检索结果-内蒙古大学图书馆

中华疾病控制杂志 2023年第3期27卷 274-280,320页

作者：王文杰马金沙高倩王彤山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030001

目的探究高维组学数据中结局为二分类时基于随机森林(random forest, RF)变量重要性评分的变量筛选方法,并选择合适方法构建结局预测模型。方法首先根据不同的变量筛选目标,对最小优化变量筛选类RF算法[递归特征消除(recursive featur... 详细信息

目的探究高维组学数据中结局为二分类时基于随机森林(random forest, RF)变量重要性评分的变量筛选方法,并选择合适方法构建结局预测模型。方法首先根据不同的变量筛选目标,对最小优化变量筛选类RF算法[递归特征消除(recursive feature elimination, RFE)-RF、biosigner]与全部相关变量筛选类RF算法(Boruta、vita、altmann、r2vim)在高维数据中识别重要变量的能力进行了模拟比较。然后结合不同方法优势用于弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma, DLBCL)分型相关基因的筛选,并构建DLBCL分型诊断模型。结果模拟研究表明,vita方法的灵敏度较高,biosigner方法的阳性预测值较高。实例分析表明,经vita方法筛得1 019个与DLBCL分型相关的基因,后经biosigner方法筛得77个与DLBCL分型相关的基因。所建DLBCL分型诊断模型的受试者工作特征(receiver operating characteristical, ROC)曲线下面积(area under the ROC curve, AUC)为0.910。结论 vita及biosigner方法可用于DLBCL分型相关基因的初步和最终筛选阶段。由最终筛得基因所建立的模型可有效实现DLBCL的分型诊断。

关键词：随机森林变量筛选弥漫大B细胞淋巴瘤

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基于联合稀疏典型相关的泛癌CNVs与mRNA联合分析

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 687-690页

作者：侯小文张秋菊田伟李称丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异(CNVs)与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,... 详细信息

目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异(CNVs)与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,提取泛癌中共存CNVs及其相关的mRNA建立相关模块;在此基础上利用联合稀疏精确矩阵估计算法筛选具有直接关系的CNVs-mRNA对,并分析CNVs与不同肿瘤分期的相关性。结果提取的相关模块中CNVs和mRNA变量数分别为195和177个,其中13个mRNA存在于全部癌症,38个mRNA特异性存在于单一癌症中;共筛选出16对具有直接相关关系的CNVs-mRNA对,包括11个CNVs位点,对应基因EYA2、NNAT已在多种癌症中被发现;相关性检验显示全部11个基因拷贝数与结肠癌的T、N期,肾透明细胞癌的T、M期,浸润性乳腺癌的T期相关。结论CNVs-mRNA相关关系在泛癌间存在同质性和特异性,同质性关系可用于识别泛癌药物作用靶点,特异性关系可以为研究癌症遗传变异对基因表达的特异性影响提供线索;CNVs-mRNA直接相关对中部分基因拷贝数与肿瘤分期相关,相应CNVs可能对基因表达有较强影响。

关键词：联合稀疏典型相关联合稀疏精确矩阵估计泛癌拷贝数变异 mRNA

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论文中常见统计学问题的分析——定量资料的一般性统计分析

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中国地方病学杂志 2004年第4期23卷 380-382页

作者：刘艳方庆伟隋虹李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150001

定量资料的一般性统计分析中比较常用的方法就是t检验、方差分析与秩和检验,看起来简单,却容易出错。在分析时须考虑资料的设计类型,不要把t检验当成“万能工具”。只有结合实际,正确选择统计分析方法,才能得出令人信服的结论。

关键词：论文统计学统计分析 t检验方差分析秩和检验

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应用深度神经网络和Klemera-Doubal方法估计生物学年龄

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中国公共卫生 2023年第6期39卷 782-788页

作者：陈淑婷高倩曹利美王佳乐王彤山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030001

目的将深度神经网络(DNN)和Klemera-Doubal方法(KDM)应用于中国中老年人群估计生物学年龄(BA),并选择最优方案评价模型表现。方法从中国健康与养老追踪调查(CHARLS)2011—2012年的全国基线调查数据中,选取45岁≤年龄≤85岁中老年人的血... 详细信息

