检索结果-内蒙古大学图书馆

中国病理生理杂志 2023年第2期39卷 314-324页

作者：梁利邓琳罗瑞冯乃波李小丽范梦恬郭风劲重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016

目的:探讨内质网到细胞核信号1(endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1,ERN1)基因对炎症微环境中软骨细胞炎症因子和软骨分解代谢的影响。方法:通过CRISPR-Cas9系统构建人ERN1基因敲除的C28/I2软骨细胞株(ERN1 KO);从C57BL/6J背景的ERN1软骨特异性敲除(ERN1 cKO)小鼠软骨组织分离原代软骨细胞,分别为对照组(ERN1flox/flox)、ERN1 cKO组(ERN1flox/flox-Col2Cre+);在C28/I2人正常软骨细胞中过表达ERN1腺病毒(Ad ERN1),以AdGFP为对照组;实验采用10μg/L白介素1β(interleukin-1β,IL-1β)诱导过表达ERN1软骨细胞或ERN1缺陷软骨细胞,形成炎症微环境,用qPCR和Western blot检测IL-1β处理ERN1缺失或过表达ERN1细胞后,肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor α,TNFα)、IL-4、IL-6、IL-10等炎症因子和软骨分解代谢标志物基质金属蛋白酶13(matrix metalloproteinase 13,MMP13)、含血小板结合蛋白基序的解整联蛋白及金属蛋白酶5(a disintegrin and me?talloproteinase with thrombospondin motifs 5,ADAMTS5)的表达。前交叉韧带切除(anterior cruciate ligament resec?tion,ACLT)术制作ERN1 cKO小鼠骨关节炎(osteoarthriti,OA)模型,免疫组化法检测软骨组织TNFα和IL-1β的表达。结果:成功将ERN1单向导RNA(sgRNA)构建至LentiCRISPRv2载体,并在C28/I2细胞中成功筛选出ERN1敲除稳定细胞株。qPCR结果显示,在体外炎症微环境中,敲除ERN1可上调软骨细胞促炎细胞因子IL-6和TNFαmRNA水平(P<0.05),下调抗炎细胞因子IL-4和IL-10 mRNA水平(P<0.05)。Western blot结果显示,当软骨细胞处于炎症微环境中,敲除ERN1可显著上调TNFα表达(P<0.05),增强ADAMTS5和MMP13的表达(P<0.05),而过表达ERN1则显著抑制TNFα表达(P<0.05)。免疫组化法结果显示,ACLT术后ERN1 cKO可促进TNFα、IL-1β表达。结论:ERN1基因通过调节促炎及抗炎因子平衡参与炎症反应。

关键词： ERN1基因炎症因子软骨细胞软骨分解代谢

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COX联合XGBoost的原发睾丸弥漫大B细胞淋巴瘤预后模型构建与验证

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现代预防医学 2023年第13期50卷 2326-2331页

作者：秦佳佳陈曦沈子园朱晓晓桑威金英良徐州医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室安徽医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室徐州医科大学附属医院血液科

目的原发睾丸弥漫大B细胞淋巴瘤全球发病率逐年增长，且因为血睾屏障的存在，死亡率高，目前尚缺乏多中心的大型回顾性分析数据进行疾病的预后研究。方法从SEER数据库的22个中心机构获取2000—2019年期间，诊断为原发睾丸弥漫大B细胞... 详细信息

目的原发睾丸弥漫大B细胞淋巴瘤全球发病率逐年增长，且因为血睾屏障的存在，死亡率高，目前尚缺乏多中心的大型回顾性分析数据进行疾病的预后研究。方法从SEER数据库的22个中心机构获取2000—2019年期间，诊断为原发睾丸弥漫大B细胞淋巴瘤的患者资料进行回顾性分析，共纳入816例患者，按7:3的比例随机分为建模组和验证组。采用多变量COX逐步回归联合XGBoost机器学习模型筛选预后特征变量，将二者筛选出的共同预后因子构建列线图并对其重要度进行排序；时间依赖性ROC曲线验证模型的预测性能，校准曲线确定模型的一致性，决策曲线(decision curve analysis,DCA)评估模型的临床实用性与有效性。结果 COX回归结合XGBoost筛选出的共同预后因子为：年龄、手术、放疗、双侧发病、化疗、系统治疗、Ann Arbor分期；将其按照重要度排序，由大到小依次为：年龄、系统治疗、Ann Arbor分期、手术、双侧发病、化疗、放疗。基于联合模型筛选出的共同预后因子构建列线图，ROC曲线、校准曲线和DCA曲线显示模型具有良好的预测性能和临床实用性。结论本研究构建的机器学习模型结合回归模型能准确预测原发睾丸DLBCL患者的预后，为临床的精准诊疗提供科学依据。

