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14 篇 鹦鹉热
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12 篇 脑膜炎
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机构

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7 篇 武汉大学中南医院
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6 篇 郑州大学第一附属...
6 篇 南昌大学
5 篇 复旦大学附属华山...
5 篇 福建医科大学
5 篇 新疆医科大学第一...
5 篇 复旦大学附属中山...
5 篇 四川大学华西医院
5 篇 南方医科大学
5 篇 山东大学
5 篇 吉林大学第一医院
5 篇 郑州大学
5 篇 青岛大学附属医院
5 篇 安徽医科大学第一...
4 篇 浙江大学医学院附...
4 篇 兰州大学
4 篇 安徽医科大学

作者

5 篇 刘斌
5 篇 li xin
5 篇 liu bin
4 篇 zhang lei
4 篇 liu ying
4 篇 李鑫
4 篇 zhang yun
4 篇 张晓菊
3 篇 黄子达
3 篇 zhu guoqing
3 篇 肖永龙
3 篇 梁连春
3 篇 zhang xiaoju
3 篇 殷楚强
3 篇 安云霞
3 篇 丁志荣
3 篇 方心俞
3 篇 王月磊
3 篇 王满侠
3 篇 林天来

语言

523 篇 中文

检索条件"主题词=宏基因组二代测序"

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宏基因组二代测序在异基因造血干细胞移植术后感染性疾病中的应用价值研究

宏基因组二代测序在异基因造血干细胞移植术后感染性疾病中的应用...

引用

作者：吴艳珺苏州大学

学位级别：硕士

[目的]1.比较宏基因组二代测序(mNGS)和常规病原体检测方法在异基因造血干细胞移植术(allo-HSCT)后感染性疾病的诊断效能,探讨mNGS在allo-HSCT患者的应用价值。2.观察分析mNGS诊断腺病毒(ADV)感染的allo-HSCT患者的临床特征及预后。[方... 详细信息

[目的]1.比较宏基因组二代测序(mNGS)和常规病原体检测方法在异基因造血干细胞移植术(allo-HSCT)后感染性疾病的诊断效能,探讨mNGS在allo-HSCT患者的应用价值。2.观察分析mNGS诊断腺病毒(ADV)感染的allo-HSCT患者的临床特征及预后。[方法]1.回顾性分析了 2018年4月至2021年1月,在苏州大学附属第一医院接受allo-HSCT 后疑似发生感染的 149 例患者的临床数据。所有病例根据最终临床诊断,分为感染组和非感染组。通过统计学比较两组mNGS与常规病原体检测方法的敏感性和特异性,分析mNGS结果的假阳性与假阴性结果,综合评价mNGS应用于allo-HSCT后患者病原体检测的诊断效能。2.回顾性分析苏州大学附属第一人民医院、淮安市第二人民医院及宁波大学附属人民医院等3个造血干细胞移植中心,2019年1月至2021年3月间,接受allo-HSCT后,通过mNGS诊断ADV感染的患者的临床资料,描述性研究不同终末器官ADV受累的临床表现、可能危险因素,并观察在现有治疗背景下的转归及预后。[结果]1 Allo-HSCT后疑似发生感染的149例患者,根据最终临床诊断,分为感染组(102例,68.5%)和非感染组(47例,31.5%)。其中男性患者91例,女性患者58例,中位年龄35.8(8-62)岁。相比于病原体培养阳性率,在不同送检标本:外周血(73.0%vs 8.1%,P<0.05)、肺泡灌洗液(97.1%vs 19.0%,P<0.05)、脑脊液(75.0%vs 0.0%,P<0.05)、肺组织(50.0%vs 0.0%,P<0.05)及尿液(100.0%vs 16.7%,P<0.05),mNGS阳性率均更高。mNGS结果的效能受病原体种类的影响:在细菌感染中,mNGS的敏感性高于培养(70.8%vs 22.9%,P<0.05),但特异性低于培养(84.0%vs 100%,P<0.05);在病毒感染中,聚合酶链式反应(PCR)和mNGS的敏感性都为100%,但PCR特异性高于mNGS(95.4%vs 28.7%,P<0.05);在真菌感染中,mNGS敏感性高于培养(57.1%vs 14.3%,P<0.05),但特异性较低(93.0%vs 100%,P<0.05)。在细菌和真菌感染中,常规病原体检测方法(培养外)相比于mNGS,敏感性更高(93.8%vs 70.8%,P<0.05;90.5%vs 57.1%,P<0.05),但特异性均低于 mNGS(68.0%vs 84.0%,P<0.05;72.7%vs 93.0%,P<0.05)。共有 84 例/149 例(56.4%)的患者根据 mNGS 结果,修正诊断并调整治疗方案,其中7例患者在常规病原体检测均为阴性的情况下,通过mNGS最终明确感染病原体(3例腺病毒感染,2例腺病毒与CMV混合感染,2例龟分枝杆菌感染)。纳入本研究的149例病例中,呈现mNGS假阳性和假阴性结果的各有8例(5.4%)。本研究中121例/149例(81.3%)患者最终治疗好转,28例/149例(18.7%)患者死亡。有9例患者死于感染,4例死于移植物抗宿主排异(GVHD),2例死于多器官衰竭,2例死于本病复发。2.纳入研究的来自3个移植中心共有6例allo-HSCT患者,通过mNGS诊断ADV感染。ADV感染的临床表现为:ADV血症、ADV脑炎、ADV肝炎、ADV膀胱炎及ADV肺炎。5例感染患者接受西多福韦(CDV)治疗,4例接受静脉丙种免疫球蛋白(IVIg)治疗,1例接受CDV、IVIg、胸腺肽、低剂量的供体淋巴细胞输注(DLI)等治疗。1例患者ADV-DNA转为阴性,感染表现好转,但死于原发病复发,余5例均在ADV感染后死亡。[结论]***可提高allo-HSCT患者的病原体检出率,尤其对于隐匿感染、罕见感染及复杂感染具有诊断效能优势,对allo-HSCT患者具有重要临床价值。***-HSCT患者ADV感染可累及多个器官,早期诊断困难,预后恶劣,尚缺乏有效治疗手段,mNGS对腺病毒感染早期诊断可能具有重要意义。

