检索结果-内蒙古大学图书馆

北京林业大学学报 2023年第5期45卷 35-46页

作者：杨宁杨雄李国雷陈仲北京林业大学林学院省部共建森林培育与保护教育部重点实验室北京100083

【目的】蔗糖转化酶作为植物蔗糖代谢过程中的关键酶,在植物生长发育过程中发挥着重要作用。本研究对毛白杨碱性/中性转化酶基因PtoNIN1进行同源基因克隆、生物信息学分析、基因表达分析和遗传转化研究,以期为进一步揭示毛白杨蔗糖代谢... 详细信息

【目的】蔗糖转化酶作为植物蔗糖代谢过程中的关键酶,在植物生长发育过程中发挥着重要作用。本研究对毛白杨碱性/中性转化酶基因PtoNIN1进行同源基因克隆、生物信息学分析、基因表达分析和遗传转化研究,以期为进一步揭示毛白杨蔗糖代谢调控过程奠定基础。【方法】基于毛果杨同源基因PtrNIN1对毛白杨碱性/中性转化酶成员PtoNIN1进行同源克隆和生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR的方法对不同组织部位(根、茎、叶和成熟叶)和不同发育时期下雌雄花芽中PtoNIN1的基因表达量进行分析,同时构建过表达载体,并对模式植物拟南芥开展遗传转化研究。【结果】PtoNIN1的编码区长度为2073 bp,共编码690个氨基酸,蛋白分子量为77.80 kDa,含有糖苷酶超家族100(glycosyl-hydrolase-100 superfamily)的特征结构域,类属于线粒体型的转化酶成员,在根、茎、叶以及成熟叶和雌雄花芽中均具有明显表达,且随着雌雄花芽的发育呈现先下降后保持稳定的表达趋势。拟南芥遗传转化研究表明:PtoNIN1的过表达显著增加了转基因植株莲座叶、茎及角果的鲜质量,提高了茎及角果中蔗糖的含量,同时也提高了蔗糖代谢通路其他关键基因的表达。【结论】毛白杨PtoNIN1属于线粒体型转化酶家族成员,在毛白杨各个组织部位均具有明显表达,且在雌雄花芽的发育前期具有特异地高表达,在拟南芥中过表达PtoNIN1可显著增加生物量。该研究为杨树转化酶成员功能验证提供了借鉴,为揭示杨树蔗糖代谢过程奠定了基础。

关键词：毛白杨碱性/中性转化酶基因克隆表达模式分析遗传转化

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烟草TCP基因家族的鉴定及表达分析

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生物技术通报 2023年第6期39卷 248-258页

作者：张路阳韩文龙徐晓雯姚健李芳芳田效园张智强河南农业大学烟草学院郑州450002 河南省烟草公司许昌市公司许昌461000 中国烟草总公司河南省公司郑州450002

TCP基因是植物特有的转录因子,对植物的生长发育起到重要的作用。鉴定烟草TCP基因家族,为烟草TCP基因功能研究及遗传改良提供理论依据。基于烟草全基因组数据,通过BLAST对烟草TCP基因家族进行鉴定,利用生物信息学的方法分析了该家族成... 详细信息

TCP基因是植物特有的转录因子,对植物的生长发育起到重要的作用。鉴定烟草TCP基因家族,为烟草TCP基因功能研究及遗传改良提供理论依据。基于烟草全基因组数据,通过BLAST对烟草TCP基因家族进行鉴定,利用生物信息学的方法分析了该家族成员的理化性质、基因结构、蛋白质结构域、染色体分布、系统进化及启动子分析,并利用RT-qPCR验证了TCP基因家族在烤烟不同品种各个组织的表达情况。烟草中共鉴定了20个TCP基因,将其分为两大类Class Ⅰ与Class Ⅱ;已知的TCP基因位于不同的染色体上且分布不均匀,所有TCP基因均具有保守的结构域;TCP基因家族启动子区域显著富集生长发育和激素响应的顺式元件,部分TCP基因还具有低温胁迫的作用元件;20个NtTCPs基因在K326和Ti706不同组织和不同时期叶片内存在不同程度的表达,NtTCPs基因在烟草K326和Ti706中的表达具有组织特异性。其中Class Ⅰ亚族基因在6个组织和苗期叶片内表达水平较高,而Class Ⅱ亚族基因在幼苗叶片、上部叶和中部叶表达水平较高。研究结果揭示了烟草TCP基因家族成员在烟草生长发育过程中起到重要作用,为探究烟草TCP基因家族的生物学功能提供了基础。

