检索结果-内蒙古大学图书馆

草业科学 2024年第3期41卷 638-651页

作者：唐璟杜桥胡晓晨李依民高静彭亮张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室(培育) 陕西咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

bZIP转录因子在调控植物生长发育、次生代谢产物合成以及胁迫响应中发挥着重要作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)bZIP基因家族,分析其编码蛋白的理化性质、保守基序及系统进化等特性,利用RNA-seq进... 详细信息

bZIP转录因子在调控植物生长发育、次生代谢产物合成以及胁迫响应中发挥着重要作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)bZIP基因家族,分析其编码蛋白的理化性质、保守基序及系统进化等特性,利用RNA-seq进行基因组织表达分析和茉莉酸甲酯(MeJA)处理基因表达分析。结果表明,掌叶大黄bZIP基因家族有63个成员(RpbZIP1~RpbZIP63);根据其与拟南芥(Arabidopsis thaliana)bZIP系统发育关系被分为A~I和K、S等11个亚族;RpbZIPs基因主要编码不稳定的亲水蛋白,均定位于细胞核;RpbZIPs蛋白二级结构主要为α螺旋和无规卷曲。基于RNA-seq数据,筛选出掌叶大黄根及根茎中高表达且响应MeJA的RbZIP16、RpbZIP17、RpbZIP61等6个基因,qPCR验证了其中4个与转录组测序表达结果一致。本研究系统分析掌叶大黄bZIP基因家族,为后续进一步研究基因功能及大黄次生代谢转录调控机制提供了科学依据。

关键词：基因表达茉莉酸甲酯系统进化分析大黄转录因子

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远志细胞色素P450家族PtCYP72A546克隆、亚细胞定位与表达分析

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中草药 2024年第3期55卷 919-927页

作者：罗瑶净易尧胡本祥杨冰月姬海月颜永刚张岗赵璠彭亮陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心/“秦药”研发重点实验室陕西咸阳712046 陕西国际商贸学院陕西咸阳712046 榆林市第五医院陕西榆林719000

目的旨在克隆获得远志Polygala tenuifolia细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)基因CYP72A546的基因开放阅读框(open reading frame,ORF),并对其理化特性、系统进化关系、组织表达、激素与非生物胁迫下的表达等展开分析。方法基于远... 详细信息

目的旨在克隆获得远志Polygala tenuifolia细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)基因CYP72A546的基因开放阅读框(open reading frame,ORF),并对其理化特性、系统进化关系、组织表达、激素与非生物胁迫下的表达等展开分析。方法基于远志全长转录组文库筛选并克隆远志细胞色素P450家族基因PtCYP72A546,通过生物信息学在线软件分析其编码的氨基酸序列,预测蛋白理化性质、结构域等分子特征;利用MEGA11分析进化关系,并采用实时荧光定量PCR(qPCR)方法检测不同组织、激素及非生物胁迫的相对表达量。结果从远志中成功克隆得到远志细胞色素P450家族基因PtCYP72A546,其ORF序列全长共计1560 bp,编码519个氨基酸,相对分子质量为59770,系疏水性稳定蛋白,含有1个保守结构域,不具有跨膜结构,二级结构主要为α-螺旋和无规卷曲,亚细胞定位分析表明PtCYP72A546-GFP融合蛋白定位于内质网。qPCR结果显示,远志根中CYP72A546表达量显著高于茎和叶片;200μmol/L脱落酸(abscisic acid,ABA)和200μmol/L壳聚糖(chitosan,CHT)处理下,CYP72A546均于12 h达峰值,分别为空白对照的7.45倍和5.49倍;在非生物(干旱、盐)胁迫处理下,CYP72A546的表达均先受抑制(6 h),再上调后缓慢下降。结论通过对远志CYP72A546基因的克隆、鉴定与分析,为深入研究其在远志三萜皂苷合成途径的功能奠定基础。

关键词：远志细胞色素P450 亚细胞定位生物信息学分析基因表达

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秦巴山区三种人参属药用植物叶绿体基因组特征分析

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广西植物 2024年第6期44卷 1138-1150页

作者：彭毅丹马楠叶奕含刘亦欣谭启怡陈莹张雨曲杨新杰陕西中医药大学药学院西安712046 陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心 “秦药”研发重点实验室西安712046