关键词：原发睾丸弥漫大B细胞淋巴瘤机器学习模型预后

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基于蛋白质组学的胃腺癌患者预后标志物筛选

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中国卫生统计 2025年第1期42卷 18-25,32页

作者：刘佳璐韩鑫浩魏孝礼陈璐程丽霞陈英东王文晗张秋菊哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 150081 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院消化内科

目的利用TCPA及UCSC Xena数据库获取样本信息,构建胃腺癌预后相关蛋白的预测模型,并检验其应用价值,以期为临床治疗与相关机制研究提供参考。方法利用R语言软件,通过单因素Cox分析和LASSO-Cox回归分析筛选与胃腺癌预后有关的蛋白质,并... 详细信息

目的利用TCPA及UCSC Xena数据库获取样本信息,构建胃腺癌预后相关蛋白的预测模型,并检验其应用价值,以期为临床治疗与相关机制研究提供参考。方法利用R语言软件,通过单因素Cox分析和LASSO-Cox回归分析筛选与胃腺癌预后有关的蛋白质,并计算风险评分,根据风险评分结果将患者划分为高风险组和低风险组开展生存分析。同时绘制风险评分的ROC曲线、蛋白质热图等,用以评估这些蛋白质的预测能力。然后,将风险评分与患者其他临床表型数据结合,进行多因素回归分析,建立预后模型,并绘制列线图。通过C-index指标、ROC曲线、决策曲线等评估预后模型建立的准确性。进行GO富集分析与KEGG富集分析,探索相关蛋白所参与的生物学过程。结果通过单因素Cox分析及LASSO-Cox分析筛选出15个差异蛋白质(CKIT、CHK1、CLAUDIN7、COLLAGENVI、DVL3、EGFR_pY1173、ERALPHA_pS11、NFKBP65_pS536、SYK、ETS1、MYOSINIIA_pS1943、P21、P90RSK、RAPTOR、XBP1),用于计算蛋白质风险评分。通过多因素回归分析,筛选出年龄、性别、M分期、N分期、风险评分这5种因素,构建预后模型。生存分析结果认为,蛋白质风险评分划分的高低风险组之间的总生存率有显著差异(P<0.0001)。列线图可以用来预测患者3年、5年的生存率,并认为具有较好的预测价值(C-index=0.7257)。ROC曲线显示模型在预测中表现出稳定的灵敏度和特异度(AUC=0.77和0.86)。结论胃腺癌预后相关蛋白质的预测模型可用来预测患者的临床预后,研究结果可为个性化治疗和管理提供参考。

关键词：胃腺癌预测模型预后

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生物学年龄量化方法研究进展

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中华流行病学杂志 2023年第3期44卷 516-520页

作者：曹利美陈淑婷王彤山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030001

生物学年龄已被证明优于时序年龄衡量个体间衰老的真实差异,但生物学年龄的量化方法在衰老研究领域至今未达成共识。本文对目前常用的一些生物学年龄的量化方法进行概述,并提出展望。

关键词：生物学年龄衰老量化

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A549细胞中DBNLS232磷酸化调控丝状伪足形成及细胞迁移运动

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陆军军医大学学报 2023年第17期45卷 1797-1805页

作者：尹讯张涛李瑶张莲张春冬重庆医科大学分子医学与肿瘤研究中心重庆400016 重庆医科大学生物化学与分子生物学教研室重庆400016

目的分析脑发育调节蛋白样蛋白(Drebrin-like,DBNL)对肺腺癌细胞迁移运动的影响,及其特异位点磷酸化修饰在丝状伪足形成中的作用。方法基于shRNA表达载体建立稳定敲减DBNL表达的A549细胞,分析其对癌细胞迁移运动的影响;综合利用在线蛋... 详细信息

