检索结果-内蒙古大学图书馆

中国医学科学院学报 2024年第3期46卷 316-323页

作者：李晶张荣强张灵芝戚燕郝洁何傲月赵旭李秀芹陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 安康市汉滨区第二医院检验科陕西安康725021 陕西中医药大学人文管理学院公共管理教研室陕西咸阳712046

目的探讨硒蛋白基因在新型冠状病毒感染(COVID-19)患者中的表达水平及其可能的调控机制。方法从基因表达综合数据库获取数据集GSE177477,样本由有症状组(n=11)、无症状组(n=18)和健康对照组(n=18)构成。对数据集进行预处理,筛选出与COVI... 详细信息

目的探讨硒蛋白基因在新型冠状病毒感染(COVID-19)患者中的表达水平及其可能的调控机制。方法从基因表达综合数据库获取数据集GSE177477,样本由有症状组(n=11)、无症状组(n=18)和健康对照组(n=18)构成。对数据集进行预处理,筛选出与COVID-19相关的差异表达基因,并进行基因本体功能注释和京都基因与基因组百科全书富集分析,建立差异表达硒蛋白基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,采用多因素Logistic回归分析硒蛋白基因对COVID-19患者是否出现症状的影响。结果与健康对照组比较,有症状的COVID-19患者中GPX1、GPX4、GPX6、DIO2、TXNRD1、SELENOF、SELENOK、SELENOS、SELENOT、SELENOW基因表达均升高,TXNRD2、SELENON基因表达均下降(P均<0.05);无症状的COVID-19患者中GPX2、SELENOI、SELENOO、SELENOS、SELENOT、SELENOW基因表达均升高,SELP基因表达下降(P均<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,GPX1(OR=0.067,95%CI=0.005~0.904,P=0.042)、SELENON(OR=56.663,95%CI=3.114~856.999,P=0.006)基因的异常高表达是有症状COVID-19患者的影响因素,SELP基因的异常高表达是无症状COVID-19患者的危险因素(OR=15.000,95%CI=2.537~88.701,P=0.003)。结论硒蛋白基因的差异表达参与调控COVID-19疾病的发生发展,为COVID-19的预防和治疗提供新的参考依据。

关键词：新型冠状病毒感染硒蛋白表达及调控 Logistic回归

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硒蛋白基因在人类免疫缺陷病毒感染和母婴传播中的表达水平及预测模型构建

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中国医学科学院学报 2023年第4期45卷 563-570页

作者：戚燕张荣强张灵芝李晶陈雪芹付国涛李灵兰李秀芹陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 安康市汉滨区第二医院检验科陕西安康725021 陕西中医药大学人文管理学院公共管理教研室陕西咸阳712046

目的探讨硒蛋白基因在人类免疫缺陷病毒(HIV)感染及其母婴传播中的表达水平,为艾滋病的预防及诊疗提供新的理论依据。方法在基因表达数据库检索下载数据集GSE4124,样本由HIV阳性组(n=25)和对照组(n=20)构成,其中HIV阳性组包括母婴传播(... 详细信息

目的探讨硒蛋白基因在人类免疫缺陷病毒(HIV)感染及其母婴传播中的表达水平,为艾滋病的预防及诊疗提供新的理论依据。方法在基因表达数据库检索下载数据集GSE4124,样本由HIV阳性组(n=25)和对照组(n=20)构成,其中HIV阳性组包括母婴传播(TR)组(n=11)和非母婴传播(NTR)组(n=14);采用t检验分析4组(HIV阳性组比对照组、NTR组比对照组、TR组比对照组、TR组比NTR组)硒蛋白基因表达水平的差异;随后采用单因素和多因素Logistic回归分析差异表达基因对HIV感染和母婴传播的影响;应用R语言构建列线图预测模型并验证其效能。结果与对照组比较,HIV阳性组、NTR组、TR组分别有8、5、8个差异表达硒蛋白基因为下调基因;与NTR组比较,TR组有4个差异表达硒蛋白基因为下调基因。单因素Logistic回归分析显示,GPX1、GPX3、GPX4、TXNRD1、TXNRD3、SEPHS2基因异常高表达对HIV感染均具有影响,而对母婴传播无影响作用。多因素Logistic回归分析显示,TXNRD3基因的异常高表达与是否HIV感染呈正相关(OR=0.032,95%CI=0.002~0.607,P=0.022)。列线图预测模型的预测效能显示,HIV感染者生存时间1、3年的受试者工作特征曲线下面积分别为0.840(95%CI=0.690~1.000)和0.870(95%CI=0.730~1.000)。结论多个硒蛋白基因差异表达水平下调,参与调控HIV感染和母婴传播过程;其中,TXNRD3基因异常高表达与是否HIV感染呈正相关,为艾滋病防治、诊疗提供了新思路。