为明确珠子参、羽叶三七和秀丽假人参3种药用植物叶绿体基因组特征与系统发育关系,该文以秦巴山区3种人参属药用植物为研究对象,运用生物信息学技术,分析其叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,并探讨三者之间的亲缘关系。结果表明:(1)... 详细信息

为明确珠子参、羽叶三七和秀丽假人参3种药用植物叶绿体基因组特征与系统发育关系,该文以秦巴山区3种人参属药用植物为研究对象,运用生物信息学技术,分析其叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,并探讨三者之间的亲缘关系。结果表明:(1)3种人参属药用植物的叶绿体基因组为典型的四分体结构,序列全长为156071~156104 bp,总GC含量为38.10%,基因组大小相似度较高。(2)均注释到133个基因,包括88个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)3种人参属药用植物叶绿体密码子使用偏好性相似,密码子第3位碱基以A/U结尾为主,密码子使用模式在受到突变影响的同时,主要受到自然选择的影响。(4)系统发育结果显示,3种人参属药用植物的亲缘关系较近,并且秀丽假人参同羽叶三七亲缘关系更近。综上认为,秀丽假人参与珠子参基源植物之间存在近缘关系,这项发现对于珠子参中药材的资源开发利用和分子鉴定,以及进一步研究人参属物种的分类、系统发育和进化机制提供了重要依据。

关键词：珠子参羽叶三七秀丽假人参叶绿体基因组结构特征密码子偏好性

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中草药 2022年第11期53卷 3463-3471页

作者：彭亮罗瑶李翡沈霞周可心颜永刚张健健胡本祥杨冰月陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 “秦药”研发重点实验室陕西西安712046 陕西中医药大学附属医院陕西咸阳712000 陕西国际商贸学院陕西西安712046

目的以茜草Rubia cordifolia为研究对象,探讨施加外源不同浓度茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)和赤霉素(gibberellins,GA3)对茜草幼苗生长、相关酶活性及主要活性成分含量的影响。方法取大小一致的1月龄茜草实生苗转入霍格兰营养液... 详细信息

目的以茜草Rubia cordifolia为研究对象,探讨施加外源不同浓度茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)和赤霉素(gibberellins,GA3)对茜草幼苗生长、相关酶活性及主要活性成分含量的影响。方法取大小一致的1月龄茜草实生苗转入霍格兰营养液中培养30 d后,分别添加不同浓度的MeJA(25、50、100、150μmol/L)和GA3(50、100、200、400 mg/L)继续培养7 d,测定茜草的地上、地下部分长度和干鲜质量、渗透调节物质含量、抗氧化酶活性及5种主要活性成分的含量。结果在所选择浓度范围内,MeJA对茜草幼苗生长的影响为低浓度促生,高浓度抑制;GA3的影响则表现为低浓度抑制,高浓度促生。生理活性方面,50μmol/L MeJA和400 mg/L GA3处理下,叶绿素、游离脯氨酸和总蛋白含量显著增高;过氧化物酶(peroxidase,POD)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)、过氧化氢酶(catalase,CAT)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)活性因激素种类及浓度而呈差异性,150μmol/L MeJA和50 mg/L GA3处理下活性较强。MeJA和GA3的浓度对茜草活性成分积累影响很大,50~150μmol/L MeJA可以显著促进茜草幼苗中茜草素、羟基茜草素、1,8-二羟基蒽醌、甲基异茜草素和大叶茜草素的积累,且随着MeJA浓度的增加促进作用越强(P<0.05);200、400 mg/L GA3处理可以明显增强活性成分的积累(P<0.05)。结论茜草幼苗的生长发育、生理活性及主要活性成分的积累受外源MeJA和GA3浓度的影响,50μmol/L MeJA和400 mg/L GA3诱导能够显著提高茜草幼苗生物量及促进茜草幼苗中茜草素、羟基茜草素、1,8-二羟基蒽醌、甲基异茜草素和大叶茜草素的积累。

关键词：茜草茉莉酸甲酯赤霉素抗氧化酶渗透调节物质茜草素羟基茜草素 1,8-二羟基蒽醌甲基异茜草素大叶茜草素

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芸苔素对铅胁迫下远志种子萌发和幼苗生长生理特征的影响

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西北植物学报 2022年第12期42卷 2093-2102页

作者：姬海月胡本祥杨冰月罗瑶颜永刚彭亮陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心/“秦药”研发重点实验室西安712046 陕西国际商贸学院西安712046

