检索结果-内蒙古大学图书馆

柯萨奇病毒A组16型VP1-145位氨基酸变异影响对硫酸乙酰肝素结合能力的初步探究

病毒学报 2024年第2期40卷 346-356页

作者：宗彦君孙甜甜王蕊刘莹李冀琛孙强刘志军张勇潍坊医学院潍坊261053 传染病溯源预警和智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 国家脊髓灰质炎实验室国家卫生健康委员会实验室生物安全重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)与肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)是国内导致手足口病的重要病原体,二者同源,来自共同祖先,基因组结构相同,并且均使用硫酸乙酰肝素(Heparan sulfate,HS)作为吸附受体。本研究基于E... 详细信息

柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)与肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)是国内导致手足口病的重要病原体,二者同源,来自共同祖先,基因组结构相同,并且均使用硫酸乙酰肝素(Heparan sulfate,HS)作为吸附受体。本研究基于EV-A71的VP1-145位氨基酸位点的相关研究结果,分析CVA16的VP1-145氨基酸差异,选取3株中国流行的,在该位点具有差异的CVA16,进行对HS结合能力影响的研究。使用不同浓度肝素酶Ⅰ处理人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞,比较不同CVA16株对肝素酶Ⅰ处理前后的RD细胞的吸附能力,以及接种后12h,24h,48h后各毒株在RD细胞的复制情况。结果表明,在使用5mIU/mL和10mIU/mL浓度肝素酶Ⅰ水解RD细胞表面的HS后,VP1-145氨基酸位点为甘氨酸(Glycine,G)的CVA16对RD细胞的吸附能力下降,其下降程度与肝素酶Ⅰ的作用浓度呈正相关,且影响了后续12h,24h,48h病毒在RD细胞中的复制,其差异具有统计学意义(P<0.05)。而VP1-145氨基酸位点为谷氨酸(Glutamic acid,E)的两株CVA16均未观察到此种趋势。为了进一步探究该种结合能力的差异与病毒致病力之间的关系,对三株病毒进行2日龄ICR乳鼠感染实验。通过观察乳鼠生存率、临床评分、体重变化,来评估不同CVA16株在小鼠感染模型中的致病力差异。结果表明,CVA16(VP1-145E)的致病力明显强于CVA16(VP1-145G)。后对三株病毒进行全基因组测序,测序结果显示,除VP1-145位点外,三株CVA16还存在其他的差异位点,故后续我们又通过反向遗传学拯救病毒,对VP1-145位点的作用机制进行了进一步的探讨。本研究结果证实,VP1-145位点的氨基酸变异会影响CVA16与HS的结合能力,145位点为E的病毒,其与HS的结合能力较差,当145位点由E突变至G时,病毒与HS的结合能力增强,其与RD细胞的结合能力受到肝素酶Ⅰ的影响。本研究为CVA16毒力位点与致病机制的研究提供了一定的理论基础。

关键词：柯萨奇病毒A组16型 VP1-145位点硫酸乙酰肝素致病力

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柯萨奇病毒A组6型对利巴韦林耐药性的初步研究

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病毒学报 2023年第2期39卷 384-392页

作者：王蕊王聪聪李晓亮宋洋刘莹李冀琛肖金波路环环刘志军孙强张勇潍坊医学院潍坊261053 国家脊髓灰质炎实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 山东第一医科大学济南250117

柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)已成为近年来国内导致手足口病的主要病原体。本研究挑选16株中国流行的不同基因亚型的CVA6,通过在RD细胞上的细胞活性实验和观察致细胞病变效应来检测利巴韦林对不同CVA6毒株的抑制率。结果... 详细信息

柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)已成为近年来国内导致手足口病的主要病原体。本研究挑选16株中国流行的不同基因亚型的CVA6,通过在RD细胞上的细胞活性实验和观察致细胞病变效应来检测利巴韦林对不同CVA6毒株的抑制率。结果表明药物浓度在0.8mmol/L和0.4mmol/L作用下对部分CVA6有明显的抑制作用(P<0.0001),在0.8mmol/L药物浓度下根据抑制率的高低,将抑制率大于80%的CVA6株(5株,占31.25%)以及低于10%的CVA6株(5株,占31.25%)分别定义为对利巴韦林敏感组和耐药组。为了探究CVA6耐药性与病毒致病力之间的关系,在利巴韦林敏感组与利巴韦林耐药组分别随机挑选两株CVA6进行ICR乳鼠感染实验。通过观察乳鼠生存率、临床评分和体重变化,结果显示利巴韦林耐药组CVA6致病力均比利巴韦林敏感组弱,表明利巴韦林耐药与致病力之间存在一定联系。最后使用MEGA软件对利巴韦林敏感组和耐药组CVA6进行3D区氨基酸序列比对分析,发现两组CVA6在3D区75位、308位、342位、346位氨基酸完全不同,提示利巴韦林耐药与3D区的基因多态性存在一定联系。本研究提示对利巴韦林耐药的CVA6广泛存在,属于目前优势流行D3a基因亚型,不仅为手足口病患者个体化治疗提供了重要依据,而且对CVA6感染相关疾病的防控具有重要意义。

关键词：柯萨奇病毒A组6型利巴韦林差异位点分析耐药性

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柯萨奇病毒A10型对利巴韦林耐药性的初步研究

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病毒学报 2024年第2期40卷 337-345页

作者：孙甜甜宗彦君王蕊李冀琛刘莹李晓亮韩振志于力恒刘志军孙强张勇潍坊医学院潍坊261053 传染病溯源预警和智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 国家脊髓灰质炎实验室国家卫生健康委员会实验室生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 山东第一医科大学济南250117 首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

近年来,全国范围内手足口病(Hand, foot, and mouth disease,HFMD)的感染率逐渐上升,其中柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)是主要病原体之一,利巴韦林是临床上治疗儿童手足口病的常用药物之一。为了评价利巴韦林在体外对CV... 详细信息

近年来,全国范围内手足口病(Hand, foot, and mouth disease,HFMD)的感染率逐渐上升,其中柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)是主要病原体之一,利巴韦林是临床上治疗儿童手足口病的常用药物之一。为了评价利巴韦林在体外对CVA10的抑制效果,本研究中,我们随机选取了19条2009-2021年的不同地区和不同年代的有代表性的中国内地优势流行基因型C基因型的CVA10毒株,通过细胞毒性实验(Cell counting kit-8,CCK8)来检测利巴韦林在RD细胞上对CVA10的抑制率。将抑制率大于85%的CVA10定义为对利巴韦林敏感组,抑制率小于15%的CVA10定义为对利巴韦林耐药组。结果显示利巴韦林在0.78mmol/L浓度下可以对CVA10产生较好的抑制作用并且对细胞的毒性较低。19株CVA10中有4株表现出对利巴韦林耐药性,2株表现出对利巴韦林敏感性,剩余13株的敏感性在85%~15%之间。通过7日龄ICR乳鼠感染实验比较对利巴韦林敏感组和耐药组毒株的致病力差异,通过观察乳鼠临床评分、生存率、体重及组织取材的滴度测定结果均表明对利巴韦林敏感组CVA10在小鼠上的致病力比耐药组强。进一步使用MEGA 7.0软件对影响CVA10复制和翻译的2C区氨基酸序列进行差异性分析,以分析可能的耐药位点。结果显示对利巴韦林耐药组和敏感组CVA10的2C区的327位和328位氨基酸位点存在差异。本研究发现当前国内流行的CVA10存在广泛对利巴韦林耐药现象,其中部分CVA10对利巴韦林完全耐药。因此,有必要加强对CVA10耐药株的监测,以便更好地指导临床医生正确地选择抗病毒药物,为个体化的治疗提供理论依据。

关键词：柯萨奇病毒A10型利巴韦林耐药性 2C区差异位点

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基于RNA-seq技术研究埃可病毒30型感染RD细胞前后的差异表达基因

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病毒学报 2022年第1期38卷 64-71页

作者：李冀琛张国艳张珂艺杨倩刘志军孙强张勇潍坊医学院潍坊261053 国家脊髓灰质炎实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)是一种全球传播的B组肠道病毒,常与无菌性脑膜炎等疾病暴发有关,分析E30在感染人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞前后的差异表达基因有助于了解该病毒的复制周期以及宿主感染机制。本研究通... 详细信息

埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)是一种全球传播的B组肠道病毒,常与无菌性脑膜炎等疾病暴发有关,分析E30在感染人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞前后的差异表达基因有助于了解该病毒的复制周期以及宿主感染机制。本研究通过转录组测序技术探究E30感染RD细胞前后的基因表达谱变化,共检测到的1281个差异表达基因,其中包括730个下调基因和551个上调基因。基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析表明,显著差异表达基因主要参与细胞受体信号通路的调节、炎症反应、免疫细胞活化、调控细胞生命周期等。利用荧光定量PCR(Realtime quantitative PCR,qPCR)对其中9个与炎症和免疫反应相关的差异表达基因进行验证,发现DEAD-box解旋酶3(DEAD-box RNA helicase 3,DDX3)表达上调,这与转录组学分析一致。利用RK-33(DDX3的小分子抑制剂)靶向抑制DDX3的表达,发现RK-33能够抑制E30的复制,并且qPCR结果显示在抑制DDX3的表达后,GTP酶激活蛋白结合蛋白1(GTPase-activating protein-binding protein1,G3BP1)和干扰素调节因子3(Interferon Regulatory Factor 3,IRF3)的表达也出现不同程度地降低。本研究的结果提示DDX3表达可能影响E30复制,这一发现为进一步探索E30在感染宿主过程中的分子机制奠定基础。

关键词：埃可病毒30型 RNA-seq DEAD-box解旋酶3(DDX3) 差异表达基因人横纹肌肉瘤(RD)细胞

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2009-2019年中国大陆柯萨奇病毒A14型基因特征分析

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病毒学报 2023年第6期39卷 1570-1577页

作者：于力恒郭琴卫海燕童文彬刘莹莹祝双利王东艳杨倩冀天娇肖金波路环环刘莹李冀琛王雯慧张勇许文波严冬梅国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 河南省疾病预防控制中心郑州450003 四川省疾病预防控制中心成都610044 河北省疾病预防控制中心石家庄050024 山东第一医科大学济南271016

柯萨奇病毒A14型属于肠道病毒A组,可引起手足口病和无菌性脑膜炎等疾病,但目前全球对CVA14的分子流行病学研究较少,尚无对CVA14基于全长VP1区进行明确分型的相关研究。因得到中国手足口病监测网络的技术支持,本研究获得2009-2019年在中... 详细信息

柯萨奇病毒A14型属于肠道病毒A组,可引起手足口病和无菌性脑膜炎等疾病,但目前全球对CVA14的分子流行病学研究较少,尚无对CVA14基于全长VP1区进行明确分型的相关研究。因得到中国手足口病监测网络的技术支持,本研究获得2009-2019年在中国大陆分离到的15株CVA14,应用RT-PCR对其全长VP1区进行扩增、测序和分析,并与GenBank中下载的22条CVA14全长VP1序列共同构建系统发育树。结果显示,2009-2019年中国大陆分离的15株CVA14与原型株G-14的核苷酸与氨基酸相似性分别为81.8%~82.9%与95.6%~96.9%,15株CVA14之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%~99.7%与98.3%~100%。中国大陆所有的22条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%~100.0%与98.3%~100.0%。中国大陆所有的CVA14与国外8条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为80.7%~86.0%与94.9%~97.9%。基于全长VP1系统发育树,全球CVA14可划分为A-G七个基因型,目前全球范围内流行的CVA14的基因型主要为G基因型,中国大陆流行的基因型全部为G基因型。本研究建立了全球CVA14基于全长VP1的基因分型方法,揭示了CVA14在中国大陆及全球范围内的分子流行特征,为CVA14的致病机制研究提供了分子流行病学方面的基础。

关键词：柯萨奇病毒A14型(CVA14) 手足口病(HFMD) 基因型分子流行病学

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江西一例iVDPV病例Ⅲ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析

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病毒学报 2023年第2期39卷 468-476页

作者：郭琴刘晓庆肖芳祝双利王东艳赵鹤鹤路环环肖金波杨倩李晓嫘朱晖冀天娇王雯慧何云孙强张勇许文波严冬梅国家脊髓灰质炎实验室、世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室、国家卫生健康委员会生物安全重点实验室、国家卫生健康委员会、医学病毒和病毒病重点实验室、中国疾病预防控制中心、病毒病预防控制所北京102206 达州中医药职业学院达州635000 江西省疾病预防控制中心南昌330029 山东第一医科大学济南271016 中国科学院生物安全大科学研究中心北京102206

