检索结果-内蒙古大学图书馆

中草药 2025年第2期56卷 617-625页

作者：杜桥唐璟李依民张明英高静彭亮冯昭张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室

目的基于全长转录组测序挖掘掌叶大黄Rheum palmatum GRAS基因（RpGRASs）家族成员，并分析其在掌叶大黄叶、根和根茎中的表达及茉莉酸甲酯（methyl jasmonate,MeJA）处理下的表达模式。方法利用生物信息学对掌叶大黄GRAS成员进行系... 详细信息

目的基于全长转录组测序挖掘掌叶大黄Rheum palmatum GRAS基因（RpGRASs）家族成员，并分析其在掌叶大黄叶、根和根茎中的表达及茉莉酸甲酯（methyl jasmonate,MeJA）处理下的表达模式。方法利用生物信息学对掌叶大黄GRAS成员进行系统发育、保守结构域、蛋白理化性质和亚细胞定位分析；基于转录组数据对RpGRASs基因的组织表达模式进行转录组测序（RNA sequencing,RNA-seq）分析，使用实时定量逆转录聚合酶链式反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR）对筛选到的3个RpGRASs进行MeJA处理下的表达模式检测。结果在掌叶大黄全长转录组数据中共鉴定得到39个RpGRASs成员。RpGRASs蛋白主要为不稳定亲水蛋白，定位于细胞核、叶绿体和细胞质；各蛋白二级结构主要为无规则卷曲和α螺旋；系统发育将该家族分为PAT1、DELLA、HAM、SHR、SCR和SCL4/7 6个亚族；GRAS蛋白C端均含有典型的LHRI、VHIID、LHRII、PFYRE和SAW基序。RpGRASs基因表达具有组织特异性，在药用部位根及根茎中高表达的RpGRAS17、RpGRAS18、RpGRAS20受MeJA显著诱导。结论掌叶大黄GRAS转录因子基因家族的系统鉴定及组织和MeJA诱导下的基因表达特征，为深入研究GRAS基因的功能奠定基础。

关键词：掌叶大黄 GRAS转录因子茉莉酸甲酯基因家族表达模式

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西山产柴胡根际细菌的分离与鉴定

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中草药 2025年第8期56卷 2936-2944页

作者：郭权王艳范北笙吕蕊花冯昭焦红红张岗李依民陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西中医药大学医学技术学院陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心

目的揭示道地产区宝鸡西山产柴胡Bupleurum chinense植物根际土壤细菌的群落结构和多样性，为解析西山产柴胡的道地性和生态种植提供一定理论基础。方法采用16S rDNA微生物扩增子测序初步确定根际细菌的群落组成，利用稀释分离法对根... 详细信息

目的揭示道地产区宝鸡西山产柴胡Bupleurum chinense植物根际土壤细菌的群落结构和多样性，为解析西山产柴胡的道地性和生态种植提供一定理论基础。方法采用16S rDNA微生物扩增子测序初步确定根际细菌的群落组成，利用稀释分离法对根际土进行分离纯化并提取细菌DNA进行分子鉴定。结果 16S rDNA微生物扩增子测序结果显示样品质量总体良好。属水平上丰度前10的分别是盖亚女神菌属Gaiella、未命名蓝细菌属unidentified＿Cyanobacteria、海无柄孢囊黏细菌属Haliangium、土壤红杆菌属Solirubrobacter、假节杆菌属Pseudarthrobacter、出芽菌属Gemmata、芽生球菌属Blastococcus、类诺卡氏菌属Nocardioides、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、芽单苞菌属Gemmatimonas，除土壤红杆菌属外其余均属于有益菌。代谢通路预测结果显示分布于6大类：Cellular Processes、Environmental Information Processes、Genetic information processe、Human disease、Metabolism、Organismal-system。共分离到16株根际细菌，鉴定后发现均属于芽孢杆菌属，可鉴定到种水平的有漳州芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、沙福芽孢杆菌和嗜气芽胞杆菌4种。结论阐明了西山产柴胡根际细菌群落的组成情况，物种丰富度较高且个体分布也相对均匀。在属水平上丰度排名前10的多数为有益菌，并且成功分离得到16株芽孢杆菌属细菌，可为西山柴胡的生态种植提供理论基础。

