检索结果-内蒙古大学图书馆

农业生物技术学报 2024年第8期32卷 1742-1752页

作者：施卫萍张欣赵媛刘敏代渴丽张艾英郭二虎史关燕郭杰山西农业大学农学院/农业农村部有机旱作农业重点实验室(部省共建) 山西农业大学谷子研究所山西农业大学经济作物研究所

KNOX (knotted1-like homeobox, KNOX)是植物特有的一类具有同源异型结构域的转录因子，广泛参与植物的生长发育过程。为探究谷子(Setaria italica) KONXs基因的潜在功能，本研究采用生物信息学方法，在谷子全基因组水平对SiKNOX基因家... 详细信息

KNOX (knotted1-like homeobox, KNOX)是植物特有的一类具有同源异型结构域的转录因子，广泛参与植物的生长发育过程。为探究谷子(Setaria italica) KONXs基因的潜在功能，本研究采用生物信息学方法，在谷子全基因组水平对SiKNOX基因家族进行了鉴定和分析，并利用RT-qPCR检测其在不同组织中的表达量。结果显示，在谷子全基因组水平上一共鉴定到11个SiKNOXs基因，系统进化分析分为classⅠ和classⅡ两组，classⅠ包含5个SiKNOXs,classⅡ包含6个SiKNOXs。亚细胞定位预测发现所有SiKNOXs蛋白均定位在细胞核。染色体定位分析发现，11个SiKNOXs基因不均等地分布在谷子的7条染色体上。基因复制分析发现，有5个SiKNOXs基因组成了4个片段复制基因对。基因结构组成分析发现，所有的SiKNOXs由5～6个外显子组成；蛋白保守结构域分析结果显示，SiKNOXs的蛋白保守结构域由10个基序组成，其中motif 2、3、5、6分别构成了KNOX1、KNOX2、ELK、HD结构域。在SiKNOXs基因的启动子区域分布着许多与生物过程密切相关的顺式作用元件。SiKNOXs基因在谷子不同组织部位(包括根,茎,叶,穗,种子)均能检测到，且大部分SiKNOXs基因具有组织特异性表达特点。本研究为深入探讨KNOX基因家族调控谷子生长发育的功能提供了基础资料。

关键词：谷子 KNOX (knotted1-like homeobox) 基因家族组织表达模式

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柑橘大实蝇非典型气味受体基因的克隆、序列分析及组织表达模式

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西北农业学报 2022年第4期31卷 525-534页

作者：王兆祥田晓丽齐振华桂连友王福莲张国辉长江大学农学院昆虫研究所湖北荆州434025 长江大学生命科学学院湖北荆州434025 青岛邮局海关山东青岛266000

旨在探究柑橘大实蝇(Bactrocera minax)非典型气味受体(odorant receptor co-receptor,Orco)基因的分子特征和组织表达模式,通过对前期获得的柑橘大实蝇成虫转录组数据分析,利用RT-PCR技术克隆柑橘大实蝇Orco基因,并对该基因进行生物信... 详细信息

旨在探究柑橘大实蝇(Bactrocera minax)非典型气味受体(odorant receptor co-receptor,Orco)基因的分子特征和组织表达模式,通过对前期获得的柑橘大实蝇成虫转录组数据分析,利用RT-PCR技术克隆柑橘大实蝇Orco基因,并对该基因进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术检测其在柑橘大实蝇雌雄成虫不同组织中的表达谱。克隆获得柑橘大实蝇Orco基因并命名为BminOrco,该基因开放阅读框全长1431 bp,编码476个氨基酸,含有7个跨膜结构域,氨基端位于膜内,羧基端位于膜外;预测该蛋白等电点为8.69,分子质量53.41 ku,无信号肽,亲水性总平均值为0.296,是疏水蛋白。同源性比对和系统树分析结果显示,BminOrco氨基酸序列与鞘翅目、双翅目、鳞翅目、半翅目、膜翅目和直翅目昆虫具有很高的同源性,其中与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的DmelOrco同源性最高,达86.42%。实时荧光定量PCR分析显示,柑橘大实蝇Orco基因在触角中的表达量显著高于其他组织,在雌成虫触角中的表达量显著高于雄成虫;在其他组织中微量表达,比较而言,在头部(不含触角)的表达量略高于在胸、腹、足和翅中的表达量。

关键词：柑橘大实蝇非典型气味受体序列分析组织表达模式

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番茄发育相关基因SlLNG1和SlLNG2的鉴定与组织表达模式分析

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分子植物育种 2017年第3期15卷 792-799页

作者：赵普艳雷妙陈建均马张正王璇林忆兰华南农业大学园艺学院广州510640

LNG(LONGIFOLIA)基因在模式植物叶片和果实生长发育过程中发挥重要的调控作用。然而,茄科作物中的LNG基因功能尚不明确。本研究运用同源克隆的方法从"Micro-Tom"番茄矮化品种中鉴定到两个LNG基因,基于其与拟南芥AtLNG1和AtLNG... 详细信息

