检索结果-内蒙古大学图书馆

基于RNA-seq数据分析长牡蛎(Crassostrea gigas)天然免疫的可变剪接事件

海洋与湖沼 2024年第1期55卷 182-192页

作者：李若晖张琳琳中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室山东青岛266237 中国科学院大学北京100049

大部分无脊椎动物缺乏基于经典抗体和记忆细胞的适应性免疫,因而天然免疫在无脊椎动物免疫防御中发挥不可或缺的作用。可变剪接正是产生天然免疫多样性和特异性的重要途径。牡蛎(Crassostrea)是全球范围内的大宗养殖贝类和我国产量最高... 详细信息

大部分无脊椎动物缺乏基于经典抗体和记忆细胞的适应性免疫,因而天然免疫在无脊椎动物免疫防御中发挥不可或缺的作用。可变剪接正是产生天然免疫多样性和特异性的重要途径。牡蛎(Crassostrea)是全球范围内的大宗养殖贝类和我国产量最高的海水养殖贝类,理解其天然免疫系统的多样性和特异性对牡蛎病害防治和养殖业健康可持续发展至关重要。通过对不同病原诱导以及诱导后不同时间的转录组进行生物信息分析,系统地研究了长牡蛎天然免疫应激反应的可变剪接事件。发现在弧菌诱导下可变剪接事件的总数显著增加,表明弧菌的感染会诱导长牡蛎可变剪接事件的产生。对病原诱导后可变剪接体的组成类型及表达量显著变化的基因的功能富集分析,表明免疫系统相关功能被显著富集,病原感染不同阶段以及不同病原感染后可变剪接体的组成类型和表达量均不一致,表明长牡蛎免疫系统可通过可变剪接产生免疫响应的特异性和多样性。研究结果为长牡蛎等无脊椎动物天然免疫多样性和特异性提供了典型实例,也为长牡蛎病害防御提供了理论支撑。

关键词：长牡蛎可变剪接病原体诱导天然免疫

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聚对苯二甲酸乙二醇酯水解酶研究进展

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生物工程学报 2023年第5期39卷 1998-2014页

作者：赵之怡张国强刘琨李盛英山东大学微生物技术国家重点实验室山东青岛266237 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室山东青岛266237

塑料自20世纪首次合成以来给人类生活带来了极大的便利。然而,塑料稳定的高分子结构导致了塑料废弃物的持续堆积,对生态环境和人类健康均造成严重威胁。聚对苯二甲酸乙二醇酯[poly(ethylene terephthalate),PET]是产量最高的一种聚酯类... 详细信息

塑料自20世纪首次合成以来给人类生活带来了极大的便利。然而,塑料稳定的高分子结构导致了塑料废弃物的持续堆积,对生态环境和人类健康均造成严重威胁。聚对苯二甲酸乙二醇酯[poly(ethylene terephthalate),PET]是产量最高的一种聚酯类塑料,近年来PET水解酶的相关研究展现出生物酶法对塑料进行降解、回收的巨大潜力,也为塑料生物降解机制研究建立了参考范例。本文综述了不同微生物来源的PET水解酶及其PET降解能力,阐述了最具代表性的PET水解酶—IsPETase降解PET的催化机理,并总结了近年来通过酶工程改造而获得的高效降解酶,为未来的PET降解机制研究、PET高效降解酶的进一步挖掘和改造提供参考。

关键词：塑料降解聚对苯二甲酸乙二醇酯 PET水解酶催化机理酶工程改造

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单细胞转录组测序技术及其在秀丽隐杆线虫中的应用

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生物技术通报 2023年第6期39卷 158-170页

作者：赵金玲安磊任晓亮中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室青岛266237 中国科学院大学北京100049

单细胞转录组测序技术使人们摆脱了细胞异质性问题的干扰,从而在单个细胞水平实现对基因表达及转录调控机制的探索,以及对不同细胞亚群和特殊细胞类型的识别,对系统发育领域的研究具有重要意义。传统模式生物秀丽隐杆线虫(Caenorhabditi... 详细信息

