检索结果-内蒙古大学图书馆

中国兽医学报 2023年第4期43卷 794-803页

作者：孙金魁许厚强黄勇李永熊讯贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州大学生命科学学院贵州贵阳550025

旨在分析牛肌细胞增强因子MEF2C(myocyte enhancer factor 2C)基因的分子特征和在不同组织中的表达特性。以关岭牛为试验材料,扩增MEF2C基因CDS区,对MEF2C基因序列和蛋白结构进行分析,RT-qPCR检测MEF2C在不同组织中的表达特性。结果显示... 详细信息

旨在分析牛肌细胞增强因子MEF2C(myocyte enhancer factor 2C)基因的分子特征和在不同组织中的表达特性。以关岭牛为试验材料,扩增MEF2C基因CDS区,对MEF2C基因序列和蛋白结构进行分析,RT-qPCR检测MEF2C在不同组织中的表达特性。结果显示:牛MEF2C基因的CDS区全长为1326bp,编码441个氨基酸。MEF2C蛋白相对分子质量约为48kDa,理论等电点为7.71,主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,含有1个MADS结构域,亚细胞定位显示MEF2C主要位于细胞核(60.90%)。牛MEF2C基因与牦牛同源性较近,与火鸡的同源性较远。RT-qPCR结果表明,MEF2C基因在关岭牛和杂交牛的7个组织中皆可表达,在肺脏和脾脏中差异极显著(P<0.01);心脏和肝脏以及背最长肌中差异显著(P<0.05);在成年牛的脾脏和心脏中表达量极显著高于犊牛(P<0.01);其他组织在犊牛阶段的表达量极显著高于成年牛阶段(P<0.01)。在成肌细胞分化过程中,MEF2C基因的表达量在0,12,24,48h呈逐渐上升趋势,不同时间段的表达量差异极显著(P<0.01)。结果表明MEF2C基因在关岭牛生长发育过程中发挥着重要的作用,为进一步探究MEF2C基因对关岭牛组织器官发育的影响,挖掘地方种质资源提供了数据支撑。

关键词：关岭牛 MEF2C基因基因表达

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鸡(Gallus gallus)中介导ANP32家族蛋白细胞核定位的关键氨基酸位点的鉴定

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基因组学与应用生物学 2023年第10期42卷 1088-1099页

作者：邢静如石海英崔平张前勇段志强贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵阳550025 滨州市畜牧兽医管理服务中心滨州256600

本研究旨在鉴定鸡(Gallus gallus)中介导ANP32家族蛋白核定位信号(nuclear localization signal, NLS)中的关键碱性氨基酸位点。通过生物信息学软件对鸡ANP32家族蛋白二级结构、三级结构、氨基酸同源性、结构域保守性和NLS(KRKR)保守性... 详细信息

本研究旨在鉴定鸡(Gallus gallus)中介导ANP32家族蛋白核定位信号(nuclear localization signal, NLS)中的关键碱性氨基酸位点。通过生物信息学软件对鸡ANP32家族蛋白二级结构、三级结构、氨基酸同源性、结构域保守性和NLS(KRKR)保守性进行分析;同时,构建表达鸡ANP32家族蛋白NLS及其碱性氨基酸位点突变体的重组真核表达载体并转染HEK-293T细胞,通过观察分析其亚细胞定位来鉴定NLS中的关键碱性氨基酸位点。生物信息学分析结果显示,鸡ANP32家族蛋白均以α-螺旋和无规则卷曲为主;其与鸭ANP32家族蛋白的氨基酸同源性最高且达到98.8%;其与鸭ANP32家族蛋白功能结构域保守性最高,LRR和LCAR结构域完全保守;并且鸡ANP32家族蛋白NLS在不同物种间高度保守,NLS均为KRKR。亚细胞定位分析发现,鸡ANP32家族蛋白及其NLS的融合蛋白均主要定位于细胞核,而NLS中的第一个K、第一个R和第二个K突变后导致融合蛋白出现在细胞质,可以推断它们是鸡中介导ANP32家族蛋白细胞核定位的关键氨基酸位点。本研究发现,鸡ANP32家族蛋白NLS具有与全长蛋白相同的细胞核定位特征,且在不同物种间具有高度保守性。鸡ANP32家族蛋白细胞核定位的关键氨基酸位点的鉴定为后续研究其入核转运机制奠定了理论基础。