关键词：宏基因组二代测序异基因造血干细胞移植感染腺病毒

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宏基因组二代测序在神经外科围术期中枢神经系统感染中的诊断效能和临床应用研究

宏基因组二代测序在神经外科围术期中枢神经系统感染中的诊断效能...

引用

作者：王帝新乡医学院

学位级别：硕士

背景神经外科常见疾病如重度颅脑损伤、自发性脑出血、动脉瘤性蛛网膜下腔出血、急性缺血性卒中、脑动静脉畸形等病情严重,往往需要神经外科手术干预和长时间的重症监护室(intensive care unit,ICU)治疗。除了颅脑手术和长期ICU治疗,血... 详细信息

背景神经外科常见疾病如重度颅脑损伤、自发性脑出血、动脉瘤性蛛网膜下腔出血、急性缺血性卒中、脑动静脉畸形等病情严重,往往需要神经外科手术干预和长时间的重症监护室(intensive care unit,ICU)治疗。除了颅脑手术和长期ICU治疗,血脑屏障破坏、床旁有创操作、脑内留置外引流管等因素,均极大地增加了中枢神经系统感染(Central nervous system infection,CNSI)发生风险,可能导致更长的住院时间、更高的医疗费用和更严重的神经功能障碍甚至死亡,病死率高达15%～30%。早期明确诊断、识别致病病原体、针对性选择合理的抗感染药物是改善CNSI患者预后的关键因素。目前,临床最常用传统脑脊液培养作为CNSI病原体鉴定的方法。但是,传统脑脊液培养无法培养病毒、寄生虫等,病原体覆盖范围有限,而且易受病原菌含量、外界环境、抗菌药物使用和病原菌死亡等多种因素干扰,导致阳性率低,同时还存在耗时长的缺点,无法满足临床诊疗需求。尽管其他传统检测方法如免疫学、分子生物学技术等能快速识别包括病毒在内的常见CNSI病原体,但由于需要工作人员提前做出主观预判,而且病原体覆盖不全面,所以缺陷性仍较明显。宏基因组二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)技术是利用鸟枪测序原理,对患者标本中的全部微生物中所有DNA或RNA进行高通量测序,摆脱了微生物分离纯培养的限制,在不依赖先验认知前提下,只需要少量样品提取的核酸,就可以测定样品中所有微生物的核酸序列,识别致病、定植、罕见及未知病原体。区别于传统检测方法的耗时长、病原体覆盖有限、灵敏度低、干扰因素较多等不足,mNGS在拥有更高敏感性的同时又与“快速精准诊疗”理念相契合。目的探讨mNGS在神经外科围术期CNSI患者中的病原体检测能力、诊断效能和临床应用价值。方法前瞻性连续纳入2019年10月至2022年1月收治在河南省人民医院神经外科重症监护室(Neurosurgery Intensive Care Unit,NSICU)的80名围术期可疑CNSI患者,将采集的脑脊液标本同时行mNGS和传统脑脊液培养;1.由三位专业人员结合mNGS检测报告、脑脊液培养结果、患者临床特征、相关辅助检查等对CNSI患者致病病原体做出判定,比较mNGS和传统培养的病原体检测能力;2.以CNSI临床诊断为“金标准”,计算并比较mNGS与传统培养的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Youden指数,同时采用受试者工作特征(ROC)曲线分析mNGS和传统培养的诊断效能;3.通过统计mNGS和传统培养方法从留取脑脊液标本到结果反馈给临床医师所用时间并进行比较,以评价两种方法在临床时效性方面的性能;4.根据mNGS检测报告指导临床对CNSI患者的抗感染药物调整情况进行描述,初步评估mNGS的临床应用价值;5.根据“临床认可”、“临床不认可”、“意义不明确”三大类指标对mNGS的临床干预性能做出评价,进一步评估mNGS的临床应用价值;6.将确诊CNSI患者的mNGS检出病原体序列数进行分层,对比不同组患者的NSICU住院时间、14天死亡率和90天死亡率,分析病原体序列数与患者住院时间和死亡率的关系。结果1.共纳入80例疑似CNSI患者,均经验性使用抗生素(100%),最终临床确诊41例,其中细菌感染25例(革兰氏阳性菌8例,革兰氏阴性菌17例),病毒感染6例,真菌感染3例,混合感染4例(细菌+病毒+真菌1例,细菌+病毒2例,真菌+病毒1例),未明确病原体感染3例。41例CNSI患者中,mNGS阳性38例,并成功检测出29种不同病原体,包括细菌、病毒和真菌;传统培养阳性仅10例,检测出5种不同病原体,均为革兰氏阴性杆菌。所有检出病原体中,革兰阴性菌构成比最高(41.46%),均为革兰阴性杆菌;其次为革兰阳性菌(19.51%),其中绝大多数为革兰阳性球菌;病毒构成比为14.63%,其中最常见为人类疱疹病毒;真菌构成比最低,仅为7.32%,其中最常见为白色念珠菌;还有9.76%和7.32%的患者为混合感染和未知病原体感染。***检测脑脊液的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为92.7%、92.3%、92.7%和31.1%;传统脑脊液培养的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为24.4%、100.0%、95.1%和26.0%。两种方法的Youden指数分别为0.850、0.244。ROC曲线分析显示,mNGS诊断CNSI的AUC为0.925(95%CI:0.858～0.992,P<0.001);传统脑脊液培养诊断CNSI的AUC为0.622(95%CI:0.499～0.745,P=0.061)。3.从留取脑脊液标本送检至结果反馈给临床医

