检索结果-内蒙古大学图书馆

化学学报 2004年第19期62卷 1968-1972页

作者：邓勇刘琪李亦学上海交通大学电子信息学院上海200030 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心上海200031

跨膜蛋白在进化过程中 ,序列保守性较差 ,即使是同源蛋白序列的一致性程度也较低 ,因而在跨膜区预测算法中 ,通过序列的一致性程度来选取训练集并不能有效地消除预测结果对训练集的过度适应性 .本文提出了一种基于氨基酸模糊聚类分析的... 详细信息

跨膜蛋白在进化过程中 ,序列保守性较差 ,即使是同源蛋白序列的一致性程度也较低 ,因而在跨膜区预测算法中 ,通过序列的一致性程度来选取训练集并不能有效地消除预测结果对训练集的过度适应性 .本文提出了一种基于氨基酸模糊聚类分析的预测算法 ,通过氨基酸在各个区域分布的相似性程度进行模糊聚类 ,从而根据一类氨基酸的分布特性而不是各个氨基酸的分布特性进行跨膜区预测 .结果表明 ,该方法能在一定程度上消除训练集的选取对测试结果的影响 ,提高跨膜蛋白拓扑结构预测的准确度 ,特别是提高对目前知之甚少的跨膜蛋白的预测准确度 .

关键词：氨基酸模糊聚类分析跨膜区域预测跨膜蛋白训练集拓扑结构

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SARS病毒中S蛋白的hAPN受体接合功能域分析(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第6期24卷 3-10+141页

作者：俞晓晶罗成林建成郝沛何有裕郭宗明秦磊苏炅刘博书黄音南蓬李传松熊斌罗小民赵国屏裴刚陈凯先沈旭沈建华左建平何伟忠石铁流钟扬蒋华良李亦学上海 200031 上海生物信息技术研究中心上海 201203 上海 200031 中国医学科学院医学生物学研究所云南 650118 中国上海 201203 上海 201203 复旦大学生命学院上海 200433 上海生物信息技术研究中心中国科学院上海生命科学研究院中国科学院上海生命科学研究院上海 200031 中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心

目的:获得SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现其可能的配体-受体作用区域和结合位点,为SARS蛋白功能研究以及设计抗SARS药物和疫苗提供线索。方法:在比较基因组学的基础上,通过运用多序列比对、同源性分析和进化分析等手段预... 详细信息

目的:获得SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现其可能的配体-受体作用区域和结合位点,为SARS蛋白功能研究以及设计抗SARS药物和疫苗提供线索。方法:在比较基因组学的基础上,通过运用多序列比对、同源性分析和进化分析等手段预测并确定SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的区域和结合位点,并用分子模拟和分子对接分析的方法模建S蛋白与CD13在预测区域的相互作用。结果:获得了SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现了一个冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的功能域,以及位于此功能域中的4个可能的相互作用的位点。分子模拟验证了其中一个可能的相互作用的位点。结论:CD13可能是SARS冠状病毒S蛋白结合的一个靶点,它们之间的相互作用可能是SARS病毒感染的途径之一。同时,本研究也为运用生物信息方法寻找蛋白质作用靶点的线索提供了一种策略。

关键词：非典型肺炎(SARS) CD13 S蛋白生物信息学分子模拟分子对接

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系统生物学的现状与展望

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中国科学基金 2005年第5期19卷 282-286页

作者：石铁流李亦学中国科学院上海生命科学研究院生物信息学中心上海大学生物信息学中心上海200444 上海生物信息技术研究中心上海200235

作为生物学的一个新领域,系统生物学的兴起及发展为研究生命活动提供了一个全新的思路和方法,它将各种组学的方法综合起来,通过高通量的实验手段,从转录组、蛋白质组、代谢组等方面多层次、全方位地对生物体内的生命活动进行检测,同时... 详细信息

作为生物学的一个新领域,系统生物学的兴起及发展为研究生命活动提供了一个全新的思路和方法,它将各种组学的方法综合起来,通过高通量的实验手段,从转录组、蛋白质组、代谢组等方面多层次、全方位地对生物体内的生命活动进行检测,同时利用生物信息学的方法和手段对相关的数据进行分析及整合,并在此基础上,对相关的生命活动进行模拟,以期系统地研究和阐明生命活动的规律。本文简单介绍了系统生物学的现状,研究的内容及方法,并对今后的发展提出了一些想法。