LNG(LONGIFOLIA)基因在模式植物叶片和果实生长发育过程中发挥重要的调控作用。然而,茄科作物中的LNG基因功能尚不明确。本研究运用同源克隆的方法从"Micro-Tom"番茄矮化品种中鉴定到两个LNG基因,基于其与拟南芥AtLNG1和AtLNG2的序列相似性,命名为SlLNG1和SlLNG2。并对这两个家族成员进行了基因结构、蛋白特征、序列保守结构域和进化关系等分析。结果表明:SlLNG1和SlLNG2分别位于第2染色体和第3染色体,编码产物与马铃薯同源蛋白的相似性最高。荧光定量PCR实验结果发现,SlLNG1和SlLNG2基因在番茄的各组织中的表达具有较大差异,表现出明显的组织特异性。SlLNG1在花中的表达量最高,而SlLNG2在叶片中的表达最高。此外,在SlLNG1和SlLNG2的1.5 kb启动子区域发现多个光响应、胁迫响应和水杨酸响应的顺式作用元件。本研究为深入研究番茄LNG基因的结构、功能和调控机制奠定了基础。

关键词：番茄 LNG基因鉴定进化分析组织表达模式

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丹参香豆酸-3-羟化酶基因(SmC3H)的生物信息学及其组织表达模式分析

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基因组学与应用生物学 2015年第4期34卷 813-820页

作者：王斌韩立敏化文平陈尘药用资源与天然药物化学教育部重点实验室西北濒危药材资源开发国家工程实验室陕西师范大学生命科学学院西安710062

通过分析丹参转录组数据库(SRX021907)得到一条香豆酸-3-羟化酶(C3H)基因,blast比对发现该基因为丹参C3H(EU358957.1),该基因c DNA全长1 704 bp,包括1个1 503 bp的开放阅读框,编码508个氨基酸。生物信息学分析表明,其编码蛋白的分子量为... 详细信息

通过分析丹参转录组数据库(SRX021907)得到一条香豆酸-3-羟化酶(C3H)基因,blast比对发现该基因为丹参C3H(EU358957.1),该基因c DNA全长1 704 bp,包括1个1 503 bp的开放阅读框,编码508个氨基酸。生物信息学分析表明,其编码蛋白的分子量为57.21 k D,等电点为8.53,含琢-螺旋,延伸链和无规则卷曲,具有1个细胞色素P450蛋白(CYP450)特异的保守结构域。聚类分析表明其与芝麻的亲缘关系最近。组织特异性表达分析结果表明,该基因在茎中的表达量最丰富,其次是叶和花,根中最低。

关键词：丹参香豆酸-3-羟化酶生物信息学组织表达模式

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柑橘大实蝇NPC2基因的序列分析和组织表达模式

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植物保护 2020年第4期46卷 132-136页

作者：陈剑王兆祥杨岭叶海霞毛丽桂连友张国辉长江大学农学院长江大学昆虫研究所荆州434025

柑橘大实蝇是柑橘上的重要害虫,主要为害柑橘果实。NPC2是一种小分子蛋白,参与了脊椎动物的脂质代谢,最近有研究表明,NPC2有着类似于昆虫气味结合蛋白的功能,参与了昆虫的化学通讯。为了明确NPC2基因在柑橘大实蝇成虫组织中的分布,本研... 详细信息

柑橘大实蝇是柑橘上的重要害虫,主要为害柑橘果实。NPC2是一种小分子蛋白,参与了脊椎动物的脂质代谢,最近有研究表明,NPC2有着类似于昆虫气味结合蛋白的功能,参与了昆虫的化学通讯。为了明确NPC2基因在柑橘大实蝇成虫组织中的分布,本研究从柑橘大实蝇转录组中,鉴定了NPC2基因,命名为BminNPC2。通过生物信息学方法分析了该基因序列特征并构建了系统进化树,采用实时荧光定量PCR技术研究了BminNPC2基因在柑橘大实蝇成虫组织中的表达模式。结果表明:BminNPC2基因开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸,等电点为6.10,分子量大小为16.66 kD,含有6个半胱氨酸。BminNPC2基因在柑橘大实蝇头部(去掉触角)和腹部表达量最高。据此结果我们在文中对BminNPC2基因功能进行了简要讨论。

关键词：柑橘大实蝇 NPC2基因序列分析组织表达模式

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大豆GmGRF5基因的组织表达模式与生物信息学分析

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分子植物育种 2020年第5期18卷 1393-1400页

作者：徐思远刘志雄张晓玫长江大学园艺园林学院荆州434023 中国农业科学院作物科学研究所国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程农业部北京大豆生物学重点实验室北京100081

