检索结果-内蒙古大学图书馆

中国药学杂志 2022年第19期57卷 1645-1650页

作者：孟金蕙张力王廉馨刘黎黎刘苗刘宏生辽宁大学生命科学院沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心沈阳110036 沈阳市生物大分子计算模拟与信息处理技术创新中心沈阳110036 辽宁大学药学院沈阳110036

目的开发基于机器学习的人类快速延迟整流性钾通道基因(the human Etherh-à-go-go-Reloted Gene,hERG)特异性打分函数(RF-hERG-Score),用于预测化合物对hERG的抑制活性(pIC_(50))。方法采用随机森林算法,以AutoDock Vina(传统打分... 详细信息

目的开发基于机器学习的人类快速延迟整流性钾通道基因(the human Etherh-à-go-go-Reloted Gene,hERG)特异性打分函数(RF-hERG-Score),用于预测化合物对hERG的抑制活性(pIC_(50))。方法采用随机森林算法,以AutoDock Vina(传统打分函数)分子对接生成的1847个化合物-hERG复合体结构和实验测定的半抑制浓度(pIC_(50))数据作为训练集进行训练。结果在十倍交叉验证中,RF-hERG-Score比RF-Score(通用打分函数)和AutoDock Vina更准确,其预测的pIC_(50)与实验值的皮尔逊相关系数(Rp)为0.603、斯皮尔曼等级相关系数(Rs)为0.623、均方根误差(RMSE)为0.849。在两组外部测试集中,RF-hERG-Score的Rp、Rs和RMSE也高于其他2种方法,并且优于相应文献报道模型的预测性能。结论RF-hERG-Score提高了hERG抑制剂结合亲和力的预测准确度,为利用计算模拟方法实现药物心脏毒性的较准确预测提供一种新的方案。

关键词：人类快速延迟整流性钾通道基因毒性预测分子对接机器学习打分函数

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替硝唑3种阴道给药剂型的释放及特殊安全性研究

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毒理学杂志 2017年第1期31卷 55-59页

作者：康雨佳姜珊刘宏生王洋陈烨辽宁大学药学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心

目的比较研究替硝唑长效缓释栓剂、阴道凝胶剂和阴道缓释片3种剂型的释放度、释放机制及特殊毒性。研究三者的溶出曲线、释药机制及缓释效果。方法将自制片剂、自制凝胶剂和市售栓剂分别做体外溶出试验,绘制相应的溶出曲线,研究释放机... 详细信息

目的比较研究替硝唑长效缓释栓剂、阴道凝胶剂和阴道缓释片3种剂型的释放度、释放机制及特殊毒性。研究三者的溶出曲线、释药机制及缓释效果。方法将自制片剂、自制凝胶剂和市售栓剂分别做体外溶出试验,绘制相应的溶出曲线,研究释放机制。皮肤过敏性试验:取豚鼠12只,随机分成4组,分别涂抹3种剂型药物及阳性对照药,重复给药诱导,观察有无过敏反应。家兔阴道刺激性试验:取雌兔12只,随机分为4组,其中3组为给药组,1组为空白对照组。将药物推入大耳白兔阴道5cm,观察现象。隔天给药1次,连续7次,观察动物情况。随后处死动物,摘取生殖器官,对其进行刺激性性评价,做成切片进行病理学检查。结果栓剂符合Higuchi方程,为扩散与溶胀双重机制,且以扩散为主;凝胶剂符合Higuchi方程,为扩散与骨架溶蚀双重机制,且以扩散为主;片剂符合零级释药模型,为扩散与骨架溶蚀双重机制,且以骨架溶蚀为主。片剂零级释放,释放更均匀。结论释药效果比较研究发现,缓释效果片剂优于其他二者,缓释片剂的释放更均匀。刺激性过敏性试验结果表明3种剂型均无刺激致敏性,安全可靠。

关键词：替硝唑缓释栓剂凝胶剂缓释片剂释放机制刺激致敏性

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藤黄酸长循环纳米粒的制备及其抗肿瘤作用研究

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中国新药杂志 2018年第14期27卷 1639-1644页