目的将深度神经网络(DNN)和Klemera-Doubal方法(KDM)应用于中国中老年人群估计生物学年龄(BA),并选择最优方案评价模型表现。方法从中国健康与养老追踪调查(CHARLS)2011—2012年的全国基线调查数据中,选取45岁≤年龄≤85岁中老年人的血液标志物样本(11513人)、身体测量指标样本(13603人)和血液+身体测量样本(9904人),应用DNN和KDM估计BA,根据Pearson相关系数、平均绝对误差(MAE)和均方根误差(RMSE)评价BA的估计准确性和选出最优方案。通过计算BA和时序年龄(CA)回归的残差ΔBA,与死亡情况、认知能力构建复杂抽样logistic回归或线性回归模型。结果3种样本均是血液+身体测量样本计算的BA与CA相关性最高(r_(DNN)=0.91;r_(KDM)=0.48),MAE(MAE_(DNN)=3.11;MAE_(KDM)=13.74)和RMSE(RMSE_(DNN)=4.15;RMSE_(KDM)=17.76)最低,DNN的BA估计准确性优于KDM。在血液+身体测量样本中,死亡风险随DNN-ΔBA、KDM-ΔBA、CA增加而升高,反之,认知能力随其增加而降低。基于受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)评价模型的预测作用,KDM-ΔBA对死亡风险的预测准确性略优于DNN-ΔBA(AUC_(KDM-ΔBA)=0.717;AUC_(DNN-ΔBA)=0.699)。此外,相比于正常衰老者(-5≤ΔBA≤5),衰老加速者(ΔBA>5)具有明显更高的死亡风险(OR_(DNN)=1.760,95%CI=1.207~2.567;OR_(KDM)=1.872,95%CI=1.308~2.679),并与更低的认知能力(β_(DNN)=-0.631,95%CI=-1.124~-0.139;β_(KDM)=-0.374,95%CI=-0.680~-0.068)有关。结论最优方案包含多类型数据(血液+身体测量指标)具有较高的BA估计准确性,明显优于单类型数据,更能准确评估个体的衰老速度。DNN相较于KDM具有更高的BA估计准确性,且DNN与KDM的预测表现较为接近,可认为DNN应用于我国中老年人群评估个体的衰老变化具有更优表现。

关键词：生物学年龄深度神经网络 Klemera-Doubal方法衰老

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XGBoost算法在二分类非平衡高维数据分析中的应用

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中国卫生统计 2021年第1期38卷 21-24页

作者：卢娅欣黄月李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的探讨XGBoost算法在二分类高维非平衡数据中的分类判别效果。方法通过模拟实验及真实代谢组学数据分析,对XGBoost、随机森林、支持向量机、随机欠采样以及随机梯度提升树共五种方法进行比较。结果模拟实验显示,XGBoost算法在数据非... 详细信息

目的探讨XGBoost算法在二分类高维非平衡数据中的分类判别效果。方法通过模拟实验及真实代谢组学数据分析,对XGBoost、随机森林、支持向量机、随机欠采样以及随机梯度提升树共五种方法进行比较。结果模拟实验显示,XGBoost算法在数据非平衡较明显时,在各种实验条件下均优于或不劣于其他四种算法,在数据类别趋于平衡的情况下也同样具有较好的分类效果,且对噪声变量具有一定的抗干扰能力。实例分析显示,与其他四种算法相比,XGBoost算法的分类性能最优,且在保证分类效果的基础上具有更快的运算速度。结论 XGBoost算法适用于非平衡高维数据的判别分析,值得研究。

关键词：极端梯度提升算法高维组学数据分类判别

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随机森林回归分析方法在代谢组学批次效应移除中的应用

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 667-671页

作者：谭起龙邓魁李康李贞子哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的通过随机森林回归(random forest,RF)方法提取不同批次间质控(quality control,QC)样本数据的批次特征,从而移除代谢组研究样本数据的批次效应,提高统计分析方法的分类识别能力。方法利用心血管疾病的代谢组质控样本在检测过程中产... 详细信息

目的通过随机森林回归(random forest,RF)方法提取不同批次间质控(quality control,QC)样本数据的批次特征,从而移除代谢组研究样本数据的批次效应,提高统计分析方法的分类识别能力。方法利用心血管疾病的代谢组质控样本在检测过程中产生的系统误差,通过随机森林回归方法获得质控样本质谱数据的系统误差特征,从而移除研究样本数据中存在的批次效应。对校正后的质谱数据用可视化方法和定量度量指标进行评价,再用统计方法筛选差异变量和建立判别模型,评价移除效果。结果经过QC-RF回归方法移除批次效应后的质谱数据分类判别效果明显优于使用QC-LOESS方法、ComBat方法和原始数据得到的结果。结论对于代谢组学质谱数据,QC-RF回归方法能够移除批次效应,提高数据的有效性和稳定性,具有实际应用价值。

关键词：代谢组学质谱数据批次效应随机森林回归

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基于动态代谢组学数据通路信息校正的混合效应模型建立及模拟研究

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 678-681,686页

作者：田伟张秋菊侯小文李称丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型,通过模拟实验评价模型筛选动态代谢标志物的效果,为动态代谢组学生物标志物筛选提供方法。方法通过条件自回归模型,利用代谢物在通路中的位置关系,结合一阶自回归模型,建立基于代谢通路信... 详细信息

