检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2010年第12期32卷 1296-1303页

作者：陈丹张雯朱智东黄银王平周贝贝杨晓楠肖华胜张庆华上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室上海200025 生物芯片上海国家工程研究中心上海201203 国家人类基因组南方研究中心上海201203 上海交通大学医学院基础医学院病理教研室上海200025

文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计... 详细信息

文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计,并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA,超声打断后末端补平并磷酸化,连接SOLiD接头,回收150bp～200bp的DNA片段,与靶序列探针杂交捕获目标序列,油包水微乳滴PCR扩增后,磁珠分离富集,上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价,或正式测序反应。结果显示对所包含的11147个基因外显子片段设计出并合成了46509个捕捉探针,制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段,定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%,覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行,可直接用于SOLiD测序仪的测序。

关键词：靶序列捕获第二代测序液相杂交油包水PCR

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结核分枝杆菌Mtub-39位点多态性与下游基因表达关系的研究

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上海交通大学学报（医学版） 2012年第11期32卷 1415-1420页

作者：周爱萍徐志弘孙青姚玉峰吴兴福上海交通大学基础医学院病原生物学教研室上海200025 西藏民族学院医学院咸阳712082 苏州市第五人民医院检验科苏州215007

目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻... 详细信息

目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻基因启动子区域。通过PCR方法扩增该区域并与分枝杆菌启动子探针载体pMC210连接,重组质粒测序正确后,用电穿孔方法转化耻垢分枝杆菌mc2155。采用Real-Time PCR技术检测报告基因lacZ的转录水平,验证MIRU位点多态性对其下游基因表达的影响。结果 Mtub-39位点核心区域内含有其下游基因的启动子。成功构建了分别带有1、3、5个拷贝重复序列的Mtub-39位点的重组质粒。Real-Time PCR结果显示,有多态性的Mtub-39位点(pMC210-Mtub-39-N158、pMC210-Mtub-39-N139及pMC210-Mtub-39-N146)对报告基因lacZ的转录调控差异有统计学意义(P=0.006 5)。结论 Mtub-39位点的多态性能明显影响下游基因启动子的活性进而调节其表达。

关键词：结核分枝杆菌 MTB散在分布重复单位位点 pMC210 启动子

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华支睾吸虫钙结合蛋白Cs16的重组表达及血清诊断应用的初步评价

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2018年第3期36卷 275-279,285页

作者：濮珏彪唐莉莉殷岑楠杜新月吴健桦赵蔚刘登宇王兆军吴琛耘上海交通大学医学院免疫学与微生物学系上海200025 上海交通大学医学院附属瑞金医院检验科上海200025 广西医科大学基础医学院寄生虫学教研室南宁530021

目的以原核和真核表达系统克隆、表达华支睾吸虫含有EF手型结构域的钙结合蛋白(Cs16),纯化并初步评价其在华支睾吸虫病免疫诊断中的作用。方法以华支睾吸虫成虫c DNA为模板,PCR扩增含有EF手型结构域的Cs16基因,分别构建原核重组质粒p GE... 详细信息

目的以原核和真核表达系统克隆、表达华支睾吸虫含有EF手型结构域的钙结合蛋白(Cs16),纯化并初步评价其在华支睾吸虫病免疫诊断中的作用。方法以华支睾吸虫成虫c DNA为模板,PCR扩增含有EF手型结构域的Cs16基因,分别构建原核重组质粒p GEX-4T-1-Cs16和真核重组质粒p PIC9K-Cs16,将酶切和测序鉴定正确的重组质粒分别转入大肠埃希菌BL21和毕赤酵母GS115后,表达并纯化目的蛋白,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质印迹(Western blotting)验证其纯度及免疫原性。以华支睾吸虫重组蛋白Cs16为包被抗原,采用ELISA检测24例华支睾吸虫病患者血清中相应抗体的反应性及其与日本血吸虫病患者血清的交叉反应性。结果PCR扩增获得Cs16基因片段,大小为515 bp。构建的重组质粒p GEX-4T-1-Cs16和p PIC9K-Cs16经酶切和测序鉴定正确。SDS-PAGE结果显示,2个重组质粒在大肠埃希菌BL21和毕赤酵母GS115中均为可溶性表达,重组蛋白Cs16相对分子质量约为16 000。Western blotting结果显示,2个重组蛋白能分别被抗GST抗体和抗His抗体特异性识别。ELISA检测结果显示,原核表达和真核表达重组蛋白Cs16的敏感性分别为70.8%(17/24)和54.2%(13/24),特异性分别为95.2%(20/21)和100%(21/21),差异均有统计学意义(P<0.05)。与日本血吸虫病患者血清的交叉反应为1/10。结论获得了原核和真核Cs16重组抗原,其在华支睾吸虫病的诊断上具有潜在的应用价值。

