检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2023年

作者：樊倩倩刘金萍李嘉其乔振升何承忠纵丹西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室

为研究心叶青藤(Illigera cordata Dunn)的系统发育关系，本研究以心叶青藤叶片为材料，利用Illumina测序平台对心叶青藤进行测序和组装，并对其大小、结构、基因组成、简单重复序列(SSR)、密码子偏好性以及系统发育进行分析，显示心叶... 详细信息

为研究心叶青藤(Illigera cordata Dunn)的系统发育关系，本研究以心叶青藤叶片为材料，利用Illumina测序平台对心叶青藤进行测序和组装，并对其大小、结构、基因组成、简单重复序列(SSR)、密码子偏好性以及系统发育进行分析，显示心叶青藤叶绿体基因组长度为156 453 bp，包括大单拷贝区(LSC， 85 326 bp)，小单拷贝区(SSC， 18 775 bp)和一对反向重复区(IRA和IRB， 26 176 bp)，总GC含量为39.2%。心叶青藤叶绿体基因组共编码132个基因，包含87个蛋白编码基因(PCGs)、37个tRNA基因和8个rRNA基因，其中22个基因有内含子。心叶青藤叶绿体基因组序列鉴定出53个SSR位点，包括38个单核苷酸重复位点，3个二核苷酸重复位点，2个三核苷酸重复位点，1个五核苷酸重复位点和9个复合核苷酸重复位点。有效密码子数(ENC)为51.15，密码子适应性指数(CAI)为0.167，GC3s含量为29.2%，密码子偏好性较弱，且偏好使用以A/U结尾的密码子。系统发育分析表明，心叶青藤与宽药青藤(Illigera celebiea)亲缘关系较近。该研究为后续青藤属系统发育研究和物种鉴定提供一定的理论基础。

关键词：心叶青藤叶绿体基因组 SSR位点密码子偏好性系统发育特征

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

滇杨HD-ZIP转录因子基因家族鉴定与分析

引用

分子植物育种 2023年

作者：杨婷婷马少杰郭天骕甘沛华纵丹何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室

HD-ZIP转录因子在植物生长发育和胁迫响应等方面起着重要作用，为了解析HD-ZIP转录因子在滇杨(Populus yunnanensis)生根过程中的生物学功能，本研究基于滇杨基因组数据，通过生物信息学方法筛选得到HD-ZIP基因家族成员，并分析其理化... 详细信息

HD-ZIP转录因子在植物生长发育和胁迫响应等方面起着重要作用，为了解析HD-ZIP转录因子在滇杨(Populus yunnanensis)生根过程中的生物学功能，本研究基于滇杨基因组数据，通过生物信息学方法筛选得到HD-ZIP基因家族成员，并分析其理化性质、基因结构、亚细胞定位预测、系统发育分析、染色体定位、基因结构域和启动子顺式作用元件。结果表明，HD-ZIP基因家族由54个成员组成，分为4个亚族，其编码蛋白质氨基酸数量在196～844 aa，蛋白分子量范围为23.02～92.97 kD，理论等电点范围为4.64～9.28，亚细胞定位表明家族成员主要分布在细胞核。Ⅰ型和Ⅱ型的成员具有较少的保守基序和更简单的基因结构，而其他成员结构较为复杂。54个家族成员不均匀地分布在17条染色体上。基于大青杨生根相关基因，对PuHox52进行同源基因比对及其表达分析，发现PyHOX45基因负调控滇杨生根。本研究为杨属树种分子遗传改良及育种提供参考。

关键词：滇杨 HD-ZIP基因家族生物信息学表达分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

低温胁迫下四倍体黄肉中华猕猴桃转录组分析

引用

植物遗传资源学报 2023年第1期24卷 296-306页

作者：杜朝金李贻沛尹拓杨娜杨秀瑶张梦洁韩沛辰奚登贤刘小珍张汉尧西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业与草原局重点实验室/云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224

