检索结果-内蒙古大学图书馆

江苏农业科学 2022年第14期50卷 144-154页

作者：程欢张东华张俊忠刘丽西南林业大学保护生物学学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

应用高通量测序技术分析苹果砧木T337根部、枝部、叶部的内生菌群落并利用PICRUSt进行功能预测。从苹果砧木T337不同部位的内生细菌中共获得的有效序列聚类为11386个操作分类单元(OTUs)。从内生真菌中获得的有效序列聚类为2718个OTUs。... 详细信息

应用高通量测序技术分析苹果砧木T337根部、枝部、叶部的内生菌群落并利用PICRUSt进行功能预测。从苹果砧木T337不同部位的内生细菌中共获得的有效序列聚类为11386个操作分类单元(OTUs)。从内生真菌中获得的有效序列聚类为2718个OTUs。α-多样性分析结果表明,各指数均为根部显著高于枝部、叶部,枝部、叶部间的差异则不显著;从内生真菌多样性上看,除辛普森(Simpson)指数表现为根部、叶部显著高于枝部外,其他指数均表现为根>叶>枝。物种丰度分析结果表明,在门水平上,T337根部的最优细菌门为放线菌门(Actinobacteria),枝部、叶部的最优细菌门为变形菌门(Proteobacteria);在属水平上,T337根部、枝部、叶部最具优势的内生细菌分别为变形菌门的鞘氨醇单胞属(Sphingomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、甲基杆菌属(Methylobacterium);根部的特有菌属最多,有187个,枝部有5个,叶部有6个。T337根部、枝部、叶部都存在大量未归类的内生细菌(占比分别为35.885%、50.185%、59.884%)。根、枝、叶3个部位最优势真菌门均为子囊菌门(Ascomycota),内生真菌优势属分别为子囊菌门的亚隔孢属(Didymella)、Knufia(尚无统一的中文名)和壳针孢属(Septoria)。根部内生真菌的特有属有121个,枝部样品的特有属有7个,叶部样品的特有属有35个。根、枝、叶中也存在大量未归类的内生真菌(占比分别为41.031%、82.036%、39.467%)。功能预测结果显示,苹果砧木T337内生细菌群落功能与植物组织部位发挥的功能一致,可为进一步挖掘与植物营养生长相关微生物提供参考。

关键词：苹果砧木T337 高通量测序内生微生物功能预测 α-多样性分析

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拟南芥转录因子IDD4不同突变体对灰葡萄孢菌的抗性分析

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植物保护学报 2024年第1期51卷 261-268页

作者：李林倩张豪徐晓东于德嘉张国斌鲁旭蓉陈健鑫王云月杨红玉云南农业大学植物保护学院生物多样性与病害控制教育部重点实验室昆明650201 昆明学院农学与生命科学学院昆明650214 西双版纳职业技术学院生命科学学院云南景洪666100 西南林业大学生物多样性保护学院云南省高校森林灾害预警控制重点实验室昆明650224

为明确IDD家族IDD4基因在拟南芥Arabidopsis thaliana抵抗灰葡萄孢菌Botrytis cinerea侵染过程中的作用,通过统计病情指数检测拟南芥野生型(wild type,WT)植株、过表达植株IDD4-OE和缺失突变体idd4植株感染灰葡萄孢菌情况,利用组织染色... 详细信息

为明确IDD家族IDD4基因在拟南芥Arabidopsis thaliana抵抗灰葡萄孢菌Botrytis cinerea侵染过程中的作用,通过统计病情指数检测拟南芥野生型(wild type,WT)植株、过表达植株IDD4-OE和缺失突变体idd4植株感染灰葡萄孢菌情况,利用组织染色检测叶片细胞死亡和H2O2的积累情况,采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative-PT-PCR,q RT-PCR)技术分析灰葡萄孢菌肌动蛋白基因***在3种植株叶片中的表达情况,并施加0.1 mmol/L外源水杨酸(salicylic acid,SA)后测定IDD4-OE植株的病情指数。结果显示,不同株系对灰葡萄孢菌的抗性由高到低依次为idd4>WT>IDD4-OE,IDD4-OE植株中病原菌感染部位的寄主细胞死亡程度比idd4植株严重。染色结果表明,病原菌侵染拟南芥后4 h,接种部位已有H2O2积累。qRT-PCR反应结果显示,***在IDD4-OE中比在idd4植株中的表达水平更高,表明灰葡萄孢菌在IDD4-OE植株中的繁殖速率更快。对IDD4-OE植株外源施加SA后,其病情指数、***表达量与WT植株间均无显著差异,说明SA能将感病植株的抗性提高至WT植株的水平,表明IDD4作为负调控因子参与了拟南芥对灰葡萄孢菌的抗性调控,SA在其中发挥着重要作用。