关键词：华支睾吸虫钙结合蛋白原核表达真核表达免疫诊断

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POSSUM和P-POSSUM评分系统预测肝胆手术风险价值的Meta分析

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中国循证医学杂志 2014年第4期14卷 443-448页

作者：王昊陆王辉陈涛陈炜宋艳艳王坚上海交通大学医学院附属仁济医院胆胰外科上海200127 昆士兰大学医学院附属亚历山德拉公主医院治疗研究中心上海交通大学医学院生物统计学教研室上海200025

目的分析目前POSSUM和P-POSSUM这两种广泛用于普外科手术风险预测的评分系统对肝胆手术患者术后并发症发生率和死亡率的预测价值。方法计算机检索PubMed、h e Cochrane Library(2013年第10期))、Science Citation Index、CNKI、WanFang ... 详细信息

目的分析目前POSSUM和P-POSSUM这两种广泛用于普外科手术风险预测的评分系统对肝胆手术患者术后并发症发生率和死亡率的预测价值。方法计算机检索PubMed、h e Cochrane Library(2013年第10期))、Science Citation Index、CNKI、WanFang Data和CBM数据库,查找关于在肝胆手术中使用POSSUM和/或P-POSSUM评分系统预测术后并发症发生率和死亡率的研究,检索时限均为从1991年至2013年10月。由2位评价员根据纳入与排除标准独立筛选文献、提取资料和评价纳入研究的方法学质量后,采用Comprehensive Meta Analysis Version 2软件进行Meta分析。结果共纳入10个研究。其中:5个研究(n=683)采用POSSUM预测了术后并发症发生率,其加权O/E=0.71,95%CI(0.60,0.81);7个研究(n=1?291)采用POSSUM预测了术后死亡率,其加权O/E=0.42,95%CI(0.27,0.57);6个研究(n=1?793)采用P-POSSUM预测了术后死亡率,其加权O/E=0.74,95%CI(0.53,0.95)。结论 POSSUM可能会高估肝胆手术患者的术后并发症发生率,而P-POSSUM对肝胆手术患者术后死亡率预测的准确性明显高于POSSUM。

关键词： POSSUM P—POSSUM 肝脏手术手术风险预测评分系统系统评价 Meta分析

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不同缺失值处理方法对随机缺失数据处理效果的比较

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郑州大学学报（医学版） 2012年第3期47卷 315-318页

作者：花琳琳施念杨永利赵天仪施学忠郑州大学公共卫生学院卫生统计学教研室郑州450001 郑州大学基础医学院郑州450001 上海交通大学医学院上海200025

目的:比较不同的缺失值处理方法处理随机缺失数据的效果。方法:以HIV/AIDS血液样本血红蛋白、白细胞和血尿素氮检测数据为基础,利用SAS9.1,分别模拟完整数据集和不同缺失率的数据集,从精确度、准确度和分布三方面比较不同方法对缺失数... 详细信息

