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High-speed prediction of crystal structures for organic molecules

AIP Conference Proceedings 2015年第1期1649卷 130-134页

作者： Shigeaki Obata Hitoshi Goto Educational Programs on Advanced Simulation Engineering Toyohashi University of Technology 1-1 Hibarigaoka Tempaku-cho Toyohashi Aichi 441-8580 Japan Educational Programs on Advanced Simulation Engineering Toyohashi University of Technology 1-1 Hibarigaoka Tempaku-cho Toyohashi Aichi 441-8580 Japan and Computer Science and Engineering Graduate School of Engineering Toyohashi University of Japan

We developed a master-worker type parallel algorithm for allocating tasks of crystal structure optimizations to distributed compute nodes, in order to improve a performance of simulations for crystal structure predictions. The performance experiments were demonstrated on TUT-ADSIM supercomputer system (HITACHI HA8000-tc/HT210). The experimental results show that our parallel algorithm could achieve speed-ups of 214 and 179 times using 256 processor cores on crystal structure optimizations in predictions of crystal structures for 3-aza-bicyclo(3.3.1)nonane-2,4-dione and 2-diazo-3,5-cyclohexadiene-1-one, respectively. We expect that this parallel algorithm is always possible to reduce computational costs of any crystal structure predictions.

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