关键词：烟草 TCP基因全基因组鉴定生物信息学组织差异表达模式分析荧光定量PCR

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甜樱桃RALF多肽家族的全基因组鉴定及表达分析

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江苏农业学报 2024年第9期40卷 1739-1748页

作者：任恒祎李雅慧朱秀秀许润哲张慧君李虎刘春范玉朋刘杰王继源淮北师范大学/安徽省西瓜甜瓜生物育种工程研究中心安徽淮北235000

本研究以甜樱桃(Prunus avium L.)为试验材料,采用生物信息学分析的方法探究信号多肽快速碱化因子(RALF)家族,从甜樱桃全基因组数据库中鉴定到14个RALF相关基因,系统命名为PavRALF1~PavRALF14,从基因家族鉴定、结构分析、进化关系、保... 详细信息

本研究以甜樱桃(Prunus avium L.)为试验材料,采用生物信息学分析的方法探究信号多肽快速碱化因子(RALF)家族,从甜樱桃全基因组数据库中鉴定到14个RALF相关基因,系统命名为PavRALF1~PavRALF14,从基因家族鉴定、结构分析、进化关系、保守基序和顺式作用元件等方面,对甜樱桃RALF基因进行系统鉴定分析,并分析基因在不同组织中的相对表达量。结果表明,甜樱桃RALF家族均属于疏水蛋白质,与桃(Prunus persica)RALF基因共线性关系较多,亲缘性较近,在启动子区域存在多种与植物激素和应激相关的顺式作用元件。系统进化树将RALF基因分为5个亚家族。表达特性分析结果显示,各基因成员在花、茎、叶和果实中均存在不同程度的表达。本研究结果有助于深入研究甜樱桃RALF基因家族的生物学功能以及RALF基因在甜樱桃生长发育过程中可能发挥的作用。

关键词：甜樱桃快速碱化因子(RALF) 基因家族鉴定生物信息学表达模式分析

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大豆IGT基因家族的全基因组鉴定及组织表达分析

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浙江农林大学学报 2025年第1期42卷 64-73页

作者：陈梦瑶胡怡然郑志富潘天浙江农林大学现代农学院浙江杭州311300

【目的】利用生物信息学方法对大豆‘天隆1号’Glycine max ‘Tianlong 1’ IGT基因家族进行全基因组鉴定,探究IGT基因家族在大豆中的潜在功能。【方法】通过对大豆‘天隆1号’IGT蛋白结构域进行BLASTP搜索,确定GmIGTs;以生物信息学方... 详细信息

【目的】利用生物信息学方法对大豆‘天隆1号’Glycine max ‘Tianlong 1’ IGT基因家族进行全基因组鉴定,探究IGT基因家族在大豆中的潜在功能。【方法】通过对大豆‘天隆1号’IGT蛋白结构域进行BLASTP搜索,确定GmIGTs;以生物信息学方法分析其进化关系、基因结构、保守基序、顺式作用元件、共线性关系,以及在不同组织部位表达模式。【结果】共鉴定出17个GmIGT基因,并根据其系统发育关系将其分为4个分支:TAC、IGT-like、DRO和LAZY。蛋白质保守基序分析发现:‘天隆1号’IGT蛋白均含有Motif2。染色体定位和共线性分析显示:GmIGT不均匀地定位在11条染色体上,并且片段复制可能在GmIGT基因的扩张中发挥了重要作用。顺式作用元件分析表明:GmIGT的表达可能与光响应、生理响应、植物激素响应和胁迫等相关。此外,实时荧光定量聚合酶链式反应分析表明:GmIGT基因具有明显的组织特异表达特点,GmIGT4在所有组织中表达量都相对较高,GmIGT4、GmIGT10与GmIGT17在茎与叶柄中高度表达。【结论】GmIGT基因可能在塑造大豆‘天隆1号’株型中发挥某些潜在作用,GmIGT4、GmIGT10与GmIGT17可能为该过程中的核心基因。

关键词：大豆‘天隆1号’ 株型 IGT基因家族表达模式分析

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普通烟草NtIAA13b基因的克隆及功能分析

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烟草科技 2023年第8期56卷 12-19页

作者：喻奇伟朱紫童何轶曹廷茂康俊罗贞宝李磊磊戴彬李鹏志高冬冬吴学巧贾宏昉贵州省烟草公司毕节市公司贵州省毕节市551700 河南农业大学烟草学院郑州市450002

为探究生长素诱导相关基因NtIAA13在烟草钾吸收与利用中的作用,以烟草K326的cDNA为模板,克隆了一个全长879 bp,编码292个氨基酸的基因,并将该基因命名为NtIAA13b。采用qRT-PCR和亚细胞定位等生物技术对NtIAA13b基因在不同组织和不同非... 详细信息