关键词：柴胡根际细菌 16S rDNA 扩增子测序细菌群落

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核盘菌热休克蛋白Hsp70基因的克隆及功能分析

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生物工程学报 2024年第10期40卷 3677-3688页

作者：吕蕊花杨大群杜雨彤冯昭吕瑞华李依民张岗陕西中医药大学医学技术学院陕西咸阳712046 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西咸阳712046

为明确核盘菌热休克蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)基因在菌核形成过程中的功能及其与病菌致病力的关系,本研究采用逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)方法克隆核盘菌Hsp70基因并进行序列分析,采用实时荧光定量PCR(quan... 详细信息

为明确核盘菌热休克蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)基因在菌核形成过程中的功能及其与病菌致病力的关系,本研究采用逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)方法克隆核盘菌Hsp70基因并进行序列分析,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法测定基因在病菌不同生长阶段、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)及低温和高温胁迫下的相对表达量;对Hsp70蛋白进行耐热性检测;通过农杆菌介导法构建Hsp70基因沉默转化菌株,采用离体油菜叶片接种法进行致病力检测,在含腐霉利和甲基托布津药物培养基中进行耐药性检测。结果表明,核盘菌Hsp70基因全长1890 bp,与叶杯菌属(Ciborinia)的Hsp70亲缘关系较高;Hsp70在菌核中表达量最高,为菌丝中的30倍以上,cAMP胁迫显著诱导Hsp70的表达,40℃下,Hsp70表达量呈先升后降再升高的趋势,4℃处理无显著影响;高表达Hsp70的重组菌株耐热性显著增加;核盘菌Hsp70沉默转化子不能形成菌核,其致病力和耐药性均下降。本研究揭示了Hsp70在核盘菌菌核形成及对抗不良环境中发挥重要作用,为下一步深入解析核盘菌Hsp70的生物学功能提供参考。

关键词：核盘菌热休克蛋白表达分析基因沉默致病力

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人参叶绿体全基因组特征分析及密码子偏好性分析

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分子植物育种 2022年

作者：马楠叶奕含邹晨鑫陈诗雨徐莎莎陈莹张雨曲杨新杰陕西中医药大学药学院陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室

为探究人参叶绿体基因组结构特征以及密码子偏好性。利用Illumina高通量测序平台NovaSeq 6000对人参进行测序组装，使用CodonW1.4.2、Microsoft Excel 2019、SPSS Statistics 26.0、R语言等软件，对筛选得到的53条叶绿体蛋白编码基因(C... 详细信息

为探究人参叶绿体基因组结构特征以及密码子偏好性。利用Illumina高通量测序平台NovaSeq 6000对人参进行测序组装，使用CodonW1.4.2、Microsoft Excel 2019、SPSS Statistics 26.0、R语言等软件，对筛选得到的53条叶绿体蛋白编码基因(CDS)分析计算。结果表明：人参叶绿体全基因组长156 248 bp，GC含量为38.0%，包括两个26 018 bp的反向重复区(IRs)、一个大单拷贝区(LSC， 86 128 bp)和一个小单拷贝区(SSC， 18 084 bp)；共注释到133个基因，其中有8个rRNA基因、37个tRNA基因以及88个蛋白编码基因；在人参叶绿体基因组中共检测到38个SSR位点，大部分SSR均由A和T组成；人参不同区段GC平均含量是：GC1(45.34%)>GC2(39.21%)>GC3(31.05%)，表明GC含量在不同位置的分布不均匀；本研究最终筛选出来6个最优密码子，即AAU、ACA、CAA、CCA、GCA、GUU，均以A/U结尾；表明该物种叶绿体基因组密码子偏好以A/U结尾；结合中性绘图，ENC-plot和PR2-plot分析明确了该物种密码子使用偏好主要受自然选择和突变的影响。本研究结果为人参叶绿体基因工程方面的相关研究，以及五加科人参属植物进化关系、亲缘关系研究提供理论依据。

关键词：人参(Panax ginseng C. A. Meyer) 叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

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北柴胡达玛烯二醇合成酶基因克隆及表达分析

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中草药 2023年第23期54卷 7815-7822页

作者：冯飞雪吕瑞华李依民高静梁伟伟王战争颜永刚张岗陕西中医药大学附属医院陕西咸阳712000 陕西中医药大学药学院/陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046 陕西中医药大学医学技术学院陕西咸阳712046

