检索结果-内蒙古大学图书馆

中草药 2025年第2期56卷 617-625页

作者：杜桥唐璟李依民张明英高静彭亮冯昭张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室

目的基于全长转录组测序挖掘掌叶大黄Rheum palmatum GRAS基因（RpGRASs）家族成员，并分析其在掌叶大黄叶、根和根茎中的表达及茉莉酸甲酯（methyl jasmonate,MeJA）处理下的表达模式。方法利用生物信息学对掌叶大黄GRAS成员进行系... 详细信息

目的基于全长转录组测序挖掘掌叶大黄Rheum palmatum GRAS基因（RpGRASs）家族成员，并分析其在掌叶大黄叶、根和根茎中的表达及茉莉酸甲酯（methyl jasmonate,MeJA）处理下的表达模式。方法利用生物信息学对掌叶大黄GRAS成员进行系统发育、保守结构域、蛋白理化性质和亚细胞定位分析；基于转录组数据对RpGRASs基因的组织表达模式进行转录组测序（RNA sequencing,RNA-seq）分析，使用实时定量逆转录聚合酶链式反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR）对筛选到的3个RpGRASs进行MeJA处理下的表达模式检测。结果在掌叶大黄全长转录组数据中共鉴定得到39个RpGRASs成员。RpGRASs蛋白主要为不稳定亲水蛋白，定位于细胞核、叶绿体和细胞质；各蛋白二级结构主要为无规则卷曲和α螺旋；系统发育将该家族分为PAT1、DELLA、HAM、SHR、SCR和SCL4/7 6个亚族；GRAS蛋白C端均含有典型的LHRI、VHIID、LHRII、PFYRE和SAW基序。RpGRASs基因表达具有组织特异性，在药用部位根及根茎中高表达的RpGRAS17、RpGRAS18、RpGRAS20受MeJA显著诱导。结论掌叶大黄GRAS转录因子基因家族的系统鉴定及组织和MeJA诱导下的基因表达特征，为深入研究GRAS基因的功能奠定基础。

关键词：掌叶大黄 GRAS转录因子茉莉酸甲酯基因家族表达模式

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西山产柴胡根际细菌的分离与鉴定

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中草药 2025年第8期56卷 2936-2944页

作者：郭权王艳范北笙吕蕊花冯昭焦红红张岗李依民陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西中医药大学医学技术学院陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心

目的揭示道地产区宝鸡西山产柴胡Bupleurum chinense植物根际土壤细菌的群落结构和多样性，为解析西山产柴胡的道地性和生态种植提供一定理论基础。方法采用16S rDNA微生物扩增子测序初步确定根际细菌的群落组成，利用稀释分离法对根... 详细信息

目的揭示道地产区宝鸡西山产柴胡Bupleurum chinense植物根际土壤细菌的群落结构和多样性，为解析西山产柴胡的道地性和生态种植提供一定理论基础。方法采用16S rDNA微生物扩增子测序初步确定根际细菌的群落组成，利用稀释分离法对根际土进行分离纯化并提取细菌DNA进行分子鉴定。结果 16S rDNA微生物扩增子测序结果显示样品质量总体良好。属水平上丰度前10的分别是盖亚女神菌属Gaiella、未命名蓝细菌属unidentified＿Cyanobacteria、海无柄孢囊黏细菌属Haliangium、土壤红杆菌属Solirubrobacter、假节杆菌属Pseudarthrobacter、出芽菌属Gemmata、芽生球菌属Blastococcus、类诺卡氏菌属Nocardioides、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、芽单苞菌属Gemmatimonas，除土壤红杆菌属外其余均属于有益菌。代谢通路预测结果显示分布于6大类：Cellular Processes、Environmental Information Processes、Genetic information processe、Human disease、Metabolism、Organismal-system。共分离到16株根际细菌，鉴定后发现均属于芽孢杆菌属，可鉴定到种水平的有漳州芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、沙福芽孢杆菌和嗜气芽胞杆菌4种。结论阐明了西山产柴胡根际细菌群落的组成情况，物种丰富度较高且个体分布也相对均匀。在属水平上丰度排名前10的多数为有益菌，并且成功分离得到16株芽孢杆菌属细菌，可为西山柴胡的生态种植提供理论基础。

