检索结果-内蒙古大学图书馆

中草药 2025年第7期56卷 2482-2494页

作者：孙晓春李爽刘雅君蔡兴航黄文静李会容陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心秦药特色资源研究开发国家重点实验室(培育) 玉溪师范学院

目的对白蜡树Fraxinus chinensis WRKY基因家族进行鉴定、生物信息学和密码子偏好性分析。方法基于白蜡树全长转录组数据，利用生物信息学方法对其WRKY基因家族进行鉴定，并对其理化性质、系统发育、保守基序进行分析；基于白蜡树叶... 详细信息

目的对白蜡树Fraxinus chinensis WRKY基因家族进行鉴定、生物信息学和密码子偏好性分析。方法基于白蜡树全长转录组数据，利用生物信息学方法对其WRKY基因家族进行鉴定，并对其理化性质、系统发育、保守基序进行分析；基于白蜡树叶片和枝皮的二代转录组数据，对白蜡树WRKY基因家族的表达模式进行分析，并采用实时荧光定量PCR方法进行验证；利用CodonW、EMBOSS等程序对密码子偏好性进行分析，并进行最优密码子分析、中性绘图、ENC-plot和PR2偏倚分析。结果共鉴定得到49个WRKY转录因子，均为酸性、亲水蛋白，编码氨基酸数目为426～2 175，相对分子质量33 933.48～179 137.94，理论等电点4.91～5.27，不稳定蛋白占比65.31%，预测均定位到细胞核；系统进化表明FcWRKY基因家族成员归为Ⅰ（11个）、Ⅱ（30个）、Ⅲ（7个）大类以及2个特殊成员（FcWRKY23和FcWRKY37），其中第Ⅱ类分为Ⅱa(5个)、Ⅱb(5个)、Ⅱc(8个)、Ⅱd(7个)、Ⅱe(7个)5个亚类；Motif 1和Motif 2存在于所有的WRKY转录因子中，是其保守序列；二代转录组数据筛选到16个WRKY基因在叶片和枝皮中具有显著差异表达，其中仅有FcWRKY11在枝皮中的表达量高于叶片。白蜡树FcWRKYs偏好使用以A/U结尾的密码子，并且偏好性较弱；确定了3个最优密码子，分别是CUU、AGG、和UAU；中性绘图分析和ENC-plot分析均表明自然选择是影响其密码子偏好性的主要因素，PR2偏倚分析结果表明突变压力亦影响其密码子偏好性。结论鉴定了白蜡树WRKY基因，其中8个WRKY基因表达量与转录组学测序结果趋势一致，为研究白蜡树WRKY的基因功能奠定基础。

关键词：白蜡树 WRKY转录因子生物信息学密码子偏好性分析全长转录组

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基于PacBio平台的扇穗茅全长转录组测序及热激转录因子家族(HSFs)分析

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草地学报 2025年第2期33卷 370-381页

作者：曲荣举刘玉萍苏旭富贵靳佳瑞杨倩张朋辉余明君孙成林毛轩睿青海师范大学生命科学学院青海西宁810008 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海西宁810008 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院青海西宁810016

为了明晰扇穗茅(Littledalea racemosa)的转录组特征和热激转录因子家族(HSFs)的功能与系统位置,本研究基于PacBio平台对扇穗茅全长转录组进行了测序和生物信息学分析。结果表明:测序获得高质量的Unigenes 62016条,平均长度为2752 bp,N5... 详细信息

