检索结果-内蒙古大学图书馆

中国畜牧杂志 2025年第2期61卷 150-156页

作者：魏稚彤高攀高腾云祁兴磊王二耀张子敬刘贤梁栋付彤河南农业大学动物科技学院河南郑州450046 泌阳县农业综合行政执法大队中心河南泌阳463700 泌阳县畜牧技术服务中心河南泌阳463700 河南省农业科学院畜牧兽医研究所河南郑州450002 河南省畜牧总站河南郑州450008

为了解信阳水牛的种质资源现状,本研究利用全基因组重测序技术,对30头信阳水牛基因组遗传多样性、群体遗传结构和连续纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)等指标进行分析,评估其保种效果。结果如下:信阳水牛遗传多样性丰富,最小等位基... 详细信息

为了解信阳水牛的种质资源现状,本研究利用全基因组重测序技术,对30头信阳水牛基因组遗传多样性、群体遗传结构和连续纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)等指标进行分析,评估其保种效果。结果如下:信阳水牛遗传多样性丰富,最小等位基因频率为0.195,平均多态信息含量为0.277,平均期望杂合度为0.280,平均观察杂合度为0.269,平均核苷酸多样性为2.586。家系分析将30头信阳水牛分为6个家系;30头信阳水牛个体共检测到3578个ROH,长度在0~0.5Mb的ROH片段占比最多,基于ROH值计算的群体近交系数范围介于0.000 4~0.091 9,平均近交系数为0.020 1。综上,信阳水牛群体遗传多样性较为丰富,整体上保持了较低的近交水平,保种效果良好,建议后续适当引入新血缘与少数高近交水平个体交配。

关键词：信阳水牛全基因组重测序遗传多样性 ROH

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基于全基因组重测序的重庆市水稻稻曲菌遗传多样性分析

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西南农业学报 2025年

作者：黎青何焕然李诗雨郭静微唐贵婷魏真真宋正富重庆工贸职业技术学院重庆市渝东南农业科学院四川省农业科学院植物保护研究所

【目的】明确重庆市主要水稻产区的稻曲病菌[Ustilaginoidea virens （Cooke） Tak.]群体遗传多样性。【方法】对来源于重庆市铜梁（TL）、合川（HC）、永川（YC）、涪陵（FL）、万州（WZ）、梁平（LP）、忠县（ZX）、丰都（FD）、黔江... 详细信息

【目的】明确重庆市主要水稻产区的稻曲病菌[Ustilaginoidea virens （Cooke） Tak.]群体遗传多样性。【方法】对来源于重庆市铜梁（TL）、合川（HC）、永川（YC）、涪陵（FL）、万州（WZ）、梁平（LP）、忠县（ZX）、丰都（FD）、黔江（QJ）、秀山（XS）、彭水（PS）等11个区县的37株稻曲病菌进行重测序，并对其遗传多样性进行深入分析。【结果】对37个U. virens菌株重测序得到了约42.5 Gb的高质量测序数据，其中检测到大量的单核苷酸突变。结合系统发育学和全基因组关系矩阵分析将37个菌株分为3个类群，表明不同群体的稻曲菌之间存在差异。所有群体除ZX以外，观测杂合度均大于期望杂合度，表明在重庆市稻曲菌群里面存在显著的杂合选择优势。PS群体拥有最高的Pi值，证明其样本间的差异程度最高，表明其遗传多样性最丰富。固定系数分析结果显示，绝大多数群体间的FST值＞0.15，其中最高的FST值出现在HC和TL群体之间，为0.381 4，表现出较高的遗传分化；而最低水平的遗传分化出现在YC和ZX群体之间，FST值为0.053 7。群体结构分析发现所有菌株大致分为4个亚群。基因流（Nm）分析表明不同群体之间存在8次较大的基因交流，并且传播方向不是单一地从某个地区传入其他地区，而是存在不同区域间交叉、反复的传播事件。Tajima’s D中性检验结果显示，除LP以外所有群体都表现出大于阈值的Tajima’s D值（＞0）。上述结果表明所有种群都在经历平衡选择。【结论】研究结果揭示了稻曲病菌在重庆的遗传多样性处于较高水平，为重庆地区稻曲病的防治和抗病资源选育提供理论依据。

关键词：稻曲菌全基因组重测序遗传多样性群体结构

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基于全基因组重测序筛选皮山红羊和哈萨克羊繁殖性状候选基因的研究

