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河南师范大学学报（自然科学版） 2014年第6期42卷 108-114页

作者：韩长志西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

septin是一个广泛存在于除植物以外的真菌、线虫、果蝇等生物的基因家族,其功能主要涉及细胞分裂、细胞极化、细胞内物质运输、囊泡运输和胞膜重构、细胞周期的调控与凋亡等生物学过程。前期研究发现,禾谷炭疽菌中含有三个典型的septin... 详细信息

septin是一个广泛存在于除植物以外的真菌、线虫、果蝇等生物的基因家族,其功能主要涉及细胞分裂、细胞极化、细胞内物质运输、囊泡运输和胞膜重构、细胞周期的调控与凋亡等生物学过程。前期研究发现,禾谷炭疽菌中含有三个典型的septin,分别为GLRG_07643、GLRG_03149、GLRG_07232.基于此,本研究从理化性质、二级结构以及亚细胞定位等方面对septin进行生物信息学分析,以期为深入开展septin基因的定位、表达以及功能域等方面研究,同时,为进一步实现以控制病原菌细胞分裂功能新的药物靶标的开发提供有力的理论支撑.

关键词：禾谷炭疽菌 Septin 理化性质亚细胞定位二级结构

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希金斯炭疽菌RGS蛋白生物信息学分析

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生物技术 2014年第1期24卷 36-41页

作者：韩长志西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

目的:由希金斯炭疽菌侵染菜心、萝卜等十字花科蔬菜引起的炭疽病,不仅降低了蔬菜的产量,还影响着蔬菜的品质。RGS作为植物病原菌G蛋白信号转导过程中的重要调节因子,在众多生理生化过程中发挥着重要作用。对希金斯炭疽菌中典型RGS进行... 详细信息

目的:由希金斯炭疽菌侵染菜心、萝卜等十字花科蔬菜引起的炭疽病,不仅降低了蔬菜的产量,还影响着蔬菜的品质。RGS作为植物病原菌G蛋白信号转导过程中的重要调节因子,在众多生理生化过程中发挥着重要作用。对希金斯炭疽菌中典型RGS进行明确以及生物信息学分析,为深入开展该菌RGS功能研究打下坚实的理论基础。方法:基于酿酒酵母中4个典型RGS序列,利用Blastp以及关键词对希金斯炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,以及通过SMART保守结构域分析,获得典型的RGS,并对上述RGS进行二级结构、疏水性、信号肽以及亚细胞定位等生物信息学分析。结果:希金斯炭疽菌中的RGS在蛋白质二级结构中均含有较高比例的α螺旋结构,均不含有典型的信号肽序列,均为亲水性蛋白;其中3个定位在细胞核中,其他2个则分别定位于高尔基体、线粒体上。结论:希金斯炭疽菌中有5个典型的RGS,在二级结构特征、亲水性方面一致,但其亚细胞定位位置不同。

关键词：希金斯炭疽菌 G蛋白信号调控因子信号肽二级结构亚细胞定位生物信息学

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全基因组预测禾谷炭疽菌的分泌蛋白

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生物技术 2014年第2期24卷 36-41页

作者：韩长志西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

目的：禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病，给农业生产造成了巨大经济损失。分泌蛋白在植物病原菌对植物侵染、定殖、扩展等致病过程中，发挥着重要作用。对禾谷炭疽菌分泌蛋白进行预测，并对其特征进行明确。方法：利用Sig... 详细信息

目的：禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病，给农业生产造成了巨大经济损失。分泌蛋白在植物病原菌对植物侵染、定殖、扩展等致病过程中，发挥着重要作用。对禾谷炭疽菌分泌蛋白进行预测，并对其特征进行明确。方法：利用SignalP、ProtComp、TMHMM、big—PIFungalPredictor和TargetP预测程序对禾谷炭疽菌中120006条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻，同时，对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小、信号肽切割位点以及理化性质等进行分析。结果：禾谷炭疽菌含有分泌蛋白为630个，其氨基酸长度多集中于100～600aa之间；信号肽长度以17～20个aa的序列最为集中；信号肽切割位点属于A—X—A类型；分泌蛋白在分子量、等电点、稳定系数方面均存在差异，但大多数分泌蛋白属于亲水性蛋白。此外，上述分泌蛋白中，具有预测功能的蛋白为330个，其功能较多的集中于酶类，包括d一半乳糖苷酶、B一木聚糖酶、p一木糖苷酶等。结论：通过上述生物信息学分析方法有效地实现了禾谷炭疽菌分泌蛋白的预测，分泌蛋白的信号肽切割位点类型与已经报道的致病疫霉、粗糙脉孢霉等分泌蛋白信号肽切割位点一致，分泌蛋白功能涉及较多的酶类，也与其他已经报道的病菌分泌蛋白功能相类似。

