目的筛选合适的内参基因以检测细粒棘球绦虫水通道蛋白(aquaporins of Echinococcus granulosus,EgAQPs)基因在原头蚴发育为棘球蚴过程中的转录表达水平。方法通过geNorm软件分析5个候选内参基因(ND1、ATP6、elp、actin和ActⅡ)在原头...
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目的筛选合适的内参基因以检测细粒棘球绦虫水通道蛋白(aquaporins of Echinococcus granulosus,EgAQPs)基因在原头蚴发育为棘球蚴过程中的转录表达水平。方法通过geNorm软件分析5个候选内参基因(ND1、ATP6、elp、actin和ActⅡ)在原头蚴成囊过程中的稳定性,并运用RT-q PCR方法检测体外培养原头蚴及原头蚴在小鼠体内囊化形成的继发棘球蚴中EgAQPs基因转录表达量。结果actin和ActⅡ、ATP6和ND1分别为检测体外培养原头蚴和原头蚴囊化形成的继发棘球蚴囊壁生发层细胞EgAQPs基因转录表达状态的理想内参基因。EgAQP3和EgAQP9在体外培养第3天的原头蚴中转录表达量最高,随着培养时间的增加,转录表达量呈持续下降的趋势,且不同培养时间转录表达量的差异有统计学意义(P<0.05);EgAQP4在体外培养第25天的原头蚴中转录表达量最高(P<0.05),在体外培养第3、15、35天的原头蚴中转录表达量较低,这3个时间点的差异无统计学意义(P>0.05)。EgAQP3、EgAQP4和EgAQP9在原头蚴中转录表达量最高(P<0.05),随着感染时间的延长,EgAQP3、EgAQP4和EgAQP9的转录表达水平在接种原头蚴感染小鼠后第3~7个月的继发棘球蚴囊壁生发层细胞中转录表达水平很低,差异无统计学意义(P>0.05)。EgAQP、EgAQP1、EgAQPFA-CHIP和EgAQPAnG在原头蚴和继发棘球蚴囊壁生发层细胞中的转录表达水平均很低,基本上检测不到。结论通过geNorm软件筛选了原头蚴发育为棘球蚴过程中稳定的内参基因;原头蚴囊化的继发棘球蚴囊壁生发层细胞中EgAQPs基因的转录表达水平很低,可能与棘球蚴液形成或积累有关。
目的本研究旨在了解弓形虫感染小鼠肺组织转录组的变化。方法取感染和未感染弓形虫的小鼠肺组织提取总RNA并制备cDNA文库,采用BGISEQ-500测序平台对文库进行高通量转录组测序。从测序结果中筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并随机筛选10个差异表达基因利用实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,q-PCR)对其表达量进行验证。对总的差异表达基因进行Gene Ontology(GO)富集分析、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析和关键驱动基因(Key driver gene analysis,KDA)分析。结果总共筛选到286个差异表达基因,其中上调基因234个,下调基因52个。随机筛选的10个差异表达基因的q-PCR结果与测序结果的变化趋势一致,说明转录组测序结果可靠。GO分析结果显示差异表达基因主要与免疫和细胞因子相关。KEGG富集分析结果显示与细胞因子相关的通路:细胞因子与细胞因子受体互作和趋化因子信号通路被显著富集,分别为Top1和Top4。对两条通路中显著富集的24个差异表达基因进行KDA分析,共筛选到10个关键驱动基因:Tnf、Cxcl10、Il10、Ccl2、Ifng、Cxcl9、Cxcr2、Ccr5、Ccl4和Ccl7。结论在弓形虫感染小鼠的肺组织中,Tnf、Cxcl10、Il10、Ccl2、Ifng、Cxcl9、Cxcr2、Ccr5、Ccl4、Ccl7可能发挥了重要作用。
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