【目的】探究枸杞果实不同发育时期转录水平上的基因表达变化，筛选类胡萝卜素生物合成相关差异表达基因（DEGs），为揭示枸杞果实在不同发育阶段类胡萝卜素含量差异的分子机制及枸杞分子育种提供理论参考。【方法】通过Illumina NovaSeq 6000高通量测序技术，分析青果期（YD）、转色期（ZD）和成熟期（XD）的杞鑫1号枸杞果实转录谱，以|log2Fold Change|≥1，且错误发现率（FDR）<0.05为标准筛选DEGs，结合KEGG、GO、KOG、NR等数据库注释信息和PubMed数据库文献，筛选出与类胡萝卜素代谢合成相关的DEGs。测定不同发育期枸杞果实类胡萝卜素含量。采用实时荧光定量PCR验证8个DEGs转录组数据的可靠性。【结果】YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组中DEGs总数分别为6480、1497和7781个，其中分别有3946、827和2888个DEGs上调表达，2534、670和4893个下调表达。3个果实发育期共有234个DEGs。GO功能注释结果显示，在YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组，分别有1700、579和1657个DEGs被注释到生物过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）三大功能类别。3个比较组的KEGG信号通路均主要集中在代谢途径和次生代谢物生物合成过程中。从YD vs ZD组、YD vs XD组和ZD vs XD组3个比较组中分别挖掘到50、18和68个与功效成分相关的DEGs，参与类胡萝卜素合成途径的DEGs有34个，其中在YD vs ZD组、YD vs XD和ZD vs XD组分别富集到12、5和17个。杞鑫1号枸杞3个发育时期的果实均含有类胡萝卜素，随杞鑫1号枸杞果实发育，类胡萝卜素含量整体呈先下降后增加的变化趋势，YD、ZD和XD果实中类胡萝卜素含量分别为0.35、0.25和1.20 mg/g。PSY、PDS、ZDS、CHYB和Z-ISO 5个类胡萝卜素合成途径关键酶基因在YD和XD的表达量均高于100。类胡萝卜素合成代谢的关键酶基因PSY、PDS、ZDS和CHYB高表达，而类胡萝卜素分解代谢相关酶基因ZEP和NCED低表达。8个DEGs在杞鑫1号果实中的相对表达量与转录组测序结果基本一致。【结论】在杞鑫1号枸杞青果期和成熟期，类胡萝卜代谢途径中类胡萝卜素合成途径的关键酶基因PSY、PDS、ZDS、CHYB高水平表达而类胡萝卜素分解代谢相关的基因ZEP、NCED表达量较低，这些基因协同促进杞鑫1号枸杞成熟期果实中玉米黄质、β-胡萝卜素等类胡萝卜素的大量合成。
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