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基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

北京大学学报（自然科学版） 2022年第2期58卷 326-336页

作者：苏佳何锴连春盎张雪余珂北京大学深圳研究生院环境与能源学院深圳518055 南方医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广东省单细胞技术与应用重点实验室广州510515

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(3... 详细信息

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(34.60%)和Bacteroidetes(13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门,Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明,鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异;LEfSe分析表明,鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌,猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌;益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中,起调控宿主健康的作用。研究结果揭示,宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构,而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。

关键词：野生小型哺乳动物肠道菌群 16S rRNA基因扩增子测序宿主饮食

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彗星实验方法的优化及影响因素的分析

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安徽医科大学学报 2024年第2期59卷 219-223页

作者：范南英张鹏贵州医科大学基础医学院生物学教研室贵阳550025 贵州医科大学细胞工程生物医药技术国家地方联合工程实验室组织工程与干细胞实验中心贵州省再生医学重点实验室贵阳550025

目的为了更有效地检测细胞DNA损伤,对彗星实验的影响因素进行优化并建立阳性对照。方法以传统碱性彗星实验为基础,对制胶方法、凝胶浓度、琼脂糖溶剂、裂解时间、细胞密度和电泳电压加以优化。以过氧化氢(H_(2)O_(2))作为DNA损伤诱导剂... 详细信息

目的为了更有效地检测细胞DNA损伤,对彗星实验的影响因素进行优化并建立阳性对照。方法以传统碱性彗星实验为基础,对制胶方法、凝胶浓度、琼脂糖溶剂、裂解时间、细胞密度和电泳电压加以优化。以过氧化氢(H_(2)O_(2))作为DNA损伤诱导剂诱导HL-60细胞作为该实验的阳性对照。结果优化后的实验结果显示,制胶方法由三步法进步为两步法,以PBS为琼脂糖溶剂,0.8%正常熔点琼脂糖制备底层胶,0.7%低熔点琼脂糖与细胞悬液混合作为第二层胶,制胶效果好,操作更简单省时,较好地解决了脱胶问题。裂解1 h,1 V/cm电压电泳,获得了具有代表性的彗星图像,结果易于判读,能有效避免假阳性结果。并对不同浓度H_(2)O_(2)诱导的HL-60细胞DNA损伤情况进行比较,成功建立了彗星实验的阳性对照。结论与传统方法相比,优化后的彗星实验方法成本更低,更简单、快速、准确,重复性也更好,能够快速检测细胞中的DNA损伤。

关键词：彗星实验 HL-60 DNA损伤模型

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“从头到尾”的主动参与式核心实验课程教学改革

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基础医学教育 2023年第10期25卷 885-889页

作者：康海仙陈伟杰陈维春广东医科大学基础医学院生物技术系东莞523808 广东医科大学检验学院临床生化教研室

生物技术专业的核心实验课程是学生掌握该专业实验技能的主要途径。教师总结广东医科大学六届学生的实验教学经验发现,以教师为中心的标准实验流程式教学模式存在诸多不足,学生自主性不高,教学效果欠佳。文章提出以学生为中心,将主动参... 详细信息

生物技术专业的核心实验课程是学生掌握该专业实验技能的主要途径。教师总结广东医科大学六届学生的实验教学经验发现,以教师为中心的标准实验流程式教学模式存在诸多不足,学生自主性不高,教学效果欠佳。文章提出以学生为中心,将主动参与式教学模式贯穿整个生物技术专业核心实验课程的教学模式。学生可自主选择目的基因、设计引物、主动参与实验课准备,独立完成整个具有科研性质的实验课程。通过主动参与式教学训练,学生利用所需知识,积极探索解决问题的能力,全面掌握生物技术相关实验技能,进而提高生物技术专业实验教学质量。

关键词：核心课程实验教学主动参与式教学教学改革考核

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膝关节单髁置换胫骨优化截骨设计的生物力学研究

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医用生物力学 2023年第4期38卷 730-735,762页