关键词：系统生物学生物系统建模高通量基因调控网络蛋白质相互作用网络现状生命活动展望生物信息学实验手段

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猪链球菌全基因组序列比较分析

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科学通报 2006年第7期51卷 808-818页

作者：魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学中国科学院上海生命科学研究院生物信息学中心中国科学院研究生院上海200031 上海生物信息技术研究中心上海200235

1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和... 详细信息

1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.

关键词：猪链球菌(Streptococcus suis) 菌株P1/7 菌株89-1591 毒性因子

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常染色体显性多囊肾病患者与正常成人尿液的定量比较蛋白质组学分析

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中华肾脏病杂志 2005年第6期21卷 345-350页

作者：张岩梅长林喻峰沈学飞黄音刘亚伟赵海丹戴兵周玉坤戎殳许涛华振浩 200003 上海第二军医大学长征医院肾内科中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组学研究中心中国科学院上海生命科学研究院生物信息学中心海军总医院肾内科

目的搜索常染色体显性多囊肾病(ADPKD)患者与正常成人尿液蛋白质组中有丰度差异的蛋白质成分。方法制备ADPKD患者(PKD1突变)及正常成人尿液蛋白组样品,同位素编码的亲和力标签法标记蛋白质、筛选被标记肽段,二维液相色谱-串联质谱法分... 详细信息

目的搜索常染色体显性多囊肾病(ADPKD)患者与正常成人尿液蛋白质组中有丰度差异的蛋白质成分。方法制备ADPKD患者(PKD1突变)及正常成人尿液蛋白组样品,同位素编码的亲和力标签法标记蛋白质、筛选被标记肽段,二维液相色谱-串联质谱法分离鉴定被标记肽段,从而鉴定蛋白质。通过计算两同位素试剂标记的相同肽段指纹峰面积比,寻找有丰度差异的蛋白质。根据被鉴定肽段的可信度,从鉴定出的蛋白质中选出6种,免疫印迹法验证其在两尿液蛋白组样品中的丰度差异。结果两尿液蛋白质组共鉴定出尿蛋白质106种, ADPKD患者尿液中水平较正常上调者48种,下调者45种。其中多囊蛋白1、肝细胞生长因子、单核细胞趋化蛋白3及孕激素受体等5种蛋白丰度差异为免疫印迹所证实。结论包括多囊蛋白1在内的多种蛋白质成分在ADPKD患者尿液中丰度发生改变,差异蛋白包括生长因子、凋亡调节蛋白、细胞外基质成分、受体、参与胞浆运输的蛋白质、酶类、细胞信号蛋白、转录因子及转录调节因子等,这些蛋白质信息可能为寻找与ADPKD发病相关的蛋白提供部分实验依据。

关键词：比较蛋白质组人尿液肾病患者常染色体显性多囊肾病 ADPKD 单核细胞趋化蛋白肝细胞生长因子细胞外基质成分多囊蛋白1 学分定量凋亡调节蛋白转录调节因子标记蛋白质串联质谱法免疫印迹法孕激素受体分离鉴定

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预测和分析血吸虫含有EF-hand结构域的表膜蛋白的功能

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科学通报 2007年第13期52卷 1529-1535页

作者：于复东康斌李园园李亦学中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室生物信息中心中国科学院研究生院上海生物信息技术研究中心上海200235

血吸虫病仍然是严重危害人类健康的重要寄生虫疾病之一.在血吸虫中发现一类特殊的表膜蛋白,它们含有EF-hand结构域,但是对它们功能的了解除了可以作为抗原之外几乎一无所知.蛋白-蛋白相互作用、位点特异性变异和糖基化位点修饰等insilic... 详细信息