为了明晰扇穗茅(Littledalea racemosa)的转录组特征和热激转录因子家族(HSFs)的功能与系统位置,本研究基于PacBio平台对扇穗茅全长转录组进行了测序和生物信息学分析。结果表明:测序获得高质量的Unigenes 62016条,平均长度为2752 bp,N50长度为2971 bp,蛋白编码区序列(CDS)48127个,简单重复序列(SSR)8858个;扇穗茅Unigenes在5大公共数据库中的注释量分别为27566(NR)、17961(GO)、18300(KOG)、17381(KEGG)和23737(SwissProt),有7663条Unigenes在5个数据库中均得到注释;扇穗茅转录本鉴定到1165个转录因子,隶属于48个转录因子家族,大多与高原极端环境适应有关;其中包含17个热激转录因子(HSF),大部分位于细胞核,为亲水蛋白,cDNA常包含5~10个保守结构域;系统发育研究表明扇穗茅和拟南芥(Arabidopsis thaliana)HSF转录因子聚为9个分支(CladeA-I),扇穗茅的11个HSF与HSFA2聚为一支,彼此具有较近的亲缘关系,可能具有相似的功能。本研究丰富了扇穗茅属物种的遗传信息,为后续关键功能基因的挖掘提供了理论依据。

关键词：扇穗茅全长转录组功能注释转录因子 HSFs

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基于Nanopore技术的马铃薯甲虫全长转录组测序研究

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植物检疫 2025年第1期39卷 1-7页

作者：李红卫张柳李彤丁晓宇于艳雪中国检验检疫科学研究院北京100176 山东农业大学植物保护学院平谷海关

为深度挖掘马铃薯甲虫的转录组信息与功能基因,本研究采用Nanopore测序技术,针对马铃薯甲虫触角混合组织展开全长转录组测序,成功构建了该物种的全长转录本文库。在研究过程中,通过对转录组数据进行生物信息学分析,完成可变剪接分析、... 详细信息

为深度挖掘马铃薯甲虫的转录组信息与功能基因,本研究采用Nanopore测序技术,针对马铃薯甲虫触角混合组织展开全长转录组测序,成功构建了该物种的全长转录本文库。在研究过程中,通过对转录组数据进行生物信息学分析,完成可变剪接分析、长链非编码RNA鉴定预测分析、新转录本功能注释分析以及转录本的表达量等工作。通过对全长转录本数据进行统计分析,所产出的样品数据clean data达20.24 GB,测序样本质量值达到Q11,共获得全长序列个数为20 278 877。通过对转录本进行基因结构分析,发现5个可变剪切类型中最多的为可变转录终止位点(占比29.21%),新预测的长链非编码RNA数量共有620个,主要为基因间lncRNA (62.4%),共完成了9 622个新转录本功能的注释。本研究可为进一步了解马铃薯甲虫的生物学特性、基因功能研究等提供理论基础。

关键词：马铃薯甲虫全长转录组转录因子简单重复序列长链非编码RNA 第三代测序技术纳米孔测序

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金沙鲈鲤全长转录组测序分析与抗菌肽基因的鉴定

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湖北农业科学 2025年第3期64卷 167-175页

作者：朱思艺邓龙君李天才张扬郭勇垚罗伟杜宗君四川农业大学动物科技学院成都611130 雅砻江流域水电开发有限公司成都610051

为进一步丰富金沙鲈鲤(Percocypris pingi)基因信息数据库,采用PacBio测序平台对金沙鲈鲤进行全长转录组测序。共获得499 007个全长非嵌合序列(Full-length non-chimeric read,FLNC),通过聚类和去冗余获得70 321个isoforms,isoforms的... 详细信息

为进一步丰富金沙鲈鲤(Percocypris pingi)基因信息数据库,采用PacBio测序平台对金沙鲈鲤进行全长转录组测序。共获得499 007个全长非嵌合序列(Full-length non-chimeric read,FLNC),通过聚类和去冗余获得70 321个isoforms,isoforms的平均长度和N50分别为1 882 bp、2 243 bp。将isoforms与NR、GO、KEGG、KOG和Swiss-Prot 5个公共数据库进行比对,成功注释了57 521个isoforms,并鉴定到2 310个TF、16 225个LncRNA和35 314条CDS。鉴定到5个抗菌肽基因,包括2个hepcidin基因和3个hemoglobin基因。金沙鲈鲤的hepcidin-1、hepcidin-2与多鳞白甲鱼(Onychostoma macrolepis)的hepcidin亲缘关系较近;金沙鲈鲤的hemoglobin-1α与斑马鱼(Danio rerio)的hemoglobin α亲缘关系较近;金沙鲈鲤的hemoglobin-1β与斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)的hemoglobin 1β、hemoglobin 2β亲缘关系较近;hemoglobin-2β与多鳞白甲鱼的hemoglobin 2β亲缘关系较近。通过对金沙鲈鲤全长转录组的注释分析,阐明了金沙鲈鲤基因参与的生物过程、所在的代谢途径或信号通路等,可以更有效地探究抗菌肽在鱼类免疫中的作用。

