检索结果-内蒙古大学图书馆

病毒学报 2014年第5期30卷 541-548页

作者：朱汝南罗雷钱渊赵林清邓洁王芳孙宇宋秦伟丁雅馨首都儿科研究所病毒研究室、儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

3型人副肠孤病毒(Human parechovirus 3,HPeV3)是2004年发现的与儿童脓毒症密切相关的一种病原体。HPeV基因组是不分节段的单股正链线性RNA。测定其全基因组序列有助于了解北京儿科患者中流行的HPeV3的遗传背景和进化地位。方法采用将... 详细信息

3型人副肠孤病毒(Human parechovirus 3,HPeV3)是2004年发现的与儿童脓毒症密切相关的一种病原体。HPeV基因组是不分节段的单股正链线性RNA。测定其全基因组序列有助于了解北京儿科患者中流行的HPeV3的遗传背景和进化地位。方法采用将一名脑脊液和血清中HPeV3核酸检测均为阳性的脓毒症患儿(编号:BJC3174)的血清标本接种到细胞后从培养上清中检测到HPeV3核酸,随后分段扩增HPeV3BJ-C3174株的全基因组序列,并进行序列测定、拼接及分析。结果表明BJ-C3174株基因组全长(未包括3′末端的PolyA尾)7 329个核苷酸(nt),其中5′和3′编码区(UTR)分别长707nt和91nt,编码区长6 531nt,可编码一个长为2 177个氨基酸的多聚蛋白。BJ-C3174病毒株与已发表的HPeV3型病毒株位于同一进化分枝,而与HPeV8、HPeV6和HPeV1等型别进化距离较远。BJ-C3174株与德国HPeV3BONN-2株亲缘关系最为密切,两者核苷酸相似性达到99.3%,氨基酸相似性达到99.8%,均高于其与HPeV3原型株A308/99的相似性(89.6%和98.6%)。各基因片段中,BJC3174株均与BONN-2株相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别达到98.3%和99.3%以上。未发现BJ-C3174株存在基因重组现象。

关键词： 3型人副肠孤病毒全基因组系统进化树及同源性分析

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来自肺炎患儿的A1基因亚型人偏肺病毒全基因组序列分析

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病毒学报 2016年第6期32卷 758-767页

作者：郭春颖朱汝南孙宇赵林清邓洁王芳宋秦伟田润钱渊首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

人偏肺病毒（human metapneumovirus,HMPV）是婴幼儿呼吸道感染的重要病原之一。本研究目的在于分析在HMPV监测中发现的少见型别A1基因亚型BJ-1610的全基因组序列,为HMPV的进一步研究提供数据支持。BJ-1610来源于一名患有肺炎的3月龄女... 详细信息

人偏肺病毒（human metapneumovirus,HMPV）是婴幼儿呼吸道感染的重要病原之一。本研究目的在于分析在HMPV监测中发现的少见型别A1基因亚型BJ-1610的全基因组序列,为HMPV的进一步研究提供数据支持。BJ-1610来源于一名患有肺炎的3月龄女婴的鼻咽洗液标本。对该毒株进行全基因组RNA分段扩增、测序、序列拼接并分析其基因组特征、变异程度及是否存在重组等现象。BJ-1610株基因组全长为13 406nt（KU821121）。BJ-1610与HMPV参考株进行全基因和各蛋白核苷酸和氨基酸序列比较,显示全基因组的核苷酸相似性范围为81.2%-98.4%,其中相似性最高的为澳大利亚株（KC562226）,而SH和G基因则与其他澳大利亚株相似性更高。系统进化分析发现BJ-1610与HMPV A1基因亚型参考株位于同一分支,显示了与相似性分析相同的特征。对BJ-1610的膜表面蛋白F、SH和G蛋白序列进行分析结果显示,F蛋白最为保守,SH基因编码区的终止密码发生了突变,导致终止密码后移15位,长度由552bp变为567bp;G蛋白氨基酸序列突变较多,并导致N-糖基化位点的减少。HMPV作为儿童呼吸道疾病的重要病原之一,对其流行株基因组的分析将对其流行特征、遗传进化、致病机理、疫苗研制和抗病毒药物研发等方面的研究产生积极的推动作用。

关键词：儿童肺炎人偏肺病毒 A1基因亚型基因组序列分析

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人呼吸道合胞病毒北京地区A亚型ON1基因型地方株感染A549细胞转录组学分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 128-133页

作者：王凤杰江明礼郭琪李晓芸孙宇朱汝南赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地... 详细信息

