检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2023年第7期21卷 2211-2219页

作者：杨梅臧军蕊王召誉段新航刘家言刘学生肖汇川魏亚娇张攀东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

低温是限制苜蓿生长和产量的主要环境因素。黄花苜蓿抗低温能力强,是苜蓿育种中重要的抗性基因源。JAZ蛋白(Jasmonate ZIM Domain)作为茉莉素调控途径中的重要负调控因子,是消减茉莉素信号,实现作物生长与防御之间平衡的调节器。因此了... 详细信息

低温是限制苜蓿生长和产量的主要环境因素。黄花苜蓿抗低温能力强,是苜蓿育种中重要的抗性基因源。JAZ蛋白(Jasmonate ZIM Domain)作为茉莉素调控途径中的重要负调控因子,是消减茉莉素信号,实现作物生长与防御之间平衡的调节器。因此了解黄花苜蓿的抗低温能力具有重要的科学和生产意义。为此,本研究以呼伦贝尔黄花苜蓿(Medicago falcata ***)为试验材料,采用实时荧光定量PCR技术分析了转录组筛选出的15个JAZ基因在低温胁迫黄花苜蓿地上和地下组织中的表达模式。结果显示,这15个JAZ基因主要在黄花苜蓿地上组织中表达,在地上组织和地下组织中受低温胁迫12 h内上调表达,表明它们在调节黄花苜蓿低温耐受性的茉莉素信号中起着重要作用。研究结果有助于黄花苜蓿的抗低温候选基因的筛选,并为其研究耐低温分子机制提供依据。

关键词：黄花苜蓿低温胁迫表达模式分析实时荧光定量PCR

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甜菜BvnsLTP基因克隆及表达模式分析

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分子植物育种 2023年

作者：史荣华孙亚卿李宁宁张少英李国龙内蒙古农业大学农学院

甜菜(Beta vulgaris L.)是我国主要糖料作物之一，而干旱是制约甜菜产业发展的主要影响因素之一。本研究在前期转录组分析的基础上，为明确甜菜非特异性脂转移酶基因BvnsLTP在甜菜抗旱过程中的响应，从抗旱甜菜品种‘HI0466’中克隆获... 详细信息

甜菜(Beta vulgaris L.)是我国主要糖料作物之一，而干旱是制约甜菜产业发展的主要影响因素之一。本研究在前期转录组分析的基础上，为明确甜菜非特异性脂转移酶基因BvnsLTP在甜菜抗旱过程中的响应，从抗旱甜菜品种‘HI0466’中克隆获得该基因，然后进行生物信息学分析、亚细胞定位、系统进化及表达模式分析。结果表明，该基因的开放阅读框为653 bp，编码351个氨基酸，蛋白分子量约29.474 kD，理论等电点5.24。结构预测该蛋白属疏水蛋白，二级结构以α-螺旋及无规则卷曲为主。亚细胞定位显示其主要定位于细胞膜和细胞核。系统进化分析表明其与菠菜(Spinacia oleracea L.)、藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)等亲缘关系较近。表达模式分析表明该基因对干旱响应明显，且存在组织特异性，叶片对干旱响应显著。研究结果为后续深入研究BvnsLTP基因在抗旱调控中的作用提供了依据，为进一步开展甜菜抗旱种质创新和品种改良提供候选基因。

关键词：甜菜非特异性脂转移酶基因干旱胁迫表达模式分析

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小麦TaBTLs基因家族全基因组鉴定与表达模式分析

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云南农业大学学报（自然科学版） 2023年第2期38卷 181-190页

作者：车卓景凡丽苗永平张沛沛陈涛刘媛杨德龙甘肃农业大学生命科学技术学院甘肃兰州730070 甘肃省种子总站甘肃兰州730020 干旱生境作物学国家重点实验室甘肃兰州730070

【目的】鉴定和分析小麦TaBTLs基因家族成员。【方法】通过生物信息学方法,分析小麦TaBTLs家族成员的数量、生化性质、基因结构、共线性关系、系统进化关系和启动子顺式作用元件;利用小麦RNA-Seq数据,分析TaBTL基因在不同组织器官和发... 详细信息

【目的】鉴定和分析小麦TaBTLs基因家族成员。【方法】通过生物信息学方法,分析小麦TaBTLs家族成员的数量、生化性质、基因结构、共线性关系、系统进化关系和启动子顺式作用元件;利用小麦RNA-Seq数据,分析TaBTL基因在不同组织器官和发育时期的表达模式以及对非生物胁迫的响应水平。【结果】小麦共有35个TaBTLs基因家族成员,所有成员均含RING-H2和BZF保守结构域,相对分子量介于29.64~45.16 ku之间。TaBTLs基因分布在除2A、2B和2D染色体以外的所有染色体上,且各成员之间存在大量重复事件。不同物种间BTLs基因分为7个亚族。TaBTLs基因在启动子区域存在大量的植物生长发育和逆境响应顺式作用元件;该基因家族成员在不同的组织和器官中广泛表达,并且受盐和干旱胁迫诱导。【结论】研究结果为阐明TaBTLs基因家族的进化关系和进一步研究其家族成员的功能提供理论依据和前期工作基础。

