检索结果-内蒙古大学图书馆

林业科学研究 2015年第2期28卷 158-165页

作者：程蓓蓓于雪丹郑勇奇国家林木遗传育种重点实验室中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室国家林业局植物新品种分子测试实验室北京100091

通过ITS-rpl16序列和mat K序列的分子分析,对中国现有金合欢属的各亚属间的亲缘关系进行了研究,结果表明:我国现有广义金合欢属的14个种大致被聚为相思亚属、皮刺亚属和金合欢亚属3大类,原产中国的3种皮刺亚属的种聚成1支,表明印度金合... 详细信息

通过ITS-rpl16序列和mat K序列的分子分析,对中国现有金合欢属的各亚属间的亲缘关系进行了研究,结果表明:我国现有广义金合欢属的14个种大致被聚为相思亚属、皮刺亚属和金合欢亚属3大类,原产中国的3种皮刺亚属的种聚成1支,表明印度金合欢和羽叶金合欢关系更近,二者再与儿茶形成姐妹类群。基于选自美洲、非洲、澳大利亚和中国乡土种(印度金合欢、羽叶金合欢和儿茶)共40个金合欢属种和1个外类群的mat K序列建立的系统发育树表明:皮刺亚属和相思亚属的亲缘性关系比与金合欢亚属的亲缘关系更近,相思亚属和金合欢亚属均是单系类群,而皮刺亚属属于并系类群;中国的几个乡土种都与非洲一些种的亲缘关系较近,聚为1支。

关键词：金合欢属亲缘关系 ITS-rpl16序列 matK序列系统发育树

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皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价

引用

植物遗传资源学报 2017年第1期18卷 148-154页

作者：林富荣邢俊连孟艳琼黄平郑勇奇中国林业科学研究院林业研究所/国家林木遗传育种重点实验室/国家林业局植物新品种分子测试实验室/国家林业局林木培育重点实验室北京100091 安徽农业大学林学与园林学院合肥230036

本研究旨在开发皂荚EST-SSR分子标记,为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础。首先通过对已公布的皂荚转录组数据进行拼接得到41003个Unigenes,总长度70.4 Mb,平均长度1716 bp,N50为2533 bp。进一步在7009个Unigenes中检测到8494个EST-... 详细信息

本研究旨在开发皂荚EST-SSR分子标记,为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础。首先通过对已公布的皂荚转录组数据进行拼接得到41003个Unigenes,总长度70.4 Mb,平均长度1716 bp,N50为2533 bp。进一步在7009个Unigenes中检测到8494个EST-SSR位点,其中1200条Unigenes含有2个及以上的SSR位点,复合型SSRs有369个。针对所有EST-SSR位点设计得到6494条特异性引物,随机挑选60个位点进行试验验证与分析,其中44对引物可扩增出特异性片段,17对具有多态性,PIC值范围为0.195~0.742,均值为0.501,且大部分多态性位点位于UTR区域。通过对皂荚近缘种进行跨种PCR扩增试验,结果显示在开发的44对有效引物中,9个近缘种美国皂荚、日本皂荚、绒毛皂荚、滇皂荚、华南皂荚、小果皂荚、野皂荚、肥皂荚和美国肥皂荚分别有32、31、23、24、7、40、25、18和18对引物可获得有效扩增片段,说明EST-SSR标记在皂荚近缘种之间具有良好的通用性。研究表明利用转录组数据挖掘的EST-SSR位点具有扩增稳定、多态性良好、近缘种间通用等优点,是林木物种开发分子标记的有效途径之一。

关键词：皂荚转录组 EST-SSR 多态性通用性

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国槐SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

引用

广西林业科学 2014年第4期43卷 343-350页

作者：孙荣喜宗亦臣郑勇奇国家林木遗传育种重点试验室国家林业局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所国家林业局植物新品种分子测试实验室北京100091

为建立国槐(Sophora japonica)最佳SRAP-PCR反应体系,采用正交试验设计L16(45)对影响PCR体系的5个因素(模板浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq聚合酶和d NTP用量)4个水平进行了优化,确定了国槐的最优SRAP-PCR反应体系:Taq聚合酶1.5 U,d NTP... 详细信息

为建立国槐(Sophora japonica)最佳SRAP-PCR反应体系,采用正交试验设计L16(45)对影响PCR体系的5个因素(模板浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq聚合酶和d NTP用量)4个水平进行了优化,确定了国槐的最优SRAP-PCR反应体系:Taq聚合酶1.5 U,d NTPs 0.30 mmol/L,模板DNA 90 ng,Mg2+2.0 mmol/L,引物0.3μmol/L,dd H2O补至20μL。各因素对PCR反应的影响从大到小依次为:Taq聚合酶>d NTPs>模板DNA>Mg2+>引物。基于最佳SRAP体系,采用4个品种对120对引物进行筛选,共获得12对多态性好的引物组合。随机抽取两对引物基于毛细管电泳技术对此体系进行稳定性检验,扩增条带清晰、稳定、多态性高。该体系的建立以及筛选的引物组合为为进一步利用SRAP技术对国槐的遗传多样性、品种鉴定等方面的研究奠定基础。

关键词：国槐体系优化引物筛选毛细管电泳正交设计

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