分析江西一例免疫缺陷患者体内连续采集的15份粪便标本中分离到的Ⅲ型脊髓灰质炎病毒的全长VP1区基因特征。将从15份标本中分离到的14株Ⅲ型iVDPVs进行噬斑纯化,每个病毒随机挑取10个噬斑,接着进行逆转录‐聚合酶链反应扩增,测定获取到... 详细信息

分析江西一例免疫缺陷患者体内连续采集的15份粪便标本中分离到的Ⅲ型脊髓灰质炎病毒的全长VP1区基因特征。将从15份标本中分离到的14株Ⅲ型iVDPVs进行噬斑纯化,每个病毒随机挑取10个噬斑,接着进行逆转录‐聚合酶链反应扩增,测定获取到的154株iVDPVs全长VP1区序列。通过系统发育分析和BEAST程序探究iVDPV病毒的进化特征,估算其进化速率和口服脊灰减毒活疫苗(attenuated oral polio vaccine,OPV)初始感染时间。14株iVDPVs与Ⅲ型脊髓灰质炎减毒疫苗株(Sabin Ⅲ)核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%~98.7%和97.6%~98.3%。相较于Sabin Ⅲ,14株iVDPVs VP1区第54位氨基酸发生了A→V的突变,这可能导致温度敏感表型和衰减表型的改变。根据拓扑结构系统发育树被划分为3个Lineages,其中17049‐1‐8,17049‐2‐2和17049‐2‐9分别属于Lineage 1和Lineage 2,其余属于Lineage 3。具有Lineage 3序列特征的克隆是优势克隆,呈现出随时间持续分化的特征。BEAST程序估算的14株iVDPVs全长VP1区核苷酸平均进化速率为9.29×10‐3/位点/年(95%置信区间:2.81×10‐3‐1.59×10‐2),OPV初始感染时间为2012年11月18日。MCC树(maximum clade credibility tree)显示前4个遗传分支的分化仅用了40 d。14株Ⅲ型iVDPVs具有高度相关性,它们感染患儿后进化非常迅速,在慢性感染的早期便开始了谱系的分化。突变的不断积累和关键位点的改变可以引起iVDPVs神经毒力的变化,导致患儿出现AFP症状。iVDPV病例持续的排毒给脊灰根除目标的实现带来了巨大挑战,在脊髓灰质炎消灭的最后阶段及时调整免疫策略,继续维持较高的免疫覆盖率,保持iVDPV监测的灵敏性显得十分重要。

关键词：脊髓灰质炎病毒免疫缺陷口服脊灰减毒活疫苗

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2018~2020年广西边境地区手足口病流行特征及病原学分析

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病毒学报 2022年第3期38卷 591-599页

作者：冀天娇居昱程文隽陈敏玫张勇肖金波张珂艺刘宏图许文波国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 广西重大传染病防控与生物安全应急响应重点实验室广西壮族自治区疾病预防控制中心南宁530028 国家病毒相关肿瘤室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种由肠道病毒引起的儿童常见传染病,近年来在亚太地区尤其是东南亚地区发生了多起HFMD的大暴发,而我国广西壮族自治区与越南接壤,往来密切。为了解其边境地区HFMD的流行概况和病原学构成... 详细信息

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种由肠道病毒引起的儿童常见传染病,近年来在亚太地区尤其是东南亚地区发生了多起HFMD的大暴发,而我国广西壮族自治区与越南接壤,往来密切。为了解其边境地区HFMD的流行概况和病原学构成,比较该地区病原优势基因型与相邻地区的变异与进化关系。本研究选取与越南接壤的百色、崇左、防城港作为研究对象,收集其2018-2020年HFMD疫情资料进行流行病学分析,并随机采集这三个地市的375份手足口病患儿的临床标本进行荧光定量PCR鉴定,对阳性毒株进行VP1编码区基因扩增及测定,获得的序列与GenBank上下载的各基因型/亚型的代表序列构建系统发生树。结果显示2018-2020年,广西边境地区的报告发病数、重症数、重症比例(重症/发病)和重症率均呈下降趋势,5岁以下儿童为主要发病人群,除2020年以外,其发病流行曲线呈典型的双峰分布。病原谱分析显示,整体上以其他EV为优势循环血清型,且CVA6、CVA16、CVA10和EVA71为该地区的优势病原。同时,2018-2020年期间广西边境流行的EVA71、CVA16、CVA6和CVA10的优势基因亚型分别为C4a、B1b、D3a和C2,且与东南亚临近国家同基因型的流行株具有较近的亲缘关系,提示病毒共同循环进化。而边境地区环境复杂、人员往来密切,因此加强边境地区手足口病的监测及预警系统的建设是西南边境地区手足口病防控的关键。