关键词：硒蛋白基因人类免疫缺陷病毒母婴传播 Logistic回归列线图

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新型冠状病毒(SARS-COV-2)感染后人嗅觉神经上皮细胞的基因组调控网络研究

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上海交通大学学报（医学版） 2022年第11期42卷 1524-1533页

作者：解昕轶杨钰萌王少薇孙娜史传道刘启玲张荣强李俊杰陕西中医药大学第二临床医学院临床医学系咸阳712046 陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室咸阳712046

目的·探索新型冠状病毒(SARS-COV-2)感染人体后,人嗅觉神经上皮细胞的基因组学变化,建立差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络等,了解SARS-COV-2感染对人嗅觉神经上皮细胞的影响,为新型冠状病毒肺炎的防治提供参考依据。方法·采用NetworkAnalyst分析公共数据集GSE151973,挑选DEGs,进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路分析,创建PPI网络、DEGs-microRNA调控网络、转录因子-DEGs调控网络、环境化学物-DEGs调控网络以及药物-DEGs调控网络,使用Cytoscape 3.7.2进行图视化。结果·SAR-COV-2侵袭人嗅觉神经上皮细胞后,基因表达谱部分发生明显上调或下调,共发现了568个DEGs,其中上调基因550个(96.8%),下调基因18个(3.2%);通过富集分析,DEGs主要参与鼻呼吸和嗅觉上皮的内皮发育、血管生成等生物学过程,N端肉豆蔻酰化结构域结合等分子功能表达。PPI网络提示RTP1和RTP2为核心蛋白;MAZ为最具有影响效应的转录因子;Hsa-mir-26b-5p对DEGs的调控作用最明显;环境化学物丙戊酸钠对DEG最具影响;药物乙醇对DEGs的调控最具有影响。结论·感染SAR-COV-2后嗅觉神经上皮细胞基因表达明显改变,SARS-CoV-2可能通过抑制PAX7功能来抑制肌肉卫星细胞的增殖分化。RTP1、RTP2可能通过促嗅觉受体上膜的能力以及其对气味配体反应性抵抗SARS-CoV-2,MAZ可能通过影响细胞的生长、增殖调控DEGs;microRNA、环境化学物和药物在人嗅觉神经上皮细胞抗SAR-COV-2感染过程中也发挥着不可忽视的作用。

关键词： COVID-19 新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 嗅觉神经上皮细胞

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谷胱甘肽过氧化物酶在胶质瘤患者中的表达及对生存预后的影响

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中国医学科学院学报 2022年第2期44卷 276-285页

作者：任晓梅张立辛宝钱文文夏曾润祁蒙杜小平史传道刘启玲张荣强陕西中医药大学公共卫生学院营养与食品卫生学教研室陕西咸阳712046 青岛大学医学院附属烟台毓璜顶医院临床营养科山东烟台264000 安康市富硒产品研发中心陕西安康725000 陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046

目的探讨谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)在胶质瘤组织表达变化与生存预后的关系,构建和评价GPX对胶质瘤患者生存预后的列线图预测模型。方法从肿瘤基因图谱计划数据库中下载胶质瘤患者数据集,获取663例患者的临床参数信息及其GPX表达水平,其... 详细信息