关键词： IDD4转录因子灰葡萄孢菌水杨酸抗性鉴定拟南芥

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油茶IDD基因家族鉴定与生物信息学分析

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热带作物学报 2024年第2期45卷 247-258页

作者：陈健鑫吴峰婧琳魏玉倩杨娅琳马焕成杨红玉伍建榕西南林业大学生物多样性保护学院/云南省高校森林灾害预警控制重点实验室云南昆明650224 西南林业大学林学院/西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室云南昆明650224 昆明学院农学与生命科学学院云南昆明650214

油茶(Camellia oleifera)是山茶科(Theaceae)的一种特有的油料植物,具有重要的观赏价值和经济价值,随着油茶的集约化种植,病虫害大量发生,加之良种选育滞后,严重制约着油茶产业的发展。INDETERMINATE DOMAIN(IDD)家族是高等植物中一类... 详细信息

油茶(Camellia oleifera)是山茶科(Theaceae)的一种特有的油料植物,具有重要的观赏价值和经济价值,随着油茶的集约化种植,病虫害大量发生,加之良种选育滞后,严重制约着油茶产业的发展。INDETERMINATE DOMAIN(IDD)家族是高等植物中一类保守的转录因子,通过介导植物内源激素进而调控植物的基础免疫反应。为鉴定油茶中IDD基因家族成员,本研究以油茶全基因组信息为参考,通过IDD基因家族保守结构域鉴定了29个油茶CoIDD基因家族成员,进一步明确了各基因的结构、理化性质、系统进化关系、亚细胞定位。通过RT-PCR克隆到1个与AtIDD4/5/6同源的CoIDD4基因,明确了其理化性质、表达模式及核定位信号,同时分析了其启动区顺式作用元件的类型。研究结果表明,29个CoIDD基因家族成员分为4个亚组,平均亲水系数均小于0,属于亲水性蛋白,且亚细胞定位均位于细胞核内;克隆到CoIDD4基因的全长ORF框包含1620bp碱基,编码539个氨基酸,主要在叶片和花器官中表达;该基因启动子区顺式作用元件主要是参与光响应和植物激素响应元件两大种类。综上所述,本研究在油茶中鉴定了29个IDD基因家族成员,其中CoIDD4基因与AtIDD4/5/6亲缘关系较近,推测其可能参与油茶激素信号转导和基础免疫反应调节等进程,为油茶IDD转录因子功能解析提供理论基础,也为油茶的抗性优良品种选育及分子育种提供参考依据。

关键词：油茶 IDD基因家族生物信息学分析植物激素抗性调控

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拟南芥对暹罗炭疽菌侵染的抗性响应机制

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植物病理学报 2023年第5期53卷 890-904页

作者：陈健鑫魏玉倩于德嘉李林倩徐晓东马焕成杨红玉伍建榕云南省高校森林灾害预警控制重点实验室西南林业大学生物多样性保护学院昆明650224 西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室西南林业大学林学院昆明650224 昆明学院农学与生命科学学院昆明650214

由暹罗炭疽菌(Colletotrichum siamense)引起的油茶炭疽病严重限制着云南省油茶产业的发展。为分析植物响应暹罗炭疽菌的侵染过程,本研究建立了暹罗炭疽菌--拟南芥的互作体系,并在接种3 d、5 d和7 d后进行转录组测序,筛选到差异表达基因... 详细信息