以远志(Polygala tenuifolia Willd.)为研究对象,采用3 mmol·L^(-1)醋酸铅溶液模拟铅胁迫,探讨两种处理方式(预浸种、拌种)不同浓度(0~100μmol·L^(-1))芸苔素(EBL)对远志种子萌发、幼苗生长、生理生化特性及铅含量的影响。... 详细信息

以远志(Polygala tenuifolia Willd.)为研究对象,采用3 mmol·L^(-1)醋酸铅溶液模拟铅胁迫,探讨两种处理方式(预浸种、拌种)不同浓度(0~100μmol·L^(-1))芸苔素(EBL)对远志种子萌发、幼苗生长、生理生化特性及铅含量的影响。结果表明:(1)远志种子的发芽率、发芽势、发芽指数、活力指数和幼苗的胚芽长度、鲜重、干重在铅胁迫下显著降低,EBL预浸种和拌种处理可有效缓解远志种子和幼苗遭受铅胁迫的伤害且具有剂量效应。(2)在铅胁迫下,远志幼苗游离脯氨酸、可溶性糖和可溶性蛋白含量随EBL浓度的增加而先升后降,它们在0.01μmol·L^(-1) EBL拌种处理下分别为0μmol·L^(-1) EBL处理的1.99、2.31、1.95倍,且拌种处理影响较浸种处理更为显著。(3)在铅胁迫下,远志幼苗超氧化物歧化酶、抗坏血酸过氧化物酶、过氧化物酶、过氧化氢酶活性均随EBL浓度的增加而先上升后下降,且预浸种和拌种处理的酶活性均在0.01μmol·L^(-1) EBL浓度下最强。(4)在铅胁迫下,远志幼苗MDA和H 2O 2含量均随着EBL浓度增加而先下降后上升,均与空白对照(CK)差异显著,且预浸种和拌种处理的含量均在0.01μmol·L^(-1) EBL浓度下最低。(5)远志种子和幼苗中Pb含量在铅胁迫处理后均大幅显著增加,拌种处理种子中铅含量增幅远大于浸种处理,而幼苗中铅含量增幅在两种处理间无显著差异;铅胁迫种子中铅含量在0.0001μmol·L^(-1) EBL预浸种处理后显著升高,在0.0001~1.0μmol·L^(-1) EBL拌种处理后显著降低,而幼苗中铅含量在各浓度EBL拌种和浸种处理后均显著升高,并均在0.01μmol·L^(-1) EBL处理下最高。研究发现,铅胁迫致使远志幼苗抗氧化酶防御系统受损,严重抑制了远志种子萌发及幼苗生长;适宜浓度(0.01μmol·L^(-1))EBL能通过调节铅胁迫下远志幼苗渗透调节物质含量、保护酶系统活性而有效缓解过氧化伤害,增强植株抵抗铅胁迫伤害的能力,显著促进种子萌发和幼苗生长,从而表现出较好的抗逆性,但却显著促进了幼苗中铅的积累。

关键词：远志铅胁迫芸苔素种子萌发幼苗生长抗氧化酶活性

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北柴胡转录因子BcWRKY70基因鉴定与表达分析

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药学学报 2021年第11期56卷 3184-3189页

作者：冯飞雪吕瑞华李依民张明英王凯肇玉博高静彭亮张岗陕西中医药大学附属医院陕西咸阳712000 陕西中医药大学医学技术学院陕西咸阳712046 陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西咸阳712046 陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室(培育) 陕西咸阳712083

WRKY是植物特有的一类转录因子,参与植物响应多种环境因子及生物胁迫的调控过程。为探究北柴胡WRKY家族成员WRKY70的基因功能,本研究从北柴胡转录组数据库中克隆到BcWRKY70基因开放阅读框(ORF),进行编码氨基酸序列及DNA启动子区域生物... 详细信息

