

关键词：滇杨 HD-ZIP基因家族生物信息学表达分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析

引用

广西植物 2023年第10期43卷 1849-1860页

作者：张梦洁杨秀瑶尹拓韩沛辰杜朝金张汉尧西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业与草原局重点实验室昆明650224 西南林业大学林学院云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224

轮叶蒲桃(Syzygium grijsii)系桃金娘科(Myrtaceae)蒲桃属(Syzygium)常绿灌木,其开发前景较好,但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺,该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。... 详细信息

轮叶蒲桃(Syzygium grijsii)系桃金娘科(Myrtaceae)蒲桃属(Syzygium)常绿灌木,其开发前景较好,但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺,该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。运用Illumina高通量测序,并在GetOrganelle平台进行完整组装,同时利用组装好的数据分析轮叶蒲桃叶绿体基因组的结构特征和系统发育关系,其中包括轮叶蒲桃叶绿体基因组结构、功能及特征、密码子偏好性分析、叶绿体基因组的比较分析和系统发育的分析。结果表明:(1)轮叶蒲桃叶绿体基因组大小为158591 bp,包含129个基因。其中,rRNA基因8个,tRNA基因37个,蛋白编码基因84个。分析检测到39个重复序列和84个SSR位点。(2)密码子偏好性分析发现轮叶蒲桃叶绿体基因组中末端存在对A/U的偏性,使用最多的是编码亮氨酸的密码子。(3)与近缘种比较,轮叶蒲桃的边界长度保守,边界处的基因种类与多个蒲桃属物种相似;轮叶蒲桃叶绿体基因组在LSC和SSC区变异度较大,有45处0.010

关键词：轮叶蒲桃叶绿体基因组系统发育关系基因组特征比较分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

4种杨树生长速率及其PsrbcL基因表达模式分析

引用

分子植物育种 2023年第16期21卷 5289-5294页

作者：杨青青纵丹王静敏张垚张晓琳何承忠余进德西南林业大学生命科学学院云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室西南地区生物多样性保育国家林业和草原重点实验室昆明650224

为了探讨光合基因PsrbcL的表达模式与杨树(Populus spp.)生长速率的关系,对扦插于同一生境下的西南乡土杨树种康定杨(Populus kangdingensis)、乡城杨(Populus xiangchengensis)、三脉青杨(Populus trinervis)和大叶杨(Populus lasiocarpa)扦插无性系地径、苗高及其PsrbcL基因的表达模式进行了测定分析。结果显示,4种杨树在6和8月份的苗高和地径绝对生长量的综合生长指标从大到小为康定杨>乡城杨>三脉青杨>大叶杨,而PsrbcL基因在每种杨树中6和8月份的表达增加量与生长指标的趋势一致,说明PsrbcL基因的表达量与该4种杨树生长速率具有较好的正相关性。因此,PsrbcL基因的表达模式可作为4种杨树生长速率的一个重要参考指标,本研究结果可为西南乡土杨树种的引种栽培及生产利用提供理论依据。

关键词：杨树生长速率 PsrbcL基因表达模式

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于SLAF-seq技术的思茅松SNP位点开发

引用

分子植物育种 2023年第12期21卷 3957-3963页

作者：王玉昌彭劲谕蔡年辉段安安杨利华王大玮西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室昆明650224 云南省普洱市林业科学研究所普洱665000

为开发大量的思茅松SNP标记,本研究以思茅松两亲本和100个杂交的Fl代遗传群体为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择HaeⅢ酶进行酶切,长度在414~464 bp的酶切片段定义为SLAF标签,然后将每个样本和标签序列比对,以获得不同样本... 详细信息

为开发大量的思茅松SNP标记,本研究以思茅松两亲本和100个杂交的Fl代遗传群体为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择HaeⅢ酶进行酶切,长度在414~464 bp的酶切片段定义为SLAF标签,然后将每个样本和标签序列比对,以获得不同样本的SNP标记信息。结果表明,建库双端比对效率在84.91%,酶切效率为95.52%,SLAF建库正常。共获得507394471个数据,测序平均Q30为92.25%,GC含量为40.23%,分布正常。共获得633086个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有239790个,共有140485个标签成功编码,共开发获得11544个SNP标记。本研究结果可以对思茅松优良基因实行精细定位,为优良性状筛选、种质资源的鉴定和群体进化等相关研究提供新的依据。

关键词：思茅松 SLAF-seq 高通量测序 SNP位点

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

不同干形云南松的木材解剖特征及其化学成分分析

引用

云南农业大学学报（自然科学版） 2023年第2期38卷 262-271页

作者：刘子腾朱梅彩陈松阳纵丹杨晓瑞邱坚何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650224 西南林业大学材料与化学工程学院云南昆明650233 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224

【目的】探究直干和扭曲干云南松的木材解剖特征及其化学成分差异,为后续从分子水平解析云南松干形变异机制奠定基础。【方法】以直干和扭曲干云南松树干木质部为材料,利用生物显微镜和荧光显微镜对其解剖结构进行观察和研究,利用比色... 详细信息