关键词：宏基因组二代测序神经外科中枢神经系统感染脑脊液培养

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宏基因组二代测序在儿童allo-HSCT感染中的临床研究

宏基因组二代测序在儿童allo-HSCT感染中的临床研究

引用

作者：罗利莎中国医科大学

学位级别：硕士

目的:探讨宏基因组二代测序(m NGS)在儿童异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)感染中的临床应用价值。方法:回顾性分析2020年4月-2022年4月在深圳市儿童医院血液肿瘤科住院治疗的310例allo-HSCT患者,所有患者均完善传统微生物检测(CMT)和m ... 详细信息

目的:探讨宏基因组二代测序(m NGS)在儿童异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)感染中的临床应用价值。方法:回顾性分析2020年4月-2022年4月在深圳市儿童医院血液肿瘤科住院治疗的310例allo-HSCT患者,所有患者均完善传统微生物检测(CMT)和m NGS。根据有无感染,将患者分为感染性疾病组(ID组,289例)、非感染性疾病组(NID组,18例)和未知疾病组(unknown组,3例)。收集所有患者的基线资料、血象指标、标本来源、m NGS及CMT检测结果、临床用药、最终诊断和疾病转归等情况并作统计学分析。通过对比m NGS和CMT检测结果,探讨m NGS应用于儿童allo-HSCT感染中的临床价值。结果:1.在ID组289例患者中:(1)m NGS阳性235例,阴性54例,阳性率为81.31%,而CMT阳性176例,阴性113例,阳性率为60.90%。m NGS病原体检出率较CMT提高约20%,差异具有统计学意义(P<0.001)。(2)m NGS检出121种病原体,含细菌82种、病毒24种、真菌10种、支原体3种、1例猫立克次体和1例微小巴贝虫;CMT检出病原体43种,包括细菌24种,病毒14种,真菌4种,非典型病原1种。(3)m NGS和CMT分别检出多种病原(≥2种具体病原)感染179例、149例,m NGS检出多种病原感染的敏感性更高,但差异不显著(54.84%>48.84%,P=0.11)。2.在310例研究对象中:(1)m NGS和CMT均为阳性有145例(46.77%),均为阴性40例(12.90%)。仅m NGS检出94份阳性(30.32%),仅CMT检出32份阳性(10.32%)。对于145例双阳性样品,其中有9例结果完全匹配,76例完全不匹配,60例部分匹配。配对比较得出两者所得结果具有一致性(Kappa检验,K=0.13,P=0.01)。(2)我们的研究样本主要为肺泡灌洗液样本(63.9%)、血液样本(17.1%)和脑脊液样本(14.8%)。m NGS在肺泡灌洗液、血液、脑脊液来源的样本中,较CMT检出的病原阳性率更高,且在肺泡灌洗液中差异显著(83.84%>67.92%>56.52%,P<0.05)。(3)在分别对EB病毒和巨细胞病毒的检出中,m NGS和CMT病原检出率无明显差异(P=0.856,P=0.256)。(4)m NGS和CMT对细菌、病毒、真菌、混合病原的阳性率分别为14.5%/4.8%、31.5%/41.5%、0.7%/3.8%、35.3%/12.5%,差异均有统计学意义(P<0.001、P=0.012、P=0.010、P<0.001)。(5)50.97%患者基于m NGS检出结果对最后诊断做出修改,48.06%患者根据m NGS检出结果调整治疗方案。结论:1.在儿童allo-HSCT患者中,m NGS病原检出率明显高于CMT,尤其在少见病原及难以培养的病原中。2.m NGS可以指导调整治疗方案,并在一定程度上改善患者预后。

关键词：宏基因组二代测序传统微生物检测感染儿童异基因造血干细胞移植

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宏基因组二代测序在中枢神经系统感染中的应用

宏基因组二代测序在中枢神经系统感染中的应用

引用

作者：李雅大理大学

学位级别：硕士

目的:中枢神经系统（Central Nervous System,CNS）感染是一类严重危及人类生命的疾病,临床上半数以上的中枢神经系统感染患者感染病因不能明确,治疗延误与不充分导致死亡率升高。宏基因组二代测序（Metagenomic Next-Generation Sequen... 详细信息