关键词：鸡(Gallus gallus) ANP32 亚细胞定位核定位信号

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F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因多态性与生长性状的关联性

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南方农业学报 2022年第4期53卷 969-976页

作者：许家利许厚强阮涌赵佳福倪萌萌孙金魁石鹏飞贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】筛选出F_(3)代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的... 详细信息

【目的】筛选出F_(3)代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的方法对164头F_(3)代香苏杂交猪群体DKK1基因进行SNPs鉴定,采用Excel 2017计算不同基因型的基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC),以卡方(χ;)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并在此基础上分析F_(3)代香苏杂交猪SNPs位点与生长性状的关联性。【结果】在F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因的Exon-3,4区域发现6个SNPs位点,分别是A2010T、G2012C、C2014T、A2040C、C2042A和G2044C。6个SNPs位点的Ho均高于He,其中,A2010T、G2012C、A2040C、C2042A和G2044C等5个SNPs位点的PIC处于中度多态水平,C2014T位点的PIC则处于低度多态水平。χ;检验结果表明,仅C2042A位点处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01),其他5个SNPs位点(A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点的不同基因型在体高、胸围、管围、胸深和腿臀围方面表现出差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)。【结论】F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点不同基因型与体高、胸围、管围、胸深和腿臀围呈显著或极显著相关,可作为培育新品系的主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记。

关键词：香苏杂交猪 DKK1基因单核苷酸多态性位点(SNPs) 生长性状关联性

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鸡干扰素调节因子7的分子特征及其组织表达特性分析

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南方农业学报 2022年第12期53卷 3510-3519页

作者：刘梦岚赵彦频蒋传美赵采芹邢静如张福平段志强贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】明确鸡干扰素调节因子7(chIRF7)的分子特征及chIRF7基因在不同发育阶段各组织中的表达特点,为后续开展IRF7基因调控鸡相关组织发育和抗病毒研究打下基础。【方法】利用RT-PCR扩增chIRF7基因编码区(CDS)并构建其重组真核表达载体... 详细信息

【目的】明确鸡干扰素调节因子7(chIRF7)的分子特征及chIRF7基因在不同发育阶段各组织中的表达特点,为后续开展IRF7基因调控鸡相关组织发育和抗病毒研究打下基础。【方法】利用RT-PCR扩增chIRF7基因编码区(CDS)并构建其重组真核表达载体,通过SOPMA、SWISS-MODEL及BioEdit等在线软件预测分析chIRF7蛋白的二、三级结构及结构域保守性;以重组真核表达载体转染鸡胚成纤维细胞系(DF-1),观察融合蛋白的亚细胞定位情况及分析过表达融合蛋白对新城疫病毒(NDV)复制的影响;采用实时荧光定量PCR检测chIRF7基因在鸡胚发育第14 d(E14d)及鸡出壳第1 d(H1d)、第7 d(H7d)和第14 d(H14d)不同组织中的表达情况。【结果】将从鸡外周血淋巴细胞中扩增获得的chIRF7基因CDS序列插入真核表达载体pEGFP-C1的酶切位点即成功构建获得重组真核表达载体pEGFP-chIRF7。chIRF7蛋白二级结构由无规则卷曲(占51.12%)、α-螺旋(占26.48%)、延伸链(占16.70%)和β-转角(占5.70%)组成;鸡与其他禽类、人类和哺乳动物的IRF7氨基酸序列相似性均较低,且5个功能结构域不保守。经聚肌胞苷酸[Poly(I∶C)]或NDV处理DF-1细胞后,可使融合蛋白EGFP-chIRF7由细胞质定位转变为细胞核定位;而在细胞内过表达融合蛋白EGFP-chIRF7可降低NDV的复制能力和细胞致病性。chIRF7基因在鸡不同发育阶段各组织中均有不同程度的表达,且以肺脏中的相对表达量最高,其次是肝脏和腺胃,在腿肌中的相对表达量较低;从E14d发育到H14d,chIRF7基因在肺脏中的表达呈先下降后趋于稳定的变化趋势,在肝脏、腺胃、心脏和腿肌中呈先下降后上升再下降的变化趋势,在脑组织中呈先稳定再下降的变化趋势,在胸肌和眼球中的表达则趋于稳定。【结论】IRF7在不同物种中的相似性较低且结构域不保守,经外界刺激诱导表达的chIRF7会发生细胞核移位而具有抗病毒感染效果。IRF7基因在鸡不同发育阶段的肺脏、肝脏和腺胃中高表达,说明对这3个组织的发育可能具有调控作用。