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石河子大学学报(自然科学版) 2025年第1期43卷 74-80页

作者：李梦营依明·苏来曼李梦妮曹琴琴朱梦婷新疆农业大学动物科学学院新疆乌鲁木齐830052

目的本试验旨在筛选影响皮山红羊与哈萨克羊繁殖性状的候选基因。方法采用20×全基因组重测序技术对6只哈萨克羊和10只皮山红羊进行重测序,通过构建系统进化树(NJ树)、群体遗传结构、主成分分析(PCA)、连锁不平衡分析(LD)及全基... 详细信息

目的本试验旨在筛选影响皮山红羊与哈萨克羊繁殖性状的候选基因。方法采用20×全基因组重测序技术对6只哈萨克羊和10只皮山红羊进行重测序,通过构建系统进化树(NJ树)、群体遗传结构、主成分分析(PCA)、连锁不平衡分析(LD)及全基因组扫描(FST和θπ)等方法筛选绵羊繁殖性状的受选择区域,进一步注释候选基因,GO和KEGG进行富集分析。结果通过全基因组重测序挖掘出1 494 606 332个SNPs,其中哈萨克羊90 698 905个SNPs,皮山红羊140 907 427个SNPs。群体遗传结构分析表明,哈萨克羊聚在一起,皮山红羊聚在一起;LD衰减分析发现皮山红羊和哈萨克羊的衰减速率不同,皮山红羊衰减较快,哈萨克羊较慢,哈萨克羊的驯化程度高于皮山红羊;通过F_(ST)和θπ方法获得489个受选择区域,取两种方法的交集筛选到269个受选择区域,共注释到877个基因,包括与生长性状相关DLK1等231个基因,与繁殖性状相关GDF9等297个基因,主要富集在cAMP信号通路、GnRH信号通路、PI3K-AKT信号通路、cGMP-PKG信号通路、Wnt信号通路等。结论本研究发现哈萨克羊和皮山红羊存在较大的遗传分化,297个繁殖性状相关的基因可作为多胎绵羊选育的候选基因,研究结果为新疆地方绵羊品种的选育提供基础。

关键词：全基因组重测序皮山红羊哈萨克羊繁殖性状选择信号

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基于全基因组重测序技术探究亚洲草鱼遗传多样性及其适应机制

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水产学报 2025年第1期49卷 38-52页

作者：谢玲莉沈玉帮桂朗徐晓雁李家乐上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海海洋大学水产养殖工程研究中心上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心

【目的】探讨亚洲地区草鱼种群的遗传多样性和适应性进化，以期全面理解草鱼的遗传资源和免疫适应的分子进化机制。【方法】对来自中国4个省、直辖市的5个种群(沅江种群、安乡种群、万州种群、天津种群和肇庆种群)及与中国相邻的3个亚... 详细信息

【目的】探讨亚洲地区草鱼种群的遗传多样性和适应性进化，以期全面理解草鱼的遗传资源和免疫适应的分子进化机制。【方法】对来自中国4个省、直辖市的5个种群(沅江种群、安乡种群、万州种群、天津种群和肇庆种群)及与中国相邻的3个亚洲国家(尼泊尔、越南、印度)种群共计8个草鱼种群进行全基因组重测序。采用群体遗传学方法进行分析，包括群体结构、主成分分析、系统进化树、遗传分化指数和选择清除分析。【结果】实验共检测到6 548 523个SNP位点，这些位点主要分布在基因间区，并在细胞黏附分子、造血干细胞、DNA重组修复等信号通路中富集。万州种群的遗传多样性最高，尼泊尔种群的遗传多样性最低。聚类分析发现，越南与中国5个种群间表现出较高的遗传相似性。选择清除分析鉴定到的受选择基因主要富集在免疫反应调节、心肌细胞调节、钠离子通道等信号通路。结合SNP注释信息，在印度和尼泊尔种群中发现受选择基因gimap8，该基因在T细胞和B细胞发育过程中发挥重要作用。【结论】中国安乡、沅江、万州草鱼种群遗传多样性丰富，尼泊尔和印度与其他种群草鱼在遗传分化上有明显差异，初步筛选出了gimap8等潜在适应性基因。本研究为进一步探讨草鱼在不同生境下的分子进化机制奠定了基础。