目的建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型,通过模拟实验评价模型筛选动态代谢标志物的效果,为动态代谢组学生物标志物筛选提供方法。方法通过条件自回归模型,利用代谢物在通路中的位置关系,结合一阶自回归模型,建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型并进行模拟研究;利用模型实现代谢标志物相关关系和时间因素的拟合,结合处理因素回归系数的95%可信区间获得动态代谢标志物。结果建立了基于代谢通路信息校正的混合效应模型;在各种模拟条件下,模型对动态代谢标志物的筛选均有较高灵敏度,特异度以及准确率;动态时间点数和代谢物自身噪声水平对模型的灵敏度有较大影响;通过模拟实验发现时间点数大于5时模型已有较高的拟合精度;样本量是影响模型拟合效果的重要因素,当样本量大于30时,模型筛选差异标志物的灵敏度已大于90%。结论基于通路信息校正的混合效应模型,能够很好地应对动态代谢组学数据分析的各种复杂情况,是动态代谢组生物标志物筛选研究的可选方法之一。

关键词：动态代谢组学混合效应模型代谢通路标志物

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基于ESPCA模型的结肠癌差异基因筛选研究

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中国卫生统计 2021年第4期38卷 493-497页

作者：李称张秋菊孙琳丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的验证ESPCA模型降维及变量选择的效果优于SPCA;利用ESPCA模型分析结肠癌基因数据,寻找不同主成分的通路信息,筛选结肠癌的差异基因。方法模拟实验比较ESPCA模型与SPCA的降维及变量选择能力,通过灵敏度、特异度、准确度评价其变量筛... 详细信息

目的验证ESPCA模型降维及变量选择的效果优于SPCA;利用ESPCA模型分析结肠癌基因数据,寻找不同主成分的通路信息,筛选结肠癌的差异基因。方法模拟实验比较ESPCA模型与SPCA的降维及变量选择能力,通过灵敏度、特异度、准确度评价其变量筛选效果;收集TCGA结肠癌基因数据,利用ESPCA模型对结肠癌基因数据进行降维及变量筛选。结果模拟实验获得的ESPCA模型具有较高的灵敏度、特异度和准确度,降维及变量选择效果优于SPCA。结肠癌数据分析结果显示:降维后ESPCA模型第一主成分中基因与18条GO-BP通路及7条KEGG通路有关,ESPCA模型第二主成分中基因与19条GO-BP通路有关;根据度中心性及中介中心性对主成分基因排序筛选出6个差异基因:MYC、CD44、PKM、FBL、PSMA7、RPS2,经GSE137327数据集验证具有较高的AUC值。结论ESPCA模型在降维过程中既考虑数据本身信息,又考虑了生物网络信息,具有良好的降维及变量选择效果。结肠癌数据分析中ESPCA第一主成分中基因参与癌症相关的通路;ESPCA第二主成分中基因参与的通路与免疫相关;通路中基因参与癌症的发生发展过程、可能通过免疫反应相关通路调节结肠癌的发生发展过程;获得的6个结肠癌差异基因可为研究疾病发生机制和鉴别诊断提供依据。

关键词：边组稀疏主成分分析高维组学降维方法变量选择

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疾病治疗质量综合评价的维度融合方法研究

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中国卫生统计 2022年第1期39卷 157-160页

作者：栗景坤包晓蔷李习王超刘梦洋田园刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

治疗质量是指在现有医疗环境和资源的情况下,不增加病人经济负担,利用循证医学验证的有效治疗方法制定的最合理诊疗式,其本身是一个不可直接测量的变量^([1])。进行医院的治疗质量综合评价,需要考虑疾病诊疗的全部过程,如检查、手术、... 详细信息

治疗质量是指在现有医疗环境和资源的情况下,不增加病人经济负担,利用循证医学验证的有效治疗方法制定的最合理诊疗式,其本身是一个不可直接测量的变量^([1])。进行医院的治疗质量综合评价,需要考虑疾病诊疗的全部过程,如检查、手术、功能评价和结局等^([2]);其中涉及多个治疗维度及相应评价指标^([3]),为获得客观、全面且具有代表性的治疗质量,需要将多个维度的治疗质量进行合理融合获得综合评价结果,确定维度间权重成为获得综合治疗质量的关键。

关键词：治疗质量循证医学疾病诊疗质量综合评价功能评价疾病治疗融合方法直接测量

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尘肺病人预后分析的多状态模型

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上海医科大学学报 1991年第4期18卷 298-303页

作者：易企龙张照寰上海医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室

本文按尘肺病的进期、死亡过程构造了一个含有三个暂态和两个吸收态的多状态模型,叙述了模型参数的估计、进期率和生存率等评价指标的计算。利用此模型分析了淮北煤矿2906例尘肺病人的随访资料,揭示了尘肺病的发展规律,显示了多状态模... 详细信息

本文按尘肺病的进期、死亡过程构造了一个含有三个暂态和两个吸收态的多状态模型,叙述了模型参数的估计、进期率和生存率等评价指标的计算。利用此模型分析了淮北煤矿2906例尘肺病人的随访资料,揭示了尘肺病的发展规律,显示了多状态模型分析的优越性。

关键词：尘肺预后多状态模型

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