检索结果-内蒙古大学图书馆

科学大众(科学教育) 2018年第8期 122+133页

作者：颜雅玲余凡韩长志西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室

文化标本作为近些年来新兴标本的一种,在形式、内容方面与传统实物标本均存在着巨大差异。近些年,随着科技的不断发展,动植物标本的形式及内容也越来越多样化,国内诸多学者对于文化标本以及传统标本之间的区别开展了较多的研究工作。本... 详细信息

文化标本作为近些年来新兴标本的一种,在形式、内容方面与传统实物标本均存在着巨大差异。近些年,随着科技的不断发展,动植物标本的形式及内容也越来越多样化,国内诸多学者对于文化标本以及传统标本之间的区别开展了较多的研究工作。本研究基于国内CNKI文献数据库,利用文献计量法对国内文化标本的研究情况进行分析,并对文化标本的商业化价值与未来发展进行了展望。

关键词：标本文化标本 CNKI 研究进展

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林业院校“生物信息学”研究生课程教学改革初探

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西南林业大学学报（社会科学） 2018年第4期2卷 104-106页

作者：韩长志祝友朋西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

林业院校"生物信息学"研究生课程涉及遗传学、水生生物学、生物化学与分子生物学等多个专业,是较为重要的研究生基础课程。通过将理论讲授法、案例启发教学法、讨论法交叉应用于整个"生物信息学"教学过程,并通过撰... 详细信息

林业院校"生物信息学"研究生课程涉及遗传学、水生生物学、生物化学与分子生物学等多个专业,是较为重要的研究生基础课程。通过将理论讲授法、案例启发教学法、讨论法交叉应用于整个"生物信息学"教学过程,并通过撰写发表科技论文的方式进行实践应用考核,以期将"生物信息学"课程建设成适合林业院校生物学一级学科专业、具有鲜明林业特色且具有重要影响力的精品课程。

关键词： “生物信息学” 研究生课程林业院校教学改革

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核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及生物信息学分析

核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及生物信息学分析

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中国植物病理学会第十一届全国会员代表大会暨2018年学术年会

作者：祝友朋韩长志西南林业大学生物多样性保护与利用学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室

核桃是我国第一大干果树种,目前我国核桃种植面积和产量均居世界第一。近年来,云南省大力发展核桃产业,目前,该省90%以上的县(市、区)种植核桃,在种植面积、产量、产值方面均居全国之首。核桃产业已成为云南覆盖面最广、惠集群众最多、... 详细信息

核桃是我国第一大干果树种,目前我国核桃种植面积和产量均居世界第一。近年来,云南省大力发展核桃产业,目前,该省90%以上的县(市、区)种植核桃,在种植面积、产量、产值方面均居全国之首。核桃产业已成为云南覆盖面最广、惠集群众最多、持续发展潜力最大的高原特色产业之一。然而,近些年对云南省大理州核桃主产区开展核桃病害调研,明确核桃细菌性黑斑病等病害发生日益严重。前人关于引起核桃细菌性黑斑病的病原报道主要涉及核桃黄单胞杆菌Xanthomonas arboricola ***、Xanthomonas campestris ***、成团泛菌Pantoea agglomerans以及上述细菌的复合等,尤以*** p ***报道为主,受该病菌侵染的核桃,其果实容易腐烂、早落,出仁率和含油率均降低,核桃品质下降并减产,严重时落果率高达60%～80%,严重影响着核桃的产量和品质,阻碍了核桃产业的健康有序发展。植物病原菌中的分泌蛋白在侵染植物的过程中发挥着重要的作用,目前对于植物病原真菌、卵菌中分泌蛋白的研究报道较多,而对植物病原细菌特别是经济林木上的病原细菌中分泌蛋白的研究报道较少。本研究以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌*** ***菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、.J303、NCPPBl447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMMv2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时,对其氨基酸组成及分布、信号肽长度大小、信号肽切割位点等特征进行分析,明确核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400 aa,所占比例为63.70%;信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.01%,其次是L,所占比例为19.30%;信号肽长度以19～29 aa最多,所占比例为78.88%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。以上述分泌蛋白序列为基础数据,利用PHD、Protscale、TargetP 1.1 Server、SMART等网站在线预测分析疏水性、转运肽及保守结构域等性质,明确核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白理论等电点集中在5.01～7.00,所占比例高达49.04%;不稳定性系数集中在20.01～40.00,所占比例为63.81%;亲水性蛋白所占比例为76.47%;明确分泌到细胞周质的蛋白所占比例高达95.44%。通过上述研究,有效地实现了核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的预测和生物信息学分析,为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供了理论基础。