作者：郭鸣睿王芳陈立江欧阳德方刘宇梁啸张国林张金凤刘宏生辽宁大学药学院辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心澳门大学中药质量研究国家重点实验室辽宁大学化学院

目的:本研究合成了两亲性三嵌段聚合物聚己内酯-聚乙二醇-聚己内酯(polycaprolactone-polyethylene glycol-polycaprolactone,PCL-PEG-PCL)用以包载藤黄酸形成纳米粒,考察了其制备工艺,体外抗肿瘤活性和药动学。方法:采用聚合反应合成... 详细信息

目的:本研究合成了两亲性三嵌段聚合物聚己内酯-聚乙二醇-聚己内酯(polycaprolactone-polyethylene glycol-polycaprolactone,PCL-PEG-PCL)用以包载藤黄酸形成纳米粒,考察了其制备工艺,体外抗肿瘤活性和药动学。方法:采用聚合反应合成两亲性三嵌段聚合物PCL-PEG-PCL,以此作为胶束载体材料,采用薄膜-水化-超声法制备载藤黄酸的PCL-PEG-PCL自组装纳米粒,并对载药胶束的包封率、粒径、体外释放率和体外抗肿瘤活性等性质进行了考察。结果:本研究所制备的载藤黄酸纳米粒粒径为226.5 nm,PDI为0.208,包封率为92.69%。藤黄酸自组装纳米粒在0.5 h内药物的释放量小于40%,没有出现明显的突释现象。体外抗肿瘤活性实验结果显示载药纳米粒在24 h内抗肿瘤活性低于原料药,但在36 h后载药纳米粒组抗肿瘤活性高于原料药。结论:藤黄酸自组装纳米粒具有良好的体外抗肿瘤作用,具有一定的缓释效果和长循环效果。

关键词：聚己内酯-聚乙二醇-聚己内酯自组装纳米粒藤黄酸抗肿瘤

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基于随机森林和特征选择方法的蛋白质热稳定性影响因素预测

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现代食品科技 2016年第7期32卷 103-108页

作者：张力艾海新张吉宽胡桓刘宏生马树才辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳110036 辽宁大学信息学院辽宁沈阳110036 辽宁大学经济学院辽宁沈阳110036

酶的耐热性对其在食品工业中实现应用至关重要。本文以随机森林算法通过蛋白质序列预测酶的热稳定性,并对影响热稳定性的重要特征进行了分析。计算了从Swiss-Prot数据库获得的1600个包含热稳定性信息的酶的430个特征。采用重复欠抽样法... 详细信息

酶的耐热性对其在食品工业中实现应用至关重要。本文以随机森林算法通过蛋白质序列预测酶的热稳定性,并对影响热稳定性的重要特征进行了分析。计算了从Swiss-Prot数据库获得的1600个包含热稳定性信息的酶的430个特征。采用重复欠抽样法处理数据不平衡问题,采用向后递归特征消去法优选出30个最重要的特征。通过交叉验证和独立测试比较以各特征子集构建的模型,发现仅以氨基酸组成为特征集构建的模型获得了最佳预测效果,模型的总体预测准确率为85.83%、敏感性为89.16%、特异性为73.33%、精度为77.00%、F1度量为74.87%。结果表明氨基酸组成对酶热稳定性的影响最大,嗜热酶中含有更多的谷氨酸、异亮氨酸和赖氨酸,而常温酶中含有更多的谷氨酰胺、丝氨酸和苏氨酸。研究为蛋白质工程改造食品工业用酶的热稳定性提供了一定的理论和方法。

关键词：酶热稳定性随机森林特征选择氨基酸组成

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与阿尔茨海默病发病机制相关的microRNA的研究现状及进展

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辽宁大学学报（自然科学版） 2015年第3期42卷 263-269页