目的:中枢神经系统（Central Nervous System,CNS）感染是一类严重危及人类生命的疾病,临床上半数以上的中枢神经系统感染患者感染病因不能明确,治疗延误与不充分导致死亡率升高。宏基因组二代测序（Metagenomic Next-Generation Sequencing,m NGS）可在短期内检测出病原体,缩短病程,减轻医疗负担。本研究旨在比较临床上宏基因组二代测序技术与传统检测方法在中枢神经系统感染患者病原体检出结果的差异及对临床诊断治疗上的指导;通过本次研究,为宏基因组二代测序技术在临床运用上提供更多证据。方法:收集云南省第一人民医院神经内科自2018年1月至2020年8月102例拟诊中枢神经系统感染患者相关资料:一般信息（性别、年龄）、相关临床症状及体征（头痛、发热、呕吐、颈项强直、意识变化、神经系统缺损/刺激症状）、实验室数据（血常规、降钙素原、C反应蛋白、γ-干扰素释放试验、真菌（1-3）-β-D葡聚糖定量G试验、脑脊液常规检查、脑脊液生化、脑脊液免疫球蛋白测定、脑脊液培养、脑脊液TB-DNA测定、脑脊液寄生虫抗体检测、脑脊液隐球菌检测、脑脊液抗TORCH抗体检测、脑脊液乙脑抗体检测）、二代基因测序结果、影像学资料、临床诊断改变以及疾病转归。以临床最终诊断为金标准,排除资料不齐、最终诊断为其他疾病、最终诊断不明者病例,最终纳入研究病例68例。统计学分析采用IBM SPSS 25.0软件,对计量资料进行正态性检验,服从正态分布变量使用均数±标准差表示。计数资料用“例数”和“率”来表示,组间的比较釆用配对检验或Fisher确切概率法,p≤0.05认为这种差异有统计学意义,p≤0.01认为这种有显著统计学差异。结果:（1）入组的68例感染患者中,男性CNS感染患者38例（55.88%）,女性CNS感染患者30例（44.12%）,年龄为42.71±15.86岁,其中男性42.92±15.48岁,女性42.43±16.60岁。（2）入组68例CNS感染患者中,58例患者为单纯感染,10例患者为混合感染,共计78例感染样本。其中病毒性CNS感染者25例、结核性CNS感染者23例、细菌性CNS感染者20例、真菌性CNS感染者5例、寄生虫性CNS感染者3例、立克次体CNS感染者2例。（3）在78例感染样本中,m NGS检测方法检出病原体阳性率为52.6%,传统检测方法检出病原体阳性率为26.9%,m NGS检测方法检出病原体阳性率较传统检测方法检出率高,两种检测方法检出差异具有显著统计学意义（p＜0.01）,两种检测方法行一致性分析示两种检测方法在诊断上具有一致性（Kappa值=0.20）,结果具有统计学意义（p＜0.05）。（4）在病毒性CNS感染性疾病中,m NGS检出病原体灵敏度为40.0%,特异度为93.0%,阳性预测值为76.9%,阴性预测值为72.7%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.367）,结果具有显著统计学意义（p＜0.01）;传统检测方法检出病原体灵敏度为12.0%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%,阴性预测值为66.2%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.147）,结果具有统计学意义（p＜0.05）。在结核性CNS感染性疾病中,m NGS检出病原体灵敏度为65.2%,特异度为97.8%,阳性预测值为93.8%,阴性预测值为84.6%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.681）,结果具有显著统计学意义（p＜0.01）;传统检测方法检出病原体灵敏度为39.1%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%,阴性预测值为76.3%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.460）,结果具有显著统计学意义（p＜0.01）。在细菌性CNS感染性疾病中,m NGS检出病原体灵敏度为35.0%,特异度为89.6%,阳性预测值为58.3%,阴性预测值为76.8%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.278）,结果具有统计学意义（p＜0.05）;传统检测方法检出病原体灵敏度为35.0%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%,阴性预测值为78.7%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.432）,结果具有显著统计学意义（p＜0.01）。在真菌性CNS感染性疾病中,m NGS检出病原体灵敏度为100.0%,特异度为96.8%,阳性预测值为71.4%,阴性预测值为100.0%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.818）,结果具有显著统计学意义（p＜0.01）;传统检测方法检出病原体灵敏度为40.0%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%,阴性预测值为95.5%,与临床诊断相比具有一致性（Kappa值=0.553）,结果具有

关键词：中枢神经系统感染宏基因组二代测序诊断

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宏基因组二代测序在肺部混合性感染诊断中的应用

宏基因组二代测序在肺部混合性感染诊断中的应用

引用

作者：王家卉天津医科大学

学位级别：硕士

目的:宏基因组二代测序技术是一种用于病原体检测的先进技术。然而,有关肺部混合感染宏基因组二代测序应用的报道仍然很少。在这项研究中,我们致力于评估该方法在肺部混合感染诊断及特别病原体检测方面的应用。方法:我们回顾性地分析了... 详细信息