关键词：核桃细菌性黑斑病菌全基因组分泌蛋白预测生物信息学分析

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胶孢炭疽菌Cg-14及Nara gc5黑色素合成途径中还原酶蛋白Cg4hnr生物信息学分析

胶孢炭疽菌Cg-14及Nara gc5黑色素合成途径中还原酶蛋白Cg4hnr生...

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中国植物病理学会第十一届全国会员代表大会暨2018年学术年会

作者：刘朝茂陈摇魏玉倩韩长志西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室

胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)是引起核桃、桃、板栗以及杧果等多种经济植物炭疽病的病原菌,严重威胁着国内外经济林相关产业的健康、有序、快速发展。黑色素在植物病原丝状真菌侵入植物过程中发挥着重要作用,是分生孢子... 详细信息

胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)是引起核桃、桃、板栗以及杧果等多种经济植物炭疽病的病原菌,严重威胁着国内外经济林相关产业的健康、有序、快速发展。黑色素在植物病原丝状真菌侵入植物过程中发挥着重要作用,是分生孢子形成侵入钉侵入植物细胞的必要物质之一。目前,国内外学者对诸如稻瘟菌、玉米大斑病菌等植物病原菌黑色素合成途径中关键酶蛋白开展了较为深入的研究。然而,学术界尚未见有关胶孢炭疽菌黑色素合成途径中还原酶蛋白Cg4hnr相关生物信息学分析的报道。本研究基于前人已公布的胶孢炭疽菌Cg-14以及Nara gc5菌株全基因组序列,对其黑色素合成途径中还原酶蛋白Cg4hnr进行二级结构、保守结构域、跨膜结构域、细胞信号肽、亚细胞定位及疏水性等生物信息学分析,明确:①上述蛋白二级结构中含有α螺旋和无规则卷曲,并不含有β转角,无序结构组成由高到低;②上述蛋白为跨膜蛋白,跨膜区域的氨基酸均具有较强的疏水性;③上述蛋白具有分泌信号肽,均属于分泌蛋白;④上述蛋白亚细胞定位于胞外上,最高值为28.26。上述研究明确了胶胞炭疽菌Cg-14以及Nara gc5菌株中黑色素合成途径还原酶蛋白Cg4hnr所具有的基本特征,为进一步深入研究核桃炭疽病菌还原酶蛋白4hnr在致病过程中所发挥的功能打下了坚实的理论基础,也为今后核桃产业的可持续健康发展提供了重要的理论参考。

关键词：胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides) 黑色素还原酶生物信息学分析

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植物病原丝状真菌分泌蛋白及CAZymes的研究进展

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南京林业大学学报(自然科学版) 2017年第5期41卷 152-160页

作者：韩长志许僖西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室

为了明确对植物病原丝状真菌分泌蛋白及CAZymes进一步研究的方向,笔者对丝状真菌分泌蛋白及CAZymes基本特征、分类情况以及预测方法、功能等方面进行综述。基于前人对于植物病原丝状真菌分泌蛋白以及CAZymes的报道,通过文献计量分析方法... 详细信息