目的克隆北柴胡Bupleurem chinense达玛烯二醇合成酶(dammarenediol synthase,DS)基因BcDS,并进行生物信息学及表达模式分析。方法通过搜索转录组数据库,利用RT-PCR克隆开放阅读框(open reading frame,ORF)和启动子区。通过生物信息在... 详细信息

目的克隆北柴胡Bupleurem chinense达玛烯二醇合成酶(dammarenediol synthase,DS)基因BcDS,并进行生物信息学及表达模式分析。方法通过搜索转录组数据库,利用RT-PCR克隆开放阅读框(open reading frame,ORF)和启动子区。通过生物信息在线工具预测基因编码蛋白的理化性质、结构域、信号肽、三级结构等分子特征,利用Jalview软件进行氨基酸多序列比对,采用MEGA 11.0软件进行分子进化分析。运用实时荧光定量PCR检测基因表达模式。结果BcDS ORF长2115 bp,编码的蛋白包涵704个氨基酸,相对分子质量为80770,为酸不稳定的亲水蛋白,无跨膜结构域或信号肽。BcDS与人参、西洋参等植物DS的相似性高,具有达玛烯二醇合成酶特征结构域,且BcDS与人参、西洋参、三七等DS聚为一支。BcDS启动子区域含有响应环境及植物激素的顺式作用元件。BcDS在根中的表达量最高,分别为茎、叶和花中BcDS表达量的5.81、10.44和7.86倍,并受茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)和水杨酸(salicylic acid,SA)的显著诱导。结论获得北柴胡BcDS基因序列特征,明确了BcDS根中高表达且受MeJA和SA诱导表达,为进一步研究基因在柴胡皂苷合成中的分子作用奠定基础。

关键词：北柴胡表达模式基因克隆生物信息学分析茉莉酸甲酯水杨酸

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cAMP抑制核盘菌菌核形成的差异基因表达分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2024年第7期52卷 143-154页

作者：吕蕊花冯昭吕瑞华李依民高静彭亮张岗陕西中医药大学医学技术学院陕西咸阳712046 陕西中医药大学、陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西咸阳712046

【目的】探究核盘菌响应环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)处理的转录组学特征,挖掘调控核盘菌菌核形成的关键基因,为靶向杀菌剂的研发提供参考。【方法】以接种在PDA培养基上生长至菌核原基形成时期的核盘菌作为CK1,开... 详细信息

【目的】探究核盘菌响应环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)处理的转录组学特征,挖掘调控核盘菌菌核形成的关键基因,为靶向杀菌剂的研发提供参考。【方法】以接种在PDA培养基上生长至菌核原基形成时期的核盘菌作为CK1,开始形成黑色素时期的核盘菌作为CK2,以接种在PDA+5 mmol/L cAMP培养基上生长相同时间(5,7 d)的核盘菌作为试验组,依次命名为M1和M2,对这4组样品进行转录组测序(RNA-seq)比较,阐释cAMP影响菌核形成的调控途径,挖掘菌核原基及菌核黑色素形成中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。【结果】外源添加的cAMP主要在M1前期影响胞内的cAMP含量。差异表达基因分析结果显示,M1和CK1之间共有681个差异表达基因;KEGG富集分析显示,这些基因主要参与各类氨基酸代谢、脂肪酸代谢、MAPK信号通路等,且通路中的大部分基因都呈上调表达模式,而MAPK及其下游作用因子钙调磷酸酶B亚基(calcineurin B subunit,CnB)和热休克蛋白70(heat shock 70 ku protein,HSP70)则明显下调。M2和CK2之间共筛选到4490个差异表达基因,主要参与各类氨基酸代谢、抗原加工提呈以及cAMP、MAPK等信号通路和自噬途径,通路中的大部分基因呈上调表达模式,且自噬相关因子ATG2、ATG20、ATG22、ATG23、ATG27和ATG29也大量上调表达,而与蛋白质和脂类合成相关的磷酸酶B(phosphatase B,PTPB)和酰基辅酶A氧化酶(acyl coenzyme A oxidase,ACO)的表达量则明显下调。在M1和M2时期,相关基因的qRT-PCR与RNA-seq差异表达分析结果趋势相同,说明转录组测序数据准确。【结论】核盘菌可通过吸收胞外高浓度的cAMP抑制菌核形成菌丝,其抑制作用主要通过影响相关蛋白质及脂类物质的合成而对菌丝形态及信号传递造成障碍。