目的:宏基因组二代测序技术是一种用于病原体检测的先进技术。然而,有关肺部混合感染宏基因组二代测序应用的报道仍然很少。在这项研究中,我们致力于评估该方法在肺部混合感染诊断及特别病原体检测方面的应用。方法:我们回顾性地分析了于天津医科大学总医院呼吸科就诊的肺部感染病例。所有的病例都进行了纤维支气管镜检查。按照标准程序进行了肺活检和支气管肺泡灌洗液标本的采集和处理。肺活检标本在采集后2小时内送到组织病理学实验室。一部分支气管肺泡灌洗液用于培养好氧细菌、厌氧细菌、真菌、病毒和分枝杆菌,一部分用于结核分枝杆菌检测、半乳甘露聚糖检测和涂片等。其余标本保存在-80°C冰箱,用于进行宏基因组二代测序。结果:宏基因组二代测序技术在肺部混合感染诊断中的灵敏度远高于传统检测方法(97.2%vs 13.9%;P<0.01),但特异度却相反(63.2%vs 94.7%;P=0.07)。55例病例中,共有5例(9.1%)病例的传统检测方法和宏基因组二代测序结果皆为肺部混合感染,共有3例(5.5%)病例的宏基因组二代测序病原体检测结果与传统检测结果一致。根据我们的数据,与传统检测方法相比,宏基因组二代测序可以检测到更多种类的病原体。特别地,宏基因组二代测序的应用改善了肺部真菌感染的诊断效率。在传统检测结果为阴性的28例病例中,宏基因组二代测序产生病原体阴性结果4例,单一病原体阳性5例,多种病原体阳性19例。在传统检测方法鉴定为单一感染的21例病例中,2例病例的病原菌检测结果显示宏基因组二代测序与传统检测结果一致。另有13例样本检测结果部分一致,其中6例通过培养分别鉴定为卡式肺孢子菌、表皮葡萄球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌阳性。但是,宏基因组二代测序检测到更多的病原体。在其他6例患者中,传统检测方法的结果与宏基因组二代测序的结果矛盾。被传统检测方法确定为混合感染的6例病例中,有1例样本的宏基因组二代测序结果与传统检测结果一致,有4例样本的宏基因组二代测序结果与传统检测结果部分一致。总之,即使在传统检测方法确定为肺部混合感染的样本中,宏基因组二代测序仍然发挥着重要作用,因为它无需任何预先假设就可以鉴定常见和罕见的病原体。在本研究收集的病例中,通过宏基因组二代测序方法鉴定出的5种病原体(脓肿分枝杆菌、根霉、副流感嗜血杆菌、微小根毛霉和肺炎链球菌),传统检测方法结果为阴性。宏基因组二代测序技术在31例(56.4%)病例中检测到了真菌,而传统检测方法中只有10例(18.2%)相同的病例结果为真菌阳性。在我们的研究中,通过宏基因组二代测序检测到的最常见病原体是人巨细胞病毒,其次是卡氏肺孢子虫、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌和烟曲霉。由于卡式肺孢子菌在本研究中的检出率很高,我们继续研究了宏基因组二代测序应用于卡式肺孢子菌肺炎诊断的表现。在肺泡灌洗液的标本中,宏基因组二代测序鉴定卡式肺孢子菌的灵敏度和特异度分别为70.0%和97.2%;对于肺活检标本,宏基因组二代测序的灵敏度和特异度分别为75.0%和99.1%。灵敏度的比较中,肺泡灌洗液的宏基因组二代测序结果(70.0%VS.35.0%;P=0.039)和肺活检的宏基因组二代测序结果(75.0%VS.35.0%;P=0.021)均显着高于六胺银染色的结果。肺泡灌洗液宏基因组二代测序的序列数≤100的病例从疾病发作到样本采集的持续时间通常比序列数>100的病例更长(10 VS.5天;P=0.038)。结论:宏基因组二代测序是一种在肺部混合感染中检测致病菌的先进技术,在诊断速度、灵敏度等方面具有潜在优势。

关键词：宏基因组二代测序诊断肺部混合性感染灵敏度特异度

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宏基因组二代测序在传染病专科医院PLWH住院患者病原体感染中的应用

宏基因组二代测序在传染病专科医院PLWH住院患者病原体感染中的应...

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作者：刘霖东苏州大学

学位级别：硕士

研究背景:艾滋病,即获得性免疫缺陷综合征(Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS),病原体为人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)。HIV入侵人体后,致机体免疫力下降。当病程进展至艾滋病期时,易致AIDS相关机会性感... 详细信息

研究背景: 艾滋病,即获得性免疫缺陷综合征(Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS),病原体为人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)。HIV入侵人体后,致机体免疫力下降。当病程进展至艾滋病期时,易致AIDS相关机会性感染。机会性感染是导致HIV感染者(People Live With HIV,PLWH)死亡的主要原因,病原体种类繁多,混合感染常见,预后差,死亡率高。快速精准地鉴定病原体的种类,是感染性疾病治疗的重点及难点。临床上常规检测方法具有耗时长,假阳性率高等不足。因此,临床需要一种可以快速、精准鉴定出病原体的方法。宏基因组二代测序(Metagenomic Next-Generation Sequencing,mNGS)技术检测周期短,灵敏度高,可快速对病原体种类进行鉴定,但在PLWH中的应用仍需进一步探讨。目的: (1)比较mNGS技术与传统病原学检测方法在传染病专科医院PLWH住院患者中对不同病原体检测效能的差异。 (2)比较不同水平CD4+T淋巴细胞计数PLWH感染情况的差异。方法: 采用回顾性方法,收集2019年5月至2022年12月在苏州大学附属传染病医院艾滋病科住院治疗且临床诊断合并机会性感染的PLWH的相关数据,并进行统计学分析。结果: (1)PLWH中多系统感染及下呼吸道感染常见,CD4+T淋巴细胞计数<200个/μL的患者易发生多系统感染,CD4+T淋巴细胞计数<200个μL的患者更易发生多病原体混合感染。 (2)在传染病专科医院PLWH住院患者中,mNGS病原微生物检出率(90.72%)高于传统病原学检测方法检出率(83.51%),差异无统计学意义(p>0.05),一致程度较差。 (3)细菌感染中,mNGS检出率(17.53%)高于传统病原学检测方法检出率(3.09%),差异有统计学意义(p<0.05),一致性程度较差。 (4)分枝杆菌感染中,mNGS检出率(20.62%)高于传统病原学联合检测检出率(19.59%),差异无统计学意义(p>0.05),一致性程度一般。mNGS对分枝杆菌的检出率明显高于涂片镜检(8.25%)及培养法(8.25%)。(p<0.05)。在结核分枝杆菌感染中,mNGS检出率(6.19%)低于***检出率(8.25%),差异无统计学意义(p>0.05),一致性程度较差;mNGS检出率高于Xpert MTB/RIF检出率,差异无统计学意义(p<0.05),一致性程度较好。在非结核分枝杆菌感染中,mNGS检出率(14.43%)高于病原体分离培养检出率(3.09%),差异有统计学意义,一致性程度一般。 (5)真菌感染中,mNGS检出率(35.05%)高于传统病原学方法联合检测检出率(27.84%),差异无统计学意义,一致性程度一般。mNGS检出率明显高于真菌培养检出率(3.09%)及G试验联合GM试验检出率(20.62%),差异有统计学意义(p<0.05)。 (6)病毒感染中,mNGS检出率(74.23%)高于传统病原学检测检出率(62.89%),差异无统计学意义(p>0.05),一致性程度较差。 (7)63例(77.78%)患者根据mNGS检测结果调整了抗感染药物的使用,18例(18.56%)患者未调整治疗方案。调整治疗方案的患者中,5例(7.94%)在院死亡;而未调整治疗方案的患者中,2例(11.11%)在院死亡。是否根据mNGS检测结果调整抗感染治疗方案,对患者预后影响无差异。(p>0.05)。结论: (1)多系统感染及多种病原体混合感染在PLWH的机会性感染中较为常见。CD4+T淋巴细胞计数<200个/μL的患者中多系统感染及多种病原体混合感染更易发生。 (2)在传染病专科医院PLWH住院患者中,mNGS对细菌性感染以及非结核分枝杆菌感染的诊断效能优于传统方法;与真菌传统检测方法联合检测相比检验效能相当,但优于单独的传统检测方法;在结核分枝杆菌感染中的检测效能与分子生物学检测方法一致,优于涂片及培养法;在病毒检测中效果略佳;在寄生虫、罕见病原体的检测中存在一定优势。 (3)mNGS联合传统病原学检测方法可提高PLWH合并感染性疾病病原体检出率。 (4)mNGS对于传染病专科医院的病原学检测具有重要意义。

