目的研究我国一例G1P[8]基因型A组轮状病毒(group A rotvirus,RVA)SC18511073的序列特征及进化规律,分析SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)疫苗的抗原表位之间的差异。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对SC18511073的11个节...
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目的研究我国一例G1P[8]基因型A组轮状病毒(group A rotvirus,RVA)SC18511073的序列特征及进化规律,分析SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)疫苗的抗原表位之间的差异。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对SC18511073的11个节段进行RT-PCR扩增,利用在线RVA自动分型工具对其分型,采用DNAstar5.1和Mega11.0等软件对11个节段进行同源性及遗传进化分析。结果SC18511073全基因组基因型为G1P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1,NSP4为E2型。VP7和NSP3与同年份四川流行G1P[8]-E1型毒株同源性较高,系统进化树显示位于同一分支,其余9个基因节段均与我国流行的G9P[8]-E2型RVA高度同源,且归属于同一进化分支。SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)在VP7的抗原表位中7-1a和7-2区域存在5个氨基酸差异;VP4蛋白裂解后的VP8^(*)抗原表位中8-1、8-3区域存在差异。结论我国2018年RVA毒株SC18511073为罕见的G1P[8]-E2型,推测是由G1P[8]-E1基因型与G9P[8]-E2基因型RVA毒株共感染过程中VP7和NSP3节段发生重配产生的新型毒株。SC18511073与RotaTeq^(TM)和Rotarix^(TM)在VP7和VP4上的抗原表位存在较多氨基酸位点差异。
为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分...
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为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因IA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%~100%和99.23%~100%。与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001(蒙古国株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%~99.81%和99.55%~99.95%;1条序列与HAJEF-K12(日本株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%~0.03%;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18%~0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选择压力,16条序列间及与参考序列间未发现基因重组。本研究表明我国存在多株HAV流行株,主要为基因IA亚型;VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性。HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合,更有利于HAV溯源分析。
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