由暹罗炭疽菌(Colletotrichum siamense)引起的油茶炭疽病严重限制着云南省油茶产业的发展。为分析植物响应暹罗炭疽菌的侵染过程,本研究建立了暹罗炭疽菌--拟南芥的互作体系,并在接种3 d、5 d和7 d后进行转录组测序,筛选到差异表达基因是9 644个、11 583个和12 050个。差异表达基因分析及荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示,与茉莉酸/乙烯信号通路相关基因大部分呈上调表达,与水杨酸通路相关基因部分上调表达,与纤维素合成酶相关的基因则主要呈下调表达,与拟南芥激素信号转导途径及抗性反应相关的转录因子家族也被诱导表达。差异表达基因的KEGG功能注释结果表明,上调表达基因主要被注释到能量代谢、信号转导和环境适应3个主要通路中,下调表达的基因主要被注释到碳水化合物代谢、脂质代谢和翻译3个主要通路中。KEGG功能富集结果表明,上调表达的基因主要富集到植物--病原物互作、氧化磷酸化和MAPK信号通路中,下调表达的基因主要富集到角质、苏木和蜡的生物合成、DNA复制和戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化的通路中。本研究通过转录组测序分析了拟南芥应对暹罗炭疽菌侵染的响应机制,结果表明拟南芥受到暹罗炭疽菌侵染后,主要通过调控茉莉酸/乙烯信号以及水杨酸信号转导通路,激活下游抗病基因以抵抗病原菌的侵染,为后续抗性育种及炭疽病的绿色防控提供了理论依据。

关键词：暹罗炭疽菌拟南芥转录组抗性响应

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拟南芥npr1-2与pad4-1基因在抗灰葡萄孢菌过程的功能分析

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分子植物育种 2023年

作者：徐晓东张照利张豪李林倩陈健鑫于德嘉张国斌杨红玉昆明学院农学与生命科学学院西南林业大学生物多样性保护学院云南省高校森林灾害预警控制重点实验室云南农业大学植物保护学院

拟南芥PAD4、NPR1基因在水杨酸(SA)合成与转导中发挥重要作用。PAD4的表达降低导致SA的积累减少，NPR1表达降低表现出对SA信号的敏感性降低。为研究拟南芥水杨酸途径突变体npr1-2、pad4-1对灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)的抗性，本研究... 详细信息

拟南芥PAD4、NPR1基因在水杨酸(SA)合成与转导中发挥重要作用。PAD4的表达降低导致SA的积累减少，NPR1表达降低表现出对SA信号的敏感性降低。为研究拟南芥水杨酸途径突变体npr1-2、pad4-1对灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)的抗性，本研究以这两个突变体为材料，在叶片上接种灰葡萄孢菌。接种后1～7 d，测量病斑大小，计算病情指数。在接种后2和3 d用RT-qPCR测定B. cinerea编码肌动蛋白的ACTIN (Bc ACTIN)的表达量。结果表明，从第二天起突变体植株的病情指数显著高于野生型植株；通过RT-qPCR测定npr1-2、pad4-1植株的BcACTIN表达量发现明显高于野生型植株。表明以水杨酸介导的信号转导参与了拟南芥对灰葡萄孢菌的抗性，NPR1、PAD4为重要的转导节点。

关键词： npr1-2 pad4-1 SA 灰葡萄孢菌抗病性

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AtIDD6过表达植株的构建及其表型

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云南农业大学学报(自然科学版) 2025年第2期40卷 17-23页

作者：李林倩徐晓东陈健鑫于德嘉张国斌杨红玉王云月云南农业大学植物保护学院生物多样性与病害控制教育部重点实验室云南昆明650201 昆明学院农学与生命科学学院云南昆明650214 西双版纳职业技术学院生命科学学院云南景洪666100 西南林业大学生物多样性保护学院云南省高校森林灾害预警控制重点实验室云南昆明650224

【目的】探究AtIDD6在拟南芥生长发育中的功能。【方法】将AtIDD6编码序列与花椰菜花叶病毒35S启动子融合构建35S::AtIDD6载体,通过农杆菌花序浸染法将其转化至野生型拟南芥中。经抗潮霉素筛选和PCR鉴定,获得T3代纯合转基因植株。采用RT... 详细信息