关键词：宏基因组二代测序艾滋病机会性感染病原学检测传染病专科医院

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宏基因组二代测序对中枢神经系统感染性疾病诊断价值的Meta分析

宏基因组二代测序对中枢神经系统感染性疾病诊断价值的Meta分析

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作者：石亚玮兰州大学

学位级别：硕士

目的:通过对宏基因组测序(mNGS)在中枢神经系统感染性疾病(ICNS)诊断中应用的原始研究进行Meta分析,来探讨mNGS在ICNS诊断中的应用价值,为临床实践提供循证医学证据。方法:分别在中国知网(CNKI)、万方数据库(Wan Fang Database)、中国... 详细信息

目的:通过对宏基因组测序(mNGS)在中枢神经系统感染性疾病(ICNS)诊断中应用的原始研究进行Meta分析,来探讨mNGS在ICNS诊断中的应用价值,为临床实践提供循证医学证据。方法:分别在中国知网(CNKI)、万方数据库(Wan Fang Database)、中国生物医学文献数据库(CBM)、维普数据库(VIP Database)、Pub Med、Embase、Web of Science、the Cochrane Library、Ovid Medline、Scopus等中英文数据库中检索mNGS应用于ICNS诊断中的相关研究,检索范围为自建库至2022年12月31日。根据纳入排除标准进行文献筛选,使用QUADAS-2量表对纳入研究进行质量学评价。提取文献的一般信息、研究设计相关特征、研究对象特征、mNGS特征以及真阳性(TP)、假阳性(FP)、假阴性(FN)、真阴性(TN)等数据内容。使用Meta Disc 1.4软件进行异质性检验,排除阈值效应后使用Stata 16软件对纳入原始研究进行统计处理,按照病原体类型的不同分别计算合并后的敏感度(SEN)、特异度(SPE)、阳性似然比(PLR)、阴性似然比(NLR)、诊断比值比(DOR)并绘制各自的森林图,同时绘制综合受试者工作特征(SROC)曲线,计算SROC曲线下面积(AUC)。进行异质性检验,通过敏感性分析评价该研究的稳定性,通过亚组分析和Meta回归分析探讨异质性来源,通过Deek’s漏斗图评价发表偏倚,通过Fagan图评价临床适用性。结果:共获得文献8998篇,排除重复文献,按照纳入排除标准筛选后最终纳入54篇文献中的62组原始数据。使用QUADAS-2量表进行质量评价显示原始研究质量较高。mNGS在ICNS中总的合并SEN、SPE、PLR、NLR、DOR、AUC分别为0.75、0.92、9.0、0.27、0.89,mNGS在病毒性感染中的合并SEN、SPE、PLR、NLR、DOR、AUC分别为0.49、0.91、5.6、0.56、10、0.70,mNGS在结核性感染中的合并SEN、SPE、PLR、NLR、DOR、AUC分别为0.63、0.99、61.3、0.38、162、0.98,mNGS在细菌性感染中的合并SEN、SPE、PLR、NLR、DOR、AUC分别为0.69、0.83、4.1、0.37、11、0.83,mNGS在真菌性感染中的合并SEN、SPE、PLR、NLR、DOR、AUC分别为0.76、0.98、43.0、0.24、177、0.98。亚组分析和Meta回归分析提示样本量、检测前是否经验性用药、研究人群为成人或儿童、测序平台及测序范围是该Meta分析可能的异质性来源。结论:mNGS在中枢神经系统感染性疾病中整体诊断价值较高;在结核性和真菌性感染中诊断价值很高,细菌性感染中诊断价值中等,病毒性感染中诊断价值一般。