关键词：鸡 IRF7基因分子特征亚细胞定位表达特性抗病毒感染

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关岭牛MEF2A和MEF2B基因克隆及其组织表达特征分析

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南方农业学报 2022年第9期53卷 2643-2653页

作者：孙金魁许厚强阮涌宋林锦许家利陈晨石鹏飞贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】探究肌细胞增强因子-2(MEF2A和MEF2B)的生物学信息特征及其在关岭牛不同发育阶段各器官组织中的表达情况,为揭示MEF2A和MEF2B基因在关岭牛生长发育过程中的作用机制及挖掘地方种质资源提供理论参考。【方法】通过RT-PCR克隆MEF2... 详细信息

【目的】探究肌细胞增强因子-2(MEF2A和MEF2B)的生物学信息特征及其在关岭牛不同发育阶段各器官组织中的表达情况,为揭示MEF2A和MEF2B基因在关岭牛生长发育过程中的作用机制及挖掘地方种质资源提供理论参考。【方法】通过RT-PCR克隆MEF2A(NM_001083638.2)和MEF2B(NM_001145793.1)基因编码区(CDS)序列,利用ProtScal、NetPhs 3.1、SOPMA、ProtParam、PSORT II Preadict、SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR检测MEF2A和MEF2B基因在关岭牛不同发育阶段(犊牛、青年牛和成年牛)各器官组织中的表达水平。【结果】关岭牛MEF2A和MEF2B基因CDS序列分别编码492和368个氨基酸残基;MEF2A和MEF2B蛋白相对分子量分别为52和39 k D,对应的理论等电点(p I)为9.07和9.35,均属于碱性不稳定蛋白。关岭牛MEF2A和MEF2B蛋白以无规则卷曲和α-螺旋为主,主要定位于细胞核(分别占60.9%和52.2%)。关岭牛MEF2A基因与与挪威鼠和绵羊的MEF2A基因遗传距离较近,关岭牛MEF2B基因则与牦牛和绵羊的MEF2B基因遗传距离较近。实时荧光定量PCR检测结果显示,MEF2A和MEF2B基因在关岭牛不同发育阶段的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、里脊和脂肪等7个组织中均有表达,且受生长发育阶段的影响。其中,MEF2A基因在犊牛各器官组织中的相对表达量极显著高于在青年牛和成年牛(P<0.01,下同),随着年龄的增长,MEF2A基因在关岭牛心脏中的相对表达量极显著高于其他组织;MEF2B基因在青年牛和成年牛的相对表达量极显著高于犊牛,且在关岭牛心脏、肝脏和脾脏中的表达量与年龄呈正相关。【结论】MEF2A基因在关岭牛不同发育阶段心脏中高表达,而MEF2B基因在关岭牛不同发育阶段肺脏和脾脏中高表达,但在里脊中的表达相对较低。可见,MEF2A和MEF2B基因在关岭牛的生长发育过程中发挥重要作用。

关键词：关岭牛 MEF2A基因 MEF2B基因表达特征生长发育

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从江香猪SP1基因组织表达特征及其超表达对间质细胞自噬和凋亡的影响

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南方农业学报 2022年第12期53卷 3498-3509页

