检索结果-内蒙古大学图书馆

SARS病毒小信封蛋白E:克隆、表达、纯化、CD测定和生物信息学分析(英文)

Acta Pharmacologica Sinica 2003年第6期24卷 27-33+142页

作者：沈旭薛建华余长缨罗海彬秦磊俞晓晶陈静陈莉莉熊斌岳莉多蔡建华沈建华罗小民陈凯先石铁流李亦学胡庚熙蒋华良上海 200031 上海 200031 中国上海 200233 上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心上海 200031 上海数康生物科技公司上海生物信息技术中心中国科学院上海生命科学研究院上海生化细胞研究所中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心

目的:获得SARS冠状病毒小信封蛋白E(E蛋白),研究其性质,分析其可能的功能。方法:用PCR方法构建了E蛋白的质粒,在大肠杆菌中表达蛋白,用圆二色谱(CD)测定蛋白质的二级结构,用生物信息学方法预测蛋白质的二级结构和可能的功能,用分子模拟... 详细信息

目的:获得SARS冠状病毒小信封蛋白E(E蛋白),研究其性质,分析其可能的功能。方法:用PCR方法构建了E蛋白的质粒,在大肠杆菌中表达蛋白,用圆二色谱(CD)测定蛋白质的二级结构,用生物信息学方法预测蛋白质的二级结构和可能的功能,用分子模拟方法模建E蛋白的三维结构。结果:获得了纯度较高的E蛋白,并用CD测定了其二级结构性质,由CD谱推测了二级结构信息与生物信息学预测的基本一致。生物信息学分析表明,与其他冠状病毒相比,SARS冠状病毒的E蛋白一级结构和二级结构非常保守,跨膜区尤其保守。其功能可能与鼠科肝炎冠状病毒和哺乳动物,冠状病毒类似。结论:SARS冠状病毒E蛋白的表达成功,为研究其结构与功能以及研究SARS冠状病毒本身的性能奠定了基础;在膜环境和水溶液中,E蛋白以类似的方式折叠,但在水溶液中,其第一个β-片由于失去与膜表面的氢键作用而变成随机结构。

关键词：非典型肺炎(SARS) 小信封蛋白基因表达生物信息学圆二色谱法

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病毒3CL蛋白酶三维结构模型及其抑制剂的虚拟筛选(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第6期24卷 19-26+141-142页

作者：熊斌桂春山徐小英罗成陈静罗海彬陈莉莉李国伟孙涛余长缨岳莉多段文虎沈竞康秦磊石铁流李亦学陈凯先罗小民沈旭沈建华蒋华良上海 200031 中国上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心上海200031 中国上海生物信息技术中心中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心

目的:构建SARS病毒类3C(3CL)蛋白酶的三维结构模型,根据这一模型设计3CL蛋白酶的抑制剂。方法:用生物信息学方法从GenBank和PDB库中搜寻出具有晶体结构并与SARS病毒3CL蛋白酶有较高同源型的蛋白质,以此为模板,用同源蛋白模建方法构建SAR... 详细信息

目的:构建SARS病毒类3C(3CL)蛋白酶的三维结构模型,根据这一模型设计3CL蛋白酶的抑制剂。方法:用生物信息学方法从GenBank和PDB库中搜寻出具有晶体结构并与SARS病毒3CL蛋白酶有较高同源型的蛋白质,以此为模板,用同源蛋白模建方法构建SARS病毒3CL蛋白酶的三维结构模型;针对模建的三维结构模型,进行高通量虚拟筛选,从现有小分子数据库中获得具有抑制SARS病毒3CL蛋白酶活性的化合物。结果:同源性分析表明SARS病毒3CL蛋白酶与遗传性肠胃炎主蛋白酶(TGEV Mpro),有较高的同源性,组成底物结合口袋残基的同源性更高。因此,可以根据TGEV Mpro的晶体结构为模板模建SARS病毒3CL蛋白酶的三维结构。三维结构模型表明,ARS病毒3CL蛋白酶的结构与TGEV Mpro的结构非常相象,两个蛋白酶活性口袋的结构和形状儿乎一样。虚拟筛选测试研究表明,MRRD数据库中的73个蛋白酶抑制剂能与两个蛋白同时作用。结论:无论是SARS病毒3CL蛋白酶还是TGEV Mpro的晶体结构均可以作为设计抗SARS药物的结构模型。从现有的蛋白酶抑制剂中筛选抗SARS药物可能是一条好的途径。

关键词：非典型肺炎(SARS) 3CL蛋白酶抑制剂分子模拟虚拟筛选生物信息学

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上海郊区老年痴呆症病人α-雌激素受体及芳香烃受体基因多态性(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第7期24卷 29-34+103页