WRKY是植物特有的一类转录因子,参与植物响应多种环境因子及生物胁迫的调控过程。为探究北柴胡WRKY家族成员WRKY70的基因功能,本研究从北柴胡转录组数据库中克隆到BcWRKY70基因开放阅读框(ORF),进行编码氨基酸序列及DNA启动子区域生物信息学分析,并用实时荧光定量PCR检测BcWRKY70在不同组织部位与不同激素处理下的表达模式。结果表明,北柴胡BcWRKY70基因ORF长948 bp,编码316个氨基酸,具有典型的WRKY结构域,不含信号肽,预测定位在细胞核中;系统进化分析显示BcWRKY70与棉花GhWRKY70亲缘关系最近。BcWRKY70基因启动子区包含响应干旱、茉莉酸甲酯、脱落酸等环境或激素因子的顺式元件。qRT-PCR结果显示BcWRKY70在北柴胡根中表达量最高,且能快速应答茉莉酸甲酯和脱落酸的诱导。这些结果为下一步研究BcWRKY70在北柴胡抗逆中的分子作用机制提供科学依据。

关键词：北柴胡 WRKY转录因子克隆表达模式启动子区

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茜草叶绿体全基因组序列及其系统发育分析

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西北植物学报 2023年第11期43卷 1855-1865页

作者：陈晓颖胡本祥史嘉周杨冰月张岗彭亮陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心“秦药”研发重点实验室西安712046 陕西国际商贸学院西安712046

以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象,采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序,并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析。结果表明,(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状... 详细信息

以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象,采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序,并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析。结果表明,(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状结构,总GC含量37.2%,长153959 bp,其中包含大单拷贝(LSC)区83844 bp、小单拷贝(SSC)区17083 bp和2个反向重复(IR)区26516 bp;共注释得到124个基因,包括79个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA。(2)序列共鉴定到169个SSR位点,以A、T组成为主,包括129个单核苷酸、18个双核苷酸、11个三核苷酸、9个四核苷酸和2个五核苷酸,六核苷酸SSR未检测到;边界分析显示,茜草叶绿体基因组LSC区差异性最大,变异程度最高,而IRa区则差异性最小,最为保守。(3)最大似然法(ML)构建系统发育树显示,样品茜草与同属植物Rubia horrida以100%支持率聚为一类,茜草亚科、仙丹花亚科与金鸡纳亚科聚为姐妹类群,证明茜草科植物在进化过程中保守发育。

关键词：茜草茜草科叶绿体基因组序列分析系统发育

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基于通用DNA条形码序列的黄精属药用植物分子鉴定

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中草药 2023年第1期54卷 235-244页

作者：张明英李依民程文萍高静颜永刚杨琳胡锦航张岗陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学陕西省中药资源产业化协同创新中心陕西咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

目的分析4个通用植物DNA条形码序列(trn H-psb A、mat K、rbc L和ITS2)及其组合对黄精属药用植物的物种鉴定分辨率,挖掘适用于黄精属种间鉴定的高分辨率分子标记。方法以《中国药典》2020年版中收录的黄精属药用植物黄精Polygonatum s... 详细信息

目的分析4个通用植物DNA条形码序列(trn H-psb A、mat K、rbc L和ITS2)及其组合对黄精属药用植物的物种鉴定分辨率,挖掘适用于黄精属种间鉴定的高分辨率分子标记。方法以《中国药典》2020年版中收录的黄精属药用植物黄精Polygonatum sibiricum、滇黄精P. kingianum、多花黄精P. cyrtonema、玉竹P. odorati及其地方常见同属替代品、混伪品共12种79个野生个体为对象,将4个通用DNA条形码序列独立、联合分析,评估其种间、种内变异情况,并分别基于建树法(tree-based method)和PWG距离法(PWG-distance method)评估不同条形码及其组合的物种鉴定分辨率。结果 ITS2序列扩增成功率低,trn H-psb A、mat K、rbc L序列的引物在黄精属植物中通用性较好;3组叶绿体序列的种间变异依次为mat K>trn H-psb A>rbc L,种内变异差异不显著,种间、种内遗传距离无明显的Barcoding gap;各条形码独立及联合分析的物种鉴定分辨率普遍偏低,其中,组合条形码trn H-psb A+mat K+rbc L在建树法分析中的分辨率最高,为25%,trn H-psb A+rbc L在距离法分析中的分辨率最高,为50%。结论 4个通用DNA条形码序列及其组合都并非黄精属药用植物不同种间有效区分鉴定的理想分子标记,但多序列联合分析能在一定程度上提高物种鉴定成功率。

关键词：黄精属 DNA条形码药用植物物种鉴定黄精滇黄精多花黄精玉竹

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款冬叶绿体基因组序列特征及其系统发育分析

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药学学报 2023年第11期58卷 3439-3448页