关键词：小麦 TaBTLs 生物信息学重复事件表达模式分析

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水稻CNGCs家族的鉴定及非生物胁迫诱导表达模式分析

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分子植物育种 2023年第20期21卷 6625-6637页

作者：周棋胡琴杜雪竹巫燕飞盛锋湖北大学生命科学学院省部共建生物催化与酶工程国家重点实验室武汉430062

为了解水稻CNGCs家族成员的基因结构、进化特征、亚细胞定位、启动子顺式作用元件和生物学功能,本研究利用生物信息学的手段对水稻CNGCs家族进行鉴定,运用RT-qPCR的方法分析OsCNGCs在非生物胁迫下的诱导表达模式。结果表明,水稻共有16个... 详细信息

为了解水稻CNGCs家族成员的基因结构、进化特征、亚细胞定位、启动子顺式作用元件和生物学功能,本研究利用生物信息学的手段对水稻CNGCs家族进行鉴定,运用RT-qPCR的方法分析OsCNGCs在非生物胁迫下的诱导表达模式。结果表明,水稻共有16个CNGCs,分布在1、2、3、4、5、6、9和12号染色体上。进化树分析显示OsCNGCs可分为4个大组(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ和Ⅳ),而Ⅳ组可以细分为Ⅳ-A和Ⅳ-B 2个亚组。OsCNGCs启动子区域存在多种顺式调控元件,包括各种类型的光响应元件、厌氧诱导响应元件、逆境相关转录因子结合元件、防御和逆境响应元件、低温响应元件以及各种植物激素响应元件等,暗示OsCNGCs在响应多种激素和非生物胁迫中可能存在重要调控作用。多种非生物胁迫诱导表达分析表明,大多数OsCNGCs基因表现出明显的差异表达。本研究为解析CNGCs家族基因在水稻应对非生物胁迫中的功能提供了参考。

关键词：水稻环核苷酸门控离子通道生物信息学非生物胁迫表达模式分析

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棉花乙烯合成途径相关基因GhACO3的克隆及表达模式分析

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分子植物育种 2023年

作者：曾佳聪于月华倪志勇新疆农业大学生命科学学院新疆农业大学农学院

乙烯在植物生长发育和应对非生物胁迫等过程中发挥着重要作用。近年来，随着对乙烯生物合成途径相关基因及其调控机理的深入研究，利用乙烯途径可以有效提高棉花抗旱耐盐能力。为了探究乙烯合成途径在棉花抗旱耐盐中的作用机制，本研究... 详细信息

乙烯在植物生长发育和应对非生物胁迫等过程中发挥着重要作用。近年来，随着对乙烯生物合成途径相关基因及其调控机理的深入研究，利用乙烯途径可以有效提高棉花抗旱耐盐能力。为了探究乙烯合成途径在棉花抗旱耐盐中的作用机制，本研究从陆地棉中克隆了1个乙烯合成途径的相关基因，命名为GhACO3 (CottonFGD登录号: Gohir.D05G371600)。序列分析显示GhACO3基因cDNA全长为1109 bp，含有1个732 bp的开放阅读框。生物信息学分析显示，该蛋白原子总量为15265，分子式为C4849H7617N1319O1441S39，由993个氨基酸组成，分子量约108.699 kDa，理论等电点约7.30，脂溶性指数为20.6，不稳定系数为35.47，推测其为稳定蛋白。NCBI在线结构域预测分析表明GhACO3的71-993氨基酸含有一个特异性保守结构域PLN00030，属于PLN00030超家族。蛋白亲水性分析预测GhACO3为亲水性蛋白，存在信号肽，无跨膜结构。二三级结构预测表明该蛋白的结构主要为α螺旋和无规卷曲。系统进化关系表明GhACO3蛋白与达尔文棉Gossypium darwinii (TYH21144.1)的同源性最高。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析表明在脱落酸(ABA)、干旱和高盐处理后，GhACO3的表达量均有不同程度的响应：在ABA处理2 h和4 h后，GhACO3表达量迅速上调，6 h和12 h后迅速下调，在处理24 h后表达量达到峰值；在干旱胁迫处理后，GhACO3的表达量持续显著上调，24 h后急剧上调至峰值；在盐胁迫处理后，GhACO3的表达量先缓慢下调，随后显著上调，暗示棉花GhACO3基因与棉花抗逆有关。本研究为深入探究棉花抗逆机制提供一定的参考。