目的探讨谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)在胶质瘤组织表达变化与生存预后的关系,构建和评价GPX对胶质瘤患者生存预后的列线图预测模型。方法从肿瘤基因图谱计划数据库中下载胶质瘤患者数据集,获取663例患者的临床参数信息及其GPX表达水平,其中胶质母细胞瘤(GBM)153例、低级别胶质瘤(LGG)510例,分析GPX表达与患者生存之间的关系,利用单因素和多因素Cox风险回归模型筛选变量,并使用最小绝对收缩选择算子(Lasso)回归进行再次筛选验证,基于筛查结果构建列线图模型,采用一致性指数评价预测模型的区分度,校准曲线评价模型的校准度。结果与对照组相比,GPX1、GPX3、GPX4、GPX7、GPX8的表达在胶质瘤患者中显著升高(P均<0.001),且除GPX3外,GBM患者的表达显著高于LGG患者(P均<0.001);Kaplan-Meier分析显示,GPX1(P=0.013)和GPX4(P=0.040)高表达的GBM患者无进展生存期显著缩短,GPX1、GPX7和GPX8高表达的LGG患者总生存率、疾病特异性生存期和无进展生存期显著缩短(P均<0.001);单因素和多因素Cox及Lasso回归筛选出GPX7和GPX8为影响LGG患者预后的关键因素;利用该结果构建列线图显示,最终进入模型的危险因素为GPX7,一致性指数为0.843(95%CI=0.809~0.853),校准曲线显示预测值与实际值具有较好的一致性。结论GPX7是影响LGG患者预后的独立危险因素,利用其构建的列线图模型可以较好地预测LGG患者的生存率。

关键词：胶质瘤谷胱甘肽过氧化物酶预后模型

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自噬相关基因在类风湿关节炎滑膜组织的表达及调控机制

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中国医学科学院学报 2022年第6期44卷 950-960页

作者：陈雪芹李灵兰付国涛韩莉欣毋瑞朋熊咏民史传道刘启玲张荣强陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 陕西省卫生健康委员会疾病控制处西安710003 西安交通大学公共卫生学院地方病研究所西安710061 西藏民族大学医学公共卫生与预防医学教研室陕西咸阳712082

目的研究自噬相关基因(ATG)在类风湿关节炎(RA)中的表达调控和自噬机制。方法从GSE55235和GSE55457中鉴定出RA的差异表达基因(DEG),结合人类自噬数据库,筛选出差异表达自噬相关基因(DE-ATG)。利用STRING 11.0和GeneMANIA数据库建立蛋白... 详细信息

目的研究自噬相关基因(ATG)在类风湿关节炎(RA)中的表达调控和自噬机制。方法从GSE55235和GSE55457中鉴定出RA的差异表达基因(DEG),结合人类自噬数据库,筛选出差异表达自噬相关基因(DE-ATG)。利用STRING 11.0和GeneMANIA数据库建立蛋白互作网络。此外,NetworkAnalyst和Cytoscape建立转录因子-基因-miRNA共表达网络。最后,受试者工作特征曲线分析和DrugBank鉴定预测生物标志物的效能和靶向药物的性能。GraphPad prism 8.2.1和R 4.0.3用于统计分析和图形制作。结果485个DEG在T细胞激活、激素调节、破骨细胞分化、RA和趋化因子等信号通路富集。11个DE-ATG通过hsa-mir-155-5p、RUNX1、TP53和SOX2等调控RA滑膜组织的表达,与四氯二苯二氧芑、二氧化硅有较强的环境因子调控关系。受试者工作特征曲线分析确定了具有良好敏感性和特异性的基因,如MYC、MAPK8、CDKN1A和TNFSF10,可用于区分某些表型,这可能是RA的新型生物标志物。结论DE-ATG在RA中表达下调可能会促进软骨细胞凋亡和分解,新型生物标志物的确立为诊断和治疗RA提供了新思路和方法,转录因子-基因-miRNA网络的建立为解析滑膜炎症和关节软骨破坏提供直接证据。

关键词：类风湿关节炎自噬转录因子 miRNA

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高脂饮食对小鼠前列腺基因表达的影响

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中华男科学杂志 2021年第8期27卷 675-679页

作者：郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000 陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 陕西中医药大学基础医学院病理生理学教研室陕西咸阳712046

目的:分析高脂饮食对小鼠前列腺组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为肥胖导致的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载两组C57BL/6J小鼠前列腺组织RNA(正常饮食组5只,高脂肪饮食组4... 详细信息