【目的】探究AtIDD6在拟南芥生长发育中的功能。【方法】将AtIDD6编码序列与花椰菜花叶病毒35S启动子融合构建35S::AtIDD6载体,通过农杆菌花序浸染法将其转化至野生型拟南芥中。经抗潮霉素筛选和PCR鉴定,获得T3代纯合转基因植株。采用RT-PCR法检测AtIDD6表达量。【结果】T3代转基因拟南芥中AtIDD6的表达水平显著高于野生型。AtIDD6过表达植株的叶片较小,发育迟缓,幼苗根生长明显减慢,表明AtIDD6以负调控的方式参与植物生长。【结论】研究结果可为后续探究AtIDD6在植物生长发育中的功能及其机制奠定基础。

关键词： AtIDD6 过表达植物构建拟南芥

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AtIDD5基因过表达植株构建及其表型分析

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分子植物育种 2022年

作者：徐晓东李林倩于德嘉董萍萍陈健鑫郑洪健张国斌杨红玉昆明学院农学与生命科学学院云南农业大学植物保护学院西南林业大学生物多样性保护学院云南省高校森林灾害预警控制重点实验室

植物的生长与发育与糖的信号或合成有密切关系，拟南芥IDD5 （Indeterminate Domain 5）基因编码一个C2H2型锌指类的转录因子。本研究构建了由35S驱动的AtIDD5超表达植株AtIDD5-OE，并发现超表达T3代稳定植株中AtIDD5表达水平显著升高... 详细信息

植物的生长与发育与糖的信号或合成有密切关系，拟南芥IDD5 （Indeterminate Domain 5）基因编码一个C2H2型锌指类的转录因子。本研究构建了由35S驱动的AtIDD5超表达植株AtIDD5-OE，并发现超表达T3代稳定植株中AtIDD5表达水平显著升高；表型分析显示超表达植株的幼苗根生长明显减慢，整个植株生长发育迟缓。与对淀粉粒的发育进行正调控相反，暗示AtIDD5对植物的生长过程产生反馈调节作用，本研究为后期研究AtIDD5基因在植物生长发育中的功能提供线索。

关键词： AtIDD5 超表达植物构建拟南芥

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短毛切梢小蠹肠道细菌群落结构与多样性

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中国森林病虫 2023年第2期42卷 1-8页

作者：崔雅洁赵宁李宗波杨斌西南林业大学生物多样性保护学院云南省高校森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224 西南林业大学生命科学学院云南昆明650224

为明确短毛切梢小蠹Tomicus brevipilosus肠道细菌群落结构及其多样性,采用宏基因组测序技术对短毛切梢小蠹肠道和残体的细菌DNA测序,分析细菌群落的组成、丰度及多样性。结果发现:共鉴定出23门53纲119目188科221属458种;变形菌门Proteo... 详细信息

为明确短毛切梢小蠹Tomicus brevipilosus肠道细菌群落结构及其多样性,采用宏基因组测序技术对短毛切梢小蠹肠道和残体的细菌DNA测序,分析细菌群落的组成、丰度及多样性。结果发现:共鉴定出23门53纲119目188科221属458种;变形菌门Proteobacteria、放线菌门Actinobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes为肠道和残体菌群的优势门,平均相对丰度分别为64.14%和61.21%、26.58%和24.78%、8.79%和12.08%;分枝菌酸杆菌属Mycolicibacterium、中慢生根瘤菌属Mesorhizobium、叶杆菌属Phyllobacterium、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium为肠道和残体菌群优势属,平均相对丰度分别为17.60%和16.67%、 13.89%和10.01%、 10.27%和5.82%、10.90%和18.89%;肠道和残体的细菌群落组成和多样性有明显不同。这些结果将为深入探究短毛切梢小蠹的肠道菌群功能及其灾变机制提供新的视野和理论依据。

关键词：短毛切梢小蠹消化道细菌群落多样性宏基因组技术

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拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息学分析

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西南农业学报 2023年第11期36卷 2319-2328页

作者：徐晓东张国斌李林倩陈健鑫于德嘉董萍萍殷伊君郭丽红杨红玉昆明学院农学与生命科学学院昆明650214 云南农业大学植物保护学院昆明650201 西南林业大学生物多样性保护学院/云南省高校森林灾害预警控制重点实验室昆明650224 曲靖师范学院生物资源与食品工程学院云南曲靖655011

【目的】研究拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息,分析其理化性质、组织表达模式、亚细胞定位、蛋白互作网络和启动子顺式作用元件,预测AtIDD5同源蛋白、参与响应元件以及AtIDD5调控与被调控基因,为进一步研究AtIDD5蛋白... 详细信息