作者：林涛周柏安陈海聪梁振明钟环魏波邓羽平欧阳汉斌黄文华广东医科大学附属医院骨科中心广东湛江524001 南方医科大学基础医学院人体解剖学教研室广东省数字医学与生物力学重点实验室广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心广州510515

目的比较膝关节单髁置换术(unicompartmental knee arthroplasty,UKA)常规截骨、保留圆角截骨及全新扩大圆角截骨方法对术后胫骨近端生物力学特性的影响。方法基于Sawbones胫骨的CT数据,构建完整胫骨模型及不同截骨方式下UKA术后胫骨模... 详细信息

目的比较膝关节单髁置换术(unicompartmental knee arthroplasty,UKA)常规截骨、保留圆角截骨及全新扩大圆角截骨方法对术后胫骨近端生物力学特性的影响。方法基于Sawbones胫骨的CT数据,构建完整胫骨模型及不同截骨方式下UKA术后胫骨模型,采用轴向压缩工况对模型进行有限元分析,比较不同模型间胫骨近端应变情况及骨水泥应力差异。结果在轴向压缩工况下,扩大圆角组其截骨区皮质骨von Mises应变峰值较常规截骨组与保留圆角组有所增加,而松质骨von Mises应变峰值则分别减少24.3%~42.9%、26.0%~48.7%。对比截骨区松质骨与皮质骨von Mises应变峰值差Δεpeak,发现扩大圆角组其Δεpeak远远小于其余两组。UKA后不同模型间胫骨前内侧皮质骨最小主应变无明显差异,但较完整胫骨模型增加23.3%~34.5%。扩大圆角组骨水泥单元平均von Mises应力随着圆角半径增大呈现下降趋势,且整体均小于常规截骨组与保留圆角组。结论全新扩大圆角截骨方法可使健康骨质条件下胫骨近端应力传递更均匀,von Mises应变峰值更低,假体-骨界面压强更小,相比传统截骨方法及保留圆角截骨方法更有优势。

关键词：骨关节炎膝关节单髁置换术有限元分析生物力学

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纳尔逊海湾病毒感染小鼠巨噬细胞RAW264.7的转录物组分析

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中国医科大学学报 2025年第4期54卷 340-345页

作者：马竹萍陈淼娟孙绿茵付纹瑞田晶李永刚陶晓莉锦州医科大学基础医学院病原生物学教研室辽宁锦州121001 通用技术辽油宝石花医院心内科辽宁盘锦124000 锦州医科大学人畜共患病防控协同创新中心辽宁锦州121001

目的通过分析纳尔逊海湾病毒(NBV)感染小鼠巨噬细胞RAW264.7转录物组测序结果,筛选差异表达基因,探讨固有免疫应答在呼肠孤病毒感染中的作用机制。方法用感染复数为30的NBV-Miyazaki病毒株感染小鼠巨噬细胞RAW264.7,运用高通量转录物组... 详细信息

目的通过分析纳尔逊海湾病毒(NBV)感染小鼠巨噬细胞RAW264.7转录物组测序结果,筛选差异表达基因,探讨固有免疫应答在呼肠孤病毒感染中的作用机制。方法用感染复数为30的NBV-Miyazaki病毒株感染小鼠巨噬细胞RAW264.7,运用高通量转录物组测序技术,以q<0.05且|log2FC|≥1为条件,筛选感染组和对照组的差异表达基因,利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)对差异表达基因进行富集分析。结果与对照组相比,感染组差异表达的基因共442个,其中显著上调的基因381个,显著下调的基因61个。差异表达基因在GO富集中主要与固有免疫反应、对病毒的防御反应、细胞因子的产生以及细胞对细胞因子刺激的反应等功能相关,在KEGG中主要富集到Toll样受体信号通路、维甲酸诱导基因Ⅰ样受体信号通路、PI3K/Akt等信号通路。结论RAW264.7细胞被NBV-Miyazaki病毒感染后,可以通过激活模式识别受体,促进细胞因子、趋化因子和其他免疫相关因子释放,增强抗体依赖细胞介导的细胞毒作用,以发挥免疫效应,为探究固有免疫在NBV-Miyazaki病毒感染过程中的作用机制提供了理论依据。