目的:比较不同的缺失值处理方法处理随机缺失数据的效果。方法:以HIV/AIDS血液样本血红蛋白、白细胞和血尿素氮检测数据为基础,利用SAS9.1,分别模拟完整数据集和不同缺失率的数据集,从精确度、准确度和分布三方面比较不同方法对缺失数据集的处理效果。结果:任意缺失比例下血红蛋白和白细胞数据经不同的方法处理后与完整数据集比较差异无统计学意义。不同缺失比例下,多重填补(MI)法的精确度最高。缺失率10%～20%时,MI法填充后的准确度最高。缺失率30%时,成组删除法处理后的准确度最高。缺失40%以上时,准确度填充效果不稳定。不同缺失比例下,回归法、成组删除法和MI填充2次后的数据的分布特征与完整数据集一致。结论:数据缺失10%～20%时,MI法填充效果最好;缺失30%时,成组删除法处理效果最好;缺失40%以上时,所有方法填充效果均不佳。

关键词：连续变量缺失值随机缺失

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结核分枝杆菌特异性抗原Rv3117的克隆表达和诱导小鼠免疫应答的实验研究

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上海交通大学学报（医学版） 2012年第11期32卷 1444-1447页

作者：汤俊明陈翠翠王学才赵俊伟张舒林江苏宜兴市人民医院宜兴214200 郑州大学第一附属医院郑州450001 上海交通大学基础医学院病原生物学教研室上海200025

目的克隆表达结核分枝杆菌Rv3117蛋白,并进行诱导小鼠免疫应答的初步研究。方法通过聚合酶链反应(PCR)扩增结核分枝杆菌Rv3117基因,克隆入pET32a载体,构建重组质粒pET32a-Rv3117,转化入大肠埃希菌BL21(***)plysS(DE3),异丙基硫代-β-D-... 详细信息

目的克隆表达结核分枝杆菌Rv3117蛋白,并进行诱导小鼠免疫应答的初步研究。方法通过聚合酶链反应(PCR)扩增结核分枝杆菌Rv3117基因,克隆入pET32a载体,构建重组质粒pET32a-Rv3117,转化入大肠埃希菌BL21(***)plysS(DE3),异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)诱导表达,镍柱亲和纯化,通过SDS-PAGE鉴定其表达情况;以目的蛋白免疫C57BL/6小鼠血清并行Western blotting分析。结果成功构建原核表达载体pET32a-Rv3117,获得纯化的目的蛋白,其在*** BL21 plysS(DE3)中主要以可溶性形式表达,相对分子质量(48 100)与预期相符。Western blotting分析结果显示在目标位置有阳性条带。结论成功克隆结核分枝杆菌重组蛋白Rv3117,其能够诱导C57BL/6小鼠的免疫应答。

关键词：结核分枝杆菌 Rv3117 克隆 Western blotting

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结核分枝杆菌特异性抗原ESXO的重组制备及其免疫原性评估

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上海交通大学学报（医学版） 2012年第11期32卷 1426-1429,1447页

作者：封莉叶娟王凤平赵俊伟吴兴福张舒林江苏省苏州市第五人民医院检验科苏州215007 河南中医学院分子生物学教研室郑州450008 上海交通大学基础医学院病原生物学教研室上海200025

目的评估结核分枝杆菌(MTB)重组特异性抗原ESXO在大肠埃希菌中的高效表达,并评价其免疫原性。方法采用常规分子克隆方法获得MTB重组蛋白ESXO。酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测84份确诊结核病(TB)患者血清和48份健康人血清中相应的抗结... 详细信息

目的评估结核分枝杆菌(MTB)重组特异性抗原ESXO在大肠埃希菌中的高效表达,并评价其免疫原性。方法采用常规分子克隆方法获得MTB重组蛋白ESXO。酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测84份确诊结核病(TB)患者血清和48份健康人血清中相应的抗结核ESXO抗体水平,评价血清学抗原活性,并与结核早期分泌蛋白ESAT-6和CFP-10的检测结果进行比较。结果重组特异性抗原ESXO在大肠杆菌中获得成功表达,其在*** BL 21 plysS(DE3)中以可溶性和包涵体两种形式存在,相对分子质量(27 300)与预期相符,血清学抗原活性评估结果显示其特异度和敏感度分别为94.0%(45/48)和32.1%(27/84),特异度与ESAT-6和CFP-10相当,敏感度高于ESAT-6。结论结核特异性抗原ESXO有望成为新的TB诊断与疫苗设计的候选抗原。

