目的探究长链非编码RNA(lncRNA)HAGLR在乳腺癌中的表达情况及其对乳腺癌预后的影响,并构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法采用Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology网站检索HAGLR基因染色体定位及转录本表...
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目的探究长链非编码RNA(lncRNA)HAGLR在乳腺癌中的表达情况及其对乳腺癌预后的影响,并构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法采用Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology网站检索HAGLR基因染色体定位及转录本表达情况。采用lnclocater网站预测HAGLR亚细胞定位。通过lnCAR数据库分析HAGLR在乳腺癌组织和癌旁组织的差异表达情况,按HAGLR表达水平,将lnCAR数据库患者分为HAGLR高表达组和HAGLR低表达组,采用Kaplan-Meier法分析两组间总生存(OS)及无转移生存情况,并通过UCSC Xena数据库进行验证。通过lnCAR数据库检索HAGLR共表达基因,将排位前200个共表达基因提交至Metascape网站,进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,构建蛋白互作网络(PPI)。采用生物信息学在线分析网站starbase预测HAGLR靶向的微RNA(miRNA)和可直接编码蛋白的mRNA,通过Cytoscape3.8软件构建HAGLR的ceRNA网络。结果HAGLR基因定位于2q31.1,主要分布于细胞质;HAGLR在乳腺癌组织中的表达水平高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.001)。对lnCAR数据库和UCSC Xena数据库分析均显示,HAGLR高表达组OS较低表达组均差(均P<0.01);lnCAR数据库中HAGLR高表达组无转移生存较低表达组差(P=0.030)。前200个HAGLR共表达基因中与HAGLR负相关基因129个,与HAGLR正相关基因71个。KEGG通路分析显示,HAGLR与代谢通路、MAPK信号通路、JAK-STAT信号通路及癌症通路有关;GO注释分析显示,HAGLR主要富集在细胞周期、着丝粒复合体组装、有丝分裂进程、蛋白激酶结合、激酶活性的调节、细胞对DNA损伤刺激的反应等多种功能中。hsa-miR-130b-3p、hsa-miR-1245b-5p、hsa-miR-182b-5p、hsa-miR-512-3p、hsa-miR-302b-3p、hsa-miR-185b-5p、hsa-miR-106b-5p为HAGLR靶向miRNA。结论HAGLR在乳腺癌组织中高表达,其可能是乳腺癌预后预测的生物标志物。
目的探索含a-Arrestin结构域蛋白3(a-Arrestin-domain-containing-3,ARRDC3)在肠道病毒D组68型(enterovirus D species,EV-D68)感染A549中的表达以及对A549细胞株生物学行为的影响。方法对EV-D68感染宿主细胞前后的样本进行全转录组高...
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目的探索含a-Arrestin结构域蛋白3(a-Arrestin-domain-containing-3,ARRDC3)在肠道病毒D组68型(enterovirus D species,EV-D68)感染A549中的表达以及对A549细胞株生物学行为的影响。方法对EV-D68感染宿主细胞前后的样本进行全转录组高通量测序分析,通过生物信息学分析筛选出差异表达基因ARRDC3;RT-qPCR和Western blot验证ARRDC3的表达水平;设计实验分组4组,对照组(未感染EV-D68的A549细胞)、感染组(感染EV-D68的A549细胞)、敲低ARRDC3感染组(感染EV-D68的A549细胞转染ARRDC3-SiRNA-干扰片段)、敲低对照感染组(感染EV-D68的A549细胞转染NC-SiRNA-干扰片段),通过流式细胞术、CCK-8、Transwell实验检测ARRDC3在EV-D68感染模型中对A549细胞周期、增殖、迁移的影响。结果从测序结果中共筛选出差异表达2倍以上的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)239个,其中上调基因135个,下调基因104个,ARRDC3是差异表达基因之一。EV-D68感染A549后,通过RT-qPCR和Western blot结果发现ARRDC3的表达水平显著增加(P<0.05)。细胞周期明显缩短,抑制细胞迁移。进一步通过转染成功干扰ARRDC3表达载体,沉默ARRDC3可以增强EV-D68感染A549细胞,沉默ARRDC3细胞周期DNA合成期延长(P<0.05),虽然对宿主细胞增殖无显著影响,但沉默ARRDC3可引起细胞迁移能力增强(P<0.05)。结论ARRDC3在EV-D68感染A549后表达明显上调,通过阻滞宿主细胞DNA合成期,抑制宿主细胞迁移等作用来发挥对宿主细胞的影响。
目的总结跨膜蛋白16A(TMEM16A)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的研究现状,就临床预后、调控机制、癌症治疗、存在问题及未来研究方向进行系统综述,以期为TMEM16A在HNSCC的临床转化提供依据。方法以“跨膜蛋白16A、头颈部鳞状细胞癌、表皮生长因子受体、转化生长因子-β、免疫治疗”为中文关键词,以“transmembrane protein 16A(TMEM16A or ANO1)、head and neck squamous cell carcinoma、epidermal growth factor receptor、transforming growth factor-β、immunotherapy”为英文关键词,检索2006-01-01-2023-09-18中国知网及PubMed数据库发表的相关文献。纳入标准:(1)TMEM16A在HNSCC中的研究现状;(2)TMEM16A调控的表皮生长因子受体(EGFR)及转化生长因子-β(TGF-β)信号通路;(3)TMEM16A在抗肿瘤药物治疗中的研究现状。排除标准:(1)样本量小或数据不全的文献;(2)低质量文献;(3)综述文献。最终纳入50篇相关文献。结果TMEM16A高表达与HNSCC发生发展、低生存期及不良预后呈正相关。作为肿瘤促进因子,TMEM16A分别通过EGFR和TGF-β及其下游信号通路驱动HNSCC的生长和转移。TMEM16A抑制剂与HNSCC治疗药物的联合使用显著减少肿瘤生长。结论靶向TMEM16A的药物在HNSCC免疫治疗、靶向治疗和化学治疗中具有潜在价值。阐明TMEM16A在肿瘤免疫微环境中的作用是未来重要的研究方向。
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