Growth Regulating Factor (GRF)家族基因是一类植物特有的转录因子,广泛参与植物多个重要的发育过程。为了研究大豆中的GRF转录因子的功能,本研究从大豆‘天隆1号’品种中克隆获得全长为1 038 bp的cDNA序列,由于该序列的编码蛋白与拟南... 详细信息

Growth Regulating Factor (GRF)家族基因是一类植物特有的转录因子,广泛参与植物多个重要的发育过程。为了研究大豆中的GRF转录因子的功能,本研究从大豆‘天隆1号’品种中克隆获得全长为1 038 bp的cDNA序列,由于该序列的编码蛋白与拟南芥GRF5具有高度的相似性,因此将其命名为GmGRF5基因。通过RT-PCR进行组织部位表达分析,发现GmGRF5基因在大豆各个组织部位均有表达,且在花中的表达量最高。通过ExPASy-Protparam分析发现,该蛋白质的分子量为39.463 48 kD,是具有一定亲水性、不稳定的碱性蛋白。该蛋白含有GRF家族蛋白的两个保守功能域(QLQ和WRC)。利用SOPMA对该蛋白的二级结构预测,显示其主要由无规则卷曲(72.05%)、α-螺旋(13.83%)、延伸链区(9.8%)和β-转角(4.32%)组成。此外,还利用不同的生物信息学软件对其三级结构、跨膜域、亚细胞定位、互作蛋白进行了分析,并构建系统进化树。结果表明,Gm GRF5基因在进化过程中具有高度的保守性,在大豆中具有潜在的功能多样性。

关键词：大豆 GmGRF5 组织表达模式生物信息学分析

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水稻OsRLCK167基因的组织表达模式和生物信息学分析

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山东农业科学 2023年第5期55卷 8-14页

作者：马银花刘桃梅万天雪肖新波胡琼李萍芳段仁燕张斌金晨钟杜波湖南人文科技学院农业与生物技术学院湖南娄底417000 武汉大学生命科学学院/杂交水稻国家重点实验室湖北武汉430072

类受体胞质激酶(receptor-like cytoplasmic kinases,RLCKs)家族是一类特殊蛋白激酶,在植物生长和病原菌防御中发挥着重要的生物学功能。在对水稻RLCKⅥ家族成员OsRRK1基因的研究中发现水稻4号染色体上存在一个与其同源性特别高的基因,... 详细信息

类受体胞质激酶(receptor-like cytoplasmic kinases,RLCKs)家族是一类特殊蛋白激酶,在植物生长和病原菌防御中发挥着重要的生物学功能。在对水稻RLCKⅥ家族成员OsRRK1基因的研究中发现水稻4号染色体上存在一个与其同源性特别高的基因,即OsRLCK167(LOC_Os04g56060)。为了丰富类受体胞质激酶家族并探究水稻胞质受体激酶基因的作用,本研究利用ExPASy-Protparam、Protscale、CD-search等在线工具和DNAMAN软件对OsRLCK167基因进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术对OsRLCK167基因做组织表达模式分析。结果显示:OsRLCK167蛋白的分子量为43.77776 kD,为疏水性、不稳定的酸性蛋白;对该蛋白的二级结构进行预测,显示其主要由无规则卷曲(41.94%)、α-螺旋(35.29%)、延伸链(15.35%)和β-转角(7.42%)组成;该基因在水稻不同组织均有表达,且在叶鞘中的表达量最高。结果表明,OsRLCK167基因在进化过程中具有高度的保守性,在水稻中具有功能多样性。

关键词：水稻 OsRLCK167基因组织表达模式生物信息学分析

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杨树环化酶基因组织表达模式和蛋白定位

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湖南农业科学 2016年第10期 1-3页

作者：贾志刚夏德安李淑娟东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室黑龙江哈尔滨150040

半定量RT-PCR显示,毛果杨形成层、幼叶和顶芽中的Potri.006G237100转录产物极低,但在木质部、叶柄和根中其转录水平却较髙,在木质化茎节其转录产物也呈现高丰度积累,这表明Potri.006G237100在毛果杨木质化组织中特异地、高丰度转录表达... 详细信息

半定量RT-PCR显示,毛果杨形成层、幼叶和顶芽中的Potri.006G237100转录产物极低,但在木质部、叶柄和根中其转录水平却较髙,在木质化茎节其转录产物也呈现高丰度积累,这表明Potri.006G237100在毛果杨木质化组织中特异地、高丰度转录表达。实验构建p GWB5-Potri.006G237100载体,转化拟南芥、分子鉴定得到5个过量表达转基因植株,激光共聚焦分析显示融合蛋白Potri.006G237100-GFP定位在转基因植株的细胞质。

关键词：环化酶组织表达模式 Potri.006G237100 蛋白定位杨树

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中国南瓜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析