Hort16A黄肉猕猴桃是中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch.)的一个品种,其营养价值高,受到了广大消费者们的青睐,但该品种抗冻性不强,抗溃疡病、枝腐病能力差等原因严重影响了其推广种植。此外黄肉猕猴桃低温胁迫响应机制目前尚不清... 详细信息

Hort16A黄肉猕猴桃是中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch.)的一个品种,其营养价值高,受到了广大消费者们的青睐,但该品种抗冻性不强,抗溃疡病、枝腐病能力差等原因严重影响了其推广种植。此外黄肉猕猴桃低温胁迫响应机制目前尚不清楚。本研究通过对低温胁迫的黄肉猕猴桃进行转录组分析,为了解其相关机制以及后续进行抗寒研究提供理论参考。以前期筛选出的抗寒四倍体植株作为材料,将低温(0℃)处理5 h的作为试验组和常温处理的作为对照组,取样利用Illumina NovaSeq 6000平台进行转录组测序。比较试验组和对照组的转录组数据共发现1630个基因表达差异达到显著水平,其中619个上调表达,1011个下调表达。GO富集分析表明1013个差异表达基因被富集到分子功能、细胞组分和生物过程三大功能中;KEGG富集分析表明410个差异基因被富集到植物激素信号转导、MAPK植物信号通路、淀粉和蔗糖代谢等89个代谢通路中。初步推定PYL、PSR、TPS、GH3、SAUR、PP2C等9个基因与黄肉猕猴桃抗寒响应有关。本研究结果可为进一步研究四倍体黄肉猕猴桃低温胁迫响应机制提供理论参考。

关键词： Hort16A黄肉猕猴桃四倍体转录组抗寒基因

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

中华猕猴桃DLD2基因的生物信息学分析

引用

分子植物育种 2023年第19期21卷 6308-6314页

作者：邓茹友杨彦萍张先昂杨文俊张汉尧西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室昆明650224

二氢硫辛酰胺脱氢酶(DLD2)是一种广泛存在于各种生物而且在能量代谢中起到重要作用的氧化还原酶,植物体内抗氧化酶在清除活性氧的过程中发挥重要作用,通过调控中华猕猴桃酶活性水平从而提高抗旱性。为了探究DLD2基因在中华猕猴桃这种不... 详细信息

二氢硫辛酰胺脱氢酶(DLD2)是一种广泛存在于各种生物而且在能量代谢中起到重要作用的氧化还原酶,植物体内抗氧化酶在清除活性氧的过程中发挥重要作用,通过调控中华猕猴桃酶活性水平从而提高抗旱性。为了探究DLD2基因在中华猕猴桃这种不耐旱树种的功能,本研究使用同源物种分析法对中华猕猴桃转录组中的二氢硫辛酰胺脱氢酶(DLD2)基因序列进行分析,利用网上在线分析工具分析其编码蛋白质的结构并预测其功能。研究结果表明,该核苷酸序列的开放阅读框为1605bp,可编码534个氨基酸,丙氨酸所占比例为9.9%、甘氨酸所占比例为9.4%以及脯氨酸所占含量为3.9%;在亲疏水性分析中得出该基因编码的蛋白是一个亲水性蛋白;跨膜结构分析中也得出该蛋白全部位于细胞膜外部,不含有跨膜结构;蛋白质motif搜索中,也得出含有氧化还原酶位点,使得该基因中酶的活性大大提高;结构域中存在Pyr_redox结构域,它属于吡啶核苷酸二硫键氧化还原酶,初步推测对中华猕猴桃能起到氧化代谢作用。该研究结果可为后续的基因功能确证以及中华猕猴桃品种改良提供了依据。

关键词：中华猕猴桃 DLD2 抗旱生物信息学方法

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

蒲桃属叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

引用

西南农业学报 2023年第9期36卷 1869-1880页

作者：杨秀瑶张梦洁尹拓韩沛辰杜朝金张汉尧西南林业大学/西南地区生物多样性保育国家林业与草原局重点实验室昆明650224 西南林业大学/云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224