关键词：乙烯陆地棉基因克隆表达模式分析

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杜仲CONSTANS-like全基因组鉴定、系统进化及表达模式分析

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浙江农林大学学报 2022年第3期39卷 475-485页

作者：刘俊李龙陈玉龙刘燕吴耀松任闪闪河南中医药大学中医药科学院河南省中医方证信号传导重点实验室河南郑州450046 国际竹藤中心国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102 国际竹藤中心安徽太平试验中心安徽黄山245700 西北农林科技大学林学院陕西杨凌712100

【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲... 详细信息

【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲基因组中共鉴定到8个EuCOLs基因,分别命名为EuCOL1~EuCOL8,氨基酸数目为315~469,理论等电点分布范围为5.10~6.47,分子量为35.21~52.65 kDa。亚细胞定位预测均定位在细胞核中,为亲水性蛋白,分布于8条染色体。系统进化分为2个亚家族(群组Ⅰ和群组Ⅲ),分别包含2和6个EuCOLs蛋白,同一亚家族基序具有相似性。EuCOLs基因结构简单,启动子中含有多个光周期响应元件。表达模式分析显示:EuCOLs在杜仲叶片发育中表达水平相对较低,EuCOL7在杜仲胶形成中表达量最高,各家族成员表达特征存在差异。蛋白互作预测显示:EuCOL7可与多个光周期响应蛋白互作。【结论】杜仲CONSTANS-like基因家族含有典型的CCT和B-box结构域,可能参与叶片发育及杜仲胶的形成。

关键词：杜仲 CONSTANS-like 生物信息学表达模式分析

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水曲柳FmPDK1基因克隆及表达模式分析

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分子植物育种 2022年第16期20卷 5221-5228页

作者：刘璋赵兴堂于磊詹亚光张旭东北林业大学生命科学学院哈尔滨150040

3-磷酸肌苷依赖性蛋白激酶1(PDK1)是一种高度保守的真核细胞激酶,是许多AGC激酶亚家族成员的核心调控因子。通过其对AGC激酶的调控进而控制许多基本细胞过程。本研究克隆获得了水曲柳PDK1的基因序列全长,将其命名为Fm PDK1(已上传至NCB... 详细信息

3-磷酸肌苷依赖性蛋白激酶1(PDK1)是一种高度保守的真核细胞激酶,是许多AGC激酶亚家族成员的核心调控因子。通过其对AGC激酶的调控进而控制许多基本细胞过程。本研究克隆获得了水曲柳PDK1的基因序列全长,将其命名为Fm PDK1(已上传至NCBI基因库,NCBI序列号:MG356659)。水曲柳Fm PDK1全长1470 bp,编码481个氨基酸;该基因内部有完整的open reading frame(ORF),存在螺旋-环-螺旋结构;亲水性不稳定蛋白;不存在信号肽,具有跨膜能力;亚细胞定位预测该蛋白最可能定位于细胞核内;水曲柳Fm PDK1与芝麻(Sesamum indicum XP_011094484.1)亲缘关系最近,同源性为83.9%;4℃低温处理下,Fm PDK1的表达量发生显著变化;100 mmol/L NaCl处理下,Fm PDK1的表达量也发生了变化但是并不显著,脱落酸(ABA)和赤霉素(GA)以及IAA(生长素)三种激素诱导下,Fm PDK1表达量均变化显著。水曲柳Fm PDK1对寒冷、盐等非生物胁迫以及激素信号做出了应答,有望为进一步研究水曲柳AGC激酶亚家族成员中PDK1基因的特性及功能提供科学依据。

关键词：水曲柳 PDK1蛋白激酶基因克隆生物信息分析表达模式分析

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紫花苜蓿pPLA基因家族的生物信息学及表达模式分析

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草原与草坪 2024年

作者：胥通玉岳炜楠李玉珠苗佳敏甘肃农业大学草业学院草业生态系统教育部重点实验室甘肃省草业工程实验室中-美草地畜牧业可持续发展研究中心

【目的】分析紫花苜蓿pPLA基因家族的生物信息学及表达模式，筛选诱导紫花苜蓿单倍体的候选pPLA基因。【方法】利用紫花苜蓿基因组数据库及多种生物信息学软件对MspPLA基因家族进行鉴定和分析，并利用qRT-PCR分析了其在不同器官中的表... 详细信息