作者：刘文娇王涵龚婷贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025

【目的】分析SP1基因在从江香猪不同组织及不同发育阶段睾丸中的表达情况及其对睾丸间质细胞自噬、凋亡的转录调控作用,为探究SP1基因调控间质细胞自噬的分子机制及提高从江香猪雄性繁殖性能提供理论基础。【方法】选取性早熟的从江香... 详细信息

【目的】分析SP1基因在从江香猪不同组织及不同发育阶段睾丸中的表达情况及其对睾丸间质细胞自噬、凋亡的转录调控作用,为探究SP1基因调控间质细胞自噬的分子机制及提高从江香猪雄性繁殖性能提供理论基础。【方法】选取性早熟的从江香猪作为研究对象,PCR扩增得到其SP1基因编码区(CDS)序列,应用相关在线软件对CDS序列进行生物信息学分析,荧光定量PCR检测性成熟期从江香猪不同组织中SP1表达量,利用实时荧光定量PCR和Western blotting检测不同日龄从江香猪睾丸中的SP1基因表达量。【结果】生物信息学分析结果显示,SP1基因CDS序列全长为2361 bp,编码786个氨基酸残基,蛋白二级及三级结构以无规则卷曲和延伸链为主,无跨膜结构域和信号肽剪切位点,且为不稳定蛋白。SP1氨基酸序列有174个磷酸化位点,通过氨基酸同源性分析发现猪SP1与绵羊和牛的亲缘关系最近。对SP1在各组织的表达量进行检测,结果表明SP1基因相对表达量在脾脏中最高;此外,SP1的蛋白水平在180 d的香猪睾丸中有最高表达量,基因水平在30和180 d的香猪睾丸中有较高表达量。进一步构建SP1基因超表达载体,转染至从江香猪睾丸间质细胞,结果显示pEGFP-C1-SP1组的SP1相对表达量显著高于pEGFP-C1组(P<0.05,下同),而自噬通路相关因子基因mTOR、LC3B、Beclin-1和凋亡相关因子基因Caspase-3、Bcl-2的相对表达量在超表达pEGFP-C1-SP1组显著低于pEGFP-C1组,但自噬凋亡信号因子ERK1/2和凋亡基因Bax的相对表达量无显著变化(P>0.05)。推测SP1基因可通过降低LC3B、Beclin-1、Caspase-3的表达来抑制睾丸间质细胞自噬凋亡的发生,或通过降低mTOR及抗凋亡基因Bcl-2的表达来促进凋亡发生。【结论】SP1基因在从江香猪不同组织及睾丸发育不同阶段均有表达,且通过影响睾丸间质细胞自噬、凋亡相关基因表达,而在从江香猪初情期和性成熟期发挥重要的生理学作用。

关键词：从江香猪 SP1基因分子特征表达模式自噬凋亡

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摘除卵巢后藏姜杂交母猪体重、体尺、GH、GHR、SS的变化分析

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中国畜牧杂志 2023年第9期59卷 121-128页

作者：袁建张勇敖政曾素梅王智伟赵中龙季全贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

实验旨在分析摘除卵巢对藏姜杂交母猪体重、体尺、生长激素(GH)、生长激素受体(GHR)、生长抑素(SS)的影响,为进一步深入探究藏姜杂交母猪的生长发育、科学饲养和管理方案提供参考。实验选择半同胞、断奶重及体况相近的健康藏姜杂交仔母... 详细信息

实验旨在分析摘除卵巢对藏姜杂交母猪体重、体尺、生长激素(GH)、生长激素受体(GHR)、生长抑素(SS)的影响,为进一步深入探究藏姜杂交母猪的生长发育、科学饲养和管理方案提供参考。实验选择半同胞、断奶重及体况相近的健康藏姜杂交仔母猪60头,随机分为实验组和对照组,每组30头,实验组45日龄时手术摘除卵巢,对照组不做任何处理。在管理、饲养相同的条件下,在性成熟前定期测量体重、体长、胸围、腹围、体高、体宽并检测血清中GH、GHR、SS激素水平;t检验2组之间的差异,分析体重与体尺之间的相关性,并用Logistic模型、Gompertz模型和Von Bertalanffy模型对体重和体尺数据进行拟合分析。结果表明:81日龄与154日龄时,实验组体重显著高于对照组;124日龄与139日龄时,实验组体重极显著高于对照组;154日龄时,实验组体长显著低于对照组,体高极显著低于对照组;124日龄时,实验组胸围极显著高于对照组;139日龄时,实验组体长、体宽以及体高显著高于对照组。2组的体重与体尺相关性均为极显著。实验组血清中的GH和GHR水平先降后升,最终实验组与对照组趋于同一水平,实验组的SS水平一直低于对照组。3种生长拟合曲线对2组体重的拟合度均在0.99以上;结合真实测量数据分析生长拐点体重与拐点日龄发现,Logistic模型对藏姜杂交猪的体重拟合最佳。

