检索结果-内蒙古大学图书馆

重庆医科大学学报 2018年第2期43卷 167-171页

作者：熊进成朱士胜赵鹏马若翔肖翾李红卫李剑波重庆医科大学基础医学院法医学教研室重庆400016 重庆医药高等专科学校医学技术学院生物化学教研室重庆401331 遵义医药高等专科学校基础医学部病理学教研室遵义563006 重庆市公安局刑警总队技术处重庆400021

目的:采用核磁共振氢谱(~1H-NMR)结合模式识别的方法研究SD大鼠弥漫性轴索损伤(diffuse axonal injury,DAI)后血浆代谢的变化,探讨~1H-NMR在DAI中应用的可行性,并筛选出DAI的早期差异代谢物。方法:采用改良的Marmarou A法建立SD大鼠DAI... 详细信息

目的:采用核磁共振氢谱(~1H-NMR)结合模式识别的方法研究SD大鼠弥漫性轴索损伤(diffuse axonal injury,DAI)后血浆代谢的变化,探讨~1H-NMR在DAI中应用的可行性,并筛选出DAI的早期差异代谢物。方法:采用改良的Marmarou A法建立SD大鼠DAI模型,分为打击致伤组(n=6),假手术组(n=6,给予打击致伤组相同的打击前准备,但不予以打击),于致伤后1 d抽取心血,分离出血浆。应用~1H-NMR结合模式识别技术对大鼠血浆进行代谢组学分析,筛选差异代谢物。结果:通过对打击致伤组与假手术组血浆代谢组差异代谢物的相关性分析及独立样本t检验,筛选出相关系数丨r丨>0.6且P<0.05的差异代谢物。结果显示,与假手术组相比,打击致伤组血浆中丙酮酸(Pyruvate)(r=-0.831,P=0.019)、赖氨酸(Lysine)(r=-0.773,P=0.030)、谷氨酸(Glutamate)(r=-0.772,P=0.042)、谷氨酰胺(Glutamine)(r=-0.772,P=0.042)、异丁酸(Isobutyrate)(r=-0.631,P=0.045)、甘油(Glycerol)(r=-0.844,P=0.032)明显升高,丙二酸二乙酯(Malonate)(r=0.699,P=0.038)、L2(r=0.786,P=0.047)、L3(r=0.666,P=0.031)、L4(r=0.715,P=0.022)、L10(r=0.663,P=0.025)、β-葡萄糖(β-Glucose)(r=0.800,P=0.030)、α-葡萄糖(α-Glucose)(r=0.808,P=0.015)明显降低。结论:基于~1H-NMR结合模式的方法对DAI后血浆的代谢组学分析是可行的,所筛选出的13种差异代谢物及其表达变化,不仅为进一步探索DAI的病理生理机制提供了新的研究基础;同时,对于临床DAI的早期诊断、治疗及法医学鉴定提供了重要的方法和依据。

关键词：弥漫性轴索损伤代谢组学 ^1H-NMR SD大鼠

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阿尔茨海默病差异表达基因的生物信息学分析

引用

重庆医科大学学报 2019年第4期44卷 434-440页

作者：朱士胜张丽代亚磊张怡徐妍石雪萍廖勇重庆医药高等专科学校医学技术学院生物化学教研室重庆市药物制剂工程技术研究中心重庆401331 重庆医科大学基础医学院法医学教研室重庆400016

目的:应用生物信息学方法分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)不同病情程度的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),在分子水平上探讨AD的发病制,为研究AD提供新思路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression ... 详细信息

目的:应用生物信息学方法分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)不同病情程度的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),在分子水平上探讨AD的发病制,为研究AD提供新思路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE28146,使用在线分析工具GEO2R分别筛选AD轻度组、中度组和重度组与正常对照组比较的DEGs。运用DAVID数据库对筛选出的DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并采用Cytoscape软件筛选关键基因。结果:AD轻度组、中度组和重度组分别筛选出881、896和1142个DEGs。GO功能富集显示:轻度组与凋亡相关过程的激活、调节免疫反应、蛋白质磷酸化等生物过程密切相关,中度组与炎症反应、凋亡调节、钙离子的释放等生物过程密切相关,重度组与NF-κB的激活、蛋白质磷酸化和去磷酸化、细胞外基质的降解等生物过程密切相关。KEGG分析显示:轻度组主要富集到p53和TGF-β等信号通路,中度组主要富集到癌症途径、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞黏附分子等信号通路,重度组主要富集到细胞周期、Hippo信号通路、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。蛋白互作网路分析各组富集程度最高的前5个关键基因:轻度组为GART、EHMT2、KRAS、ESR1、CD44;中度组为CBLB、HERC1、UBE2G1、UBE2M、HECW2;重度组为UBE2C、SOCS3、FBXW7、UBE3B、UBA6。结论:采用生物信息学方法分析不同病情程度的AD,所富集的信号通路和筛选出的关键基因可能在AD发生发展过程中起重要作用,为进一步深入研究AD提供了依据和思路。

关键词：阿尔茨海默病差异表达基因生物信息学蛋白质相互作用关键基因

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