【目的】研究拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息,分析其理化性质、组织表达模式、亚细胞定位、蛋白互作网络和启动子顺式作用元件,预测AtIDD5同源蛋白、参与响应元件以及AtIDD5调控与被调控基因,为进一步研究AtIDD5蛋白在植株生长发育中的作用机制提供线索。【方法】利用Uniprot、TMHMM2.0、MEGA7.0、STRING等软件对AtIDD5蛋白进行理性化性质推断、AtIDD5基因在植物组织中的表达模式预测、AtIDD5蛋白进行亚细胞定位分析、蛋白互相作用网络构建以及AtIDD5基因启动子顺式作用元件分析。【结果】AtIDD5基因的编码区(Coding sequence,CDS)全长1809 bp,编码602个氨基酸,其中丝氨酸占比最高,为17.5%。根据所含元素的数量推算其分子式为C1475 H2273 N469 O528 S12,不稳定指数为56.63,属于不稳定蛋白。AtIDD5蛋白含有4个锌指结构,属于典型的C2H2型转录因子。构建AtIDD5同源蛋白序列系统发育树,其中氨基酸序列相似度大于60%的其他物种有6个,分别是亚麻芥(Camelina sativa)、盐芥(Eutrema salsugineum)、白芥(Sinapis alba)、油菜(Brassica na⁃pus)、萝卜(Raphanus sativus)、芝麻菜(Eruca vesicaria subsp)。基因表达模式预测AtIDD5基因在茎、叶、花、角果、花中均有表达,在叶片中的表达量最高;亚细胞定位预测AtIDD5蛋白位于细胞核与叶绿体中。蛋白互作网络预测了与AtIDD5互作的蛋白有20个,直接结合的有10个。AtIDD5蛋白通过与多种蛋白的互作广泛参与了植物生长发育基因表达的调控过程。AtIDD5基因启动子包含有大量的核心顺式元件、光响应元件和激素响应元件。【结论】推测AtIDD5基因本身的表达受到光和激素等因子的调控;预测AtIDD5基因在植株生长发育、激素调节和逆境胁迫中发挥着重要作用。

关键词： AtIDD5 生物信息学亚细胞定位表达模式互作蛋白启动子分析

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云南楚雄恐龙河保护区绿孔雀春季栖息地选择和空间分布

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南京林业大学学报(自然科学版) 2016年第3期40卷 87-93页

作者：李旭刘钊周伟白冰西南林业大学保护生物学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南林业职业技术学院

为探索绿孔雀的空间分布模式及其成因,笔者以云南省楚雄州恐龙河自然保护区磨家湾绿孔雀(Pavo muticus)为对象,设置觅食地与对照样地各36个,夜宿地与对照样地各16个,每个样地均观测了相同的21个环境因子,对比分析了各种环境特征之间的差... 详细信息

为探索绿孔雀的空间分布模式及其成因,笔者以云南省楚雄州恐龙河自然保护区磨家湾绿孔雀(Pavo muticus)为对象,设置觅食地与对照样地各36个,夜宿地与对照样地各16个,每个样地均观测了相同的21个环境因子,对比分析了各种环境特征之间的差异,及其对绿孔雀栖息地选择的综合影响。结果表明:食物和隐蔽条件是影响绿孔雀觅食地选择的要素,与对照样地相比,绿孔雀偏好选择沿山谷分布坡度较缓的向阳坡面,且常接近水源和小路的区域觅食,该区域乔木高大、郁闭度高、树种和藤本较多;乔木盖度和胸径是影响绿孔雀夜宿地选择的主要因子,绿孔雀偏好选择乔木郁闭、高大的林型作为夜宿地。DCCA分析结果表明,绿孔雀的栖息地选择与环境因子之间具有多维相互作用关系,觅食地和夜宿地在环境特征上存在分化,在觅食地和夜宿地之间呈现垂直迁徙的日活动规律。绿孔雀在纬度-海拔方向上的空间分布趋势较为集中,表现为聚集分布在隐蔽条件好且食物和水源丰富的区域。

关键词：绿孔雀栖息地选择空间分布云南楚雄恐龙河保护区

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