关键词：藏姜杂交猪生长拟合曲线生长激素生长激素受体生长抑素

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黔北麻羊羯羊能量和蛋白质需要量研究

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动物营养学报 2025年第1期37卷 475-482页

作者：黄燕化班明政许天政付顺贤林佳乐陆胜涛周盘红施晓丽贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵阳550025 贵州农业职业学院贵阳551400 贵州省黔西南布依族苗族自治州晴隆县农业农村局晴隆561400

本试验旨在建立黔北麻羊羯羊能量和蛋白质需要量的估计模型。试验挑选体重(24.28±0.20)kg、健康的黔北麻羊羯羊48只,随机分成4组,每组4个重复,每个重复3只羊。各组分别按《肉羊饲养标准》(NY/T 816—2004)中山羊日增重为40、60、80... 详细信息

本试验旨在建立黔北麻羊羯羊能量和蛋白质需要量的估计模型。试验挑选体重(24.28±0.20)kg、健康的黔北麻羊羯羊48只,随机分成4组,每组4个重复,每个重复3只羊。各组分别按《肉羊饲养标准》(NY/T 816—2004)中山羊日增重为40、60、80、100 g/d营养需要进行饲喂。预试期14 d,正试期42 d。在试验结束后,采用全收粪收尿法收集粪尿7 d,以测定羯羊能量和粗蛋白质(CP)表观消化率和表观代谢率。结果表明:1)随着饲粮营养水平的增加,羯羊平均日增重、干物质采食量逐渐增加,料重比显著降低(P<0.05)。2)随着饲粮营养水平的增加,羯羊能量和CP表观消化率和表观代谢率逐渐增加。3)羯羊维持需要消化能(DE_(m))和维持需要代谢能(ME_(m))分别为574.00和482.06 kJ/kg BW^(0.75),每克日增重消化能(DE_(g))和每克日增重代谢能(ME_(g))分别为38和32 kJ;维持所需可消化粗蛋白质(DCP)和可代谢粗蛋白质(MCP)分别为1.830和1.162 g/kg BW^(0.75),每克日增重所需DCP和MCP分别为0.340和0.216 g。由此可见,提高饲粮营养水平可改善黔北麻羊羯羊生长性能和提高养分消化吸收效率。利用回归梯度法结合养分消化代谢试验,建立了黔北麻羊羯羊的消化能、代谢能、DCP和MCP的需要模型。

关键词：黔北麻羊羯羊能量蛋白质需要量维持生长

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骨桥蛋白基因在黔北麻羊性腺轴中的表达及其对颗粒细胞中繁殖相关基因的影响

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基因组学与应用生物学 2023年第3期42卷 285-294页

作者：赵佳福周明帅杨秀远徐畅贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵阳550025

本研究的目的是探究骨桥蛋白(osteopontin,OPN)基因与黔北麻羊(Capra hircus)繁殖性状间的关系。本研究通过ProtParam和NetPhos等生物在线软件对黔北麻羊OPN的理化性质和结构功能进行分析,克隆OPN基因,构建OPN基因的真核表达载体。运用... 详细信息