【目的】通过对蒲桃属叶绿体基因组的特征、密码子使用模式以及系统发育分析,探讨蒲桃属系统发育关系及密码子偏好性的形成因素,促进其药用价值进一步开发利用。【方法】本研究以Illumina高通量测序技术获得的红枝蒲桃叶绿体基因组序列... 详细信息

【目的】通过对蒲桃属叶绿体基因组的特征、密码子使用模式以及系统发育分析,探讨蒲桃属系统发育关系及密码子偏好性的形成因素,促进其药用价值进一步开发利用。【方法】本研究以Illumina高通量测序技术获得的红枝蒲桃叶绿体基因组序列和从NCBI直接获取的蒲桃属5个种的叶绿体基因组为研究对象,利用Rstudio及其他软件分析蒲桃属6个物种叶绿体基因组特征、密码子使用模式和系统发育关系。【结果】蒲桃属叶绿体基因组IR区相对保守,LSC区和SSC区非编码区变异较大,编码区较为保守,但6个物种编码区的ycf1基因表现出明显的变异性;蒲桃属物种大多与桉属聚在同一大支;密码子偏好性分析表明,GC、GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)含量均稳定在一个值附近,GC3含量最低仅达28%左右,且RSCU>1的30个高频密码子中有29个以A/U结尾;GC_(3)与GC_(12)的相关系数最大为0.141,未达到显著水平;ENC比值多分布在0.05~0.15。【结论】蒲桃属叶绿体基因组高度保守,与桉属(Eucalyptus)亲缘关系较近。第三位密码子偏好使用A/U结尾,密码子使用模式在受到突变影响的同时,主要受到自然选择的影响。CGU、AGU、AAA、GCU、GGU、GUA、GAA等蒲桃属6个物种的共同最优密码子为蒲桃属叶绿体基因组的最优密码子。

关键词：蒲桃属叶绿体基因组密码子偏好性系统发育分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

峨眉含笑叶绿体基因组密码子的使用模式分析

引用

西南林业大学学报（自然科学） 2023年第4期43卷 89-99页

作者：朱令王素杰杨娜蔡涵冰尹拓韩沛辰张汉尧西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650233 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650233

为分析峨眉含笑叶绿体基因组密码子的使用偏性,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,首先从NCBI数据库中下载峨眉含笑叶绿体基因组完整序列,用于CDS序列筛选,然后利用CodonW 1.4.2和EMBOSS在线软件对峨眉含笑密码子的组成成分进行分析,... 详细信息

为分析峨眉含笑叶绿体基因组密码子的使用偏性,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,首先从NCBI数据库中下载峨眉含笑叶绿体基因组完整序列,用于CDS序列筛选,然后利用CodonW 1.4.2和EMBOSS在线软件对峨眉含笑密码子的组成成分进行分析,从而得到GC含量、ENC、RSCU等参数,最后做中性、ENC和PR2绘图分析,研究导致密码子偏倚形成的主要原因,以期取得最优密码子。结果表明:峨眉含笑叶绿体基因组CDS序列的密码子在第三位上GC含量较低,平均值为31.26%。ENC为36.36~57.89,表明密码子的偏性较弱,ENC与GC2和GC3均呈极显著相关。有32个密码子的RSCU> 1,其中以G/C结尾的有3个,A/U结尾的有29个。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析显示:由于选择压力的存在,使峨眉含笑叶绿体基因组密码子在一定程度上表现出偏好性使用。对应性分析显示:编码核糖体蛋白的基因位点分布比较零散,说明该类基因密码子的使用模式相差较大,在峨眉含笑叶绿体基因组中的表达率较高。该研究明确了峨眉含笑叶绿体基因组密码子使用偏性主要受选择压力的影响,并最终从峨眉含笑叶绿体基因组中筛选出UUU、CUU和UCU等14个最优密码子,且均以碱基A和U结尾。

