澜沧梨藤竹(Melocalamus arrectus)是滇西南及滇南地区常见竹种之一,具有重要的生态价值。本研究采用简化基因组测序(double digest RAD sequencing,ddRAD-seq)技术对澜沧梨藤竹的3个种群27个个体进行了遗传多样性研究。通过质量控制分...
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澜沧梨藤竹(Melocalamus arrectus)是滇西南及滇南地区常见竹种之一,具有重要的生态价值。本研究采用简化基因组测序(double digest RAD sequencing,ddRAD-seq)技术对澜沧梨藤竹的3个种群27个个体进行了遗传多样性研究。通过质量控制分析和过滤,共获得6136569个SNP,杂合率均值为29.53%,纯合率均值为70.47%,转换与颠换比值(Ts/Tv)平均值为2.45,说明SNP变异以转换为主。遗传多样性分析显示3个种群有较低的遗传多样性(π=0.174,He=0.162,Ho=0.160,F_(IS)=0.045,PIC=0.394,等位基因频率均值为0.885)。两两种群间分化指数均值为0.0347,基因流(N_(m))均值为6.95,表明种群间的遗传分化很小,基因流动广泛;3个种群遗传距离均值为0.0161,反映澜沧梨藤竹种群间遗传差异小,亲缘关系较近。系统发育分析将澜沧梨藤竹分为3个支系,主成分判别分析(DAPC)将澜沧梨藤竹分为2个支系,个体间遗传多样性差异较小;群体结构分析显示澜沧梨藤竹被分为2组,2组个体间存在不同程度的基因交流。本研究为澜沧梨藤竹遗传多样性提供数据支撑,有助于发现近亲繁殖、遗传多样性丧失的迹象,对其遗传资源保护、管理和遗传改良提供参考。
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