关键词：纳尔逊海湾病毒巨噬细胞转录物组

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miR-20a通过靶向NR4A3促进前列腺癌细胞增殖

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第8期37卷 1093-1099页

作者：杨伟玉刘驰谢辉林平于晓光哈尔滨医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室哈尔滨150081 哈尔滨医科大学基础医学院生物技术实验中心哈尔滨150081

前列腺癌是男性患者中常见的恶性肿瘤,探讨前列腺癌的发病机制和寻找合适的治疗靶标具有重要的临床意义。来源于类固醇核激素受体超家族NR4A3在多种肿瘤的恶性进展中发挥重要作用,但其在前列腺癌中的作用尚未阐明。本课题拟以前列腺癌... 详细信息

前列腺癌是男性患者中常见的恶性肿瘤,探讨前列腺癌的发病机制和寻找合适的治疗靶标具有重要的临床意义。来源于类固醇核激素受体超家族NR4A3在多种肿瘤的恶性进展中发挥重要作用,但其在前列腺癌中的作用尚未阐明。本课题拟以前列腺癌细胞为研究对象,揭示NR4A3在前列腺癌中的作用;在此基础上,寻找靶向NR4A3的miRNA,为前列腺癌的诊断和治疗提供新靶点。GEPIA网站预测显示,NR4A3在前列腺癌组织中呈低表达。qRT-PCR检测证实,NR4A3在前列腺癌细胞中也呈低表达(P<0.01);CCK8和克隆形成的结果显示,过表达NR4A3可使前列腺癌细胞活力显著下降(P<0.01),集落数量和大小显著减少。生物信息学网站预测,NR4A3可能是miR-20a靶基因。通过qRT-PCR检测发现,miR-20a在前列腺癌细胞中呈高表达(P<0.01),双荧光素酶报告基因结果证实,miR-20a能够与NR4A3的3’-UTR的2个位点靶向结合(P<0.05,P<0.001),且Western印迹结果显示,miR-20a可抑制NR4A3的表达;进一步CCK8检测发现,随着时间的延长miR-20a inhibitor能够使前列腺癌细胞活力显著下降(P<0.05),miR-20a mimic则得到与之相反的结果(P<0.05,P<0.01);而当共转染miR-20a mimic和pcDNA3.1-NR4A3重组质粒时,通过CCK8和克隆形成实验发现,上调NR4A3的表达可部分抵消miR-20a mimic对PC3细胞活力(P<0.05),集落数量和大小的促进作用。综上所述,miR-20a通过靶向NR4A3促进前列腺癌细胞增殖。

关键词：前列腺癌 miR-20a 核受体亚家族4 A组成员3 细胞增殖

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蛋白激酶全抑制分析揭示KG-1细胞增殖的分子机制

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中国临床药理学与治疗学 2024年第6期29卷 621-628页

作者：段毓徐凝馨曹琼杨恺王金娟刘思瑾贾峰峰刘建兵李莉山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室山西太原030001 焦作市儿童医院河南焦作454100 太原市中心医院山西太原030009 太原技术转移促进中心山西太原030006

目的:通过分析KG-1细胞对各种蛋白激酶抑制剂的反应,探讨其增殖的分子机制。方法:采用CCK-8法、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和Western-blot检测各种蛋白激酶抑制剂对KG-1细胞增殖、相关基因mRNA表达水平以及FGFR1下游信号通路蛋白磷酸化... 详细信息

目的:通过分析KG-1细胞对各种蛋白激酶抑制剂的反应,探讨其增殖的分子机制。方法:采用CCK-8法、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和Western-blot检测各种蛋白激酶抑制剂对KG-1细胞增殖、相关基因mRNA表达水平以及FGFR1下游信号通路蛋白磷酸化水平的影响。结果:NVP-BGJ398和PD173074有效抑制KG-1细胞的增殖,表明FGFR及其下游信号通路在KG-1细胞增殖过程中具有关键作用。使用FGFR抑制剂处理后,p-FGFR1和p-STAT5水平显著下降(P<0.001),p-Akt水平稍有下降(P<0.05),并未影响p-ERK水平(P>0.05)。结论:FGFR1OP2-FGFR1主要作用于下游STAT5信号通路,以促进细胞增殖。蛋白激酶全抑制分析是一种可靠而直接的方法,可用于确定癌细胞增殖的分子机制。