关键词：峨眉含笑叶绿体基因组偏性最优密码子

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析

引用

广西植物 2023年第10期43卷 1849-1860页

作者：张梦洁杨秀瑶尹拓韩沛辰杜朝金张汉尧西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业与草原局重点实验室昆明650224 西南林业大学林学院云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224

轮叶蒲桃(Syzygium grijsii)系桃金娘科(Myrtaceae)蒲桃属(Syzygium)常绿灌木,其开发前景较好,但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺,该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。... 详细信息

轮叶蒲桃(Syzygium grijsii)系桃金娘科(Myrtaceae)蒲桃属(Syzygium)常绿灌木,其开发前景较好,但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺,该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。运用Illumina高通量测序,并在GetOrganelle平台进行完整组装,同时利用组装好的数据分析轮叶蒲桃叶绿体基因组的结构特征和系统发育关系,其中包括轮叶蒲桃叶绿体基因组结构、功能及特征、密码子偏好性分析、叶绿体基因组的比较分析和系统发育的分析。结果表明:(1)轮叶蒲桃叶绿体基因组大小为158591 bp,包含129个基因。其中,rRNA基因8个,tRNA基因37个,蛋白编码基因84个。分析检测到39个重复序列和84个SSR位点。(2)密码子偏好性分析发现轮叶蒲桃叶绿体基因组中末端存在对A/U的偏性,使用最多的是编码亮氨酸的密码子。(3)与近缘种比较,轮叶蒲桃的边界长度保守,边界处的基因种类与多个蒲桃属物种相似;轮叶蒲桃叶绿体基因组在LSC和SSC区变异度较大,有45处0.010

多样性水平高。(4)系统发育分析表明,轮叶蒲桃与蒲桃(***)、滇边蒲桃(***)和乌墨(***)亲缘关系最近,其次是马六甲蒲桃(***)。因此,该文结果表明轮叶蒲桃的叶绿体基因组结构保守,特征明显,与同属物种相比,其序列具有相似性,核苷酸具有多样性,并且其与多种桃金娘科物种之间存在亲缘关系。该文对轮叶蒲桃叶绿体基因组进行基因组特征和系统发育分析,为轮叶蒲桃的种质资源鉴定和开发利用奠定理论基础。

关键词：轮叶蒲桃叶绿体基因组系统发育关系基因组特征比较分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

不同干形云南松的木材解剖特征及其化学成分分析

引用

云南农业大学学报（自然科学版） 2023年第2期38卷 262-271页

作者：刘子腾朱梅彩陈松阳纵丹杨晓瑞邱坚何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650224 西南林业大学材料与化学工程学院云南昆明650233 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224

【目的】探究直干和扭曲干云南松的木材解剖特征及其化学成分差异,为后续从分子水平解析云南松干形变异机制奠定基础。【方法】以直干和扭曲干云南松树干木质部为材料,利用生物显微镜和荧光显微镜对其解剖结构进行观察和研究,利用比色... 详细信息

【目的】探究直干和扭曲干云南松的木材解剖特征及其化学成分差异,为后续从分子水平解析云南松干形变异机制奠定基础。【方法】以直干和扭曲干云南松树干木质部为材料,利用生物显微镜和荧光显微镜对其解剖结构进行观察和研究,利用比色法结合傅里叶红外光谱对其主要化学成分进行分析。【结果】扭曲干云南松木材属于应压木,其应压木(twisted compression wood,TCW)细胞在横切面上具有缺口、内卷、变圆、细胞间隙增多且变大的特征,在径切面上具有螺纹裂隙管腔,在弦切面上创伤树脂道明显增多;扭曲干云南松对应木(twisted opposite wood,TOW)和直干云南松木质部(S)的解剖特征无明显差别。与TOW和S相比,TCW的管胞长度变短,宽度变窄,腔径变小,早材细胞壁增厚,木质素含量显著增加,纤维素含量显著降低,且木质素在次生壁S2层外层和细胞角隅积累,而TOW和S的木质素均匀分布在细胞角隅和胞间层。【结论】直干和扭曲干云南松的木材解剖特征有明显差异,且两者的纤维素、半纤维素和木质素的含量与分布也有显著差异。