作者：林国芳马晴雯张东升查永林娄克俭沈建华上海 201700 中国上海青浦精神卫生中心中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态所中德毒理实验室中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态所中德毒理实验室上海 2O0025

目的:探索上海地区农民人群中α-雌激素受体基因(ER-α)及芳香烃受体基因(Ahr)不同基因形态和老年痴呆症高发风险的可能联系。方法:分别以PCR-RFLP和AS-PCR方法分析一组老年痴呆症患者(n=52)ER-α基因及Ahr基因的多态位点,同一地区的健... 详细信息

目的:探索上海地区农民人群中α-雌激素受体基因(ER-α)及芳香烃受体基因(Ahr)不同基因形态和老年痴呆症高发风险的可能联系。方法:分别以PCR-RFLP和AS-PCR方法分析一组老年痴呆症患者(n=52)ER-α基因及Ahr基因的多态位点,同一地区的健康人群(n=125)为对照。结果:Alzheimer症病人ER-α基因两个位点突变形态频率显著高于对照人群(PvuⅡ位点:P=0.023,OR=2.94,95％CI 1.13-7.71;XbaⅠ位点:P=0.046,OR=2.28,95％ CI 1.003-5.17),Ahr G1721A位点基因型频率在病人组和对照组间无显著差异,结论:ER-α基因多态性可能与Alzheimer症易感性个体差异有关,本工作不支持Ahr基因多态性与老年痴呆症高发风险间的可能关联。

关键词：雌激素受体芳香烃受体多态现象(遗传学) 阿尔采末病

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一个新的小鼠被毛突变位点 (Uncv)的高分辨遗传图谱和物理图谱的构建(英文)

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生物化学与生物物理学报 2003年第5期35卷 397-402页

作者：史耀舟王冬平胡兰靛赵国屏王玉珍孔祥银李善如中国科学技术大学生命科学学院军事医学科学院实验动物中心中国科学院上海生命科学研究院生物工程研究中心军事医学科学院实验动物中心合肥230027 上海200233 北京100071 合肥230027

迄今为止 ,人们已经发现了 10 0多个影响小鼠和人的毛发发育的基因 ,在以前的研究中 ,Uncv被证实是一个新的影响小鼠被毛的位点 ,具体表现为纯合突变体为无毛 ,杂合突变体表现为稀毛。除此之外 ,纯合的突变体还表现为生长和发育的迟缓... 详细信息

迄今为止 ,人们已经发现了 10 0多个影响小鼠和人的毛发发育的基因 ,在以前的研究中 ,Uncv被证实是一个新的影响小鼠被毛的位点 ,具体表现为纯合突变体为无毛 ,杂合突变体表现为稀毛。除此之外 ,纯合的突变体还表现为生长和发育的迟缓。克隆这一突变基因将有助于更好地了解人类毛发发育异常相关的疾病。尽管这一位点已经被定位在小鼠 11号染色体上 ,但是没有该区域的精细遗传图谱和物理图谱直接克隆该基因有一定的难度。利用了两组杂交方式 ,[BALB/c(Uncv/Uncv)×C3H (+/+) ]×BALB/c (Uncv/Uncv)和 [BALB/c (Uncv/Uncv)×C5 7BL/6 (+/+) ]×BALB/c(Uncv/Uncv) ,共 2 0 74个F2代个体 ,通过对 11号染色体上的 16个微卫星标记的基因分型连锁分析 ,最终把该基因定位于11号染色体上位于D11Mit337和D11Mit338之间的约 1.4cM之间的区域。随后 ,利用BAC文库杂交和BAC末端序列PCR锚定的方法 ,构建了由 35个BAC构成的高分辨的BAC重叠群 ,这一高分辨的遗传图谱和物理图谱的构建 ,为进一步克隆这一突变基因打下了基础。

关键词：小鼠毛发突变遗传图物理图

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人类疾病模型小鼠的标准化维持方法研究

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中国实验动物学报 2005年第2期13卷 91-96页

作者：戚春婷张瑞忠徐平施美莲施恩金玫蕾中国科学院上海生命科学研究院上海200031 中国科学院上海生命科学研究院实验动物中心上海201615

目的研究人类疾病模型小鼠的可遗传生物学特性,建立品系的标准化维持方法。方法选用FVB TgN、MRL Mpj和SAMP1Ka三个疾病模型小鼠品系作为代表性实验对象,通过测定生长曲线、RAPD同工、酶电泳、行为学试验等方法,找出三个品系相对于各自... 详细信息