关键词：禾谷炭疽菌分泌蛋白信号肽预测程序

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希金斯炭疽菌中5个典型Septin的生物信息学分析

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河南农业科学 2014年第8期43卷 91-96页

作者：韩长志西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

希金斯炭疽菌可以侵染菜心、萝卜等众多十字花科蔬菜引起炭疽病,给农业生产造成巨大的经济损失。septin是一个广泛存在于除植物以外其他生物的基因家族,其功能与细胞分裂、细胞内物质运输以及细胞周期的调控与细胞凋亡等关系密切,将成... 详细信息

希金斯炭疽菌可以侵染菜心、萝卜等众多十字花科蔬菜引起炭疽病,给农业生产造成巨大的经济损失。septin是一个广泛存在于除植物以外其他生物的基因家族,其功能与细胞分裂、细胞内物质运输以及细胞周期的调控与细胞凋亡等关系密切,将成为新开发药物的潜在靶标。基于酿酒酵母中7个典型Septin蛋白的氨基酸序列,对炭疽菌属蛋白质数据库进行Blastp比对和关键词搜索,并通过SMART在线分析最终明确希金斯炭疽菌中含有5个典型的Septin。同时,从理化性质、跨膜区结构、二级结构以及亚细胞定位等方面对Septin进行生物信息学分析,结果显示,上述Septin均为亲水性蛋白,且不具有跨膜结构,其二级结构及亚细胞定位情况不同。

关键词：希金斯炭疽菌 Septin蛋白生物信息学分析理化性质亚细胞定位二级结构

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云南南滚河自然保护区蚂蚁群落研究

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西部林业科学 2014年第5期43卷 93-100页

作者：宋扬徐正会李春良郝永强李海斌西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

为了揭示滇西南地区蚂蚁多样性，采用样方调查法和搜索调查法研究了南滚河自然保护区蚂蚁群落。在16块样地中采获蚁科昆虫11亚科57属188种，不同样地蚂蚁群落的物种数5-72种，个体密度12.5-1234.0头/m2，优势度指数0.0887-0.7024，多样... 详细信息

为了揭示滇西南地区蚂蚁多样性，采用样方调查法和搜索调查法研究了南滚河自然保护区蚂蚁群落。在16块样地中采获蚁科昆虫11亚科57属188种，不同样地蚂蚁群落的物种数5-72种，个体密度12.5-1234.0头/m2，优势度指数0.0887-0.7024，多样性指数0.7978-2.9355，均匀度指数0.2514-0.7170。沟谷雨林蚂蚁物种最丰富，苔藓常绿阔叶林物种最贫乏；橡胶林蚂蚁个体密度最高，苔藓常绿阔叶林个体密度最低；山地雨林蚂蚁群落多样性指数、均匀度指数最高，优势度指数最低；柚木林蚂蚁群落优势度指数最高，多样性指数、均匀度指数最低。季风常绿阔叶林和沟谷雨林拥有最丰富的稀有种，最有保护价值；山地雨林、落叶季雨林、苔藓常绿阔叶林、针阔混交林也有一定数目的稀有种，保护价值较大。相似性系数表明，不同植被类型蚂蚁群落间差异显著。

关键词：膜翅目蚁科蚂蚁群落多样性南滚河自然保护区

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植物病原卵菌RxLR效应基因功能研究进展

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北方园艺 2014年第5期 188-193页

作者：韩长志西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

植物病原卵菌包括致病疫霉、大豆疫霉、橡树疫霉以及樟疫霉、拟南芥霜霉等,其与寄主之间的相互作用基本符合Zigzag理论。该理论认为,病原菌为了操控寄主植物防卫反应,分泌和转运一些效应分子进入植物细胞中,从而抑制PTI,同时,植物中识... 详细信息

植物病原卵菌包括致病疫霉、大豆疫霉、橡树疫霉以及樟疫霉、拟南芥霜霉等,其与寄主之间的相互作用基本符合Zigzag理论。该理论认为,病原菌为了操控寄主植物防卫反应,分泌和转运一些效应分子进入植物细胞中,从而抑制PTI,同时,植物中识别病原菌效应分子的防卫基因得到激活,引发ETI,随着病原菌与植物的互作类似于"军备竞赛"的不断升级,植物和病原菌在遗传上实现协同进化。卵菌基因组中包含有数百个高度分化的RxLR效应基因,现从功能多样性、冗余性以及转运机制等方面对已经报道的该类基因功能进行综述,以期为进一步研究效应蛋白的转运机制、毒性功能,以及开展对植物病原卵菌致病机理的深入研究提供重要的理论依据。

关键词：植物病原卵菌效应基因 PTI ETI 功能冗余 Zigzag理论

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希金斯炭疽菌14-3-3蛋白质生物信息学分析

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湖北农业科学 2014年第15期53卷 3669-3672页

作者：韩长志西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.)可以侵染菜心、萝卜等十字花科蔬菜引起炭疽病,不仅降低蔬菜的产量,还影响蔬菜的品质。基于酿酒酵母中2个典型14-3-3蛋白质序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌属蛋白质数据库进行搜索,... 详细信息