关键词：金沙鲈鲤(Percocypris pingi) 全长转录组测序抗菌肽基因鉴定

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基于PacBio平台的全长转录组测序

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科学通报 2016年第11期61卷 1250-1254页

作者：任毅鹏张佳庆孙瑜吴振峰阮吉寿贺秉军刘国卿高山卜文俊南开大学生命科学学院天津300071 南开大学数学科学学院天津300071

当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.通过以PacBio为代表的第三代测序技... 详细信息

当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.通过以PacBio为代表的第三代测序技术,可以获得更长乃至全长转录组,但由于Pac Bio转录组测序近几年才刚兴起,只有少量的物种基于PacBio平台获得了转录组.PacBio全长转录组测序,在国际上才刚开展但发展很快,其实验与数据分析标准和质量控制方面的研究对于未来的大规模应用至关重要.本研究在国际上首次尝试依据PacBio平台最新试剂(P6/C4)优化实验参数,设计质量控制指标并使全长转录组测序标准化.本文基于一组昆虫(麻皮椿)全长转录组数据,对已取得的部分结果进行报告.

关键词：全长转录组单分子测序 Pac Bio 质量控制标准流程

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深海化能极端环境中劳盆拟刺铠虾(Munidopsis lauensis)的全长转录组测序分析

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海洋与湖沼 2023年第5期54卷 1463-1475页

作者：闫晗惠敏沙忠利程娇中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室、青岛市海洋生物多样性与保护重点实验室山东青岛266071 崂山实验室山东青岛266237 中国科学院大学北京100049

劳盆拟刺铠虾(Munidopsislauensis)是一种十足目铠甲虾,能够适应深海化能合成生态系统的极端环境,但是其已知基因序列信息却很少。为此,采用PacBio平台的SMRT测序技术对来自南海台西南冷泉劳盆拟刺铠虾的肝胰腺、鳃、肌肉和肠混合组织... 详细信息

劳盆拟刺铠虾(Munidopsislauensis)是一种十足目铠甲虾,能够适应深海化能合成生态系统的极端环境,但是其已知基因序列信息却很少。为此,采用PacBio平台的SMRT测序技术对来自南海台西南冷泉劳盆拟刺铠虾的肝胰腺、鳃、肌肉和肠混合组织进行了三代全长转录组测序。通过聚类、校正、去冗余之后共获得28811条高质量isoform,平均长度为2086 bp,N50长度为2275 bp。使用Nr、SwissPort、KEGG、KOG数据库对转录本序列进行功能注释,共有20616(71.56%)条isoform得到注释。进一步高级注释共获得21848个蛋白编码序列,共预测到537个转录因子、6430个长链非编码RNA和10060个SSRs位点。KEGG通路分析发现两条可能与劳盆拟刺铠虾适应深海化能极端生境相关的通路,分别为过氧化物酶体通路和谷胱甘肽代谢通路。其中,共有180条isoform被发现参与编码过氧化物酶体通路中的31个关键酶,213条isoform参与谷胱甘肽代谢通路中19个关键酶的编码。基于全长转录组数据,利用同源比对、功能结构域预测及系统发育树构建等方法对劳盆拟刺铠虾谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因家族进行挖掘与鉴定,共发现属于theta、delta、mu、kappa四种亚家族的20条GST候选序列。通过对劳盆拟刺铠虾全长转录组测序、功能注释和环境适应相关的重要基因及通路的分析,不仅丰富了深海组学数据资源,也为进一步揭示甲壳动物适应深海化能极端环境的分子机制奠定了基础。