关键词：柴胡根际细菌 16S rDNA 扩增子测序细菌群落

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掌叶大黄(RheumpalmatumL.)WRKY基因家族鉴定与分析

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生物技术通报 2024年第1期40卷 250-261页

作者：吴圳张明英闫锋李依民高静颜永刚张岗陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心西安712046 咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室西安712046

【目的】本研究为开展WRKY基因功能验证提供基础,进而为大黄药材品质形成的转录调控机制研究提供科学依据。【方法】基于掌叶大黄(*** L.)的全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定掌叶大黄WRKY基因家族成员,分析其蛋白理化性质、结构... 详细信息

【目的】本研究为开展WRKY基因功能验证提供基础,进而为大黄药材品质形成的转录调控机制研究提供科学依据。【方法】基于掌叶大黄(*** L.)的全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定掌叶大黄WRKY基因家族成员,分析其蛋白理化性质、结构域、系统发育关系、蛋白互作,结合转录组数据进行不同组织和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理的表达谱分析。【结果】掌叶大黄WRKY基因家族包含53个成员,编码蛋白氨基酸数量为192-748,均为亲水性蛋白,预测定位均在细胞核。掌叶大黄WRKY基因家族与拟南芥WRKY基因家族成员进化树可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个亚族,其中Ⅱ亚族WRKY占比最高(58.49%)。转录组数据分析显示掌叶大黄WRKY基因家族成员在掌叶大黄根、根茎和叶中差异表达,其中7个基因在根和根茎中表达量较高,12个基因响应MeJA处理呈差异表达,其中10个被MeJA显著诱导,4个候选基因RpWRKY5/6/9/33的qPCR分析与其转录组结果基本一致。蛋白互作网络显示RpWRKY2/16/20/22/23与查尔酮合酶(chalconesynthase,CHS)发生相互作用。【结论】获得53个掌叶大黄WRKY基因、生物信息、组织及响应MeJA的表达特征,其中5个可能与大黄蒽醌类物质的合成有关。

关键词：掌叶大黄 WRKY 转录因子基因表达茉莉酸甲酯

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中国特有药用植物距药黄精的叶绿体全基因组解析及黄精属种间系统发育关系分析

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药学学报 2023年第11期58卷 3461-3472页

作者：程文萍赵霞李依民张岗颜永刚高静张明英陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

距药黄精Polygonatum franchetii Hua为黄精属Polygonatum Mill.中国特有药用植物。本研究利用DNBSEQ-T7高通量测序平台测序获得距药黄精2个分别来自不同产地个体的叶绿体全基因组序列,完成组装注释和特征解析,并将其与同属已发表植物... 详细信息

距药黄精Polygonatum franchetii Hua为黄精属Polygonatum Mill.中国特有药用植物。本研究利用DNBSEQ-T7高通量测序平台测序获得距药黄精2个分别来自不同产地个体的叶绿体全基因组序列,完成组装注释和特征解析,并将其与同属已发表植物叶绿体全基因组进行了比较和系统发育分析。距药黄精2个个体叶绿体全基因组长度分别为155942和155962 bp,各包含一个大单拷贝区(large single copy,LSC;84670、84722 bp),一个小单拷贝区(small single copy,SSC;18564、18566 bp)和一对反向重复区(inverted repeats,IRa/IRb;26354、26337 bp);两者均编码113个基因,包括79个蛋白编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。基因组比较分析结果表明,距药黄精同种2个个体间及黄精属不同种间叶绿体全基因组序列长度、GC(guanine and cytosine)含量、基因组成及排列顺序均高度保守,所包含的重复序列类型及分布位置亦较为一致,IRs区未发生明显的扩张或收缩。距药黄精2个个体间叶绿体基因组序列的变异小于不同种间,种内、种间编码基因序列变异均小于非编码基因序列,IRs区序列变异均小于LSC、SSC区;共筛选到8条核苷酸多样性较高的种间高变异序列,分别位于LSC和SSC区。系统发育分析结果显示,黄精属所有物种以100%的支持率构成一个单系,属内轮叶组单独构成一支,黄精组和互叶组构成姐妹分支,距药黄精2个个体聚为一支,位于轮叶组内,与狭叶黄精*** Maxim.亲缘关系最近。本研究对距药黄精叶绿体全基因组进行了全面解析并基于叶绿体系统发育基因组学分析阐明了其在黄精属的系统发育位置,研究结果将为距药黄精的资源开发利用及黄精属药用植物种间分子鉴定、系统发育等研究提供基础。