单细胞转录组测序技术使人们摆脱了细胞异质性问题的干扰,从而在单个细胞水平实现对基因表达及转录调控机制的探索,以及对不同细胞亚群和特殊细胞类型的识别,对系统发育领域的研究具有重要意义。传统模式生物秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)由于体细胞数目固定、细胞分化路径清晰等特点,近年来成为了单细胞转录组学研究的重要模型。本文对目前单细胞转录组测序技术的发展现状进行综述,总结其在秀丽隐杆线虫的细胞谱系分析、单细胞轨迹推断以及神经元细胞图谱等研究工作中的应用情况,并对未来的研究方向作进一步展望。

关键词：单细胞转录组测序秀丽隐杆线虫细胞谱系

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利用冷冻扫描电子显微镜观察金纳米颗粒原位标记红细胞膜阴离子通道蛋白

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分析化学 2024年第1期52卷 54-61页

作者：程思航王慧利于洋张金瑞王宏达中国科学院长春应用化学研究所电分析化学国家重点实验室中国科学技术大学应用化学与工程学院青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室

带3蛋白是红细胞膜上一种重要的通道蛋白，介导细胞膜内外的阴离子转运过程，同时有助于红细胞形态的维持，具有重要的生理功能。然而，带3蛋白在原生细胞膜上的分布状态目前尚不清楚。冷冻扫描电子显微镜可在近生理状态下对生物样品的... 详细信息

带3蛋白是红细胞膜上一种重要的通道蛋白，介导细胞膜内外的阴离子转运过程，同时有助于红细胞形态的维持，具有重要的生理功能。然而，带3蛋白在原生细胞膜上的分布状态目前尚不清楚。冷冻扫描电子显微镜可在近生理状态下对生物样品的表面形貌进行成像。为了探究生理状态下带3蛋白在红细胞膜上的分布情况，本研究利用带3蛋白抗体修饰5 nm的金纳米颗粒，与人血红细胞膜上的带3蛋白特异性结合，并通过冷冻扫描电子显微镜进行成像，得到近生理条件下带3蛋白在人血红细胞膜上的分布图谱。结果表明，红细胞膜上的膜蛋白倾向于成簇分布，形成“蛋白岛”，而带3蛋白主要分布在这些蛋白岛上，彼此之间紧密连接，形成若干个功能微区发挥作用。

关键词：带3蛋白冷冻扫描电子显微镜金纳米颗粒原位标记蛋白分布蛋白岛

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RNA修饰及其在秀丽隐杆线虫中的研究进展

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生物技术通报 2023年第4期39卷 176-186页

作者：安磊赵金玲任晓亮中国科学院海洋研究所青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室、海洋生物学与生物技术功能实验室青岛266237 中国科学院大学北京100049

RNA修饰是表观遗传学(epigenetics)领域重要的探索方向,其种类繁多,过程复杂,在调节生物生长发育、新陈代谢等方面起着重要作用。近些年,针对RNA修饰的检测方法由传统的实验定量检测技术发展为与二代、三代高通量测序平台相结合的检测技... 详细信息

RNA修饰是表观遗传学(epigenetics)领域重要的探索方向,其种类繁多,过程复杂,在调节生物生长发育、新陈代谢等方面起着重要作用。近些年,针对RNA修饰的检测方法由传统的实验定量检测技术发展为与二代、三代高通量测序平台相结合的检测技术,以此为基础,人们对RNA修饰类型、相关调控蛋白以及调控机制和功能有了更为深入的了解。当前基于秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)的RNA修饰研究表明,RNA修饰水平与秀丽隐杆线虫的寿命长短、应激性强弱、生育率高低等有着密切关联。对RNA修饰的常见类型和检测技术进行综述,总结其在秀丽隐杆线虫中的研究成果,并对将来的研究趋势进行展望。

关键词： RNA修饰 RNA甲基化秀丽隐杆线虫

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马里亚纳海沟深渊微生物胞外酶的保压酶活性特征

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中国科学:地球科学 2025年第1期55卷 184-193页