为探究生长素诱导相关基因NtIAA13在烟草钾吸收与利用中的作用,以烟草K326的cDNA为模板,克隆了一个全长879 bp,编码292个氨基酸的基因,并将该基因命名为NtIAA13b。采用qRT-PCR和亚细胞定位等生物技术对NtIAA13b基因在不同组织和不同非生物胁迫条件下的表达特性进行分析,通过转基因技术获得NtIAA13b基因过量表达株系并验证其生理功能。结果表明,NtIAA13b基因所编码的蛋白质相对分子质量为31.71 kD,理论等电点(pI)为6.48。NtIAA13b基因的启动子区包含生长素响应元件TGA-element、赤霉素响应元件P-box和参与厌氧诱导的调控元件ARE等。亚细胞定位的结果显示,该蛋白定位于细胞核。系统进化树结果表明,NtIAA13b和番茄SlIAA13亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果表明,NtIAA13b基因在根中的表达水平最高,其次为茎,叶中表达水平最低。在正常供钾条件下,过量表达株系叶片的钾含量极显著增加。NtIAA13b基因与烟草响应低钾胁迫有关,可能参与了烟草钾的吸收与利用。

关键词：普通烟草 NtIAA13b 基因克隆表达模式分析

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大麦DUF668家族基因鉴定及表达分析

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麦类作物学报 2024年第2期44卷 158-168页

作者：王月雪母景娇王孜逸耿梓瀚倪守飞刘梦迪蔡倩赵彦宏王艳芳鲁东大学农学院山东烟台264025 鲁东大学生命科学学院山东烟台264025

DUF668家族基因对植物逆境胁迫响应有重要作用。为探讨大麦DUF668家族基因的结构及表达模式,采用生物信息学的方法对大麦DUF668基因结构、蛋白结构、系统进化树、共线性及表达模式进行了分析。结果显示,供试大麦中共鉴定出9个DUF668基因... 详细信息

DUF668家族基因对植物逆境胁迫响应有重要作用。为探讨大麦DUF668家族基因的结构及表达模式,采用生物信息学的方法对大麦DUF668基因结构、蛋白结构、系统进化树、共线性及表达模式进行了分析。结果显示,供试大麦中共鉴定出9个DUF668基因,分布在5条染色体上。系统发育进化树将9个DUF668基因分为三个亚组,第Ⅰ亚组包括HvDUF668-01、HvDUF668-02和HvDUF668-09,内含子数量较多,均有11个内含子;第Ⅲ亚组包括HvDUF668-04、HvDUF668-05、HvDUF668-07和HvDUF668-08,内含子数0~3个,其中HvDUF668-04与HvDUF668-05没有内含子;第Ⅱ亚组包括HvDUF668-03和HvDUF668-06,内含子数量(9和7)介于第Ⅰ亚组和第Ⅲ亚组之间。蛋白保守基序分析表明,9个蛋白均含有DUF668保守结构域的特征序列及DUF3475保守结构域的特征序列(HvDUF668-06除外);第Ⅰ亚组蛋白的Motif数量(8~10个)比第Ⅱ、Ⅲ亚组(4~6个)多,且包含第Ⅱ、Ⅲ亚组中的所有Motif。表达谱分析表明,不同DUF668基因在不同组织和发育时期的表达量存在差异,HvDUF668-09在颖果中的表达量随着颖果的发育而升高,而HvDUF668-01和HvDUF668-02则相反;HvDUF668-01和HvDUF668-02在花序中的表达量随着花序的发育而升高。qRT-PCR结果显示,受黄矮病病毒侵染大麦幼苗与未受侵染幼苗相比,HvDUF668-04、HvDUF668-05和HvDUF668-08表达量提高了100~180倍。

关键词：大麦 DUF668家族基因生物信息学逆境胁迫表达模式分析

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藏药多刺绿绒蒿14-3-3基因家族的鉴定及生物信息学分析

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分子植物育种 2025年第1期23卷 223-236页

作者：平措热旦多杰切毛王海霞东主南加洛桑东智李萍孙胜男赵成周西藏那曲市藏医院那曲852000 尼玛县藏医院那曲852600 青海大学国家大学科技园西宁810016 青海大学藏医学院西宁810016