关键词： KG-1细胞蛋白激酶抑制剂 FGFR1OP2-FGFR1融合基因 STAT5

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解剖学报 2023年第5期54卷 538-545页

作者：何可可李远迪文廷浩朱婕高杰胡蓉韩锋苏敏贵州医科大学基础医学院组织学与胚胎学教研室贵阳550025 贵州医科大学细胞工程生物医药技术国家地方联合工程实验室贵州省再生医学重点实验室中国医学科学院成体干细胞转化研究重点实验室贵阳550025 贵州医科大学转化医学研究中心贵阳550025 贵州医科大学附属医院神经外科贵阳550004

目的探讨小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中,外源性和内源性红细胞膜相关蛋白(ERMAP)通过白细胞介素6/信号转录及转录激活因子3(IL-6/STAT3)/维甲酸相关孤核受体γt/(ROR-γt)信号通路对辅助性T细胞17(Th17)细胞分化的影响。方... 详细信息

目的探讨小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中,外源性和内源性红细胞膜相关蛋白(ERMAP)通过白细胞介素6/信号转录及转录激活因子3(IL-6/STAT3)/维甲酸相关孤核受体γt/(ROR-γt)信号通路对辅助性T细胞17(Th17)细胞分化的影响。方法流式细胞术验证不同浓度ERMAP-Ig融合蛋白功能;琼脂糖凝胶电泳鉴定ERMAP基因敲除小鼠。流式细胞术检测ERMAP-Ig融合蛋白在体外对Th17细胞分化影响。40只6周龄普通C57BL/6小鼠随机分为2组建立EAE模型:对照(control)-Ig和ERMAP-Ig组,每组20只;记录临床评分;流式细胞术检测EAE小鼠体内Th17细胞分化情况。40只6周龄已鉴定的野生型和ERMAP基因敲除小鼠分为2组建立EAE模型:ERMAP^(+/+)和ERMAP^(-/-)组,每组20只。记录临床评分;脊髓HE和固蓝(LFB)染色并进行组织学半定量评分。流式细胞术检测IL-17A+CD4+T细胞百分比;Western blotting检测IL-6、白细胞介素17(IL-17)、STAT3、磷酸化STAT3(p-STAT3)、ROR-γt蛋白水平表达;Real-time PCR检测IL-17、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、IL-6、STAT3和ROR-γt的mRNA表达;ELISA检测细胞水平IL-17和TNF-α的表达。结果1.外源性ERMAP-Ig融合蛋白抑制体内外Th17细胞分化且减轻小鼠EAE症状。2.与对照组相比,ERMAP^(-/-)组EAE小鼠炎性浸润和脱髓鞘症状加重,Th17分泌IL-17A增加。3.内源性ERMAP基因敲除后,IL-17、TNF-α、IL-6、STAT3及ROR-γt表达均增加。差异均有统计学意义(P<0.05)。结论ERMAP可能通过IL-6/STAT3/ROR-γt信号通路调控Th17细胞分化,参与小鼠EAE发生发展。

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负载泼尼松龙牛奶外泌体治疗杜兴肌肉萎缩症的研究

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天津医科大学学报 2024年第3期30卷 218-223页

作者：钟丽宋军栗瑞斌韩刚尹海芳天津医科大学基础医学院细胞生物学系天津300070 天津医科大学医学技术学院临床生物化学教研室天津300203

目的:探究牛奶外泌体(mEXO)减少泼尼松龙(PSL)治疗杜兴肌肉萎缩症(DMD)的药物不良反应的效果。方法:将超速离心法收集的mEXO与PSL共孵育得到生物纳米药物(mEXO_(PSL));通过高效液相色谱(HPLC)检测药物装载效率;对DMD模型mdx小鼠给予口... 详细信息