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞,提取总mRNA,通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因,对其进行GO分析、KEGG通路分析,同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果以未感染的A549细胞为对照,筛选出1632个差异表达基因,其中807个基因表达上调,825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程,并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相关信号通路,为RSV致病的分子机制及防治策略研究提供基础资料。

关键词：呼吸道合胞病毒地方株 ON1基因型转录组学分析差异表达基因

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呼吸道合胞病毒黏附糖蛋白基因新变异形式的发现及其感染患儿临床特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 120-127页

作者：江明礼王凤杰韩振志徐炎鹏孙宇朱汝南陈冬梅郭琪周禹彤赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的分析北京地区呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)流行特征,监测黏附糖蛋白(G)基因序列变异及感染患儿临床特征。方法收集2023年1月1日—2023年12月31日首都儿科研究所附属儿童医院急性呼吸道感染患儿呼吸道标本,对经... 详细信息

目的分析北京地区呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)流行特征,监测黏附糖蛋白(G)基因序列变异及感染患儿临床特征。方法收集2023年1月1日—2023年12月31日首都儿科研究所附属儿童医院急性呼吸道感染患儿呼吸道标本,对经呼吸道病原体多重核酸检测确定为RSV阳性的样本,进一步通过PCR方法扩增得到RSV G蛋白基因全长,测序后建立系统发育进化树确定RSV分型及G蛋白序列变异,通过电子病历系统获得临床资料,分析北京地区RSV感染患儿临床特征。结果共收集5489份急性呼吸道感染患儿呼吸道标本,其中男3046例,女2443例,平均年龄4.36岁。核酸检测确定为RSV阳性的589例(10.7%,589/5489),其中男349例,女240例,平均年龄(2.51±2.78)岁,中位年龄0.48岁。2023年3月开始RSV呈现持续流行趋势,存在两个流行高峰,分别为5月(24.6%,122/496)和12月(18.2%,126/693)。2023年7月前以A亚型为优势亚型,8—10月为两个亚型博弈阶段,11月转变为B亚型。通过序列分析发现一种长度为954 bp的RSV B亚型新序列(RSV-B-BA9-954bp),在进化树中独立成一簇。存在新变异的RSV B亚型感染患儿收入重症监护病房(ICU)的比例(44.1%,15/34)高于未变异的RSV B亚型感染患儿(25.2%,31/123)(χ^(2)=4.600,P=0.032),但白细胞计数和C-反应蛋白低于未变异的RSV B亚型感染患儿(P<0.05)。结论2023年北京地区儿童中RSV自3月份开始持续流行,出现两个流行高峰,优势流行亚型由A转换为B,监测到一种新的RSV B亚型G蛋白基因变异(RSV-B-BA9-954bp)。

关键词：呼吸道合胞病毒 G蛋白新突变临床特征

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北京地区2014—2015年和2015年—2016年流感流行季儿童流感流行特征分析

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中华儿科杂志 2016年第8期54卷 582-586页

作者：孙宇朱汝南王芳邓洁赵林清田润钱渊首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室 100020

目的比较分析北京地区2014—2015年和2015—2016年连续2个流感流行季中儿童流感的流行特征。方法 2014年9月（全年第36周）至2016年5月（全年第22周）每周采集首都儿科研究所附属儿童医院门、急诊流感样病例患儿的咽拭子标本，应用实... 详细信息

目的比较分析北京地区2014—2015年和2015—2016年连续2个流感流行季中儿童流感的流行特征。方法 2014年9月（全年第36周）至2016年5月（全年第22周）每周采集首都儿科研究所附属儿童医院门、急诊流感样病例患儿的咽拭子标本，应用实时荧光反转录PCR方法进行甲型流感病毒、乙型流感病毒的核酸检测，同时对甲型流感病毒阳性标本进一步鉴别甲3型（H3N2）和甲1型（H1N1）流感病毒，对乙型流感病毒阳性标本进行B/Victoria（B/V）系和B/Yamagata（B/Y）系分型。采用描述性分析及t检验、χ^2检验对两个流感流行季的流行特征及各型别流感病毒感染患儿性别和年龄等特征进行比较分析。结果 2014年9月至2016年5月共采集流感样病例咽拭子标本1 821例，共检测到H3N2阳性标本139例（7.6%）；甲型H1N1阳性标本共43例（2.4%）；乙型流感病毒阳性标本共204例（11.2%），包括B/V系108例，B/Y系96例。甲型H1N1感染患儿年龄（3.3±2.2）岁，小于H3N2患儿组[（4.7±3.2）岁]和乙型患儿组[（4.9±2.8）岁]，差异有统计学意义（t＝2.848、3.682，P均〈0.05）。2014—2015年流行季，出现2个明显的流行峰，分别以H3N2和乙型流行峰（全部为B/Y系）为主要流行株；2015—2016年流行季，流感出现时间延后，起始于2015年第51周，整个流行季呈现H3N2、甲型H1N1和乙型共同流行的特点，乙型以B/V占绝对优势。结论 2014—2015年和2015—2016年2个流行季北京地区儿童中流感的流行呈现明显不同的流行特征。进入流感流行季应密切关注儿童中流感病毒的变异，包括乙型流感，及时为流感的防控提供科学依据。

