为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:(1)杜梨叶绿体基因组密码子不...
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为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:(1)杜梨叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为:GC(148.45%)>GC2(40.76%)>GC(328.66%),说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾;(2)有效密码子数(ENC)取值范围是33.13~52.73,表明密码子偏性较弱;(3)相对同义密码子(RSCU)分析表明,其值>1的密码子有30个,其中以A、U结尾的有29个;(4)GC3和GC12无显著相关,相关系数和回归系数分别为-0.1434和0.2072;ENC-plot中大部分基因分布于曲线周围和下方,ENC比值分布在-0.05~0.05区间的有14个,说明密码子偏性主要受选择的影响;PR2-plot分析中,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C,说明密码子偏性受多重因素影响;(5)最终筛选出UUU、UAA、AUU等18个密码子为最优密码子,多以A或U结尾。综上所述,杜梨叶绿体基因组密码子的使用主要受选择影响,研究结果可为杜梨乃至梨属植物叶绿体基因组学的研究提供理论依据。
【目的】分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS...
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【目的】分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据。【方法】利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS)序列进行密码子相关参数、中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等分析,并通过构建高、低表达偏性基因库,以ENC值和RSCU值为参考标准,最终筛选最优密码子。【结果】51个基因密码子的平均GCall含量为38.48%,密码子不同位置GC含量为:GC_(1)(47.03%)>GC_(2)(39.93%)>GC_(3)(28.09%),说明第3位的GC并非均匀分布;ENC为34.93~56.50,平均为46.87。GC2与GC1呈极显著正相关(P<0.01),而GC_(3)与GC_(1)和GC_(2)无显著正相关(P>0.05);ENC与GCall、GC_(1)、GC_(3)和N均呈显著正相关(P<0.05,下同);密码子数(N)与GC_(3)和ENC呈显著正相关。RSCU>1的密码子共有30个,其中,以A或U结尾的密码子有29个。中性绘图分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)相关系数为0.0188,二者无显著相关性,回归系数为0.143。ENC-plot分析结果显示,大部分基因偏离了ENC预期标准曲线,少数分布在预期曲线附近;有7个密码子分布在GC3含量-0.05~0.15区间,其余区间共有44个密码子,而这44个基因离ENC标准曲线较远。PR2-plot分析结果显示,落在中线上的基因较少,平面图右下方的基因分布较多,表明在各碱基使用频率方面存在偏性,即T>A,G>C。各碱基使用频率存在偏性(T>A,G>C),说明基因组密码子的偏性更多受选择效应的影响。最终筛选出7个为最优密码子UUU、CUU、CCU、AAA、GAU、CGA和GGU。【结论】楸树叶绿体基因组密码子偏性较弱,偏好使用A或U结尾的密码子,主要受选择压力的影响,受突变等其他因素影响较小。
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