作者：曹军伟王佳华张宏鸽邓俊豪潘彬彬陈家旺张利方家松上海海洋大学海洋科学与生态环境学院上海201306 浙江大学海洋学院杭州316000 海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室青岛266237

微生物胞外酶在海洋有机物的转化和矿化过程中起着至关重要的作用.然而,传统上在常压条件下测定的深海微生物胞外酶活性(Microbial ectoenzyme activities,MEAs)并不能准确反映土著微生物群落的代谢活性.为了解决这一局限性,本研究对比... 详细信息

微生物胞外酶在海洋有机物的转化和矿化过程中起着至关重要的作用.然而,传统上在常压条件下测定的深海微生物胞外酶活性(Microbial ectoenzyme activities,MEAs)并不能准确反映土著微生物群落的代谢活性.为了解决这一局限性,本研究对比分析了马里亚纳海沟挑战者深渊保压和非保压海水样品中3种微生物胞外酶(氨肽酶、α-葡萄糖苷酶和β-葡萄糖苷酶)在常压和原位压力条件下的酶活性.结果显示,表层海水(50m)中氨肽酶和α-葡萄糖苷酶的保压酶活性(isobaric MEAs)最高,深海(4,000~6,000m)氨肽酶和深渊(10,903m)α-葡萄糖苷酶的保压酶活性次之,然而β-葡萄糖苷酶的保压酶活性最高值出现在深渊(10,903m).此外,深渊海水的保压酶活性通常比相应的释压酶活性(decompressed MEAs)高,这一结果突显了保压采样和保压酶活性测定的重要性.随着深度的增加,半饱和常数(Km)总体呈下降趋势,表明深海微生物可能通过增强其胞外酶对底物的亲和力来适应高压和寡营养环境.另外,与颗粒物附着胞外酶活性相比,非颗粒物附着胞外酶活性对深海总酶活性的贡献更为显著,这表明细胞附着性和溶解性胞外酶在海洋生态系统中起着重要作用.本研究为全面理解海洋微生物胞外酶活性提供了重要研究基础,有利于深入理解微生物驱动的海洋生物地球化学循环过程.

关键词：保压采样微生物胞外酶活性深海微生物高压马里亚纳海沟

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牙鲆(Paralichthys olivaceus)抗缪勒氏管激素Ⅱ型受体基因(amhr2)表达特征分析及功能初探

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热带海洋学报 2024年第1期43卷 94-106页

作者：李泽王丽娟邹聪聪舒畅吴志昊邹玉霞尤锋中国科学院实验海洋生物学重点实验室海洋大科学中心(中国科学院海洋研究所)山东省实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术实验室山东青岛266237 中国科学院大学北京100049

抗缪勒氏管激素Ⅱ型受体(anti-Müllerian hormone receptorⅡ,Amhr2)是抗缪勒氏管激素(anti-Müllerian hormone,Amh)的特异受体。amhr2基因在鱼类性腺分化和发育中发挥重要作用,更决定了有的鱼种的性别,然而,相关功能研究较... 详细信息