关键词：劳盆拟刺铠虾深海化能生态系统全长转录组功能注释极端环境适应

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基于全长转录组挖掘八角果实中木脂素生物合成关键基因

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中草药 2024年第23期55卷 8153-8161页

作者：李金梅覃艳红黄鼎陈建桦明如宏姚绍嫦李良波谭勇黄荣韶广西中医药大学药学院广西南宁530200 广西中医药大学广西壮瑶药重点实验室广西南宁530200

目的通过分析八角Illicium verum不同组织部位的基因转录水平差异,挖掘八角果实中木脂素生物合成途径相关酶基因,为八角木脂素生物合成途径关键酶基因研究提供参考。方法利用PacBio和Illumina测序平台对八角的茎、嫩叶、老叶、花及果实... 详细信息

目的通过分析八角Illicium verum不同组织部位的基因转录水平差异,挖掘八角果实中木脂素生物合成途径相关酶基因,为八角木脂素生物合成途径关键酶基因研究提供参考。方法利用PacBio和Illumina测序平台对八角的茎、嫩叶、老叶、花及果实进行全长转录组测序与比较转录组学分析,通过WGCNA分析挖掘具有组织特异表达的木脂素生物合成途径关键酶基因,利用qRT-PCR对候选基因的表达情况进行验证。结果经过纠错去除冗余后共获得32996条高质量转录本,平均长度2033 bp,N_(50)长度2343 bp,其中31248条在公共数据库获得注释。共鉴定到39条参与木脂素生物合成的转录本,涉及10个关键酶基因,其中在八角果实中高表达的有14条转录本,涉及6个酶基因。八角果实中与其他组织相比,差异表达的基因富集在苯丙烷代谢途径中。通过WGCNA分析鉴定到15个共表达模块,在果实特异表达模块(MEred)中挖掘到木脂素合成关键酶基因4CL、CCR共3条转录本。候选基因PAL(transcript11647),C4H(transcript26532),4CL(transcript12186),CCR(transcript27851)和CAD(transcript27743)在不同组织中的表达情况与转录组数据一致。结论为八角分子生药学研究提供了可靠的转录组数据库,也为八角果实中木脂素生物合成途径关键酶基因研究提供了研究基础。

关键词：八角全长转录组木脂素生物合成加权基因共表达网络分析

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滇黄精全长转录组测序及生物信息学分析

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药学学报 2024年第6期59卷 1864-1872页

作者：米琪赵艳丽徐萍于梦雯张萱涂振华李春华郑国伟陈佳云南中医药大学中药学院云南昆明650500 云南中医药大学民族医药学院云南昆明650500 贡山县农业农村局农业综合发展服务中心云南怒江傈僳族自治州673500

本文通过PacBio Sequel平台对滇黄精根茎进行全长转录组测序,并对测序结果进行生物信息学分析,旨在为滇黄精基因功能的研究提供参考。最终测得polymerase reads为1120485个,总数据共77.73 GB。在NR数据库中,有41864个同源序列比对到5个... 详细信息

本文通过PacBio Sequel平台对滇黄精根茎进行全长转录组测序,并对测序结果进行生物信息学分析,旨在为滇黄精基因功能的研究提供参考。最终测得polymerase reads为1120485个,总数据共77.73 GB。在NR数据库中,有41864个同源序列比对到5个物种;有40506个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有69060个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的32个功能组;有45779个注释到KEGG数据库的145条代谢途经中,其中鉴定与多糖合成有关的转录本在糖酵解/糖异生代谢通路中有127条,淀粉和蔗糖代谢通路有144条,氨基酸糖和核苷酸糖代谢通路有85条,果糖和甘露糖代谢通路有69条;此外还检测到1781个转录因子,分布在37个转录因子家族中;检测到了180293个SSR位点,其中以单碱基重复占比最多,占所有碱基重复类型的30.48%,最少的是五碱基重复,仅为单碱基重复的0.14%。本研究结果为丰富滇黄精基因组信息,探索其有效成生物合成途径提供重要的数据支持。