【目的】分析紫花苜蓿pPLA基因家族的生物信息学及表达模式，筛选诱导紫花苜蓿单倍体的候选pPLA基因。【方法】利用紫花苜蓿基因组数据库及多种生物信息学软件对MspPLA基因家族进行鉴定和分析，并利用qRT-PCR分析了其在不同器官中的表达模式，通过进化树和表达模式分析，获得诱导紫花苜蓿单倍体的候选pPLA基因。【结果】（1）从紫花苜蓿基因组数据库中筛选并鉴定到12个MspPLA基因，他们分布于不同的染色体中；（2）在12个MspPLA蛋白中，11个为稳定性亲水蛋白，亚细胞定位显示2/3的pPLA蛋白定位于叶绿体中；MspPLA家族共含有10个Motifs，除了MspPLA6外，其余蛋白均含有7个保守的Motifs，且MspPLA1/2/4/12含有特异的Motif7；MspPLA家族含有4个pPLA 保守结构域；系统进化分析将其分为三个亚组，且MspPLA1/2/4/12与其他物种中能诱导单倍体的pPLA蛋白聚为一类；（3）qRT-PCR分析显示，多数MspPLA基因（包括MspPLA1/2/3/4/5/6/7/9/12）在花序和荚果中有较高的相对表达量，MspPLA8/11和MspPLA10分别在根和叶片中的相对表达量最高。【结论】结合系统进化和表达模式分析，可将MspPLA1/2/4/12作为诱导紫花苜蓿单倍体的候选基因。本研究为pPLA基因诱导的紫花苜蓿单倍体育种奠定了基础。

关键词：紫花苜蓿 pPLA基因家族生物信息学分析表达模式分析

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木薯铵转运蛋白基因MeAMT2.6的克隆及表达模式分析

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分子植物育种 2022年第6期20卷 1748-1754页

作者：夏金泽刘银弟王太行朱云峰江行玉周扬海南大学热带作物学院海南省耐盐作物生物技术重点实验室海口570228 海南大学园艺学院海南省热带园艺作物品质调控重点实验室海口570228

本研究通过木薯基因组数据库中BLAST筛选得到铵转运蛋白基因MeAMT2.6,采用PCR技术克隆该基因,测序显示该基因CDS全长1 473 bp,编码490个氨基酸,蛋白分子量为52.72 kD,分子式为C_(2451)H_(3727)N_(599)O_(650)S_(23),原子总数7 450,理论... 详细信息

本研究通过木薯基因组数据库中BLAST筛选得到铵转运蛋白基因MeAMT2.6,采用PCR技术克隆该基因,测序显示该基因CDS全长1 473 bp,编码490个氨基酸,蛋白分子量为52.72 kD,分子式为C_(2451)H_(3727)N_(599)O_(650)S_(23),原子总数7 450,理论等电点为6.54,不稳定指数为35.77,属于稳定蛋白。该蛋白含有11个跨膜区,其二级结构共有四种构象,以α-螺旋和无规则卷曲为主。进化树分析得知MeAMT2.6与巴西橡胶树HbAMT2.6亲缘关系最近。表达模式分析发现,低铵可以诱导木薯根和茎中MeAMT2.6基因的表达。本研究为进一步研究MeAMT2.6的功能提供理论基础,为研究木薯氮高效利用提供理论依据。

关键词：木薯(Manihot esculenta Crantz) 铵转运蛋白 MeAMT2.6 基因克隆表达模式分析

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灰毡毛忍冬bZIP25基因的克隆及其表达模式分析

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中南药学 2024年第2期22卷 335-340页

作者：王珊曾娟谢瑜周日宝刘湘丹童巧珍龙雨青陈言刘小丽湖南中医药大学第二附属医院长沙410005 湖南中医药大学药学院长沙410208 湘产大宗道地药材种质资源及规范化种植重点研究室长沙410208 湖南省普通高等学校中药现代化研究重点实验室长沙410208 焦作市产品质量检验检测中心河南焦作454000

目的克隆灰毡毛忍冬bZIP25基因序列全长,并进行生信分析及表达模式分析,以初步探索其在灰毡毛忍冬中的生物学功能。方法通过逆转录PCR技术克隆bZIP25基因的序列全长,采用生物信息学分析方法对bZIP25及其编码的蛋白进行分析。运用实时荧... 详细信息

目的克隆灰毡毛忍冬bZIP25基因序列全长,并进行生信分析及表达模式分析,以初步探索其在灰毡毛忍冬中的生物学功能。方法通过逆转录PCR技术克隆bZIP25基因的序列全长,采用生物信息学分析方法对bZIP25及其编码的蛋白进行分析。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术测定其在茎、叶及七个花期花中的表达水平。结果克隆得到LmbZIP25基因(OR551766),其编码191个氨基酸,具有典型的bZIP家族结构,在bZIP结构域中与其他植物同源性较高。LmbZIP25基因具有组织特异性,在茎中的表达量显著高于花和叶,在七个花期中黄色花蕾期的表达量最高。结论克隆得到LmbZIP25基因全长,分析其在不同器官和不同花期的表达差异,为进一步探索其在灰毡毛忍冬中花发育中的功能奠定了研究基础。

关键词：灰毡毛忍冬 bZIP25 基因克隆生物信息学分析表达模式分析

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