作者：艾海新邓芳博刘宏生辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳110036

阿尔茨海默病(Alzheimer’s Disease,AD)是一种复杂的慢性神经系统退行性疾病,病因和发病机制迄今尚未明确,可能与多种因素有关,如基因突变、氧化应激、线粒体功能障碍、胶质细胞活化、细胞凋亡等.MicroRNA(miRNA)是神经细胞分化、生长... 详细信息

阿尔茨海默病(Alzheimer’s Disease,AD)是一种复杂的慢性神经系统退行性疾病,病因和发病机制迄今尚未明确,可能与多种因素有关,如基因突变、氧化应激、线粒体功能障碍、胶质细胞活化、细胞凋亡等.MicroRNA(miRNA)是神经细胞分化、生长以及神经系统可塑性调节的关键因子,miRNA的异常表达与AD的发病机制密切相关.综述了近年来miRNA在调节β淀粉样前体蛋白(APP)表达、调节淀粉样前体蛋白β位分解酶1(BACE1)表达、调节微管相关蛋白Tau表达以及调节其他非特异性致病因子等与AD发病机制相关因素等方面的研究现状和进展,将为深入系统研究阿尔茨海默病的发病机制提供参考.

关键词：阿尔茨海默病 miRNA 发病机制研究进展

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刺参“腐皮综合症”致病菌LNUB415的分离及防治的初步研究

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微生物学杂志 2012年第2期32卷 68-72页

作者：艾海新于晶晶郑方亮朱春玉丁国伟李鹤刘宏生辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳110036

从大连海域患"腐皮综合症"的养殖刺参肠道中分离纯化到1株优势细菌LNUB415,经人工回接感染试验确定其对刺参具有较强的致病性。经形态学、生理生化和16S rDNA序列分析,该菌被初步鉴定为蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)。从多... 详细信息

从大连海域患"腐皮综合症"的养殖刺参肠道中分离纯化到1株优势细菌LNUB415,经人工回接感染试验确定其对刺参具有较强的致病性。经形态学、生理生化和16S rDNA序列分析,该菌被初步鉴定为蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)。从多种具有免疫增强作用的中草药中筛选到抑菌效果最好的黄连,可使刺参死亡率降低30%。

关键词：刺参腐皮综合症蜡样芽胞杆菌黄连抑菌

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基于网络相似性整合算法的lncRNA与miRNA相互作用预测研究

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牡丹江医学院学报 2021年第4期42卷 62-65,103页

作者：丁尉哲南洋吴卷书崔迪张力刘宏生辽宁大学生命科学院辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁省药物分子模拟与设计工程实验室辽宁沈阳110036

目的提出一种基于网络相似性算法的lncRNA-miRNA相互作用预测新方法。方法在lncRNASNP2、LNCipedia、miRBase、NONCODE、microRNA、miRTarBase 7.0数据库中筛选lncRNA-miRNA互作关系及lncRNA和miRNA的序列、表达谱、功能数据后,应用Needleman-Wunsch算法分析lncRNA和miRNA的序列相似度并整合到不同的相似度矩阵中,最终使用NSILMI模型处理并得到预测的lncRNA-miRNA互作得分。结果当α为0.7时,基于序列相似度的NSILMI获得了最高的预测性能;在5折交叉验证中,其ROC曲线下面积为0.9814,显示出较好的预测准确性;基于功能相似度和表达谱相似度计算的AUC值分别为0.8831和0.8654;同时,通过NSILMI模型预测得到的20个lncRNA-miRNA互作对中的16个已被实验验证。结论本研究提出一种用于预测lncRNA-miRNA相互作用的NSILMI模型;该模型为lncRNA-miRNA关联的预测提供了新手段,也为复杂疾病的研究提供新方法和思路。

关键词： lncRNA-miRNA 网络相似性整合算法相互作用预测归一化处理

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桦褐孔菌鲨烯合酶基因真核表达载体的构建

桦褐孔菌鲨烯合酶基因真核表达载体的构建

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第三届环渤海微生物学术研讨会

作者：邓芳博朱俊丰艾海新刘宏生辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳 110036 辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳 110036

桦褐孔菌是十分珍贵的药用真菌,具有提高免疫力、预防糖尿病、降血压等功能。近年,其药用价值、营养价值、经济价值受到人们广泛关注,成为今年来的研究热点。其药效作用主要跟桦褐孔菌中的三萜类化合物的活性有关。鲨烯合酶(Squalene Sy...