目的研究人类疾病模型小鼠的可遗传生物学特性,建立品系的标准化维持方法。方法选用FVB TgN、MRL Mpj和SAMP1Ka三个疾病模型小鼠品系作为代表性实验对象,通过测定生长曲线、RAPD同工、酶电泳、行为学试验等方法,找出三个品系相对于各自对照品系的不同特征,并建立了标准化检测指标作为维持方法的依据。结果MRL Mpj的生长曲线相对于对照品系有明显的统计学差异;FVB TgN、MRL Mpj、SAMP1Ka等三个品系的RAPD图谱在阳性引物及扩增出的条带方面均不一致;同工酶电泳的结果表明不同品系的个体之间表型不完全相同;行为学试验更从多方面直观地显示了各品系的不同特征。结论人类疾病模型小鼠除了用常规检测方法外,还应建立各品系在生长曲线、RAPD、同工酶电泳、行为学试验等方面的特殊检测方法,及时检测模型小鼠品系的独特性状并作为保种依据,以避免遗传漂变的发生。

关键词：疾病模型标准化人类同工酶电泳生长曲线 RAPD图谱小鼠品系检测方法生物学特性 MRL 行为学实验对象检测指标检测模型遗传漂变代表性试验统计学特征对照保种

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SARS病毒中S蛋白的hAPN受体接合功能域分析(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第6期24卷 3-10+141页

作者：俞晓晶罗成林建成郝沛何有裕郭宗明秦磊苏炅刘博书黄音南蓬李传松熊斌罗小民赵国屏裴刚陈凯先沈旭沈建华左建平何伟忠石铁流钟扬蒋华良李亦学上海 200031 上海生物信息技术研究中心上海 201203 上海 200031 中国医学科学院医学生物学研究所云南 650118 中国上海 201203 上海 201203 复旦大学生命学院上海 200433 上海生物信息技术研究中心中国科学院上海生命科学研究院中国科学院上海生命科学研究院上海 200031 中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心

目的:获得SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现其可能的配体-受体作用区域和结合位点,为SARS蛋白功能研究以及设计抗SARS药物和疫苗提供线索。方法:在比较基因组学的基础上,通过运用多序列比对、同源性分析和进化分析等手段预... 详细信息

目的:获得SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现其可能的配体-受体作用区域和结合位点,为SARS蛋白功能研究以及设计抗SARS药物和疫苗提供线索。方法:在比较基因组学的基础上,通过运用多序列比对、同源性分析和进化分析等手段预测并确定SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的区域和结合位点,并用分子模拟和分子对接分析的方法模建S蛋白与CD13在预测区域的相互作用。结果:获得了SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现了一个冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的功能域,以及位于此功能域中的4个可能的相互作用的位点。分子模拟验证了其中一个可能的相互作用的位点。结论:CD13可能是SARS冠状病毒S蛋白结合的一个靶点,它们之间的相互作用可能是SARS病毒感染的途径之一。同时,本研究也为运用生物信息方法寻找蛋白质作用靶点的线索提供了一种策略。

关键词：非典型肺炎(SARS) CD13 S蛋白生物信息学分子模拟分子对接

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河蚬汤食源纳米颗粒对非酒精性脂肪肝长爪沙鼠的影响

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中国食品学报 2021年第2期21卷 116-120页

作者：余兆硕汪惠勤高观祯柯李晶周建武饶平凡余陈欢中国科学院上海生命科学研究院-浙江工商大学食品营养科学联合研究中心杭州310035 中国科学院肿瘤与基础医学研究所实验动物中心杭州310018

通过构建非酒精性脂肪肝长爪沙鼠模型,探讨河蚬汤食源纳米颗粒(FNPs)对高脂长爪沙鼠的非酒精性脂肪肝的改善作用。结果显示:连续喂养高脂饲料4周后,高脂组长爪沙鼠肝脏TC、TG及AST与ALT水平均显著升高(P﹤0.05),经组织切片染色发现,高... 详细信息

通过构建非酒精性脂肪肝长爪沙鼠模型,探讨河蚬汤食源纳米颗粒(FNPs)对高脂长爪沙鼠的非酒精性脂肪肝的改善作用。结果显示:连续喂养高脂饲料4周后,高脂组长爪沙鼠肝脏TC、TG及AST与ALT水平均显著升高(P﹤0.05),经组织切片染色发现,高脂组肝组织呈现灶状坏死情况,说明非酒精性脂肪肝长爪沙鼠模型建立成功。与高脂模型组相比,通过口服或者灌胃河蚬汤FNPs的非酒精性脂肪肝长爪沙鼠的各项指标降低,其中血清TC与肝脏TC、AST水平均极显著降低(P﹤0.01),且肝脏各项指标与正常对照组无显著差异,说明无论口服还是灌胃方式喂养河蚬汤FNPs都具有降血脂及改善非酒精性脂肪肝的作用。此外,口服组最为接近正常组并优于灌胃组,这可能是口服喂养河蚬汤FNPs直接作用于消化道黏膜,从而发挥更强的护肝活性。

关键词：河蚬汤食源纳米颗粒长爪沙鼠非酒精性脂肪肝食道黏膜

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用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第6期24卷 11-18+141页