目的分析脑发育调节蛋白样蛋白(Drebrin-like,DBNL)对肺腺癌细胞迁移运动的影响,及其特异位点磷酸化修饰在丝状伪足形成中的作用。方法基于shRNA表达载体建立稳定敲减DBNL表达的A549细胞,分析其对癌细胞迁移运动的影响;综合利用在线蛋白质组数据库、定点突变和间接免疫荧光分析A549细胞中过表达野生型DBNL及3个位点突变型(S146E、T165E、S232E和S232A)对微丝骨架形态、丝状伪足形成及细胞迁移运动的影响;通过免疫沉淀实验确定A549细胞中S232位点发生磷酸化修饰。结果肺癌细胞中稳定敲减DBNL表达显著抑制细胞迁移运动(P<0.001)。通过CPTAC蛋白组数据库分析发现,肺腺癌样本中相较于癌旁组织DBNL蛋白水平表达差异不明显(P>0.05);但3个丝氨酸/苏氨酸磷酸化位点S146、T165和S232修饰化水平明显上调(P<0.001)。野生型及模拟磷酸化突变体S146E、T165E、S232E过表达在A549细胞中,免疫荧光检测发现S232E富集于膜周凸起,且显著促进癌细胞丝状伪足形成(P<0.001);而表达磷酸化失活型S232A则诱导其弥散状分布在细胞质中,并抑制丝状伪足形成(P<0.01)。最后利用免疫共沉淀及通用型丝氨酸磷酸化抗体证明A549细胞中DBNL的S232位点被磷酸化修饰;并基于在线磷酸化序列激酶预测分析发现,p38和CDK5等激酶是S232位点的潜在修饰激酶。结论肺腺癌细胞A549中磷酸化DBNLS232调控丝状伪足形成并促进细胞迁移运动。

关键词：肺癌脑发育调节蛋白样蛋白磷酸化修饰细胞运动丝状伪足

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当归多糖促进5-氟尿嘧啶作用后小鼠应激性红细胞发生

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中国药理学通报 2023年第10期39卷 1949-1956页

作者：王碧瑶肖含先之牛依琳孙念慈汪子铃王亚平王璐重庆医科大学基础医学院干细胞与组织工程研究室重庆400016 重庆医科大学基础医学院组织学与胚胎学教研室重庆400016

目的探讨当归多糖(Angelica sinensis polysaccharide,ASP)拮抗5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil,5-FU)对小鼠脾脏应激性红细胞发生的影响及其相关机制。方法选取6~8周龄的C57BL/6J小鼠,雌雄各半,分为对照组、ASP组、5-FU组、ASP+5-FU组。记录建模时期小鼠体质量,血细胞计数仪分析外周血常规;观察脾脏组织切片病理学改变;计算脾指数;台盼蓝染色法计数小鼠股骨骨髓单个核细胞及脾细胞数;分离培养及计数脾脏单个核细胞爆氏红系集落形成单位;流式细胞术检测F4/80+脾巨噬细胞数量;qRT-PCR检测脾脏黏附分子基因Emp,铁转运基因Hmox-1、Trf、Fpn、TrfR以及核内吞基因Tim4、MerTK表达水平。结果ASP部分逆转5-FU致伤小鼠体质量、红细胞数量、血红蛋白含量和红细胞压积、骨髓单个核细胞数量下降;ASP增大脾脏体积、提升脾指数、红髓面积、脾细胞数量,促进脾脏BFU-E形成;ASP拮抗5-FU,维持F4/80+脾巨噬细胞数量,促进Emp、Hmox-1、Trf、Fpn、TrfR、Tim4及MerTK基因表达。结论ASP通过保护脾脏幼红细胞岛中央巨噬细胞数量及功能,促进小鼠脾脏应激性红细胞发生。

关键词：当归多糖 5-氟尿嘧啶应激性红细胞发生爆氏红系集落形成单位幼红细胞岛巨噬细胞

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基于TransUNet改进的多任务模型在直肠癌新辅助治疗中的应用