关键词：云南松直干扭曲干应压木解剖结构化学成分

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析

引用

云南农业大学学报（自然科学版） 2022年第2期37卷 285-293页

作者：吴治洋纵丹甘沛华刘子腾朱梅彩何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224

【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变... 详细信息

【目的】研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点。【方法】分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析。【结果】样本间共获得772240个变异,其中SNP变异762699个,InDel变异9541个。在SNP变异中,颠换(38.28%)类型小于转换(61.72%)类型;而InDel变异中,缺失型变异与插入型变异数量大致相等。遗传差异分析结果显示:直干形云南松胚乳组(ES)、直干形云南松针叶组(NS)、扭干形云南松胚乳组(ET)和扭干形云南松针叶组(NT)中SNP位点的多态性信息含量(PIC)、基因多样性指数(N;)以及Shannon信息指数(Ⅰ)分别在0.1633~0.1837、0.2345~0.2625和0.3043~0.3448之间,云南松分析样本具有较低的遗传差异水平。直干形和扭干形云南松之间具有中度的遗传分化(F;=0.1071,F;=0.1437)和较高水平的基因流(N;=2.0839,N;=1.4893)。位于27条序列上的39个SNP位点能够很好地区分不同干形云南松。SNP注释结果表明:多向耐药性蛋白(PDR3)、乙烯响应转录因子(ERF017和RAP2)及MYB相关蛋白340(MYB340)等可能在云南松直干形和扭干形的发育中发挥着调控作用。【结论】云南松干形扭曲变异主要受遗传因素调控,但环境因素的协同作用增强了该特征的显著性。

关键词：云南松干形变异遗传基础简化基因组测序双酶切基因分型单核苷酸多态性

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

光质对滇杨叶片结构及光能利用特性的影响

引用

云南农业大学学报（自然科学版） 2022年第5期37卷 862-872页

作者：王静敏杨青青胡治旭李嘉其纵丹何承忠西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室云南昆明650224

【目的】研究滇杨叶片光谱参数、叶片组织结构以及光合CO_(2)响应曲线对光质的响应,为深入揭示滇杨对高海拔分布区的适应性提供研究基础,也为不同光强条件下滇杨设施育苗的棚膜选择提供理论依据。【方法】设置蓝色、绿色和白色3种颜色... 详细信息

【目的】研究滇杨叶片光谱参数、叶片组织结构以及光合CO_(2)响应曲线对光质的响应,为深入揭示滇杨对高海拔分布区的适应性提供研究基础,也为不同光强条件下滇杨设施育苗的棚膜选择提供理论依据。【方法】设置蓝色、绿色和白色3种颜色的薄膜处理,观测分析透过薄膜的光质以及不同光质下滇杨当年生扦插苗叶片的光谱参数、叶片组织结构参数、光合—光响应(P_(n)-PAR)与光合—CO_(2)响应(P_(n)-CO_(2))的差异。【结果】在不同颜色薄膜处理下,叶片的光谱特征参数与叶片厚度、海绵组织厚度和维管束厚度显著负相关,与上、下表皮厚度、组织结构紧实度和栅海比显著正相关。滇杨在蓝色薄膜和绿色薄膜处理下对高CO_(2)浓度环境的适应能力均较强。蓝色薄膜可促进滇杨对强光的利用能力,增加叶片的栅栏组织厚度、组织结构紧实度和栅海比,更有利于叶片气孔开放进行气体交换;绿色薄膜可促进滇杨对弱光的利用能力,表现出更高的潜在光合作用能力。【结论】蓝膜处理可显著提高滇杨扦插苗对强光的适应能力,绿膜处理可显著提高滇杨扦插苗对弱光的适应能力。

关键词：光质滇杨叶片光谱组织结构光能利用效率

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：