关键词：核盘菌菌核形成环磷酸腺苷差异表达基因

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掌叶大黄(RheumpalmatumL.)WRKY基因家族鉴定与分析

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生物技术通报 2024年第1期40卷 250-261页

作者：吴圳张明英闫锋李依民高静颜永刚张岗陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心西安712046 咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室西安712046

【目的】本研究为开展WRKY基因功能验证提供基础,进而为大黄药材品质形成的转录调控机制研究提供科学依据。【方法】基于掌叶大黄(*** L.)的全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定掌叶大黄WRKY基因家族成员,分析其蛋白理化性质、结构... 详细信息

【目的】本研究为开展WRKY基因功能验证提供基础,进而为大黄药材品质形成的转录调控机制研究提供科学依据。【方法】基于掌叶大黄(*** L.)的全长转录组数据,通过生物信息学方法鉴定掌叶大黄WRKY基因家族成员,分析其蛋白理化性质、结构域、系统发育关系、蛋白互作,结合转录组数据进行不同组织和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理的表达谱分析。【结果】掌叶大黄WRKY基因家族包含53个成员,编码蛋白氨基酸数量为192-748,均为亲水性蛋白,预测定位均在细胞核。掌叶大黄WRKY基因家族与拟南芥WRKY基因家族成员进化树可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个亚族,其中Ⅱ亚族WRKY占比最高(58.49%)。转录组数据分析显示掌叶大黄WRKY基因家族成员在掌叶大黄根、根茎和叶中差异表达,其中7个基因在根和根茎中表达量较高,12个基因响应MeJA处理呈差异表达,其中10个被MeJA显著诱导,4个候选基因RpWRKY5/6/9/33的qPCR分析与其转录组结果基本一致。蛋白互作网络显示RpWRKY2/16/20/22/23与查尔酮合酶(chalconesynthase,CHS)发生相互作用。【结论】获得53个掌叶大黄WRKY基因、生物信息、组织及响应MeJA的表达特征,其中5个可能与大黄蒽醌类物质的合成有关。

关键词：掌叶大黄 WRKY 转录因子基因表达茉莉酸甲酯

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掌叶大黄转录组测序及蒽醌类合成关键酶基因差异表达分析

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中草药 2023年第7期54卷 2217-2225页

作者：邹建珍胡晓晨李依民郝紫彤张岗刘蒙蒙河北大学中医学院河北保定071002 陕西中医药大学药学院/陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

目的研究掌叶大黄Rheum palmatum蒽醌合成关键基因。方法利用RNA-seq技术对掌叶大黄根、根茎、叶进行转录组测序和生物信息学分析。结果经Trinity软件组装后获得140224条Unigenes,全部Unigenes能被非冗余蛋白库、核酸序列数据库、京都... 详细信息

目的研究掌叶大黄Rheum palmatum蒽醌合成关键基因。方法利用RNA-seq技术对掌叶大黄根、根茎、叶进行转录组测序和生物信息学分析。结果经Trinity软件组装后获得140224条Unigenes,全部Unigenes能被非冗余蛋白库、核酸序列数据库、京都基因组百科全书数据库、蛋白质序列数据库、蛋白家族数据库、基因本体联合数据库、同源蛋白簇数据库等公共数据库注释。差异基因分析结果显示,掌叶大黄的根与叶相比,差异表达基因总数为4175个,根与根茎相比,差异表达基因总数为992个,叶与根茎相比,差异表达基因总数为4469个。差异表达基因代谢途径分析分析发现,苯丙烷生物合成通路在叶比根中被显著富集。蒽醌类化合物合成相关关键差异表达基因分析发现,关键差异表达基因主要涉及甲羟戊酸(mevalonic acid,MVA)途径、甲基赤藓糖醇(methylerythritol 4-phosphate,MEP)、莽草酸及聚酮途径的13个基因。结论为进一步挖掘大黄有效成分生物合成过程中的关键基因,为解析调控其有效成分生物合成途径提供研究基础。