关键词：手足口病边境地区流行特征病原学特点

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柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立

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病毒学报 2022年第2期38卷 264-270页

作者：赵鹤鹤冀天娇杨倩肖金波祝双利王东艳王建醒陈建华路环环韩振志张勇许文波严冬梅国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 山东省疾病预防控制中心济南250014 甘肃省疾病预防控制中心兰州730000 中国科学院生物安全大科学研究中心北京102206

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1... 详细信息

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区(省、自治区、直辖市)上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株(Griggs)核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%~97.6%和92.3%~99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%~25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大部分中国株属于G基因型,与世界流行趋势一致。但在2018年新疆一例手足口病患儿体内分离到的CVA9毒株却与俄罗斯有很近的亲缘关系,被划分为F基因型,推测该毒株为俄罗斯输入株。CVA9虽具有明显的地理聚性,但G基因型中包含的多国家和多时间段的毒株也提示CVA9病毒可能存在远距离的传播和流行。

关键词：柯萨奇病毒A组9型(CVA9) 基因分型分子进化

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肠道病毒C组96型(EV-C96)新疆株的全基因组序列分析

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病毒学报 2022年第2期38卷 332-340页

作者：孙强刘莹唐海淑李晓嫘严冬梅祝双利王东艳崔惠许文波张勇中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所脊髓灰质炎室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室北京102206 新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心免疫规划科乌鲁木齐830011 中国科学院生物安全大科学研究中心武汉430000

肠道病毒C组96型(EV-C96)是C组肠道病毒的一种新型肠道病毒,在临床上多与急性弛缓性麻痹等疾病相关联,世界分布较广,近年来陆续在中国、芬兰等多个国家的急性弛缓性麻痹患者、腹泻患者、健康人群或环境标本中分离到。为探究在我国新疆... 详细信息

肠道病毒C组96型(EV-C96)是C组肠道病毒的一种新型肠道病毒,在临床上多与急性弛缓性麻痹等疾病相关联,世界分布较广,近年来陆续在中国、芬兰等多个国家的急性弛缓性麻痹患者、腹泻患者、健康人群或环境标本中分离到。为探究在我国新疆地区流行的EV-C96毒株的基因特征与进化特征,本研究对2011年从我国新疆地区一名急性弛缓性麻痹病例及一名接触者中分离到的两株EV-C96进行了全基因组序列测定,随后与全球EV-C96流行株以及C组肠道病毒原型株进行进化分析,与C组肠道病毒代表株进行核苷酸和氨基酸相似性分析和重组分析。结果显示,两株新疆EV-C96毒株与原型株以及1991年在我国山东地区分离的毒株等早期流行株分布于两个分支,且在基因组结构的多个区域核苷酸差异性较大,同时其非结构蛋白区域与其它型别的C组肠道病毒之间存在重组。EV-C96可能通过重组方式发生毒力改变,需加强C组肠道病毒在我国的监测,提升对其所导致的暴发疫情进行应急处置的能力。本研究揭示了EV-C96的起源进化,证实了C组肠道病毒多个型别之间的重组关系,为我国肠道病毒的防控提供科学依据。

关键词： EV-C96 新型肠道病毒全基因组序列基因特征基因重组

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全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

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国际病毒学杂志 2023年第2期30卷 105-109页

作者：肖金波路环环宋洋王东艳严冬梅张勇中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、国家脊髓灰质炎实验室、国家卫生健康委员会生物安全重点实验室、国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室北京102206 中国科学院生物安全大科学中心武汉430000

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选,获得其中的1533条序列进行比对。使用RAxML软件构... 详细信息

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选,获得其中的1533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值,并用Datamonkey在线分析平台通过MEME,SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点,分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测,D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用,需要加以重视,并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。

关键词：柯萨奇病毒A组6型 D3基因亚型系统发育分析氨基酸置换熵值正向选择位点

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