关键词：草鱼全基因组重测序遗传多样性选择清除

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基于全基因组重测序和叶绿体DNA序列的河北魏县梨地方品种资源分析

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果树学报 2025年第4期42卷 707-720页

作者：齐丹董星光李振江曹玉芬路露田路明李军喜张莹霍宏亮苗秀晨徐家玉刘超李金岭朱蕊颖中国农业科学院果树研究所·农业农村部园艺作物种质资源利用重点实验室辽宁兴城125100 魏县林果开发服务中心河北魏县056800

【目的】解析河北魏县梨地方品种的遗传背景,探讨魏县梨种质间的亲缘关系。【方法】以20个河北省魏县梨地方品种以及10个河北其他地区代表性梨地方品种为研究试材,基于全基因组重测序数据和叶绿体DNA变异信息开展河北魏县梨地方品种的... 详细信息

【目的】解析河北魏县梨地方品种的遗传背景,探讨魏县梨种质间的亲缘关系。【方法】以20个河北省魏县梨地方品种以及10个河北其他地区代表性梨地方品种为研究试材,基于全基因组重测序数据和叶绿体DNA变异信息开展河北魏县梨地方品种的分子鉴定。【结果】魏县梨地方品种具有明显的群体遗传结构,可分为两大类:类群1由魏县红梨等9份材料组成,与南方梨品种群亲缘关系较近,类群2由小白面等11份材料组成,更接近北方梨品种群。叶绿体DNA非编码区域的测序结果显示,在魏县梨地方品种中检测到3种较进化的单倍型,大部分地方品种的单倍型为H_3,魏县红梨的单倍型为H_2,雪花以及除金丰鸭梨外的鸭梨品种群的单倍型为H_1。分析品种间的亲缘关系和单倍型类别,鉴定金丰鸭梨并非鸭梨的芽变品种,可能为鸭梨的实生后代选育而成。白雪花不是雪花的芽变,白红梨不是魏县红梨的芽变,油秋与武安油秋两者的遗传背景存在显著差异,证实白砘子梨是砘子梨的芽变选育品种。【结论】明确魏县梨地方品种的亲缘关系和遗传背景,为魏县地方梨种质资源的保护和高效利用提供理论基础。

关键词：魏县梨全基因组重测序叶绿体DNA 亲缘关系

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全基因组重测序研究长期铬胁迫对希瓦氏菌MR-1的影响机制

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中国环境科学 2019年第3期39卷 1261-1267页

作者：肖长烨肖勇赵峰中国科学院城市环境研究所城市污染物转化重点实验室福建厦门361021 中国科学院大学北京100049

在实验室纯培养条件下,设计了希瓦氏菌MR-1在恒定浓度Cr(Ⅵ)和Cr(Ⅲ)环境中长期胁迫120d实验,探讨了胁迫后的菌株对Cr(Ⅵ)的还原能力和生长情况,采用电化学分析仪表征其电化学性质的变化,并且利用全基因组重测序技术分析了不同条件胁迫... 详细信息

在实验室纯培养条件下,设计了希瓦氏菌MR-1在恒定浓度Cr(Ⅵ)和Cr(Ⅲ)环境中长期胁迫120d实验,探讨了胁迫后的菌株对Cr(Ⅵ)的还原能力和生长情况,采用电化学分析仪表征其电化学性质的变化,并且利用全基因组重测序技术分析了不同条件胁迫后不同阶段的菌株基因变异信息.结果表明,Cr(Ⅵ)长期胁迫下明显提高了菌株对Cr(Ⅵ)的耐受性和还原能力,在38h左右能完全还原初始Cr(Ⅵ)浓度55mg/L;在电位-0.2V还原峰附近,细胞色素c与核黄素的结合作用有明显差异;通过重测序结果发现, Cr(Ⅵ)长期胁迫下的菌株发生突变的基因点位明显高于Cr(Ⅲ)环境.Cr(Ⅲ)环境胁迫下的非同义突变基因主要集中在葡萄糖转化及合成相关功能的基因、编码呼吸链酶和合成ATP酶的相关基因、编码信号转导和跨膜转运蛋白相关基因,Cr(Ⅵ)环境胁迫120d后,主要涉及细胞膜组分基因,转运蛋白、信号转导相关基因,DNA合成、修复相关基因和氧化还原活性相关.