关键词：黄精属距药黄精叶绿体全基因组系统发育序列变异

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基于全长转录组测序的掌叶大黄bZIP基因家族鉴定分析

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草业科学 2024年第3期41卷 638-651页

作者：唐璟杜桥胡晓晨李依民高静彭亮张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室(培育) 陕西咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

bZIP转录因子在调控植物生长发育、次生代谢产物合成以及胁迫响应中发挥着重要作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)bZIP基因家族,分析其编码蛋白的理化性质、保守基序及系统进化等特性,利用RNA-seq进... 详细信息

bZIP转录因子在调控植物生长发育、次生代谢产物合成以及胁迫响应中发挥着重要作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)bZIP基因家族,分析其编码蛋白的理化性质、保守基序及系统进化等特性,利用RNA-seq进行基因组织表达分析和茉莉酸甲酯(MeJA)处理基因表达分析。结果表明,掌叶大黄bZIP基因家族有63个成员(RpbZIP1~RpbZIP63);根据其与拟南芥(Arabidopsis thaliana)bZIP系统发育关系被分为A~I和K、S等11个亚族;RpbZIPs基因主要编码不稳定的亲水蛋白,均定位于细胞核;RpbZIPs蛋白二级结构主要为α螺旋和无规卷曲。基于RNA-seq数据,筛选出掌叶大黄根及根茎中高表达且响应MeJA的RbZIP16、RpbZIP17、RpbZIP61等6个基因,qPCR验证了其中4个与转录组测序表达结果一致。本研究系统分析掌叶大黄bZIP基因家族,为后续进一步研究基因功能及大黄次生代谢转录调控机制提供了科学依据。

关键词：基因表达茉莉酸甲酯系统进化分析大黄转录因子

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基于通用DNA条形码序列的黄精属药用植物分子鉴定

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中草药 2023年第1期54卷 235-244页

作者：张明英李依民程文萍高静颜永刚杨琳胡锦航张岗陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学陕西省中药资源产业化协同创新中心陕西咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

目的分析4个通用植物DNA条形码序列(trn H-psb A、mat K、rbc L和ITS2)及其组合对黄精属药用植物的物种鉴定分辨率,挖掘适用于黄精属种间鉴定的高分辨率分子标记。方法以《中国药典》2020年版中收录的黄精属药用植物黄精Polygonatum s... 详细信息

目的分析4个通用植物DNA条形码序列(trn H-psb A、mat K、rbc L和ITS2)及其组合对黄精属药用植物的物种鉴定分辨率,挖掘适用于黄精属种间鉴定的高分辨率分子标记。方法以《中国药典》2020年版中收录的黄精属药用植物黄精Polygonatum sibiricum、滇黄精P. kingianum、多花黄精P. cyrtonema、玉竹P. odorati及其地方常见同属替代品、混伪品共12种79个野生个体为对象,将4个通用DNA条形码序列独立、联合分析,评估其种间、种内变异情况,并分别基于建树法(tree-based method)和PWG距离法(PWG-distance method)评估不同条形码及其组合的物种鉴定分辨率。结果 ITS2序列扩增成功率低,trn H-psb A、mat K、rbc L序列的引物在黄精属植物中通用性较好;3组叶绿体序列的种间变异依次为mat K>trn H-psb A>rbc L,种内变异差异不显著,种间、种内遗传距离无明显的Barcoding gap;各条形码独立及联合分析的物种鉴定分辨率普遍偏低,其中,组合条形码trn H-psb A+mat K+rbc L在建树法分析中的分辨率最高,为25%,trn H-psb A+rbc L在距离法分析中的分辨率最高,为50%。结论 4个通用DNA条形码序列及其组合都并非黄精属药用植物不同种间有效区分鉴定的理想分子标记,但多序列联合分析能在一定程度上提高物种鉴定成功率。