目的:探究牛奶外泌体(mEXO)减少泼尼松龙(PSL)治疗杜兴肌肉萎缩症(DMD)的药物不良反应的效果。方法:将超速离心法收集的mEXO与PSL共孵育得到生物纳米药物(mEXO_(PSL));通过高效液相色谱(HPLC)检测药物装载效率;对DMD模型mdx小鼠给予口服治疗;监测mdx小鼠体重和体长变化,评估mEXO减轻PSL引起的生长抑制不良反应的效果,利用苏木素-伊红(HE)染色和micro-CT分析骨体积分数(BV/TV)、骨小梁数目(Tb.N)、骨小梁厚度(***)和骨小梁间隙(***)等骨密度相关指标,评估mEXO减轻PSL引起的骨质疏松不良反应的效果;利用HE染色和CD68免疫组织化学染色检测肌肉病理情况及炎症浸润情况,评估mEXO_(PSL)的治疗效果。结果:通过共孵育可实现54.6%PSL在mEXO的负载;mdx小鼠经治疗后,与PSL组相比,mEXO_(PSL)组mdx小鼠体重(P<0.01)及体长(P<0.01)显著增加;与PSL组相比,mEXO_(PSL)组mdx小鼠的BV/TV(P<0.01)、Tb.N(P<0.01)和***(P<0.05)显著增加,***(P<0.05)显著减少;与生理盐水组相比,PSL组和mEXO_(PSL)组肌肉病理以及炎症浸润均显著改善。结论:mEXO_(PSL)显著减少了mdx小鼠的生长抑制及骨质疏松药物不良反应,对PSL进行了药物改良。

关键词：牛奶外泌体泼尼松龙杜兴肌肉萎缩症

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嵌入式3D打印多孔硅胶义眼台及其表面修饰

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南方医科大学学报 2023年第5期43卷 783-792页

作者：赵宏王艺霖汪艳芳宫海环殷俊飞扬崔晓军张剑凯黄文华广东医科大学基础医学院人体解剖学教研室东莞市干细胞与再生组织工程重点实验室广东东莞523808 南方医科大学基础医学院人体解剖学国家重点学科广东省数字医学与生物力学重点实验室广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心广东广州510515 南方医科大学附属广东省人民医院广东省医学科学院广东广州510080

目的制备个性化多孔硅胶义眼台并探讨表面修饰对硅胶义眼台性能的影响。方法检测支撑介质的透明度、流动性及流变学性能,确定硅胶的最适打印参数。扫描电镜分析硅胶表面修饰前后的形貌变化;水接触角评估硅胶表面的亲疏水性;压缩试验测... 详细信息

目的制备个性化多孔硅胶义眼台并探讨表面修饰对硅胶义眼台性能的影响。方法检测支撑介质的透明度、流动性及流变学性能,确定硅胶的最适打印参数。扫描电镜分析硅胶表面修饰前后的形貌变化;水接触角评估硅胶表面的亲疏水性;压缩试验测试多孔硅胶的压缩模量;将猪主动脉内皮细胞(PAOEC)与多孔硅胶支架共培养1、3、5 d后测试多孔硅胶的细胞相容性;大鼠皮下植入试验评估多孔硅胶的体内局部炎症反应。结果确定多孔硅胶义眼台的最适打印参数为:支撑介质4 wt%、打印压力为1.0 bar,打印速度为6 mm/s;扫描电镜显示硅胶表面聚多巴胺、胶原蛋白修饰成功,修饰后的硅胶表面亲水性显著提升(P<0.05),且压缩模量无显著变化(P>0.05);细胞毒性及增殖实验结果显示:修饰后的多孔硅胶无明显细胞毒性且能够促进PAOEC的黏附和增殖(P<0.05);植入大鼠皮下后局部组织未见明显炎症反应。结论嵌入式3D打印技术能够制备孔隙均匀的多孔硅胶义眼台,表面修饰后的硅胶亲水性增加、生物相容性良好,为3D打印个性化义眼台的性能研究与临床应用奠定基础。

关键词：义眼台嵌入式3D打印硅胶聚多巴胺胶原蛋白

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