抗缪勒氏管激素Ⅱ型受体(anti-Müllerian hormone receptorⅡ,Amhr2)是抗缪勒氏管激素(anti-Müllerian hormone,Amh)的特异受体。amhr2基因在鱼类性腺分化和发育中发挥重要作用,更决定了有的鱼种的性别,然而,相关功能研究较为有限。本研究旨在明晰amhr2在我国重要海水养殖鱼类—牙鲆(Paralichthys olivaceus)性腺分化和发育过程中的表达特征,并初步探究其功能。首先,克隆了牙鲆amhr2-CDS序列,共1536bp,编码511个氨基酸。系统发育分析显示牙鲆Amhr2近C端较为保守,与其他硬骨鱼类聚为一枝,并与上游sp1以及下游的prr13和PCBP2在基因组中共定位。蛋白结构分析显示,牙鲆Amhr2包含信号肽、跨膜结构域和保守的酪氨酸蛋白激酶结构域。进而,利用实时荧光定量PCR(q PCR)分析表明,牙鲆amhr2主要表达于性腺,且在精巢中的表达极显著高于卵巢(P<0.01),其在I-V期精巢中持续高表达,而在卵巢中仅在I期高表达,后显著下降(P<0.05)。性腺分化期基因的表达,是对雌核发育组(对照组,20±0.5℃,100%雌性)与雌核发育高温诱导组(HT组,28±0.5℃,100%雄性)鱼苗进行检测的,amhr2在对照组全长(totallength,TL)2cm的实验鱼性腺中表达最高,后逐渐下降;而HT组实验鱼性腺中的表达呈现先上升后下降的趋势,并在精巢开始分化的6cm TL时表达最高。利用Hela细胞进行亚细胞定位分析发现,Amhr2与其配体Amh均定位于细胞质。同时,通过原核表达重组牙鲆Amh,并用其孵育离体性腺组织,q PCR分析显示精巢中amhr2的表达没有显著变化,但卵巢中表达显著上升(P<0.05)。进一步通过双荧光素酶报告分析表明,Amh和Amhr2共转染能够显著抑制雌激素合成的关键芳香化酶基因cyp19a的表达(P<0.01)。综上所述,牙鲆amhr2主要表达于精巢,但在不同性腺发育时期表达不同,且其可能与Amh共同影响cyp19a的转录,对雄性表型形成的启动和性腺发育起作用。

关键词：牙鲆(Paralichthys olivaceus) amhr2 性腺分化和发育基因表达功能

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虾夷扇贝AMPK基因家族的鉴定及表达

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水产学报 2024年第10期48卷 30-41页

作者：吕珍立黄晓文孙凤芝邢强王静刘平平安行健吕佳中国海洋大学海洋生物遗传与育种教育部重点实验室中国海洋大学方宗熙海洋生物进化与发育研究中心青岛海洋科学与技术国家试点实验室海洋生物学与生物技术功能实验室中国海洋大学海洋生命科学实验教学中心

为了解AMPK基因家族在虾夷扇贝中的特征、进化及生物学功能，实验采用比较基因组学及生物信息学的方法对虾夷扇贝AMPK基因家族进行了鉴定、基因与蛋白结构分析、系统发生分析以及时空表达分析，通过虾夷扇贝亚致死温度胁迫实验，研究了A... 详细信息

为了解AMPK基因家族在虾夷扇贝中的特征、进化及生物学功能，实验采用比较基因组学及生物信息学的方法对虾夷扇贝AMPK基因家族进行了鉴定、基因与蛋白结构分析、系统发生分析以及时空表达分析，通过虾夷扇贝亚致死温度胁迫实验，研究了AMPK基因家族在高温胁迫时的表达规律。结果显示，虾夷扇贝基因组中共存在3个AMPK家族基因，即PyAMPKα、PyAMPKβ、PyAMPKγ。时空表达分析发现，PyAMPK的3个家族基因在D型幼虫期之前均呈现较高的表达量，其中Py AMPKα基因在受精卵时期表达量最高，PyAMPKβ基因在囊胚时期表达量最高，PyAMPKγ基因在受精卵和2～8细胞时期的表达量达到最高水平。PyAMPK在虾夷扇贝成体器官中呈现不同的表达模式，其中肾脏表达量最高，其次是鳃。受高温胁迫后，肾脏和鳃中的PyAMPK基因短时间内呈现显著的上调表达，并随着时间延长呈现先上升后下降的趋势。研究表明，AMPK基因家族参与了虾夷扇贝早期胚胎发育过程的能量代谢调节以及机体面对高温胁迫的应激调节过程。本研究有助于理解贝类AMPK基因的功能和进化，并为深入阐明贝类应对高温胁迫时的能量调节机制提供理论基础。

关键词：虾夷扇贝 AMPK基因家族基因鉴定表达分析高温胁迫

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多功能海藻多糖复合膜的制备及其对UVB诱导的光老化的保护作用

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海洋科学 2024年第7期48卷 33-46页

作者：吴雨萌王晶张全斌中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物与生物技术功能实验室山东青岛266237 中国科学院大学北京100049