希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.)可以侵染菜心、萝卜等十字花科蔬菜引起炭疽病,不仅降低蔬菜的产量,还影响蔬菜的品质。基于酿酒酵母中2个典型14-3-3蛋白质序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌属蛋白质数据库进行搜索,明确该菌存在2个典型的14-3-3蛋白质,分别命名为ChFTT1、ChFTT2;对这两个蛋白质进行理化性质、二级结构、疏水性、信号肽、跨膜结构域以及亚细胞定位等生物信息学分析,可为深入研究希金斯炭疽菌14-3-3蛋白质功能提供参考。

关键词：希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.) 14-3-3蛋白质信号肽二级结构亚细胞定位

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希金斯炭疽菌腺苷酸环化酶生物信息学分析

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湖北农业科学 2014年第20期53卷 4992-4996页

作者：韩长志西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.)可以侵染菜心、萝卜等众多十字花科蔬菜引起炭疽病,给生产造成巨大的经济损失。通过对该菌中可能的腺苷酸环化酶(AC)氨基酸序列进行理化性质、细胞信号肽、跨膜区结构以及二级结构等生... 详细信息

希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.)可以侵染菜心、萝卜等众多十字花科蔬菜引起炭疽病,给生产造成巨大的经济损失。通过对该菌中可能的腺苷酸环化酶(AC)氨基酸序列进行理化性质、细胞信号肽、跨膜区结构以及二级结构等生物信息学分析。结果表明,该菌种Ch Cap1,Ch Cap2与Srv2在理化性质、二级结构、亚细胞定位方面差异较大,以期为深入开展AC基因的定位、表达以及功能域等方面研究及为进一步实现以控制病原菌G蛋白信号途径功能新药物靶标的开发提供有力的理论支撑。

关键词：希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.) 腺苷酸环化酶理化性质亚细胞定位二级结构

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希金斯炭疽菌磷酸二酯酶生物信息学分析

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科学技术与工程 2014年第27期22卷 163-167页

作者：韩长志西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

磷酸二酯酶(Pde)在植物病原菌G蛋白信号传导途径上发挥着重要作用。Pde已在粟酒裂殖酵母菌、稻瘟病菌等中有相关报道,然而,对于侵染十字花科植物的希金斯炭疽菌中Pde研究尚不深入。基于酿酒酵母中已经报道的典型Pde序列,利用Blastp以及... 详细信息

磷酸二酯酶(Pde)在植物病原菌G蛋白信号传导途径上发挥着重要作用。Pde已在粟酒裂殖酵母菌、稻瘟病菌等中有相关报道,然而,对于侵染十字花科植物的希金斯炭疽菌中Pde研究尚不深入。基于酿酒酵母中已经报道的典型Pde序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,并通过SMART保守结构域分析。同时,通过对该菌中典型Pde氨基酸序列进行理化性质、疏水性、细胞信号肽、跨膜区结构、亚细胞定位以及二级结构等生物信息学分析,此外,通过对希金斯炭疽菌中的典型Pde与其他物种中的同源序列进行遗传关系比较分析。通过上述生物信息学分析,以期为深入开展Pde定位、功能研究等方面研究,同时,为进一步实现以控制病原菌G蛋白信号途径功能新的药物靶标的开发提供有力的理论支撑。

关键词：希金斯炭疽菌磷酸二酯酶理化性质亚细胞定位二级结构

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禾谷炭疽菌腺苷酸环化酶的生物信息学分析

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贵州农业科学 2014年第10期42卷 64-68页

作者：韩长志西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

为了给禾谷炭疽菌新靶标药物的研究开发提供参考,以酿酒酵母的典型腺苷酸环化酶（AC）序列为基础,利用炭疽菌属蛋白数据库在线对其进行Blastp比对及关键词搜索,通过SMART对该菌典型AC蛋白的保守结构域、理化性质、细胞信号肽、跨膜区结... 详细信息

为了给禾谷炭疽菌新靶标药物的研究开发提供参考,以酿酒酵母的典型腺苷酸环化酶（AC）序列为基础,利用炭疽菌属蛋白数据库在线对其进行Blastp比对及关键词搜索,通过SMART对该菌典型AC蛋白的保守结构域、理化性质、细胞信号肽、跨膜区结构以及二级结构等生物信息学进行分析,同时比较禾谷炭疽菌中典型AC氨基酸序列与其他物种同源序列的遗传关系。结果表明：禾谷炭疽菌中存在一个与酿酒酵母Srv2同源的序列,命名为CgCap1腺苷酸环化酶蛋白,该酶蛋白包含有530个氨基酸,基因序列长1 906bp具有保守CARP结构域,等电点蛋白在5~6范围,属亲水性、不稳定蛋白,不含信号肽序列,定位于质膜上,二级结构中的β折叠所占比例较低,与同属于炭疽菌属真菌胶孢炭疽菌、西瓜炭疽菌的亲缘关系较近。

关键词：禾谷炭疽菌腺苷酸环化酶理化性质亚细胞定位二级结构

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