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中国卫生统计 2025年第1期42卷 2-6页

作者：尹淑文丁志鹏李岩高国闳程丽霞陈英东王文晗张秋菊周洋哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 150081 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院影像中心

目的本研究基于深度学习方法对分割模型TransUNet做部分改进,构建既可分割又可预测分类的多任务模型,并应用于直肠癌新辅助治疗患者敏感人群识别的核磁图像中。方法多任务模型在TransUNet基础上添加分类结构,具体为全连接层(输入为512,... 详细信息

目的本研究基于深度学习方法对分割模型TransUNet做部分改进,构建既可分割又可预测分类的多任务模型,并应用于直肠癌新辅助治疗患者敏感人群识别的核磁图像中。方法多任务模型在TransUNet基础上添加分类结构,具体为全连接层(输入为512,输出为256)、ReLU激活函数、全连接层(输入为256,输出为3),实现三分类结局的预测,即疾病稳定(stable disease,SD),部分反应(partial response,PR)和完全反应(complete response,CR)。以2015—2017年哈尔滨医科大学附属肿瘤医院收治的71名直肠癌患者新辅助化疗前的3D核磁图像提取为2D图像作为研究数据,采用Dice系数和豪斯多夫距离评价分割效果,准确率、micro-precision、micro-recall和micro-F1 score评价分类效果。结果模型训练了100个轮次,分割任务在测试集上的平均Dice系数和平均豪斯多夫距离分别为0.851和10.806,分类任务从切片角度,测试集上的准确率、micro-precision、micro-recall和micro-F1 score均为0.615,从患者角度,四个指标均为0.857。结论分割任务效果良好,分类任务以切片为单位,效果一般,以患者为单位,考虑到结局为三分类,尚且可以接受。该多任务模型有潜力用于临床进行辅助诊断。

关键词：深度学习多任务学习结直肠癌新辅助治疗

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网络增强核融合方法的改进及其在乳头状肾细胞癌多组学数据整合分子分型中的应用

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中国卫生统计 2024年第3期41卷 376-381页

作者：师国京李灵梅魏亿芳赵鑫房瑞玲杨海涛余红梅张岩波曹红艳山西医科大学卫生统计教研室 030001 重大疾病风险评估山西省重点实验室河北医科大学流行病与卫生统计学教研室

目的针对网络增强的相似网络融合(network enhancement fusion,ne-SNF)方法先融合不同组学网络,再对融合后的网络降噪,忽略了不同组学相似网络噪声对融合网络影响的问题,本文提出了改进的网络增强融合(improved network enhancement fus... 详细信息

目的针对网络增强的相似网络融合(network enhancement fusion,ne-SNF)方法先融合不同组学网络,再对融合后的网络降噪,忽略了不同组学相似网络噪声对融合网络影响的问题,本文提出了改进的网络增强融合(improved network enhancement fusion,improved ne-SNF)方法,并探讨其在乳头状肾细胞癌(papillary renal cell carcinoma,PRCC)分子分型中的应用,识别PRCC高危患者,筛选重要通路及免疫浸润细胞。方法通过模拟研究评估improved ne-SNF分型性能,并将其用于PRCC多组学数据的整合分型,利用Cox回归模型分析不同分型患者的预后风险;筛选不同分型的差异表达mRNA(DEmRNAs)、miRNA(DEmiRNAs)及差异甲基化基因(DMGs),并对其重合基因进行KEGG通路分析;最后对不同分型患者进行免疫细胞浸润分析。结果模拟研究结果表明improved ne-SNF在不同信号比例和噪声强度下的分型准确性均优于SNF和ne-SNF。improved ne-SNF方法将PRCC患者分为高危组和低危组,高危组患者的死亡风险是低危组的7.727倍;筛选出3511个DEmRNAs,96个DEmiRNAs及3426个DMGs,其联合分析的649个重合基因得到42条有统计学差异的KEGG通路。此外,筛选出3种在不同分型中存在统计学差异的免疫浸润细胞。结论improved ne-SNF分型性能优于SNF和ne-SNF,且能够有效识别PRCC预后高风险患者,并筛选出PRCC重要通路及相关免疫浸润细胞,为PRCC的治疗及预后提供新的思路和参考依据。