关键词：宏基因组二代测序中枢神经系统感染诊断性试验 Meta分析

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宏基因组二代测序在重症感染性疾病中鉴定病原体的临床价值分析

宏基因组二代测序在重症感染性疾病中鉴定病原体的临床价值分析

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作者：李玉杰暨南大学

学位级别：硕士

背景:宏基因二代测序技术,一种新兴的检测方法,被认为是潜在能够替代传统微生物检测方法的技术。由于宏基因二代测序的全面性、无偏移等特点,理论上它可以检测出所有病原体的基因组,尤其适用于新发的、罕见的、复杂的及非典型病原体的... 详细信息

背景:宏基因二代测序技术,一种新兴的检测方法,被认为是潜在能够替代传统微生物检测方法的技术。由于宏基因二代测序的全面性、无偏移等特点,理论上它可以检测出所有病原体的基因组,尤其适用于新发的、罕见的、复杂的及非典型病原体的检测。但是,目前关于mNGS应用在临床上的相关文献大多都是个案报道或者小样本的病例研究,或者是mNGS应用局限在检测脑脊液或血液中的病原体。尤其关于mNGS在重症感染性疾病中的应用价值还缺乏系统有效评估。目的:为了验证宏基因二代测序应用于临床帮助鉴定重症感染病人病原体的临床价值;对传统培养方法检测病原体的阳性率和mNGS检测病原体的阳性率进行比较。方法:收集2019年1月—2020年12月入住暨南大学第一附属医院ICU、广东省人民医院ICU和广东省第二医院ICU治疗的诊断为感染性疾病患者,总共76名病人,107例样本。详细记录患者的病史、APACHE Ⅱ评分、SOFA评分、ICU住院天数、结局、免疫抑制情况。所有样本都经过mNGS和传统培养两种方法检测病原体,之后对mNGS检测病原体的阳性率和传统培养检测病原体的阳性率进行比较。结果:mNGS检测的阳性率67.3%(72/107)高于微生物培养的阳性率27.1%(29/107),P=0.00。与传统微生物培养比较mNGS的敏感度和特异度分别是86.2%和39.7%。mNGS与传统培养检出混合感染的阳性率分别是40.3%和3.4%,P<0.05,mNGS可以同时检测出多种病原体。结论:mNGS检测病原体的阳性率高于传统培养,在一些特殊病原体(类似寄生虫、病毒)的检测方面优于传统培养方法。mNGS能更好的检测出多种病原体的存在,证实了 mNGS在重症病人多种病原体混合感染的检测上优于传统培养。

关键词：宏基因组二代测序重症感染病原体的检测临床价值

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宏基因组二代测序在侵入性骨关节感染和原发性骨关节感染病原学诊断中的作用

宏基因组二代测序在侵入性骨关节感染和原发性骨关节感染病原学诊...

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作者：王度福建医科大学

学位级别：硕士

背景:侵入性骨关节感染(Invasive osteoarticular infection,IOI)是指由于骨关节部位的侵入性操作(如关节腔穿刺术、外科手术)引起病原体直接接种,或其他部位侵入性操作引起血源性播散病原体而导致的骨关节感染。随着骨科手术以及有创... 详细信息

背景:侵入性骨关节感染(Invasive osteoarticular infection,IOI)是指由于骨关节部位的侵入性操作(如关节腔穿刺术、外科手术)引起病原体直接接种,或其他部位侵入性操作引起血源性播散病原体而导致的骨关节感染。随着骨科手术以及有创操作的增加,IOI的发生率也随之增加。IOI是侵入性操作后较难治疗的并发症。原发性骨关节感染(Primary osteoarticular infection,POI)是指由其他部位的感染血行播散或由未知原因引起的以骨关节感染为首发表现的疾病。POI的致病菌谱较为相对简单,主要为金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等。在IOI中,由于侵入性的操作导致其致病菌谱相当复杂,除了POI常见的病原菌之外,还包括许多罕见病原菌,常常被外科医生所忽略,导致IOI被漏诊。及时准确地鉴定病原菌是避免漏诊或误诊及提高治疗效果的关键。本研究采用宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)和常规细菌培养技术鉴定IOI和POI的病原菌。分析IOI和POI这两种疾病病原菌谱的区别,比较这两种技术检出病原菌的阳性率,评价m NGS的应用价值。方法:纳入2008年1月-2021年10月于我院就诊的疑似骨关节感染(包括POI和IOI)的患者。POI及IOI的诊断由骨科医师、感染科医师及微生物学专家共同执行。记录病人的人口学基本特征和病原菌鉴定结果,计算阳性率。病原菌的鉴定采用常规细菌培养方法和m NGS两种方法。标本完成采集后即转移至微生物实验室进行微生物培养。对于液态的标本,将其注入需氧和厌氧血培养瓶或血培养瓶;对于固态的组织标本,先予匀浆化。将所得匀浆接种于血琼脂平板,在厌氧及有氧条件下进行微生物培养;对于术中所移除的植入物,予超声震荡处理,然后将超声液处理后注入培养瓶,在自动恒温箱中培育。对于获得的液态标本,用于m NGS检测,对于固体组织,先匀浆后再进行m NGS检测。经核酸提取、建立文库和测序、使用华大公司流程进行生物信息学分析,与微生物参考数据库比对,将比对后的数据按照病毒、真菌、细菌、寄生虫等进行分类和排序。结果:本研究纳入52例POI,92例IOI患者。POI和IOI的常见共同病原菌是金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌。在IOI中,微生物培养的阳性率约为83.70%,常规细菌培养阴性的比例较高;m NGS的阳性率为92.39%,显著提高了微生物的检出率(P=0.007)。在POI中,微生物培养的阳性率为88.46%,而m NGS的阳性率为90.38%,两者的阳性率无差异(P=0.9)。IOI中存在较多的苛养菌和罕见致病菌。IOI中出现了多重感染的病例(6例),而POI中没有多重感染的病例。结论:在侵入性骨关节感染病例中,最多见的病原菌是金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌;与原发性骨关节感染相比,有更多的苛养菌和罕见致病菌,同时多细菌感染的比例较高。与常规微生物培养方法相比,m NGS阳性率更高,明显提高了对病原菌的检出能力,有助于发现苛养菌,进而指导治疗获得更好的效果。