关键词：流感人流行病学儿童

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2023年春季北京地区儿童急性呼吸道感染病原谱分析

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中华儿科杂志 2024年第2期62卷 159-164页

作者：孙宇朱汝南王芳陈冬梅郭琪周禹彤姚尧贾立平赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的探讨北京地区儿童急性呼吸道感染(ARI)的病原谱。方法采用横断面研究,收集2023年2月6日(第6周)至5月28日(第21周)首都儿科研究所附属儿童医院因ARI就诊的9284例患儿呼吸道标本。根据标本来源,分为急诊就诊的流感样病例组、门诊ARI... 详细信息

目的探讨北京地区儿童急性呼吸道感染(ARI)的病原谱。方法采用横断面研究,收集2023年2月6日(第6周)至5月28日(第21周)首都儿科研究所附属儿童医院因ARI就诊的9284例患儿呼吸道标本。根据标本来源,分为急诊就诊的流感样病例组、门诊ARI组及住院ARI组。流感样病例组进行流感病毒(Flu)及人偏肺病毒(HMPV)核酸检测;门诊ARI组进行Flu、呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒、副流感病毒(PIV)核酸检测;住院ARI组进行Flu、RSV、HMPV、腺病毒、人博卡病毒(HBoV)、鼻病毒、PIV、冠状病毒、肺炎支原体(Mp)及衣原体核酸检测。结果流感样病例组320例患儿中男192例、女128例,就诊年龄4.7(3.6,6.9)岁,Flu A阳性117例(36.6%),其中甲型流感病毒H1N1亚型(H1N1)55例(47.0%),甲型流感病毒H3N2亚型(H3N2)62例(53.0%),第6~9周以H1N1为主(10.0%~50.0%),第10~16周以H3N2为主(15.0%~90.0%);HMPV阳性13例(4.1%),第15周检出率为5.0%(1/20),第20周达30.0%(6/20)。门诊ARI组7573例患儿中男4131例、女3442例,就诊年龄4.0(2.1,5.3)岁,阳性检出率RSV为32.9%(2491/7573),Flu A为12.1%(915/7573);第6~14周以Flu A为主(23.2%~74.7%),第15周开始以RSV为主,阳性检出率为24.8%(36/145)。住院ARI组1391例患儿中男804例、女587例,就诊年龄3.3(0.4,5.8)岁,阳性检出率鼻病毒为18.7%(260/1391)、RSV为12.4%(173/1391)、Flu A为10.2%(142/1391)[H1N1116例(81.7%)、H3N226例(18.3%)]及HMPV为3.1%(43/1391)。第7周开始检出H1N1[10%(6/60)],第11周达高峰[31.8%(21/66)],第8周开始检出H3N2[1.5%(1/68)]。住院ARI组Flu阳性患儿H1N1阳性检出率为81.7%(116/142)。第12周开始检出RSV,阳性检出率为1.3%(1/80),第19周达30.4%(35/115);第21周HMPV阳性检出率为12.1%(14/116)。结论北京地区2023年春季(2至5月)ARI患儿中首先出现Flu流行,前期以H1N1为主,后期以H3N2为主,RSV出现滞后流行,同时需密切关注HMPV。应加强对门诊监测,提前发出流行预警。

关键词：儿童急性呼吸道感染病原

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致敬经典:回顾我国儿童中呼吸道合胞病毒感染的早期开拓性研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 90-92页

作者：钱渊首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)是世界各地婴幼儿下呼吸道感染最重要的病原。我国儿童中RSV感染的研究始于20世纪70年代初。回顾这段历史,可以看到科研紧密结合儿科临床需求,严格按照经典的病毒病原学方法,得到了翔... 详细信息

呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)是世界各地婴幼儿下呼吸道感染最重要的病原。我国儿童中RSV感染的研究始于20世纪70年代初。回顾这段历史,可以看到科研紧密结合儿科临床需求,严格按照经典的病毒病原学方法,得到了翔实可靠的结果,为我国的RSV研究奠定了基础。