桦褐孔菌是十分珍贵的药用真菌,具有提高免疫力、预防糖尿病、降血压等功能。近年,其药用价值、营养价值、经济价值受到人们广泛关注,成为今年来的研究热点。其药效作用主要跟桦褐孔菌中的三萜类化合物的活性有关。鲨烯合酶(Squalene Synthase,SQS),是桦褐孔菌三萜类物质合成的关键酶,其表达量和活性决定了三萜类化合物的产量。

关键词：

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H5N1亚型禽流感病毒NS1基因截短体的克隆与原核表达

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微生物学杂志 2012年第3期32卷 1-6页

作者：郑方亮朱春玉商玲玲马杰良孙婷婷艾海新朱俊峰段艳婷朱应刘宏生辽宁大学生命科学院辽宁省高校动物资源与疫病防治重点实验室辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳110036

禽流感病毒H5N1 NS1蛋白是一种非结构蛋白,在病毒感染过程中发挥着重要的作用。构建基因截短的重组蛋白,可为进一步研究NS1不同结构域与宿主蛋白间的相互作用奠定基础。在成功克隆禽流感病毒H5N1全长NS1基因并测序的基础上,将部分截短... 详细信息

禽流感病毒H5N1 NS1蛋白是一种非结构蛋白,在病毒感染过程中发挥着重要的作用。构建基因截短的重组蛋白,可为进一步研究NS1不同结构域与宿主蛋白间的相互作用奠定基础。在成功克隆禽流感病毒H5N1全长NS1基因并测序的基础上,将部分截短基因序列克隆到表达载体pET28a(+)上,构建基因截短的重组表达质粒pET28a-NS1-RBD和pET28a-NS1-ED,转化大肠埃希菌BL21(DE3),阳性重组质粒经IPTG诱导表达后进行SDS-PAGE检测,获得预期蛋白的表达,然后利用Ni-NTA树脂蛋白纯化系统对重组蛋白进行纯化,并通过Western Blotting进一步确认NS1及截短体蛋白的表达。结果表明,实验成功构建禽流感病毒H5N1亚型的NS1蛋白截短体,并在大肠埃希菌中高效表达,这为进一步研究NS1蛋白不同结构域与宿主蛋白的相互作用提供了实验材料,为深入研究NS1蛋白的生物学功能奠定了坚实基础。

关键词：禽流感病毒H5N1 NS1 截短体原核表达纯化

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基于随机游走算法预测lncRNAs与疾病关系的研究进展

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辽宁大学学报（自然科学版） 2018年第3期45卷 273-280页

作者：赵琪梁丹胡桓张力刘宏生辽宁大学数学院辽宁沈阳110036 辽宁大学生命科学院辽宁沈阳110036 辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心辽宁沈阳110036

近年来,lncRNAs引起了研究者的广泛关注.随着实验技术与智能计算方法的快速发展,lncRNAs已经被证明与人类的许多复杂疾病息息相关.相比一般的实验方法而言,智能算法能够更高效、更便捷的预测与疾病相关的lncRNAs,并且挑选出可能性最高的... 详细信息

近年来,lncRNAs引起了研究者的广泛关注.随着实验技术与智能计算方法的快速发展,lncRNAs已经被证明与人类的许多复杂疾病息息相关.相比一般的实验方法而言,智能算法能够更高效、更便捷的预测与疾病相关的lncRNAs,并且挑选出可能性最高的lncRNAs加以实验验证,从而提高效率增强可靠性.文章以随机游走算法为例,首先综述了lncRNAs与随机游走智能算法的相关概念及随机游走算法的应用范围与局限性,其次在预测lncRNAs与疾病关系中,通过数学模型来说明传统随机游走与改进随机游走的本质区别,最后讨论了其发展趋势.

关键词： lncRNAs 疾病随机游走智能算法

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