长期暴露在紫外线B(UVB)的照射下会导致皮肤光老化。海藻多糖是一类结构复杂的海洋酸性多糖,具有抗氧化、抗炎以及免疫调节等多种生物活性。其寡糖因分子量低、水溶性好等特点,具有更好的生物活性和应用潜力。本文以硫酸化半乳岩藻聚糖(... 详细信息

长期暴露在紫外线B(UVB)的照射下会导致皮肤光老化。海藻多糖是一类结构复杂的海洋酸性多糖,具有抗氧化、抗炎以及免疫调节等多种生物活性。其寡糖因分子量低、水溶性好等特点,具有更好的生物活性和应用潜力。本文以硫酸化半乳岩藻聚糖(DF)和褐藻胶寡糖(AOS)为活性成分,κ-卡拉胶(κ-Car)为基质制备了多功能海藻多糖复合膜——FAC膜,通过理化性质表征以及体内实验探究其对UVB诱导的皮肤光老化的保护作用。理化测定结果表明, FAC膜具有良好的吸湿和保湿性,在不同pH环境下具有缓释DF的效果。FAC膜在去离子水中浸泡3 min后,具有较好的黏弹性。体内实验结果表明,FAC膜处理可提高皮肤含水量,减少UVB诱导引起的皮肤的表皮层和真皮层厚度的增加;提高皮肤过氧化氢酶(CAT)和超氧化物歧化酶(SOD)浓度;降低促炎症因子白介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子(TNF-α)的表达;提高胶原蛋白特征氨基酸酶羟脯氨酸(HyP)的浓度以及有效降低胶原蛋白降解酶基质——金属蛋白酶-3(MMP-3)的表达。这些结果表明, FAC膜具有保湿、缓释和便于使用等良好理化性质以及修复皮肤屏障、抗氧化、抗炎和抑制胶原蛋白降解的良好生物活性,可以作为预防和治疗皮肤光老化的制剂。

关键词：光老化硫酸化半乳岩藻聚糖褐藻胶寡糖 κ-卡拉胶多功能复合膜

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长牡蛎与海豆芽外套膜细胞超微结构的比较观察

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上海海洋大学学报 2023年第3期32卷 553-563页

作者：牟伉陈雅茹产久林张琳琳中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071 中国科学院海洋大科学研究中心山东青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室山东青岛266071 中国科学院大学北京100049

以软体动物中贝壳成分为碳酸钙的长牡蛎(Crassostrea gigas)和腕足动物中贝壳成分为磷酸钙的鸭嘴海豆芽(Lingula anatina)为研究对象,借助组织学和透射电镜方法,分别对两个物种外套膜边缘区域和中央区域的细胞进行超微结构观察,发现长... 详细信息

以软体动物中贝壳成分为碳酸钙的长牡蛎(Crassostrea gigas)和腕足动物中贝壳成分为磷酸钙的鸭嘴海豆芽(Lingula anatina)为研究对象,借助组织学和透射电镜方法,分别对两个物种外套膜边缘区域和中央区域的细胞进行超微结构观察,发现长牡蛎和鸭嘴海豆芽外套膜中的细胞类型均包含柱状表皮细胞、电子稠密粒细胞和电子透明粒细胞,但是两个物种的柱状表皮细胞类型以及分泌细胞的内含物各不相同。长牡蛎柱状表皮细胞包括3类,主要分布在外套膜边缘区域的A型、主要分布在外套膜中央区域的B型以及很少存在的C型,细胞大小为7~15μm。海豆芽柱状表皮细胞则分为A’型、B’型和C’型,细胞大小为10~15μm。两个物种的分泌细胞都包含电子稠密粒细胞和电子透明粒细胞,海豆芽还包括一类含有板层小体的特殊分泌细胞。上述结果在一定程度上可以解释两者贝壳组成成分的差异,从而为研究腕足动物和软体动物贝壳的形成机制和矿化作用提供借鉴。

关键词：长牡蛎海豆芽外套膜细胞超微结构透射电镜

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