作者：净易尧胡本祥陈晓颖姬海月罗瑶史嘉周王帮庆张岗高静杨冰月彭亮陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心“秦药”研发重点实验室陕西西安712046 陕西国际商贸学院陕西西安712046 汉中市科技资源统筹中心陕西汉中723000

款冬Tussilago farfara L.为菊科植物Compositae款冬属Tussilago多年生草本植物,其干燥花蕾及叶具有良好的生物活性成分,在我国及欧洲地区药用历史悠久。本文对款冬全叶绿体基因组特征、序列重复、结构变异和系统发育进行了研究,利用Ill... 详细信息

款冬Tussilago farfara L.为菊科植物Compositae款冬属Tussilago多年生草本植物,其干燥花蕾及叶具有良好的生物活性成分,在我国及欧洲地区药用历史悠久。本文对款冬全叶绿体基因组特征、序列重复、结构变异和系统发育进行了研究,利用Illumination技术对款冬叶绿体基因组进行测序后,进一步通过组装、注释获得了完整的款冬叶绿体基因组,随后开展了反向重复-大单拷贝/小单拷贝区的收缩和扩张分析、基因组序列变异等一系列的特征分析,并利用从NCBI下载的13种同科植物序列构建了邻接系统发育树。结果表明,款冬叶绿体基因组总GC含量为37.4%,长度为150300bp;共注释得到125个基因,其中包括82个蛋白编码基因、35个tRNA和8个rRNA;共检测出148个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,相对同义密码子使用度显示,在64种密码子中,有31种密码子的使用度>1,密码子偏好A/U结尾;边界分析显示款冬在内的7种菊科植物叶绿体基因组均高度保守大单拷贝(large single-copy,LSC)区和一个小单拷贝(small single-copy,SSC)区序列变异高于反向重复(inverted repeat,IR)区;系统发育分析中,样品款冬与已报道的榆林产款冬叶绿体基因组支持率呈100%,聚为一小支,并与橐吾属植物复序橐吾、全缘橐吾等构成一个单系分支。本研究获得了高质量的款冬叶绿体全基因组,并对其基因组特征、密码子偏好性、简单重复序列SSR特性、SC/IR边界、序列变异和系统发育等进行了全面的分析,可为该药用植物的物种鉴定、遗传多样性分析及资源开发提供依据。

关键词：款冬菊科植物叶绿体基因组序列分析系统发育

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基于全长转录组测序的掌叶大黄NAC基因家族鉴定分析

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基因组学与应用生物学 2023年第7期42卷 684-697页

作者：郝高鑫王艳李依民张明英高静颜永刚张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心西安712046 咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室西安712046

NAC是植物特有的转录因子家族,本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)NAC家族,进行编码蛋白理化性质、结构域及系统进化等生物信息分析,利用RNA-seq进行基因组织表达和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)处... 详细信息

NAC是植物特有的转录因子家族,本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)NAC家族,进行编码蛋白理化性质、结构域及系统进化等生物信息分析,利用RNA-seq进行基因组织表达和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)处理的表达分析,并用RT-qPCR进行候选基因表达模式验证。结果表明,掌叶大黄NAC基因家族包含32个成员,编码蛋白主要为热稳定性好的亲水性蛋白,大多定位于叶绿体或细胞核,二级结构中α-螺旋与无规则卷曲所占比例大,多数蛋白都含有NAC特有的5个亚结构域。掌叶大黄RpNACs与拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtNAC家族成员的系统进化树一致,被分为11个亚家族,NAC2亚家族中成员数量最高。RNA-seq分析揭示RpNACs基因在掌叶大黄叶、根和根茎中差异表达,其中,11个基因在根茎中显著上调、 12个在根中显著上调;MeJA处理12 h后,RpNAC18、RpNAC20、RpNAC23、RpNAC25、RpNAC27、RpNAC30等6个基因显著上调。RT-qPCR检测显示,其中4个候选基因RpNAC20、RpNAC23、RpNAC25、RpNAC27均受MeJA处理诱导,与转录组数据基本一致。本文系统分析掌叶大黄NAC基因家族,为后续深入进行基因功能验证及其在药材品质形成中的作用机制研究提供科学依据。

关键词：掌叶大黄 NAC 转录因子基因表达

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