关键词：滇黄精全长转录组种质资源多糖合成

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基于全长转录组测序的多花黄精WRKY转录因子家族分析

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中国中药杂志 2023年第4期48卷 939-950页

作者：田韦韦严志祥王成袁权华桦刘俐余冬梅王剑波赵军宁四川省中医药转化医学中心中医药转化医学四川省重点实验室四川成都610041 四川省中医药科学院四川省道地药材系统开发工程技术研究中心四川省道地药材形成原理与品质评价工程研究中心四川成都610041 四川省筠连县中医药发展中心四川省中医药科学院乌蒙山产业技术分院四川宜宾645250

WRKY转录因子家族在植物生长发育、次生代谢产物合成、生物和非生物胁迫响应等过程发挥着重要的作用。该研究采用PacBio SMRT高通量测序技术对多花黄精进行全长转录组测序,利用生物信息学手段从多花黄精全长转录组中鉴定WRKY家族成员,... 详细信息

WRKY转录因子家族在植物生长发育、次生代谢产物合成、生物和非生物胁迫响应等过程发挥着重要的作用。该研究采用PacBio SMRT高通量测序技术对多花黄精进行全长转录组测序,利用生物信息学手段从多花黄精全长转录组中鉴定WRKY家族成员,分析其理化性质、亚细胞定位、系统进化信息及保守基序。结果显示,多花黄精全长转录组测序共获得30.69 Gb数据,去冗余后得到89564条转录本序列,平均长度为2060 bp,N50长度为3156 bp;基于多花黄精全长转录组数据共筛选得到64个WRKY家族成员,氨基酸数目92~1027 aa,相对分子质量为10377.85~115779.48 kDa,等电点4.49~9.84,均为疏水蛋白,大部分都定位于细胞核中;结合拟南芥的WRKY家族进行系统进化分析,所有WRKY家族成员可以分成7个亚组,多花黄精WRKY在这7个亚组中呈不同数量的分布;40个WRKY家族成员在一年生和三年生多花黄精根茎中存在不同程度的表达差异,除PcWRKY39以外,均在三年生样本中表达趋向下调。该研究为多花黄精的遗传学研究提供了丰富的参考数据,也为深入研究WRKY家族的生物学功能奠定了理论基础。

关键词：多花黄精全长转录组 WRKY转录因子家族生物信息学分析

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沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析

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草地学报 2023年第6期31卷 1673-1681页

作者：毛轩睿苏旭刘玉萍刘涛陈金元胡夏宇杨萍李小莉袁园青海师范大学生命科学学院青海西宁810008 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院青海西宁810016 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海西宁810008 青海师范大学青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室青海西宁810008

为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征,本研究利用PacBio Sequel测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析,结果共获得323309个clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673540个,预测得到蛋白编码区(CDS)序列28447... 详细信息

为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征,本研究利用PacBio Sequel测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析,结果共获得323309个clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673540个,预测得到蛋白编码区(CDS)序列28447个;MISA软件共搜索得到沙鞭93563个简单重复序列(SSR),分布于56824条unigene上;转录本基因功能注释,共有166541条序列得到NR注释,结果显示沙鞭与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)亲缘最近;KOG数据库比对将97892个unigene分为25个功能类别,其中注释较多的功能为翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣;GO数据库比对共注释到87930个unigene,分为生物过程、细胞组成和分子功能3大类及62个亚类分支;KEGG结果表明碳水化合物代谢、信号转导、能量代谢通路中注释基因较多。本研究结果丰富了沙鞭的遗传信息,为今后沙鞭关键耐旱基因的挖掘提供了理论依据。

关键词：禾本科沙鞭全长转录组功能注释 SSR

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