关键词：宏基因组二代测序侵入性骨关节感染原发性骨关节感染病原菌诊断

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宏基因组二代测序技术在感染性疾病中的应用

宏基因组二代测序技术在感染性疾病中的应用

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作者：单俊丽山东大学

学位级别：硕士

研究目的分析感染性疾病临床诊断中宏基因组二代测序技术(mNGS)应用的价值。研究方法收集了 2018年4月份至2021年2月份在山东大学齐鲁医院神经内科、重症监护室、儿科、感染科住院并进行mNGS技术检查的126例临床资料,其中mNGS标本来自... 详细信息

研究目的分析感染性疾病临床诊断中宏基因组二代测序技术(mNGS)应用的价值。研究方法收集了 2018年4月份至2021年2月份在山东大学齐鲁医院神经内科、重症监护室、儿科、感染科住院并进行mNGS技术检查的126例临床资料,其中mNGS标本来自脑脊液(CSF)、血液或肺泡灌洗液(BALF),排除确诊为非感染性疾病和未知的病例共25例。通过对入选后的101例感染性疾病患者的一般临床资料、传统病原学检测结果及mNGS检测结果实施回顾性分析,分析在感染性疾病临床诊断中mNGS应用的价值。研究结果1.101例mNGS的样本中,共检出36种阳性病原体,包括耶氏肺孢子菌、EB病毒、结核分枝杆菌、鲍曼不动杆菌、烟曲霉、肺炎链球菌、猪疱疹病毒1型、人疱疹病毒1型和2型、肺炎支原体、巨细胞病毒等,有23种病原体在传统病原学检测方法中未被发现,其中检出最多的为耶氏肺孢子菌(9例,15.5%),其次为EB病毒检出7例(12%)。在1例重症肺炎的患儿中检出洋葱伯克霍尔德菌感染,在3例有养殖场工作史的成人患者中检出猪疱疹病毒1型感染以及在2例女性患者中检出人细小病毒B19感染,在1例梗阻性脑积水病史较长的患者中检出猪带绦虫感染。2.101例感染性疾病的患者中,mNGS检测病原体阳性的有58例,传统病原学检测病原体阳性的有35例,mNGS联合传统病原学检测病原体阳性的有68例,mNGS及传统病原学检测双阳性者25例。mNGS检测病原体的阳性率远高于传统病原学检测(57.4%vs.34.6%,P<0.01),两种方法联合检验病原体的阳性率也显著优于单独使用传统病原学检测(67.3%vs.34.6%,P<0.01)。3.在行mNGS检测的101例不同标本的病例中,检出病原体阳性率最高的是在BALF中,均高于CSF和血液中的检出率(100%vs.48%,p<0.01;100%vs.66.7%,P<0.01)。4.分组是通过感染性患者的临床特点及相应的病原体检测来进行的,101例感染性患者中,确定病原体组有65例,非确定病原体组有36例,mNGS比传统病原学检测的灵敏度更高(84.61%vs.53.85%,P<0.01),而两者特异度无统计学差异(91.67%vs.100.00%,P>0.05)。mNGS的阳性预测值(PPV)为94.83%(95%CI,84.70-98.65%),阴性预测值(NPV)为76.74%(95%CI,61.00-87.72%),传统病原学检测的PPV和NPV分别为 100.00%(95%CI,87.68-100.00%)、54.55%(95%CI,33.32-58.11%)。5.在101例感染性病例中,在进行mNGS检测前接受过抗菌药物或者是抗病毒的药物治疗的病例有89例,检测前未接受过抗菌药物或者是抗病毒药物治疗的有12例。mNGS检测的阳性率在接受抗菌药物或抗病毒的药物治疗组中优于传统病原学检测结果(58.43%vs.35.96%,P<0.05),且mNGS阳性率在抗菌药物及抗病毒药物使用或不使用者中相当(58.43%vs.50%,P>0.05)。6.101例mNGS的样本中,有5例检测出耐药基因,共检出耐药基因8种,分别为 OXA、Ade、mel、Tet、ErmC、mecA、TEM 和 lnuA,其中 1 例同期传统培养方法培养出耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌并行常规药敏试验,药敏结果与mNGS较为相符,两者共同协助临床医师调整抗生素用药。***在不同年龄组中的检测,mNGS的检出率在41-60岁的中年人中最高(80%),相对于<18岁的儿童检出率无明显差异。在儿童检出病原体中以肺炎支原体最高(27.3%)。研究结论相对于传统病原学检测来说,mNGS对于感染性疾病的病原体诊断有较高的灵敏度,尤其是在感染罕见病原体时更具有优势,并且不受抗菌药物或抗病毒药物的影响。mNGS能够为不明病因或疑似感染的患者提供诊断线索,并评估抗生素耐药性基因,可以成为目前感染性疾病临床病因诊断的检测手段。

关键词：感染性疾病宏基因组二代测序病原体

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