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生物技术通报 2025年第1期41卷 186-197页

作者：李彩霞李艺穆宏秀林俊轩白龙强孙美华苗妍秀山西农业大学园艺学院太谷030801 山西省设施蔬菜提质增效协同创新中心太谷030801

【目的】基于中国南瓜全基因组数据,鉴定中国南瓜bHLH转录因子家族成员并分析其理化性质和结构等,为中国南瓜bHLH转录因子家族的生物学功能研究提供理论支撑。【方法】利用NCBI和中国南瓜基因组数据库等对中国南瓜bHLH基因家族进行鉴定... 详细信息

【目的】基于中国南瓜全基因组数据,鉴定中国南瓜bHLH转录因子家族成员并分析其理化性质和结构等,为中国南瓜bHLH转录因子家族的生物学功能研究提供理论支撑。【方法】利用NCBI和中国南瓜基因组数据库等对中国南瓜bHLH基因家族进行鉴定,利用ExPASy ProtParam tool、DNAMAN和MAGA5.1等软件进行基本理化性质、系统进化、保守基序、启动子作用元件和表达模式等生物信息学分析。【结果】在中国南瓜全基因组中共鉴定出153个CmobHLHs基因,不均等地分布在20条染色体上。CmobHLH蛋白质含有91-897个氨基酸,理论等电点介于4.77-10.33;亚细胞定位预测表明有139个CmobHLH蛋白位于细胞核;系统进化分析将CmobHLH蛋白分为8个亚家族;保守基序(motif)预测结果表明,中国南瓜共含10条motif,其中motif1和motif2普遍存在于153个bHLH蛋白中。CmobHLHs在中国南瓜的各个部位均有表达,CmobHLH41、CmobHLH5、CmobHLH36和CmobHLH88分别在果实、叶片、茎和根中表达量最高;盐胁迫下,100个CmobHLHs基因表达量上调,49个CmobHLHs基因表达量下调。RT-q PCR结果表明盐胁迫下CmobHLH52和CmobHLH148基因表达量显著上调,而CmobHLH8、CmobHLH83、CmobHLH93和CmobHLH115基因表达量显著下调,与转录组结果基本一致。【结论】鉴定出153个CmobHLHs基因,家族成员在不同部位和盐胁迫下的表达模式存在差异,为挖掘南瓜bHLH转录因子在抗盐等方面的功能提供理论基础。

关键词：中国南瓜 bHLH 理化性质系统进化树组织表达模式盐胁迫表达模式

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烟草NtPsbS的亚细胞定位及编码基因表达模式分析

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华北农学报 2025年第2期40卷 49-55页

作者：范普晴周厚良宋杉杉林法明石永春王潇然王燃张小全河南农业大学烟草学院河南郑州450046 河南农业大学生命科学学院河南郑州450046 河南大学生命科学学院作物逆境适应与改良国家重点实验室河南开封475004

为了解PsbS蛋白在烟草中的表达特征,从烟草品种K326的cDNA中克隆了NtPsbS基因全长序列,利用DNAMAN软件对水稻、番茄、大豆等7种作物PsbS蛋白的氨基酸序列与NtPsbS蛋白的氨基酸序列进行比对,并使用MEGA 11软件采用邻接法建立系统发育树... 详细信息

为了解PsbS蛋白在烟草中的表达特征,从烟草品种K326的cDNA中克隆了NtPsbS基因全长序列,利用DNAMAN软件对水稻、番茄、大豆等7种作物PsbS蛋白的氨基酸序列与NtPsbS蛋白的氨基酸序列进行比对,并使用MEGA 11软件采用邻接法建立系统发育树对其进行遗传进化分析;利用qRT-PCR技术检测烟草不同生育时期NtPsbS基因的组织表达水平;构建pS1300-PsbS-GFP植物表达载体研究其成熟蛋白亚细胞定位特性;对烟草品种K326进行各类非生物胁迫处理,研究该基因在非生物胁迫条件下的表达模式。结果表明,NtPsbS基因全长825 bp,编码274个氨基酸;NtPsbS蛋白与番茄SlPsbS蛋白相似性最高,达到91%;NtPsbS在旺长期和成熟期烟草品种K326的叶、根、茎、种子等部位均有表达,在叶片中表达量最高;成熟NtPsbS蛋白定位于烟草叶绿体内;NtPsbS在盐胁迫、冷胁迫及脱落酸ABA处理下表达量均显著升高。综上所述,NtPsbS基因在不同生育时期的烟草叶片中表达量最高,对盐胁迫、冷胁迫及脱落酸ABA处理均有响应,说明该基因可能参与烟草体内抗盐、抗冷胁迫及ABA代谢通路,为后续开展NtPsbS基因的功能特性解析提供了参考。

关键词：普通烟草 PsbS基因亚细胞定位组织表达模式非生物胁迫

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