为了明确对植物病原丝状真菌分泌蛋白及CAZymes进一步研究的方向,笔者对丝状真菌分泌蛋白及CAZymes基本特征、分类情况以及预测方法、功能等方面进行综述。基于前人对于植物病原丝状真菌分泌蛋白以及CAZymes的报道,通过文献计量分析方法、SMART保守结构域和motif分析等方法,对丝状真菌分泌蛋白及CAZymes进行了综合分析,统计发现国内关于分泌蛋白的研究较多,对于CAZymes的研究报道较少,诸多分泌蛋白在病原菌侵染致病过程中发挥的功能如何尚未得到全面解析,有关CAZymes的研究也是如此,预测方法基本上是基于生物信息学分析,尚缺少有力的生物学试验验证证据。因此,今后研究需要进一步完善对于分泌蛋白及CAZymes预测的生物信息学分析工具或算法以及开展生物学试验验证;通过比较植物病原菌与生防菌之间CAZymes数量及功能差异,明确不同菌之间的共性与特性;此外,学术界应对丝状真菌中CAZymes的分类开展进一步细化研究,以及对比分析不同亚家族的分布情况,更好地解析CAZymes的功能。

关键词：丝状真菌碳水化合物活性酶(CAZymes) 分泌蛋白生物学功能

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尖孢镰刀菌分泌蛋白的预测及其生物信息学分析

尖孢镰刀菌分泌蛋白的预测及其生物信息学分析

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第十三届全国青年植保科技创新学术研讨会暨全国植物保护博士后论坛

作者：祝友朋蔡旺芸韩长志西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

由尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)引起的豆科、葫芦科、茄科等100多种植物根腐病、茎腐病、茎基腐病等,严重影响着上述植物的健康生长,给生产生活造成了重大经济损失.***属于半知菌类真菌,是一种以土壤习居为主要特征的植物病原真菌,... 详细信息

由尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)引起的豆科、葫芦科、茄科等100多种植物根腐病、茎腐病、茎基腐病等,严重影响着上述植物的健康生长,给生产生活造成了重大经济损失.***属于半知菌类真菌,是一种以土壤习居为主要特征的植物病原真菌,广泛分布于世界各地.前人研究发现,***的主要致病机制在于侵染并破坏寄主植物的维管束组织,从而导致植物不能实现正常的营养和水分运输功能,引起植物根腐、茎腐、茎基腐等症状,严重时甚至造成植株萎蔫死亡,严重影响着植物的产量和品质.同时,前人研究表明,植物病原真菌、卵菌以及细菌中存在着大量的分泌蛋白,其在侵染植物的过程中发挥着重要的作用,不仅有助于实现其对植物的侵染、定殖和扩散,而且有助于形成对抗植物免疫防卫反应的效应分子、信号分子和诱饵蛋白.然而,对于尖孢镰刀菌的分泌蛋白尚未明确,因此本研究以全基因组序列中已经公布的尖孢镰刀菌菌株(*** ***4287)中的蛋白序列为基础数据,以真菌分泌蛋白所具有的特征(N-端含有信号肽、不含有跨膜结构域、没有GPI锚定位点、将蛋白分泌在胞外)为依据,利用SignalP v3.0、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1等生物信息学分析程序筛选、获得分泌蛋白,同时,对其氨基酸组成及分布、信号肽长度大小、信号肽切割位点等特征进行分析,结果表明:尖孢镰刀菌中分泌蛋白数量为778个,其氨基酸长度多集中于101～400AA,所占比例为57.07％,氨基酸组成中以G(甘氨酸)最多,所占比例为9.20％;信号肽长度以16～21aa最多,所占比例为81.49％,信号肽氨基酸残基中以P(脯氨酸)最多,所占比例为9.12％;信号肽切割位点-3～3氨基酸组成中最多的分别是T(苏氨酸)、S(丝氨酸)、T、A(丙氨酸)、S、S,信号肽切割位点属于T-X-A类型,属于SPⅠ型信号肽识别位点,具有相对保守性特点.

关键词：植物病原菌尖孢镰刀菌分泌蛋白生物信息学

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不同受害程度云南松树干挥发物成分分析及对云南切梢小蠹的影响

不同受害程度云南松树干挥发物成分分析及对云南切梢小蠹的影响

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中国昆虫学会2018年学术年会

作者：刘金林赵宁杨斌李宗波西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明 650224

云南切梢小蠹Tomicus yunnanensis 是以危害云南松为特征的一种毁灭性蛀干害虫，其初级引诱是寄主树木次生代谢物质诱发的嗅觉与行为敏感性协同调控的结果，但目前关于云南切梢小蠹寄主选择所利用的挥发性物质及其阶段性动态并不清楚。

