目的:通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(***)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供科学依据.方法:从National Center for Biotechnology Information(NCBI)和European Nucleotide Archive(ENA)数据库中一共下载...
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目的:通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(***)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供科学依据.方法:从National Center for Biotechnology Information(NCBI)和European Nucleotide Archive(ENA)数据库中一共下载来自全球2372株结核分枝杆菌全基因组序列,原始数据(Raw data)按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picard v 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxMLv 8.2.8构建系统进化树;软件Genepop v 4.5.1计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);软件SnpEff v 4.3c注释.
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