关键词：呼吸道合胞病毒回顾性研究

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2004至2017年北京地区儿童流行性感冒样病例中甲型流行性感冒的流行特征

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中华儿科杂志 2018年第6期56卷 429-434页

作者：王芳钱渊邓洁孙宇赵林清田润朱汝南首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室 100020

目的分析2004—2017年连续13个监测年度北京地区儿童中甲型流行性感冒（流感）的流行特征。方法重复横断面研究，2004年9月至2017年8月每周采集首都儿科研究所附属儿童医院门、急诊流感样病例患儿的咽拭子标本，采用传代狗肾细胞（MDCK... 详细信息

目的分析2004—2017年连续13个监测年度北京地区儿童中甲型流行性感冒（流感）的流行特征。方法重复横断面研究，2004年9月至2017年8月每周采集首都儿科研究所附属儿童医院门、急诊流感样病例患儿的咽拭子标本，采用传代狗肾细胞（MDCK细胞）行流感病毒分离，并用特异性血清对分离到的流感病毒进行血凝抑制试验鉴定型别。组间差异采用t检验或χ2检验，对13个监测年度中不同型别的甲型流感的流行特征及不同年龄组患儿感染特征进行分析，并与同期乙型流感进行比较。结果2004—2017年13个监测年度共采集流感样病例咽拭子标本10 984份，共检测到甲型流感病毒1 052株，总阳性率为9.6%，高于乙型流感（6.7%，741/10 984），包括70株季节性H1N1、302株甲型H1N1和680株H3N2阳性标本。所有甲型流感病毒阳性患儿年龄为（4.2±2.9）岁，男性患儿占55.5%（584/1 052）；季节性H1N1、甲型H1N1和H3N2阳性患儿年龄分别为（4.6±2.1）、（4.3±3.1）和（4.2±2.9）岁，各亚型阳性患儿的年龄差异均无统计学意义（季节性H1N1比H3N2：t=1.139，P=0.255；甲型H1N1比H3N2：t=0.631，P=0.528；季节性H1N1比甲型H1N1：t=0.720，P=0.472）；而乙型流感阳性患儿平均年龄[（5.2±2.7）岁]大于甲型流感患儿（t=7.120，P=0.000）；各年龄组甲型和乙型感染率差异均有统计学意义（P均〈0.05）；甲型H1N1（除0～0.5岁年龄组）和H3N2各年龄组患儿的感染率随着年龄增长而升高；〉0.5～12.0岁各年龄组儿童感染H3N2的阳性率均高于季节性H1N1和甲型H1N1（P均〈0.05）。当甲型流感阳性率高于乙型时，其流行高峰均出现在乙型高峰之前，反之亦然；季节性H1N1在2009年后未检出；2009年之后甲型H1N1成为季节性流行株，阳性率高于原季节性H1N1，呈现连续出现两个流行高峰后出现一个流行低谷的规律；H3N2每年均有一个流行峰，多数在冬春季进入流行高峰，在2009年甲型H1N1大流行之前出现H3N2流行峰前移，在夏秋季出现流行高峰，且强度较大。结论2004—2017年连续13个监测年度中北京地区儿童中甲型流感的流行呈现不同的流行特征，2009年后以甲型H1N1和H3N2为优势株。

关键词：流感病毒A型流行病学研究特征(主题) 儿童病毒分离

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毛细支气管炎患儿呼吸道合胞病毒分子生物学及临床特征分析

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中华儿科杂志 2017年第8期55卷 586-592页

作者：张拓慧邓洁钱渊朱汝南孙宇王芳田润赵林清首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的探讨呼吸道合胞病毒（RSV）毛细支气管炎患儿的临床特征和病毒的分子生物学特征.方法系统性回顾性研究,收集2006年7月至2016年6月首都儿科研究所毛细支气管炎患儿的鼻咽部分泌物标本（NPA）进行多种呼吸道病毒抗原检测;RSV阳性标... 详细信息