关键词：长期胁迫还原能力电化学性质全基因组重测序

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全基因组重测序解析秦川牛保种群遗传多样性和遗传结构

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遗传 2023年第7期45卷 602-616页

作者：马钧樊安平王武生张金川江晓军马瑞军贾社强刘飞雷初朝黄永震西北农林科技大学动物科技学院杨凌712100 陕西省农牧良种场宝鸡722203

在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素。本研究采用全基因组重测序技术检测100头秦川牛(30头公牛、70头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、... 详细信息

在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素。本研究采用全基因组重测序技术检测100头秦川牛(30头公牛、70头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、亲缘关系和家系结构,对秦川牛的保种效果进行了综合评估。结果显示,100头秦川牛共检测到20,968,017个高质量SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.191±0.124,平均多态信息含量为0.279±0.131,平均观察杂合度为0.275±0.131,平均期望杂合度为0.279±0.131,表明秦川保种群遗传多样性较为丰富。秦川牛保种群体平均状态同源(identity by state,IBS)遗传距离为0.243±0.020,其中公牛为0.242±0.021,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示秦川牛保种群部分个体间亲缘关系较近。100头秦川牛个体共检测到8258个基因组ROH,ROH总长度为9.64 GB,平均ROH长度为1.167±1.203 Mb,69.35%的ROH是长度为0.5~1 Mb的短ROH。个体平均ROH总长度为96.40 Mb。基于ROH的平均近交系数为0.039±0.039,其中30头秦川公牛的平均近交系数为0.044±0.035,表明部分公牛个体存在一定程度的近交积累。进化树结果显示,秦川牛保种群所测个体可分为8个家系,包括7个含公牛家系和1个不含公牛家系。本研究表明,秦川牛保种群的遗传多样性较为丰富,未出现较大程度近交积累,但部分个体间存在近交风险,应强化选配以确保秦川牛资源的可持续发展。

关键词：秦川牛全基因组重测序遗传多样性遗传结构亲缘关系

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全基因组重测序方法在濒危植物保护中的应用

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生物多样性 2023年第5期31卷 168-179页

作者：景昭阳程可光舒恒马永鹏刘平丽北京林业大学生物科学与技术学院北京100083 中国科学院昆明植物研究所云南省极小种群植物物种综合保护重点实验室昆明650201 中国科学院大学北京100049

全球生物多样性的急剧下降促使人们对生物多样性的保护日益重视。保护遗传学是濒危物种保护研究的重要手段,它极大地促进了人们对保护生物学多个领域的认知。然而,保护生物学的一些重大科学问题,包括濒危植物的演化历史、濒危原因和过... 详细信息

全球生物多样性的急剧下降促使人们对生物多样性的保护日益重视。保护遗传学是濒危物种保护研究的重要手段,它极大地促进了人们对保护生物学多个领域的认知。然而,保护生物学的一些重大科学问题,包括濒危植物的演化历史、濒危原因和过程以及适应性演化机制等仍有待进一步深入研究。近年来,高通量测序技术和保护遗传学思想的交叉融合,促进了保护基因组学的产生,为深入探讨这些重要问题提供了新的方法和思路。本文简要综述了组学方法中的全基因组重测序方法在濒危植物保护研究中取得的一些重要进展,以期推动我国濒危植物保护生物学的进一步发展。全基因组重测序作为目前保护基因组学方法中具有最高分辨力的一种方法,在研究濒危植物系统发育和种群遗传结构、基因组多样性、种群演化历史、适应性演化和近交衰退等方面取得了一些重要进展,这些研究确定了一些濒危物种的分类地位和种群保护单元,揭示了它们的进化历史、濒危原因和过程,阐明了部分适应性进化和近交衰退的遗传机制。由于重测序方法可以更加深入地窥探保护生物学的诸多问题,随着测序技术进一步发展和费用的降低,它必将成为保护生物学研究的主要技术手段。

关键词：全基因组重测序保护基因组学濒危植物适应性演化自交衰退

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全基因组重测序分析4个毛竹变型的秆形和秆色变异

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华北农学报 2020年第4期35卷 96-105页

作者：牟少华李雪平李娟高健国际竹藤中心国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室北京100102

为揭示毛竹重要变型的全基因组突变类型,选取4个有代表性的毛竹变型,采用高通量重测序技术,进行全基因组重测序,测序深度12×。分别提取毛竹4个变型与参考基因组间发生非同义突变的SNP、CDS区发生InDel与SV的基因,比较可以发现,2个... 详细信息