关键词：改进的网络增强融合乳头状肾细胞癌多组学数据整合分子亚型

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基于降秩回归的血脂相关膳食模式与糖尿病的关系

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中华疾病控制杂志 2023年第1期27卷 29-35页

作者：乔婷婷张焕文罗涛赵辉张国珍戴江红新疆医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室乌鲁木齐830000

目的探寻血脂相关膳食模式与糖尿病的关联,为糖尿病的膳食干预提供科学依据。方法选取4 759名来自伊犁州霍城县的农村居民作为研究对象,通过问卷调查、体格检查及实验室检测收集研究对象的相关资料。通过降秩回归法提取血脂相关膳食模... 详细信息

目的探寻血脂相关膳食模式与糖尿病的关联,为糖尿病的膳食干预提供科学依据。方法选取4 759名来自伊犁州霍城县的农村居民作为研究对象,通过问卷调查、体格检查及实验室检测收集研究对象的相关资料。通过降秩回归法提取血脂相关膳食模式;利用Pearson相关分析评估血脂相关膳食模式评分及各食物组摄入量与血脂的相关性;并通过logistic回归分析模型探寻血脂相关膳食模式与糖尿病患病风险之间的关联。结果血脂相关膳食模式主要以小麦、畜肉和油炸面食摄入较多,而杂粮、蔬菜和水果等摄入较少为特征。血脂相关膳食模式与TC (r=0.296,P<0.001)、LDL-C(r=0.225,P<0.001)及TG(r=0.332,P<0.001)呈正相关,而与HDL-C(r=-0.237,P<0.001)呈负相关。logistic回归分析模型分析结果显示,调整混杂因素后,血脂相关膳食模式评分Q4组比Q1组的糖尿病患病风险增加99%(OR=1.99;95%CI:1.47~2.68;P<0.001),且随着膳食模式评分增高,糖尿病患病风险具有升高的线性趋势(P_(趋势)<0.001)。结论血脂相关膳食模式评分与糖尿病患病风险呈正相关,通过膳食来优化血脂水平可能有助于糖尿病的早期预防。

关键词：降秩回归血脂膳食模式糖尿病

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RNN、JPR及ARIMA 3种模型预测中国农村孕产妇死亡率的比较

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中华疾病控制杂志 2023年第11期27卷 1308-1313页

作者：尹小兰何芯芯杜林李远盛张俊辉西南医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室泸州646000

目的利用循环神经网络(recurrent neural network,RNN)模型、Joinpoint回归(Joinpoint regression,JPR)模型、差分自回归移动平均(autoregressive integrated moving average,ARIMA)模型预测中国农村孕产妇死亡率(maternal mortality rate,MMR)的应用价值,并对《“健康中国2030”规划纲要》等文件提出的MMR下降目标能否实现进行统计预测。方法基于2000―2019年中国农村MMR数据建立RNN、JPR及ARIMA模型,通过平均绝对误差(mean absolute error,MAE)、均方误差(mean squared error,MSE)、均方根误差(root mean square error,RMSE)比较3种模型的回代拟合效果,通过残差及相对误差比较3种模型对2020年中国农村MMR数据进行点预测的效果,利用优选模型对2021―2030年中国农村的MMR进行预测。结果2000―2020年中国农村的MMR整体呈持续下降趋势。3种模型回代拟合效果由好到差排序为:RNN>JPR>ARIMA,RNN模型的MAE、MSE、RMSE均<0.02。3种模型的点预测效果由好到差排序为:RNN>JPR>ARIMA。最优的RNN模型预测结果显示,2022年中国农村MMR预测值为18.02/10万,能够实现《“健康中国2030”规划纲要》等文件的下降目标;2025及2030年中国农村MMR预测值分别为17.58/10万、17.27/10万,均不能实现《“健康中国2030”规划纲要》等文件的下降目标。结论RNN模型预测效果优于JPR模型及ARIMA模型,JPR模型预测效果一般,ARIMA模型不太适合本数据的预测。

关键词：孕产妇死亡率循环神经网络模型 Joinpoint回归模型差分自回归移动平均模型预测

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