本研究的目的是探究骨桥蛋白(osteopontin,OPN)基因与黔北麻羊(Capra hircus)繁殖性状间的关系。本研究通过ProtParam和NetPhos等生物在线软件对黔北麻羊OPN的理化性质和结构功能进行分析,克隆OPN基因,构建OPN基因的真核表达载体。运用实时定量PCR法检测OPN基因在单羔、多羔黔北麻羊的垂体、下丘脑、子宫、卵巢和输卵管中的表达情况。随后,将OPN基因的真核表达载体转染至卵巢颗粒细胞中,检测过表达OPN基因对繁殖相关基因骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)、骨形态发生蛋白受体1B(bone morphogenetic protein receptor 1B,BMPR-1B)和促卵泡激素β亚基(follicle stimulating hormoneβ-subunit,FSHβ)表达量的影响。生物信息学分析结果表明,OPN是一种具有磷酸化位点的不稳定亲水性蛋白质,其蛋白质分子的质量为31115.11 Da,理论等电点为4.39,化学式为C_(1309)H_(2046)N_(368)O_(501)S_(5),共编码279个氨基酸,其中携带的正电荷残基总数(Arg+Lys)为28个,负电荷残基总数(Asp+Glu)为66个。与其他动物相比,黔北麻羊OPN基因与反刍动物绵羊和牛的同源性较高,遗传距离较近。实时定量PCR结果表明,OPN基因在多羔组黔北麻羊的垂体、下丘脑、卵巢中的表达量极显著高于单羔组的(P<0.01),且过表达OPN基因后,极显著上调了繁殖相关基因BMP15的表达(P<0.01)。以上结果说明,OPN基因的表达量与黔北麻羊繁殖率呈正相关关系,可作为影响黔北麻羊繁殖力的多羔候选基因进行深入研究。

关键词：黔北麻羊骨桥蛋白基因生物信息学分析卵巢颗粒细胞繁殖相关基因

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基于比较基因组分析猪特有基因家族及其进化

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基因组学与应用生物学 2023年第7期42卷 726-735页

作者：袁巍毕欢张雨丹张依裕顾晓龙陈伟高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵阳550025 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵阳550025 贵州省贵阳德康农牧有限公司贵阳550025

基因家族的数量及结构变异是物种适应自然变化的重要机制。深入研究猪(Sus scrofa)的基因家族进化,可以了解其基因扩张和收缩事件,从而揭示猪在进化过程中为适应环境而发生改变的特殊机制。本研究采用比较基因组学方法,对猪、牛(Bos tau... 详细信息

基因家族的数量及结构变异是物种适应自然变化的重要机制。深入研究猪(Sus scrofa)的基因家族进化,可以了解其基因扩张和收缩事件,从而揭示猪在进化过程中为适应环境而发生改变的特殊机制。本研究采用比较基因组学方法,对猪、牛(Bos taurus)、绵羊(Ovis aries)、羊驼(Vicugna pacos)、鸡(Gallus gallus)和小鼠(Mus musculus)的参考基因组进行比较,以鉴定猪基因家族。利用PAML软件计算物种分化时间,并通过CAFE软件分析猪基因家族中的扩张和收缩基因。将鉴定到的显著收缩和扩张基因注释到KEGG、 GO、 KOG数据库中进行通路分析。结果表明,猪共有16 749个基因家族,包含20 660个基因。同其他5个物种相比,猪具有55个特有的基因家族,包含470个基因。基因家族收缩与扩张分析结果表明,猪基因组中共有334个基因家族发生收缩,214个基因家族发生扩张。其中,有110个基因家族的扩张显著,包含473个基因;152个基因家族的收缩显著,包含102个基因。富集结果表明,显著扩张家族基因主要富集在生殖过程、胆汁分泌和化学致癌作用DNA加合物等方面;显著收缩家族基因主要富集在系统性红斑狼疮、酒精中毒、坏死性肺炎以及冠状病毒病等方面;猪特有基因家族的基因主要富集在脂肪转运代谢、嗅觉受体活性、气味剂结合以及脂肪酸的降解等方面。本研究鉴定和分析了猪显著收缩与扩张及其特有的基因家族,并发现其在多个生物过程中具有重要的功能。这些结果有助于更深入了解猪的适应性进化,并为其作为生物模型研究人类疾病提供了新的线索。

关键词：比较基因组猪基因家族收缩与扩张特有基因

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