目的探讨呼吸道合胞病毒（RSV）毛细支气管炎患儿的临床特征和病毒的分子生物学特征.方法系统性回顾性研究,收集2006年7月至2016年6月首都儿科研究所毛细支气管炎患儿的鼻咽部分泌物标本（NPA）进行多种呼吸道病毒抗原检测;RSV阳性标本实时PCR法区分亚型;扩增RSV G蛋白全基因确定基因型别;改良Tal评分法评价疾病严重程度.采用t检验、MannWhitney U检验及x2检验.结果2 296例分泌物标本中,961例（41.9％）为RSV阳性,其中719例（74.8％）为RSV A亚型,236例（24.6％）为B亚型;10年间亚型转换模式为A-A-B-B-A-A-B-AB-A-AB,且在A亚型流行季发病例数较多.RSV G蛋白全基因序列分析结果提示6种A亚型基因型（NA1、NA2、NA3、NA4、GA5、ON1）和5种B亚型基因型（BA3、BA7、BA9、BA10、CB1）在北京地区被检出,A亚型中以NA1基因型（55.9％）和ON1基因型（39.1％）为主导基因型,2014年以前以NA1为主（50.0％～100％）,之后以ON1为主（68.0％～90.9％）;B亚型以BA9（90.6％）为绝对优势基因型.对比NA1感染与ON1感染患儿,NA1感染者中位住院时间8d、ON1患儿中位住院时间6d（U=1.035,P=0.005）,且其中重度者（中度：41.0％,重度：10.0％）比ON1患儿（中度：22.9％,重度：4.3％）多（U=9.785,P=0.008）;而ON1患儿出现发热症状的比例（38.6％）较NA1感染者（15.0％）高（x^2 =11.064,P=0.001）,其低月龄者（0～3月龄）所占比例（54.3％）高于NA1感染者（33.0％）（x^2=77.408,P＜0.001）.结论北京地区毛细支气管炎患儿中RSVA、B亚型轮换或共同主导不同的流行季,多个基因型共同存在,基因型别与疾病的临床特征和严重程度存在一定相关性.

关键词：细支气管炎呼吸道合胞病毒儿童基因型临床特征

来源：评论

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2020年北京地区儿童中急性胃肠炎相关诺如病毒的分子流行病学特征

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中华儿科杂志 2021年第8期59卷 645-650页

作者：贾立平赵林清周林刘立颖董慧瑾朱汝南钱渊首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020 首都儿科研究所附属儿童医院检验中心北京100020

目的探讨北京地区2020年疫情防控措施下急性胃肠炎患儿诺如病毒的分子流行病学特点。方法采用回顾性重复横断面研究方法,2020年收集首都儿科研究所附属儿童医院就诊急性胃肠炎患儿的粪便标本或呕吐物标本1213份。首先用实时荧光反转录PC... 详细信息

目的探讨北京地区2020年疫情防控措施下急性胃肠炎患儿诺如病毒的分子流行病学特点。方法采用回顾性重复横断面研究方法,2020年收集首都儿科研究所附属儿童医院就诊急性胃肠炎患儿的粪便标本或呕吐物标本1213份。首先用实时荧光反转录PCR进行标本中诺如病毒筛查,然后用反转录PCR对诺如病毒阳性标本进行病毒VP1基因和RdRp基因扩增,据核苷酸序列进行基因分型。采用χ^(2)检验对不同标本类型、患儿不同性别及不同年龄组间诺如病毒的检出阳性率进行比较。结果在1213份急性胃肠炎患儿标本中,共筛查到诺如病毒阳性标本215份,全年的检出阳性率为17.7%,阳性病例集中在秋冬季节[1、10、11及12月阳性率分别为28.6%(18/63)、26.2%(16/61)、22.8%(77/338)以及17.1%(89/520)]。粪便标本的阳性率明显高于呕吐物标本(χ^(2)=9.692,P<0.01),而男女性别差异无统计学意义(χ^(2)=0.041,P>0.05),各年龄组间诺如病毒检出率差异有统计学意义(χ^(2)=103.112,P<0.01),以6~48月龄诺如病毒的检出率较高。对G基因型分析显示共有3个基因群(GⅠ、GⅡ和GⅨ)诺如病毒流行,以GⅡ基因群为主,占总数的98.5%(196/199)。而GⅡ基因群中以GⅡ.4 Sydney为主要流行株,占GⅡ基因群的55.1%(108/196);其次为GⅡ.2型(29.6%,58/196),以往流行的GⅡ.3型(10.2%,20/196)诺如病毒在本次监测周期中较少。诺如病毒P基因型分析结果显示以GⅡ.P16为主,占61.5%(96/156);其次为GⅡ.P31(19.9%,31/156)。双基因测定结果显示以GⅡ.4 Sydney[P16]为主,占36.4%(56/154),其次为GⅡ.2[P16]占24.7%(38/154)。结论2020年诺如病毒的总阳性率与以往没有大的区别,但流行的基因型别构成有了明显的改变,且呈现多种基因型别诺如病毒的同时流行。

关键词：诺罗病毒胃肠炎基因型

来源：评论

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