目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色...
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目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色医学中心消化内科35例胃镜样本(正常胃窦/胃体15例,SRCC 20例)。采用以下多组学分析:染色质可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)检测染色质开放区域;染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)捕获H3K27me3沉默子区域;转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析转录组。测序于Illumina NovaSeq 6000平台完成(符合深度标准)。通过DESeq2筛选H3K27me3相关差异基因(|Log_(2)FC|>1,FDR<0.05),并通过基因本体论(Gene Oncology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析进行功能富集,Homer鉴定转录因子基序,Cytoscape构建调控网络,并使用免疫组化进行验证,探讨其调控机制。结果SRCC沉默子主要分布于基因组远端基因间区(占37.06%)。与正常组织相比,SRCC中H3K27me3沉默子信号显著降低(95%CI:1.34~2.30,P=0.007),共鉴定出6257个丢失位点(FDR<0.01)。CUT&Tag和RNA-seq整合分析显示,380个因沉默子丢失而上调的基因显著富集于免疫相关通路,如T细胞受体信号通路(OR=4.2,95%CI:2.8~6.3,P=0.002)。免疫组化验证表明,转录因子EHF表达显著升高(P<0.05)。结论SRCC中存在H3K27me3沉默子重塑现象,转录因子EHF可能在SRCC恶性进展中发挥关键作用。
目的探究雌二醇(E2)结合其重组人雌激素受体β(ESR2)对C28I2细胞增殖和凋亡的效应。方法PCR扩增ESR2序列并构建腺病毒重组质粒pAd-ESR2,在HEK293细胞中包装重组腺病毒Ad-ESR2。用Ad-ESR2和ESR2-siRNA处理人正常软骨细胞C28I2,分别设置对照组(C28I2+DMSO)、E2组(C28I2+E2)、Ad-ESR2组(C28I2+DMSO+Ad-ESR2)、E2+Ad-GFP组(C28I2+E2+Ad-GFP)、E2+Ad-ESR2组(C28I2+E2+Ad-ESR2)、E2+sicontrol组(C28I2转染sicontrol+E2)、E2+ESR2-si1组(C28I2转染ESR2-si1+E2)、E2+ESR2-si3组(C28I2转染ESR2-si3+E2)。免疫印迹测定ER Stress和细胞凋亡相关蛋白表达,qRT-PCR检测增殖相关标志基因的表达,借助EdU试剂盒和流式细胞术测定细胞增殖和凋亡情况。使用ERK通路抑制剂U0126分别设定E2组、E2+U0126组(C28I2+E2+U0126)、E2+Ad-ESR2组、E2+Ad-ESR2+U0126组(C28I2+E2+Ad-ESR2+U0126)。通过免疫印迹实验探究C28I2细胞中E2通过ERβ调控ERK信号通路影响ER stress和凋亡。结果成功构建过表达腺病毒Ad-ESR2和靶向ESR2的siRNA;过表达Ad-ESR2能够促进E2处理后IRE1α[1.20±0.06 vs 0.95±0.05,P<0.05]、PERK[1.29±0.04 vs 1.03±0.02,P<0.05]和XBP1s[1.17±0.03 vs 0.82±0.02,P<0.05]的表达,促进凋亡Cleaved Caspase12(P<0.05)、抑制增殖相关标志基因PCNA(P<0.05)、CyclinB1(P<0.05)、CyclinD1(P<0.05)的表达,且ERK磷酸化激活降低(P<0.05);转染ESR2-siRNA后,细胞的内质网应激相关蛋白和细胞凋亡相关蛋白的表达降低,与细胞增殖相关的基因被上调,且细胞内pERK/ERK比值相对增加。经特异性ERK通路抑制剂U0126处理后,雌二醇结合ERβ促进的内质网应激蛋白及细胞凋亡蛋白的表达被拮抗。结论雌二醇靶向ERβ通过激活ERK通路磷酸化调控内质网应激及凋亡,进而抑制软骨细胞增殖。
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