作者：秦磊熊斌罗成郭宗明郝沛苏炅南蓬冯颖石忆湘俞晓晶罗小民陈凯先沈旭沈建华左建平赵国屏石铁流何伟忠钟扬蒋华良李亦学上海 200031 上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院上海 200031 上海 201203 复旦大学生命学院上海 200433 中国上海生物信息技术研究中心上海生物信息技术研究中心上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心

目的:通过生物信息学的手段,预测SARS病毒的基因组包装信号序列,为反义核酸和干扰核酸药物的设计提供有效的靶序列。方法:结合已报道的有关MHV和BCoV的基因组包装信号的一级结构和二级结构特点等信息,把SARS病毒的基因组和MHV,BCoV,PEDV... 详细信息

目的:通过生物信息学的手段,预测SARS病毒的基因组包装信号序列,为反义核酸和干扰核酸药物的设计提供有效的靶序列。方法:结合已报道的有关MHV和BCoV的基因组包装信号的一级结构和二级结构特点等信息,把SARS病毒的基因组和MHV,BCoV,PEDV,HCoV的基因组序列进行多序列比对;使用RNA二级结构预测软件对它们的RNA二级结构进行了预测和比较。在此基础上,根据冠状病毒识别基因组包装信号的机理,对来自这五种病毒的N蛋白、M蛋白序列也进行了多序列比对,探讨基因组包装信号与这两个蛋白质的进化关系。结果:SARS病毒的基因组包装信号位于接近ORFlb的3’端的位置,和MHV、BCoV的基因组包装序列一起位于ORFlb基因的核酸序列高突变区,但是其RNA二级结构与MHV、BCoV的基因组包装信号的二级结构很相似。对PEDV和HCoV的基因组包装信号序列的预测获得了类似的结果,而且三者的包装信号序列的位置在多序列比对的结果中互相重叠。突变频率的分析表明,基因组包装信号序列的突变频率高于N蛋白,而N蛋白高于M蛋白。结论:SARS病毒的基因组包装信号序列靠近ORFlb基因的3’端,其二级结构与MHV、BCoV的包装信号相似。基因组包装信号所在的基因组序列具有很高的突变性,这对与之相互作用的N蛋白和M蛋白也产生了影响。

关键词：非典型肺炎(SARS) 包装信号茎-环结构 N蛋白 M蛋白反义核酸干扰核酸

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先导化合物的发现——整合计算机虚拟筛选、化学合成和生物测试方法

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化学进展 2007年第12期19卷 1939-1946页

作者：叶德举罗小民沈建华朱维良沈旭蒋华良柳红中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究国家重点实验室药物发现与设计中心上海201203

先导化合物的发现在药物研究中起关键作用。基于分子对接的虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术,已成为一种与高通量筛选互补的方法,广泛应用于先导化合物的发现中。本文结合本课题组的研究实例,综述了通过计算机虚拟筛选、化学合... 详细信息

先导化合物的发现在药物研究中起关键作用。基于分子对接的虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术,已成为一种与高通量筛选互补的方法,广泛应用于先导化合物的发现中。本文结合本课题组的研究实例,综述了通过计算机虚拟筛选、化学合成和生物测试相结合的方法来发现先导化合物的研究工作。

关键词：先导化合物虚拟筛选分子对接合成生物测试

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信号肽疏水性的提高促进青霉素G酰化酶分泌

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生物化学与生物物理学报 2000年第2期32卷 163-168页

作者：杨运桂徐京宁胡泰山钱友存杨胜利龚毅中国科学院上海生命科学研究院上海生物工程研究中心!上海200233 华东理工大学国家生物反应器工程重点实验室!上海200237 中国科学院上海生命科学?

设计和合成了一段具有连续 10个亮氨酸强疏水核心的信号肽 (artificialsignalpeptide ,ASP) ,由EcoRI KpnI位点融合到青霉素G酰化酶 ( penicillinGacylase ,PAC)信号肽 (wildtypesignalpeptide,WTSP)的 - 4Pro位点 ,分别构建了PAC表达质粒 :pKKpacΔSP ,pKKpacWTSP ,pKKpacASP ,pETpacWTSP ,pETpacASP。ASP与WTSP均为 2 6个氨基酸 ,两者N端为MK ,C端均为PAVA。通过酶活性的测定及Western印迹分析 ,分别在tac,T7及氧调控表达系统中研究ASP和WTSP对PAC分泌的影响。结果表明 ,与WTSP相比 ,ASP对PAC酶活水平平均提高了约 63 % ,对PAC前体的分泌能力平均提高了约 4 1% ,通过提高信号肽疏水核心疏水性有效促进了青霉素G酰化酶的分泌。

关键词：青霉素G酰化酶信号肽疏水核心疏水性

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