关键词：掌叶大黄蒽醌转录组基因表达甲羟戊酸途径甲基赤藓糖醇途径

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基于全长转录组测序的掌叶大黄bZIP基因家族鉴定分析

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草业科学 2024年第3期41卷 638-651页

作者：唐璟杜桥胡晓晨李依民高静彭亮张岗陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学省部共建特色秦药资源研究开发国家重点实验室(培育) 陕西咸阳712083 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

bZIP转录因子在调控植物生长发育、次生代谢产物合成以及胁迫响应中发挥着重要作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)bZIP基因家族,分析其编码蛋白的理化性质、保守基序及系统进化等特性,利用RNA-seq进... 详细信息

bZIP转录因子在调控植物生长发育、次生代谢产物合成以及胁迫响应中发挥着重要作用。本研究基于全长转录组测序分析,系统筛选掌叶大黄(Rheum palmatum)bZIP基因家族,分析其编码蛋白的理化性质、保守基序及系统进化等特性,利用RNA-seq进行基因组织表达分析和茉莉酸甲酯(MeJA)处理基因表达分析。结果表明,掌叶大黄bZIP基因家族有63个成员(RpbZIP1~RpbZIP63);根据其与拟南芥(Arabidopsis thaliana)bZIP系统发育关系被分为A~I和K、S等11个亚族;RpbZIPs基因主要编码不稳定的亲水蛋白,均定位于细胞核;RpbZIPs蛋白二级结构主要为α螺旋和无规卷曲。基于RNA-seq数据,筛选出掌叶大黄根及根茎中高表达且响应MeJA的RbZIP16、RpbZIP17、RpbZIP61等6个基因,qPCR验证了其中4个与转录组测序表达结果一致。本研究系统分析掌叶大黄bZIP基因家族,为后续进一步研究基因功能及大黄次生代谢转录调控机制提供了科学依据。

关键词：基因表达茉莉酸甲酯系统进化分析大黄转录因子

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中国特有药用植物距药黄精的叶绿体全基因组解析及黄精属种间系统发育关系分析

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药学学报 2023年第11期58卷 3461-3472页

作者：程文萍赵霞李依民张岗颜永刚高静张明英陕西中医药大学药学院陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心陕西西安712046 陕西中医药大学陕西省中医药管理局“秦药”研发重点实验室陕西西安712046

距药黄精Polygonatum franchetii Hua为黄精属Polygonatum Mill.中国特有药用植物。本研究利用DNBSEQ-T7高通量测序平台测序获得距药黄精2个分别来自不同产地个体的叶绿体全基因组序列,完成组装注释和特征解析,并将其与同属已发表植物... 详细信息

距药黄精Polygonatum franchetii Hua为黄精属Polygonatum Mill.中国特有药用植物。本研究利用DNBSEQ-T7高通量测序平台测序获得距药黄精2个分别来自不同产地个体的叶绿体全基因组序列,完成组装注释和特征解析,并将其与同属已发表植物叶绿体全基因组进行了比较和系统发育分析。距药黄精2个个体叶绿体全基因组长度分别为155942和155962 bp,各包含一个大单拷贝区(large single copy,LSC;84670、84722 bp),一个小单拷贝区(small single copy,SSC;18564、18566 bp)和一对反向重复区(inverted repeats,IRa/IRb;26354、26337 bp);两者均编码113个基因,包括79个蛋白编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。基因组比较分析结果表明,距药黄精同种2个个体间及黄精属不同种间叶绿体全基因组序列长度、GC(guanine and cytosine)含量、基因组成及排列顺序均高度保守,所包含的重复序列类型及分布位置亦较为一致,IRs区未发生明显的扩张或收缩。距药黄精2个个体间叶绿体基因组序列的变异小于不同种间,种内、种间编码基因序列变异均小于非编码基因序列,IRs区序列变异均小于LSC、SSC区;共筛选到8条核苷酸多样性较高的种间高变异序列,分别位于LSC和SSC区。系统发育分析结果显示,黄精属所有物种以100%的支持率构成一个单系,属内轮叶组单独构成一支,黄精组和互叶组构成姐妹分支,距药黄精2个个体聚为一支,位于轮叶组内,与狭叶黄精*** Maxim.亲缘关系最近。本研究对距药黄精叶绿体全基因组进行了全面解析并基于叶绿体系统发育基因组学分析阐明了其在黄精属的系统发育位置,研究结果将为距药黄精的资源开发利用及黄精属药用植物种间分子鉴定、系统发育等研究提供基础。

关键词：黄精属距药黄精叶绿体全基因组系统发育序列变异

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