关键词：分枝杆菌,结核克隆 ESXO 基因表达血清学诊断

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父母亲化学物质暴露与儿童急性白血病发病关系的探讨

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中华劳动卫生职业病杂志 2013年第6期31卷 413-417页

作者：施蓉高宇张妍高怡瑾朱莎王筱金金萍田英上海交通大学公共卫生学院环境卫生学教研室 200025 基础医学院生物统计教研室医学院附属新华医院教育部及上海市环境与儿童健康重点实验室复旦大学附属儿科医院血液科

目的探讨父母亲化学物质暴露与儿童急性白血病发病的关系。方法选取2009年1月1日至2010年12月31日所有就诊于上海地区3家儿童医院年龄小于15周岁的201例新发急性白血病的儿童，在病例所在医院的儿童保健门诊或骨科选取同性别同年龄的对... 详细信息

目的探讨父母亲化学物质暴露与儿童急性白血病发病的关系。方法选取2009年1月1日至2010年12月31日所有就诊于上海地区3家儿童医院年龄小于15周岁的201例新发急性白血病的儿童，在病例所在医院的儿童保健门诊或骨科选取同性别同年龄的对照儿童201例，对其母亲进行面对面的访谈式调查。结果母亲孕前3个月至孕期总化学物质（柴油、汽油、油漆、杀虫剂、农药、除草剂、化肥）接触史（OR=2．9，95％CI=1．1～7．8）及父亲在母亲孕前3个月接触杀虫剂（OR=10．1，95％CI=1．2～82．9）、化肥（OR=9．5，95％CI=1．1～79．6）；母亲孕前从事农业、林业工作（OR=8．4，95％CI=1．4～50．2）；孕前及孕期从事纺织、皮革、装潢、汽修（孕前：OR=3．0，95％CI=1．2-7．9；孕期：OR=3．2，95％CI=1．1～9．6）；父亲从事农业、林业（OR=9．6，95％CI=2．1～44．8）及纺织、皮革、装潢、汽修工作（OR=2．3，95％CI=1．1～5．0）等因素可能是儿童急性白血病发病的危险因素。结论父母亲化学物质暴露可能会增加后代患急性白血病的风险。

关键词：父母亲儿童急性白血病化学物质杀虫剂

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髋关节翻修术中冰冻病理切片与 ^(99)Tc^m三相同位素骨扫描共用诊断髋关节假体周围感染

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中国组织工程研究 2014年第31期18卷 4921-4928页

作者：张炅王毅冯建民宋艳艳刘志宏何川上海交通大学医学院附属瑞金医院骨科上海市伤骨科研究所上海市中西医结合防治骨与关节病损重点实验室上海交通大学基础医学院生物统计学教研室

背景:常规血清学、影像学和实验室诊断方法诊断假体周围感染难以达到理想的灵敏度、特异度和准确性。尤其对于假体置换后晚期假体低毒性感染性松动和无菌性松动之间的鉴别诊断还缺乏普遍接受的诊断标准。术前、术中和术后多种诊断方法... 详细信息