【目的】探究直干和扭曲干云南松的木材解剖特征及其化学成分差异,为后续从分子水平解析云南松干形变异机制奠定基础。【方法】以直干和扭曲干云南松树干木质部为材料,利用生物显微镜和荧光显微镜对其解剖结构进行观察和研究,利用比色法结合傅里叶红外光谱对其主要化学成分进行分析。【结果】扭曲干云南松木材属于应压木,其应压木(twisted compression wood,TCW)细胞在横切面上具有缺口、内卷、变圆、细胞间隙增多且变大的特征,在径切面上具有螺纹裂隙管腔,在弦切面上创伤树脂道明显增多;扭曲干云南松对应木(twisted opposite wood,TOW)和直干云南松木质部(S)的解剖特征无明显差别。与TOW和S相比,TCW的管胞长度变短,宽度变窄,腔径变小,早材细胞壁增厚,木质素含量显著增加,纤维素含量显著降低,且木质素在次生壁S2层外层和细胞角隅积累,而TOW和S的木质素均匀分布在细胞角隅和胞间层。【结论】直干和扭曲干云南松的木材解剖特征有明显差异,且两者的纤维素、半纤维素和木质素的含量与分布也有显著差异。

关键词：云南松直干扭曲干应压木解剖结构化学成分

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

3种含笑属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

引用

西部林业科学 2022年第3期51卷 91-100页

作者：周涛杨林舒军霞沈莲文夏晞王大玮西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224

明确3种含笑属植物叶绿体基因组密码子的使用偏性及影响其偏性的因素。利用CodonW1.4.2、Genious 8.1.3、CUSP等软件对3个含笑属植物叶绿体基因组密码子的使用模式偏好性进行了分析。3种含笑属植物叶绿体基因组的GC含量在38.9%~39.3%之... 详细信息

明确3种含笑属植物叶绿体基因组密码子的使用偏性及影响其偏性的因素。利用CodonW1.4.2、Genious 8.1.3、CUSP等软件对3个含笑属植物叶绿体基因组密码子的使用模式偏好性进行了分析。3种含笑属植物叶绿体基因组的GC含量在38.9%~39.3%之间;ENC值为在36.22~57.91之间,表明其密码子偏好性较弱。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot分析表明影响3种含笑属植物叶绿体基因组密码子使用偏性的主要因素是自然选择。在此基础上,利用RSCU和ENC值筛选出3种含笑属植物叶绿体基因组的最优密码子共30个,其中29个以A/U结尾,UAU、CAU、CAA、AAU、AAA、GGA为3种含笑属植物共有的最优密码子。3种含笑属植物密码子偏好使用A/T结尾,其密码子使用偏性主要受到自然选择的影响。本研究对3种含笑属植物叶绿体基因组密码子的使用偏性进行分析,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,为后续3种含笑属叶绿体基因组外源蛋白表达载体的构建及优化等方面的研究提供了理论依据。

关键词：含笑属叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

3种榕属叶绿体基因组密码子偏好性分析

引用

西北林学院学报 2022年第5期37卷 88-94页

作者：夏晞彭劲谕王大玮张新洛李江飞西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室/云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224

为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的... 详细信息

为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的ENC值都在40以上,说明3种榕属植物的密码子偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot和PR2-plot绘图分析表明,3种榕属植物的密码子偏好性不仅受选择的影响,还受突变等多重因素的影响;此外,还确定了3种榕属植物的最优密码子,且都以A/U结尾。该研究结果可为榕属植物叶绿体基因组后续的外源基因改良奠定基础。

关键词：黄葛榕榕树异叶榕叶绿体基因组最优密码子

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析

引用

云南农业大学学报（自然科学版） 2022年第2期37卷 285-293页

作者：吴治洋纵丹甘沛华刘子腾朱梅彩何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224

【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变... 详细信息

【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变异,其中SNP变异762699个,InDel变异9541个。在SNP变异中,颠换(38.28%)类型小于转换(61.72%)类型;而InDel变异中,缺失型变异与插入型变异数量大致相等。遗传差异分析结果显示:直干形云南松胚乳组(ES)、直干形云南松针叶组(NS)、扭干形云南松胚乳组(ET)和扭干形云南松针叶组(NT)中SNP位点的多态性信息含量(PIC)、基因多样性指数(N;)以及Shannon信息指数(Ⅰ)分别在0.1633~0.1837、0.2345~0.2625和0.3043~0.3448之间,云南松分析样本具有较低的遗传差异水平。直干形和扭干形云南松之间具有中度的遗传分化(F;=0.1071,F;=0.1437)和较高水平的基因流(N;=2.0839,N;=1.4893)。位于27条序列上的39个SNP位点能够很好地区分不同干形云南松。SNP注释结果表明:多向耐药性蛋白(PDR3)、乙烯响应转录因子(ERF017和RAP2)及MYB相关蛋白340(MYB340)等可能在云南松直干形和扭干形的发育中发挥着调控作用。【结论】云南松干形扭曲变异主要受遗传因素调控,但环境因素的协同作用增强了该特征的显著性。

关键词：云南松干形变异遗传基础简化基因组测序双酶切基因分型单核苷酸多态性

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：