目的:分析高脂饮食对小鼠前列腺组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为肥胖导致的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载两组C57BL/6J小鼠前列腺组织RNA(正常饮食组5只,高脂肪饮食组4只),利用基因云、基因大数据分析(GCBI)实验平台、GenClip2.0、Sytoscape 3.5.1等分析软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述高脂饮食对于前列腺组织基因分子网络改变情况及其可能涉及的分子生物学功能。结果:共筛选出134个差异表达基因,其中上调130个,下调4个,主要涉及染色体组织、细胞-细胞信号传导、小分子生物合成及白细胞激活等生物学功能。基因网络中Lck、Prkcb和Cd28基因Degree值较大,表明其与蛋白质的合成及其生物学功能有很重要的关系,为该蛋白-蛋白网络的核心节点,基Lck和Cd28预测能力较佳。结论:高脂饮食能够诱导前列腺组织基因发生改变,从而导致肿瘤发生。

关键词：高脂饮食前列腺组织基因表达生物信息学小鼠

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基于生物信息学探讨低剂量镉对人类正常前列腺上皮细胞基因表达谱的影响

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中华男科学杂志 2019年第2期25卷 103-109页

作者：郭亚收徐晓峰李楠孙娜段丽芳咸阳市中心医院泌尿外科陕西咸阳712000 陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 陕西中医药大学病理生理学教研室陕西咸阳712046

目的:分析低剂量镉作用于人正常前列腺上皮细胞后其基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为镉相关的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载19份基因芯片数据,其中经过低剂量镉处理的前列腺... 详细信息

目的:分析低剂量镉作用于人正常前列腺上皮细胞后其基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为镉相关的前列腺癌发生机制提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(GEO)中下载19份基因芯片数据,其中经过低剂量镉处理的前列腺上皮细胞样本9例,对照10例,利用基因云-基因大数据分析(GCBI)实验平台、GenClip 2.0、Sytoscape 3.5.1等分析软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述低剂量镉作用于正常人前列腺上皮细胞后其基因分子网络改变情况,及其可能涉及的分子生物学功能。结果:与正常前列腺上皮细胞相比,共发现差异表达基因1 050(1.92%)个,主要涉及细胞生理过程、MAPK调节、细胞内信号转导的调控、免疫效应等生物学功能。HSP90AB1、BUB3和PRKAR1A基因为蛋白网络核心节点,且表达差异有统计学意义,均与正常细胞的恶性转化有关。结论:低剂量镉作用于正常人前列腺上皮细胞后,能够导致基因改变,差异基因主要涉及细胞生理过程、MAPK调节、细胞内信号转导的调控、免疫效应等生物学过程。

关键词：镉,低剂量前列腺癌前列腺上皮细胞基因表达生物信息学

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绝经后骨质疏松症患者基因表达谱的改变

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中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志 2018年第4期11卷 369-374页

作者：孙娜史传道张荣强张帆李星慧张章陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室咸阳712046

目的利用基因芯片公共数据库中RNA标本芯片数据,分析绝经后骨密度降低程度不同的骨质疏松症患者外周血基因表达谱及分子网络变化。方法从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载美国奥马哈20名绝经后妇女的外周血RNA标... 详细信息

目的利用基因芯片公共数据库中RNA标本芯片数据,分析绝经后骨密度降低程度不同的骨质疏松症患者外周血基因表达谱及分子网络变化。方法从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载美国奥马哈20名绝经后妇女的外周血RNA标本基因芯片数据,利用基因云、基因大数据分析(Gene-Cloud of Biotechnology Informs,GCBI)实验平台、Gen Clip2.0、Sytoscape 3.5.1等软件,筛选差异表达基因。结果差异基因主要涉及MAPK调节、细胞内信号转导的调控、细胞运动、免疫效应等生物学功能。基因网络中以MAPK3、ARRB2、STK11、USP9X、MYO1C、GTF2H1等基因degree值较大,基因MAPK3、ARRB2、STK11、MYO1C、GTF2H1在不同骨密度人群中表达差异有统计学意义(P<0.05),其中基因MAPK3、ARRB2、STK11和MYO1C诊断价值有统计学意义(P<0.05)。结论 MAPK3、ARRB2、STK11和MYO1C基因为蛋白网络核心节点。MAKP3和ARRB2基因与骨质疏松的发生关系密切。

关键词：骨质疏松基因表达生物信息学

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大气污染物对成人和儿童外周血基因表达谱的影响及生物信息学分析

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中华疾病控制杂志 2018年第7期22卷 677-681,686页