关键词：黄精属 DNA条形码药用植物物种鉴定黄精滇黄精多花黄精玉竹

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基于全长转录组测序的掌叶大黄NAC基因家族鉴定分析

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基因组学与应用生物学 2023年第7期42卷 684-697页

作者：郝高鑫王艳李依民张明英高静颜永刚张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心西安712046 咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室西安712046

NAC是植物特有的转录因子家族,本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)NAC家族,进行编码蛋白理化性质、结构域及系统进化等生物信息分析,利用RNA-seq进行基因组织表达和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)处... 详细信息

NAC是植物特有的转录因子家族,本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)NAC家族,进行编码蛋白理化性质、结构域及系统进化等生物信息分析,利用RNA-seq进行基因组织表达和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)处理的表达分析,并用RT-qPCR进行候选基因表达模式验证。结果表明,掌叶大黄NAC基因家族包含32个成员,编码蛋白主要为热稳定性好的亲水性蛋白,大多定位于叶绿体或细胞核,二级结构中α-螺旋与无规则卷曲所占比例大,多数蛋白都含有NAC特有的5个亚结构域。掌叶大黄RpNACs与拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtNAC家族成员的系统进化树一致,被分为11个亚家族,NAC2亚家族中成员数量最高。RNA-seq分析揭示RpNACs基因在掌叶大黄叶、根和根茎中差异表达,其中,11个基因在根茎中显著上调、 12个在根中显著上调;MeJA处理12 h后,RpNAC18、RpNAC20、RpNAC23、RpNAC25、RpNAC27、RpNAC30等6个基因显著上调。RT-qPCR检测显示,其中4个候选基因RpNAC20、RpNAC23、RpNAC25、RpNAC27均受MeJA处理诱导,与转录组数据基本一致。本文系统分析掌叶大黄NAC基因家族,为后续深入进行基因功能验证及其在药材品质形成中的作用机制研究提供科学依据。

关键词：掌叶大黄 NAC 转录因子基因表达

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基于全长转录组测序的掌叶大黄R1-MYB基因家族鉴定分析

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药学学报 2023年第5期58卷 1354-1363页

作者：赵霞李元敏李依民肖光辉张明英程文萍高静彭亮张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046 陕西中医药大学第二附属医院陕西西安712046 陕西师范大学生命科学学院陕西西安710119

作为MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族的一大类,R1-MYB(MYBrelated)家族在植物生长发育、环境胁迫及激素信号转导等方面发挥重要的调节作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄R1-MYB... 详细信息

作为MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族的一大类,R1-MYB(MYBrelated)家族在植物生长发育、环境胁迫及激素信号转导等方面发挥重要的调节作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄R1-MYB家族基因,分析其编码蛋白的理化、结构域及分子进化等特性,利用RNA-seq进行基因组织表达分析,并检测RpMYB24响应激素、非生物胁迫的表达模式。结果表明,共鉴定到掌叶大黄49个R1-MYB家族基因,主要编码热稳定的亲水蛋白,大部分定位于细胞核。各蛋白无规卷曲和α螺旋所占比例较大,存在MYB家族标志性的W型保守氨基酸。掌叶大黄R1-MYB家族成员分布于CCA1(circadian clock associated 1)-like、I-box(GATAAG)-like、CPC(CAPRICE)-like、TRF(telomere repeat binding factor)-like和TBP(TATA binding protein)-like 5个亚组,且CCA1-like数量居多。RNA-seq揭示49个R1-MYBs基因在掌叶大黄根、根茎及叶中差异表达,根及根茎中分别有15、23个基因表达量高于叶中。发现RpMYB24基因受脱落酸(abscisic acid,ABA)、水杨酸(salicylic acid,SA)和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)的诱导,且能显著应答损伤、低温或高温胁迫,但对干旱胁迫响应不显著。本研究系统鉴定了掌叶大黄R1-MYB家族基因及其分子特征,为下一步开展基因功能验证提供基础,进而为大黄药材品质形成的转录调控机制研究提供科学依据。