为揭示毛竹重要变型的全基因组突变类型,选取4个有代表性的毛竹变型,采用高通量重测序技术,进行全基因组重测序,测序深度12×。分别提取毛竹4个变型与参考基因组间发生非同义突变的SNP、CDS区发生InDel与SV的基因,比较可以发现,2个秆形变异的竹种圣音竹和厚壁毛竹基因组的变异基因数目和变异类型相近,而2个秆色变异的竹种黄槽毛竹和黄皮花毛竹基因组的变异数目和变异类型相近。4个毛竹变型均存在多个基因同时存在多种类型突变。将变异基因与GO、COG、KEGG等功能数据库进行比对、注释,共获得1739个参与细胞壁、细胞膜合成的基因,501个细胞骨架构建相关基因,1785个转录因子相关基因,1324个信号转导相关基因,104个赤霉素相关基因,76个激素代谢相关基因,1938个叶绿素合成相关的基因,73个类胡萝卜素合成代谢相关基因和68个花青素合成调控基因,这些差异基因分别在毛竹秆形和秆色调控方面起着重要作用。

关键词：毛竹全基因组重测序基因变异单核苷酸多态性结构变异小片段插入缺失

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全基因组重测序揭示青藏高原东缘及东南缘东方蜜蜂遗传多样性与适应性进化

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昆虫学报 2022年第5期65卷 638-647页

作者：唐相友宋华莉石鹏张小燕唐紫寒王文峰扎罗陈新兰周泽扬许金山重庆师范大学生命科学学院重庆401331 活性物质生物技术教育部工程研究中心重庆401331 重庆市媒介昆虫重点实验室重庆401331 西藏农牧学院西藏林芝860000

【目的】对青藏高原东缘和东南缘及邻近地区东方蜜蜂Apis cerana样本进行群体遗传多样性与适应性进化研究,为进一步解析青藏高原东方蜜蜂的遗传资源多样性、种群扩散规律以及适应高原生境的分子进化机制提供参考。【方法】对青藏高原东... 详细信息

【目的】对青藏高原东缘和东南缘及邻近地区东方蜜蜂Apis cerana样本进行群体遗传多样性与适应性进化研究,为进一步解析青藏高原东方蜜蜂的遗传资源多样性、种群扩散规律以及适应高原生境的分子进化机制提供参考。【方法】对青藏高原东缘和东南缘及邻近地区77群东方蜜蜂样本进行全基因组重测序;运用群体遗传学方法,基于群体结构、主成分分析、系统进化树、遗传分化指数、线粒体基因组单倍型以及选择信号分析对东方蜜蜂这77群及GenBank数据库下载的90群的全基因组重测序原始数据进行分析。【结果】这167群东方蜜蜂区分出来自川西高原、藏南高原、滇北高原和川北高原的4个高原型群,分属于两个进化支,平均遗传分化指数(Fst=0.1178)高于非高原型群的(Fst=0.0411)。基于种群间最小遗传距离分析,东南缘的藏南高原群、滇北高原群与滇南群具有更近的遗传关系;东缘的川西高原群、川北高原群分别与川西山地和秦巴群具有更近的遗传关系。结合线粒体基因组单倍型分析,初步推断出青藏高原东缘及东南缘高原型群体祖先单倍型及来源。选择性分析鉴定到了潜在的参与脂肪酸代谢、光转导、温度适应、卵巢发育等信号通路相关的潜在受选基因。在藏南高原和滇北高原群体中发现两个共同受选择基因ISL-1和FOXO,主要参与胰岛素分泌以应对细胞压力,暗示它们在东方蜜蜂适应青藏高原东南缘生境中发挥着重要作用。【结论】青藏高原东方蜜蜂遗传多样性丰富,东南缘的藏南高原和滇北高原群体以及东缘的川西高原和川北高原群体在遗传分化上明显区分,这4个高原群是由邻近地区非高原群扩散后的地理隔离形成了种群分化;初步筛选获得东方蜜蜂高原环境适应性潜在基因。本研究为进一步探析青藏高原东方蜜蜂适应高原生境下的分子进化机制奠定了基础。

关键词：东方蜜蜂全基因组重测序青藏高原遗传多样性适应性

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