作者：孙娜刘启玲张荣强张帆李星慧李向文陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046

目的采用生物信息学研究方法分析大气污染物对成人和儿童外周血基因表达谱的影响,为后期开展有针对性的预防、诊断及治疗提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载一组来自不同大气污染暴露下成人和... 详细信息

目的采用生物信息学研究方法分析大气污染物对成人和儿童外周血基因表达谱的影响,为后期开展有针对性的预防、诊断及治疗提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载一组来自不同大气污染暴露下成人和儿童外周血基因芯片数据,将此数据导入分析软件QOE、Gen Clip、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找大气污染对成人和儿童影响的关键节点基因。结果在暴露源相同的情况下,儿童和成人差异基因不同,成人靶基因主要与细胞增殖、染色体修饰、DNA代谢和染色体组织有关,而儿童靶基因主要与血小板活化、细胞信号传导、有机生理过程等有关。进一步分析发现,FIGNL1、TUBB1、TPST1和SAMHD1基因为成人和儿童共同差异基因,这些基因主要与肿瘤的诱导及抑制有关。结论不同程度污染对成人和儿童基因产生的影响不同,且在暴露源相同的情况下,儿童和成人差异基因亦不同,成人和儿童共同差异基因主要与肿瘤的诱导及抑制有关。

关键词：大气污染外周血基因生物信息学

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宁夏≥55岁人群抑郁症状在信仰和认知功能关系中的效应研究

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职业与健康 2019年第16期35卷 2207-2211页

作者：刘启玲王培莉李向文李星慧王志忠陕西中医药大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室陕西咸阳712046 宁夏医科大学公共卫生与管理学院流行病与卫生统计学系宁夏银川750004

目的分析宁夏≥55岁社区老年人群抑郁症状在信仰和认知功能水平关系中的效应,为深入研究社会因素影响认知功能的社会心理机制提供参考依据。方法采用典型抽样的方法,于2015—2017年选取宁夏银川市和吴忠市老年人口相对集中的5个社区,对... 详细信息

目的分析宁夏≥55岁社区老年人群抑郁症状在信仰和认知功能水平关系中的效应,为深入研究社会因素影响认知功能的社会心理机制提供参考依据。方法采用典型抽样的方法,于2015—2017年选取宁夏银川市和吴忠市老年人口相对集中的5个社区,对所有符合纳入标准的3 311例,年龄≥55岁的社区居民进行日常生活能力量表(ADL)、简易智力状况检查量表(MMSE)、老年抑郁量表(GDS)和杜克信仰量表(DUREL)等量表的调查与评估。构建结构方程模型,分析抑郁症状在信仰与认知功能中的中介效应。结果 3 311例调查对象中,共有2 867例完成了全部测评,有效率为86.59%。男女比为1∶1.17;年龄55~<65岁1 760例(61.4%)、65~<75岁1 012例(35.3%)、≥75岁95例(3.3%);汉族与回族比例1∶3;文化程度中,文盲1 303例(45.4%),小学722例(25.5%),初中及以上942(29.4%)例;抑郁阳性592例(20.7%),认知功能障碍阳性466例(16.3%);高信仰人群抑郁阳性率(14.2%)低于非高信仰人群(20.2%),差异有统计学意义(P<0.05);高信仰人群在定向力、记忆力和语言能力优于无信仰的抑郁人群,差异有统计学意义(t=3.534、2.248、4.712,均P<0.05);老年抑郁与语言能力呈正相关(r_s=0.132);有组织的信仰与老年抑郁、定向力间存在负相关(r_s=-0.101,-0.053);个人信仰与老年抑郁、定向力、注意力及计算力、回忆力、语言能力间存在负相关(r_s=-0.116、-0.131、-0.109、-0.055和-0.180);内在信仰与定向力、回忆力和语言能力间均呈负相关关系(r_s=-0.070、-0.038、-0.070),差异均有统计学意义(均P<0.05);老年抑郁症在信仰和轻度认知功能障碍(MCI)间起部分中介效应,效应比为4.57%。结论宁夏地区老年人抑郁症和MCI患病率均较高,而信仰可以帮助改善认知功能障碍,老年抑郁在信仰和轻度认知功能障碍之间起部分中介效应。

关键词：老年抑郁症状信仰轻度认识功能障碍中介效应

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