背景:常规血清学、影像学和实验室诊断方法诊断假体周围感染难以达到理想的灵敏度、特异度和准确性。尤其对于假体置换后晚期假体低毒性感染性松动和无菌性松动之间的鉴别诊断还缺乏普遍接受的诊断标准。术前、术中和术后多种诊断方法的联合运用对于明确感染诊断和制定手术翻修策略有重要的临床意义。目的:通过初次髋关节置换后翻修术前和术中联合运用99Tcm三相同位素骨扫描和冰冻病理切片多形核白细胞计数方法诊断髋关节假体周围感染,并与常规诊断手段相比较。方法:2008年4月至2013年5月共收治44例髋关节置换后翻修病例,结合临床症状和血清学检查指标,18例患者血沉和C-反应蛋白增高诊断为临床怀疑感染病例组;26例血清学指标正常诊断为临床怀疑无菌性松动病例组。所有患者翻修前进行99Tcm三相同位素骨扫描检查,同时结合翻修手术过程中组织冰冻病理切片结果。如两项结果均为阴性,诊断为假体无菌性松动,行一期翻修手术;反之则诊断为假体周围感染,行二期手术翻修。通过术后临床随访血清学指标及手术疗效,采用受试者工作曲线的统计学方法评估联合运用99Tcm三相同位素骨扫描和组织冰冻病理切片的诊断价值。结果与结论:18例临床感染病例组中16例患者术前99Tcm三相同位素骨扫描结果和术中冰冻病理结果均为阳性,诊断为感染,二期翻修;2例结果均阴性,排除感染,一期翻修。26例松动病例组中,25例术前99Tcm三相同位素骨扫描结果和术中冰冻病理结果阴性,诊断为无菌性松动,一期翻修;1例患者术后病原菌微生物学培养送检3个标本中1个标本培养出金黄色葡萄球菌,诊断为假体周围感染,仍采取一期翻修。增加99Tcm三相同位素骨扫描和冰冻病理切片多形核白细胞计数的方法后,工作特征曲线面积由0.906上升至0.972,感染诊断灵敏度由89%上升至94%,特异度由92%上升至100%。但诊断方法前后比较差异无显著性意义。提示血清学和影像学检查等常规诊断基础上增加99Tcm三相同位素骨扫描和术中冰冻病理切片技术能够鉴别感染性和无菌性髋关节假体松动。99Tcm三相同位素骨扫描阴性结果同假体无菌性松动的确诊有很高的相关性,具有很好的排除感染的诊断价值,结合术中冰冻病理切片多形核白细胞计数的方法对于翻修手术方式的选择具有积极的临床价值。

关键词：植入物人工假体翻修骨扫描冰冻切片诊断关节成形感染松动

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剖宫产术对母乳喂养影响的前瞻性研究

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中华妇产科杂志 2006年第4期41卷 246-248页

作者：王炳顺周利锋朱丽萍高晓玲高尔生上海交通大学医学院生物统计学教研室 200025 上海市计划生育科学研究所生殖流行病学研究室上海市第一妇婴保健院

目的研究剖宫产术对母乳喂养的影响.方法采用前瞻性研究方法,选择剖宫产（剖宫产组）、阴道分娩（阴道分娩组）各301例产妇为研究对象,比较两组产妇产后泌乳始动时间、产后1年内母乳喂养情况;用放射免疫法测定两组产妇产后血清催乳素含... 详细信息

目的研究剖宫产术对母乳喂养的影响.方法采用前瞻性研究方法,选择剖宫产（剖宫产组）、阴道分娩（阴道分娩组）各301例产妇为研究对象,比较两组产妇产后泌乳始动时间、产后1年内母乳喂养情况;用放射免疫法测定两组产妇产后血清催乳素含量.结果在分娩后6～24 h内的白天,剖宫产组产妇血清催乳素均值为8.48 nmol/L（95%CI：7.80～9.21 nmol/L）、阴道分娩组为9.61 nmol/L（95%CI：8.99～10.26 nmol/L）.剖宫产组产妇产后泌乳始动中位时间为产后12 h,晚于阴道分娩组的产后2 h.剖宫产组产妇产后1个月时乳量仅为阴道分娩组的90%.产后1、6、12个月时,剖宫产组母乳喂养率均低于阴道分娩组;剖宫产组产妇产后1年内母乳喂养失败的风险是阴道分娩组的1.21倍（95%CI：1.10～1.33）. 结论与阴道分娩组比较,剖宫产术后产妇泌乳始动时间晚,血清催乳素含量低,产后1年内母乳喂养失败的风险高.对剖宫产产妇更应加强促进泌乳、催乳的措施,以提高母乳喂养成功率.

关键词：剖宫产术母乳喂养催乳素前瞻性研究

来源：评论

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