关键词：掌叶大黄 R1-MYB 转录因子基因表达胁迫

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掌叶大黄4个MYB转录因子的分子克隆及胁迫表达

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西北农业学报 2024年第7期33卷 1352-1363页

作者：赵霞李元敏李依民胡晓晨高静颜永刚张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心西安712046 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室西安712046 陕西中医药大学第二附属医院西安712046

旨在克隆获得 RpMYB2、 RpMYB3、 RpMYB5、 RpMYB6基因ORF,并对其理化特性、系统进化关系、不同组织表达、激素与非生物胁迫下的表达等展开分析。研究结果表明, RpMYB2、 RpMYB3、 RpMYB5、 RpMYB6依次编码333、275、293、291个氨基酸,... 详细信息

旨在克隆获得 RpMYB2、 RpMYB3、 RpMYB5、 RpMYB6基因ORF,并对其理化特性、系统进化关系、不同组织表达、激素与非生物胁迫下的表达等展开分析。研究结果表明, RpMYB2、 RpMYB3、 RpMYB5、 RpMYB6依次编码333、275、293、291个氨基酸,分子质量分别为34.781、30.525、31.243、33.313 ku, 4个RpMYBs蛋白均为亲水性蛋白并具有较高的热稳定性,除 RpMYB2外其余3个基因结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,且均定位于细胞核。由蛋白结构域和保守基序分析发现, RpMYB2、 RpMYB5含有1个HTH-MYB结构域, RpMYB3、 RpMYB6含有2个HTH-MYB结构域,且不同MYB转录因子包含的保守元件数量及种类存在差异,系统进化分析显示 RpMYB2、 RpMYB5属于R1-MYB亚家族, RpMYB3、 RpMYB6属于R2R3-MYB亚家族,与其结构域分类一致。实时荧光定量结果显示,根中 RpMYB2、 RpMYB6转录本丰度最高, RpMYB3、 RpMYB5基因分别在叶片、叶柄中高表达。经200μmol·L^(-1)脱落酸(abscisic acid, ABA)处理, RpMYB5于24 h达峰值;200μmol·L^(-1)茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)诱导 RpMYB6表达,表达量随时间推移呈逐渐上升趋势且于24 h最高(为0 h的10.30倍),抑制 RpMYB3表达;200μmol·L^(-1)水杨酸(salicylic acid, SA)诱导 RpMYB6表达最为明显,3 h表达量上调至0 h的21.84倍。RpMYBs在非生物胁迫处理下表达也各有差异, RpMYB2受高温胁迫诱导表达, RpMYB3在损伤、高温胁迫下表达下调, RpMYB5在损伤胁迫下表达受抑制, RpMYB6响应高温、盐胁迫。

关键词：掌叶大黄 MYB 表达分析胁迫实时荧光定量PCR

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竹亚科单枝竹属芸香竹花枝和花特征补充描述

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广西植物 2022年第10期42卷 1641-1644页

作者：张雨曲杨新杰程虎印高静彭亮张明英张岗陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室西安712046

繁殖器官在竹类植物的分类学研究中具有重要意义,研究组在广西马山县观察到竹亚科单枝竹属芸香竹正在开花,该文根据观察到的开花状况和采集到的标本解剖观察结果,对其花枝和繁殖器官特征做了详细的中文及拉丁文补充描述。经对比芸香竹... 详细信息

繁殖器官在竹类植物的分类学研究中具有重要意义,研究组在广西马山县观察到竹亚科单枝竹属芸香竹正在开花,该文根据观察到的开花状况和采集到的标本解剖观察结果,对其花枝和繁殖器官特征做了详细的中文及拉丁文补充描述。经对比芸香竹与属内已知繁殖器官结构的单枝竹和小花单枝竹的繁殖器官,3个竹种有相同的繁殖器官结构特征,但在小花数目和大小等方面具有差异。繁殖器官比较表明该属竹种的繁殖器官对喀斯特地貌环境有特殊的适应性,也支持依据营养器官差异划分为3个独立竹种。

关键词：竹亚科单枝竹属芸香竹花补充描述

来源：评论

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