关键词：云南切梢小蠹云南松树干挥发物指示性物质 GC-MS GC-EAD

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胡蜂人工养殖现状及存在的问题

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湖北农业科学 2018年第18期57卷 10-13页

作者：和秋菊易传辉张正旺任羲鹏林中阳西南林业大学云南省森林灾害与控制重点实验室/生物多样性保护与利用学院昆明650224 西南林业大学生命科学学院昆明650224

胡蜂是重要的昆虫资源,具有极高的食用、药用、保健价值,并可以作为优良天敌昆虫加以利用。对胡蜂基础研究进行了总结,并对人工养殖现状及存在的问题进行了概述,提出了加强胡蜂研究以促进胡蜂产业快速发展的建议。

关键词：胡蜂人工养殖关键技术病虫害越冬

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玉米-大豆间作对玉米根际氨氧化微生物的影响

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江苏农业学报 2017年第6期33卷 1278-1287页

作者：刘丽杨静李成云云南生物资源保护与利用国家重点实验室云南昆明650201 西南林业大学生物多样性保护与利用学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224

以氨单加氧酶基因(amo A)为分子标记,采用real time PCR和克隆文库的方法,研究玉米-大豆间作对玉米根际氨氧化古菌(AOA)和氨氧化细菌(AOB)的丰度、群落多样性及系统发育的影响。结果表明,间作玉米根际总细菌和AOA的数量均显著高于单作... 详细信息

以氨单加氧酶基因(amo A)为分子标记,采用real time PCR和克隆文库的方法,研究玉米-大豆间作对玉米根际氨氧化古菌(AOA)和氨氧化细菌(AOB)的丰度、群落多样性及系统发育的影响。结果表明,间作玉米根际总细菌和AOA的数量均显著高于单作玉米根际。概念种或操作分类单元(OTUs)分析结果表明,间作玉米根际AOA和AOB的多样性均高于单作玉米根际。间作玉米根际AOA共获得23个OTU,AOB共获得16个OTU,单作玉米根际AOA和AOB分别获得13个OTU和20个OTU。系统发育分析结果表明,间作抑制了玉米根际AOB的Nitrosomonadaceae类群生长,促进了Nitrosospira cluster 3a类群和1个新类群的生长。AOA则在间作的玉米根际下分散到不同分支中,并在一定程度上促进了cluster water类群和cluster 1类群的生长,抑制了cluster 6类群的生长。

关键词：间作玉米根际氨氧化微生物丰度多样性

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样方法和Winkler分离法在西双版纳半常绿季雨林蚂蚁多样性研究中的运用

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西南农业学报 2017年第12期30卷 2799-2804页

作者：甘田徐正会罗丛凤崔文夏刘霞西南林业大学生物多样性保护与利用学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明650224 肇庆学院生命科学学院广东肇庆526000

【目的】为了深入揭示中国西双版纳地区半常绿季雨林的蚂蚁多样性。【方法】采用样方法和Winkler法分别调查了该植被类型的蚂蚁群落。【结果】旱季半常绿季雨林的蚂蚁群落包括7亚科、43属、106种,其中优势种2个(西氏拟毛蚁Pseudolasius ... 详细信息

【目的】为了深入揭示中国西双版纳地区半常绿季雨林的蚂蚁多样性。【方法】采用样方法和Winkler法分别调查了该植被类型的蚂蚁群落。【结果】旱季半常绿季雨林的蚂蚁群落包括7亚科、43属、106种,其中优势种2个(西氏拟毛蚁Pseudolasius silvestrii Wheeler、亮红大头蚁Pheidole fervida Smith),常见种14个,稀有种90个。【结论】中国热带地区蚂蚁多样性水平很高,目前的调查很不充分,亟待开展更多深入细致的研究。在热带雨林地区5个样方适合做快速调查,做充分调查至少需要10个样方。样方法和Winkler法各有利弊,但是样方法可以采获更多的蚂蚁物种,建议在今后的调查中把两种方法结合起来。

关键词：蚂蚁多样性热带雨林样方法 Winkler分离法

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