为研究14-3-3基因家族在藏药多刺绿绒蒿毛状体的形成及生物碱积累中的作用,本研究基于全长转录组测序数据,鉴定了多刺绿绒蒿14-3-3基因家族,并对编码蛋白的理化性质、保守结构域、高级结构和进化关系等进行生物信息学分析。结果表明:多... 详细信息

为研究14-3-3基因家族在藏药多刺绿绒蒿毛状体的形成及生物碱积累中的作用,本研究基于全长转录组测序数据,鉴定了多刺绿绒蒿14-3-3基因家族,并对编码蛋白的理化性质、保守结构域、高级结构和进化关系等进行生物信息学分析。结果表明:多刺绿绒蒿植物中具有完整蛋白编码区(coding sequence,CDS)的14-3-3家族成员共24个,这些蛋白的氨基酸数目在113~263之间,等电点在4.70~5.22之间,分子量分布在12.81~29.74 k D,二级结构主要以α-螺旋为主,三级结构高度保守;亚细胞定位预测显示该家族成员主要分布在细胞质上;系统进化树分析表明,多刺绿绒蒿14-3-3蛋白与罂粟科植物中罂粟、博落回进化关系最近。启动子顺式作用元件分析表明多刺绿绒蒿14-3-3可能受到激素信号、光信号和逆境信号途径的调节。蛋白互作预测发现多刺绿绒蒿14-3-3蛋白能够与HSF和ADF蛋白家族成员互作。本研究可为进一步从分子遗传学方面深入研究这些基因的详细功能和发挥功能的机制提供基础。

关键词： 14-3-3基因家族多刺绿绒蒿生物信息学基因家族分析表达模式分析

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大麦FKBP基因家族的鉴定与表达分析

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分子植物育种 2025年

作者：王月雪母景娇耿梓瀚王孜逸王艳芳赵彦宏鲁东大学农学院鲁东大学生命科学学院

FK506结合蛋白(FK506-binding proteins， FKBP)是免疫抑制剂FK506和雷帕霉素的受体蛋白，是一类高度保守的基因家族，在植物的生长发育及逆境胁迫中扮演着重要角色。本研究利用生物信息学的方法在大麦中鉴定出17个大麦HvFKBP基因，根... 详细信息

FK506结合蛋白(FK506-binding proteins， FKBP)是免疫抑制剂FK506和雷帕霉素的受体蛋白，是一类高度保守的基因家族，在植物的生长发育及逆境胁迫中扮演着重要角色。本研究利用生物信息学的方法在大麦中鉴定出17个大麦HvFKBP基因，根据其在染色体上的位置对其进行命名；进化树分析表明这些成员可分为3个亚组；大麦HvFKBP基因分析结果显示第Ⅰ亚组的内含子数量最多(5～11个)，第Ⅱ亚组内含子数量为3～10个，而第Ⅲ亚组的数量则是最少的(1～8个)；蛋白保守基序结果表明各亚组间具有类似的基序数量及排列方式；转录组数据分析表明HvFKBP在大麦不同组织中的表达具有差异性，HvFKBP13和HvFKBP14在8个组织中均有较高的表达，而HvFKBP11的表达量极低或者是不表达；盐胁迫处理后，上调表达最明显(1.16)及下调表达最明显((-0.59)的基因均位于根分生区)。大麦HvFKBP基因家族的鉴定为深入研究大麦生长发育和响应胁迫中的分子机制提供一定的有益参考。

关键词：大麦 FKBP基因家族生物信息学表达模式分析

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玉米大斑病菌转录因子基因StbZIP9的克隆、表达分析及其下游靶基因的筛选

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华北农学报 2023年第5期38卷 158-165页

作者：王茂存曹嘉伟周贺贾明轩魏淑珍巩校东刘玉卫谷守芹董金皋河北农业大学生命科学学院河北省植物生理与分子病理学重点实验室河北省农业微生物生物信息利用技术创新中心河北保定071001 衡水学院河北省湿地生态与保护重点实验室河北省湿地保护与绿色发展协同创新中心河北衡水053010

碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子蛋白是一类在动植物及微生物中结构和功能均具有保守性的转录调控因子,为明确bZIP类转录因子在植物病原真菌中的功能及作用机制,进一步确定其与病菌生长发育及致病性的关系,以玉米大斑病菌01-23为材料克隆... 详细信息

碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子蛋白是一类在动植物及微生物中结构和功能均具有保守性的转录调控因子,为明确bZIP类转录因子在植物病原真菌中的功能及作用机制,进一步确定其与病菌生长发育及致病性的关系,以玉米大斑病菌01-23为材料克隆得到了StbZIP9基因(GenBank ***_008032179.1),StbZIP9是bZIP转录因子家族成员之一,对该基因结构及蛋白质特征分析结果显示,该基因全长788 bp,开放阅读框为726 bp,编码241个氨基酸,其编码蛋白包含一个在真菌中高度保守的同源结构域BRLZ;对该基因在病菌生长发育及侵染宿主过程的RNA-seq数据进行分析,发现与菌丝时期相比StbZIP9在附着胞和芽管时期表达量升高2~4倍,在侵染玉米叶片24,72 h后基因表达从无到有且持续升高,表明StbZIP9与附着胞发育和芽管形成相关联并在病菌侵染宿主细胞过程中发挥重要作用;进一步利用生物信息学技术预测其结合保守基序及调控的靶基因,结合基序为NNTWACGTNN,包含bZIP类转录因子识别核心序列ACGT,并根据该序列预测StbZIP9下游靶基因,结合RNA-seq数据进行表达模式分析得到4个下游靶基因(JGI数据库中蛋白ID分别为:132893、163024、162798、40466),功能注释表明,其参与细胞壁组分聚合和运输、侵染宿主、孢子休眠等多种生物过程。为进一步阐明其在参与调控病菌侵染寄主的分子机制提供依据。

关键词：玉米大斑病菌转录因子基因克隆表达模式分析靶基因筛选

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莲雾调控开花基因SsSOC1的克隆及表达分析

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热带作物学报 2025年第3期46卷 553-562页

作者：杨胤延孙东宇蔡昕成胡志群吴国麟周碧燕农业农村部华南地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/华南农业大学园艺学院广东广州510642 珠海市现代农业发展中心广东珠海519000

SOC1(SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CONSTANS 1)是植物中的一个开花时间调节因子,属于MADS-box转录因子家族,在植物从营养生长向生殖生长的转变中发挥关键作用。SOC1参与多种生物过程,包括花器官发育、开花时间控制以及对环境刺激... 详细信息

SOC1(SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CONSTANS 1)是植物中的一个开花时间调节因子,属于MADS-box转录因子家族,在植物从营养生长向生殖生长的转变中发挥关键作用。SOC1参与多种生物过程,包括花器官发育、开花时间控制以及对环境刺激和激素信号的响应。本研究通过遮荫和喷施乐斯本的方式对莲雾进行催花处理,统计处理后的叶芽和花芽数量以及成花枝率,同时,利用课题组现有的莲雾转录组进行分析,筛选出调控莲雾开花的候选基因SsSOC1,并通过实时荧光定量PCR技术研究遮荫处理和喷施乐斯本药剂处理下莲雾不同时期和组织中SsSOC1表达量的差异。结果显示:经过遮荫处理的莲雾树体芽点、叶片、叶尖以及叶柄中的SsSOC1基因表达量显著增加,其中叶尖的相对表达量最高。本研究成功克隆了莲雾黑糖芭比品种的SsSOC1基因,并利用生物信息学方法对其进行启动子分析、蛋白理化性质分析、保守功能域的预测和序列比对。结果表明:SsSOC1基因的开放阅读框长度为654 bp,共编码217个氨基酸,其编码蛋白的理论等电点为9.37,分子式为C_(1076)H_(1794)N_(322)O_(334)S_(10),分子量为24.91kDa,带正电荷氨基酸残基总数(Lys+Arg)为40,带负电荷氨基酸残基总数(Asp+Glu)为32,脂肪系数为80.64,总平均亲水性系数(GRAVY)为–0.729,不稳定系数为66.17;莲雾SsSOC1蛋白结构不含β-折叠,不属于分泌蛋白与膜结构蛋白,亚细胞定位显示其主要存在于细胞核中,属于不稳定的亲水性碱性蛋白,该蛋白具有MADS_MEF2_like和K-Box保守结构域,同时隶属于MADS超级家族和K-Box超级家族,该结构域的起止氨基酸位点为第3~75位和第88~171位,符合MADS蛋白家族与K-Box家族的典型结构特征;系统进化树分析显示,莲雾SsSOC1序列与油叶蒲桃的同源性最高;通过花序侵染法将SsSOC1基因转化拟南芥,发现35S::SsSOC1表现出早花表型,莲座叶数量比野生型要少。本研究初步确定了SsSOC1基因在成花方面的重要作用,并揭示莲雾遮荫与成花相关的内在调控机理,为莲雾生产提供指导意义,以及为莲雾反季节栽培技术改良提供理论依据。

关键词：莲雾成花 SsSOC1 基因克隆转录活性分析表达模式分析

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