血吸虫病仍然是严重危害人类健康的重要寄生虫疾病之一.在血吸虫中发现一类特殊的表膜蛋白,它们含有EF-hand结构域,但是对它们功能的了解除了可以作为抗原之外几乎一无所知.蛋白-蛋白相互作用、位点特异性变异和糖基化位点修饰等insilico分析的结果表明,这类表膜蛋白不仅可以与具有免疫调节功能的宿主蛋白进行相互作用来帮助血吸虫主动调节宿主的免疫反应,还可以通过位点特异性变异、糖基化修饰自身那些可以被宿主免疫攻击所识别的位点,以帮助血吸虫被动调节宿主免疫攻击.此外,对表膜蛋白C端区域的分析表明,这些蛋白还可以协助血吸虫抑制宿主多核细胞的细胞趋化和宿主的IgG4免疫反应来调节和逃避宿主的免疫攻击.总之,分析结果暗示,这些表膜蛋白可以协助血吸虫在宿主-寄生虫相互作用过程中调节和逃避宿主的免疫攻击,起到自我保护的作用.

关键词：血吸虫宿主-寄生虫相互作用表膜蛋白 EF-hand结构域生物信息学分析

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细胞色素酶2D6的分子对接以及分子动力学研究

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科学通报 2010年第1期55卷 40-44页

作者：王靖方张成城魏冬青中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室生物信息中心上海200031 上海交通大学生命科学与技术学院生物信息与生物统计系上海200240

细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模... 详细信息

细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模拟的方法,研究了细胞色素酶2D6的结构特征以及其与药物分子之间的相互作用.并且发现,细胞色素酶2D6活性位点中的Glu216,Asp301,Ser304和Ala305在其与药物分子的相互作用中有着重要的作用.它们可以形成一个或者多个氢键来固定药物分子.同时其活性位点中的Phe120可以通过形成一定的Π-Π相互作用来识别和固定药物分子.这些发现有助于进一步了解细胞色素酶2D6的结构特征,特别是其活性位点附近的结构特征,理解细胞色素酶2D6代谢药物的机理.同时,由于细胞色素酶2D6存在着单核苷酸多肽性,所得到的结果可以为个性化医疗提供一定的理论基础.

关键词：细胞色素酶分子对接分子动力学模拟药物代谢机理个性化医疗

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生物信息学数据仓库中语义相似性方法的应用与实现

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计算机应用研究 2004年第11期21卷 160-162页

作者：张永立张忠平曹顺良骆建华李亦学上海交通大学生命科学技术学院生物医学工程系上海200030 复旦大学计算机与信息技术系中国科学院上海生命科学研究院生物信息学中心

怎样存储海量的生物数据以及如何使得它们更为方便地被生物学家利用已成为当前生物领域亟待解决的问题。国外曾出现了诸如GenBank,Swiss Prot,KEGG等生物数据库,但是由于它们各自的数据库标准不同,这给生物学家的查询和研究工作带来极... 详细信息

怎样存储海量的生物数据以及如何使得它们更为方便地被生物学家利用已成为当前生物领域亟待解决的问题。国外曾出现了诸如GenBank,Swiss Prot,KEGG等生物数据库,但是由于它们各自的数据库标准不同,这给生物学家的查询和研究工作带来极大地不便。描述一个基于这些异构数据库的整合的数据仓库系统,并在此基础上开发了一个语义相似性查询工具,实现智能化的多重、复合和交叉检索。

关键词：生物信息学数据仓库数据库整合语义相似性

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生物医学大数据发展的新挑战与趋势

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中国科学院院刊 2018年第8期33卷 853-860页

作者：张国庆李亦学王泽峰赵国屏中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院)中国科学院大学上海200031 上海生物信息技术研究中心上海201203

生物医学数据从PB量级的组学时代进入到EB量级的多维度大数据时代,引发了生物医学研究向数据密集型的第四科学范式的深刻变革。如何将临床数据与研究数据进行高维度多层次的汇交共享,实现从"组学"到临床与健康人群数据的生物... 详细信息

生物医学数据从PB量级的组学时代进入到EB量级的多维度大数据时代,引发了生物医学研究向数据密集型的第四科学范式的深刻变革。如何将临床数据与研究数据进行高维度多层次的汇交共享,实现从"组学"到临床与健康人群数据的生物医学大数据的综合管理利用,从而使大数据迅速转化为新知识,成为生物医学大数据所面临的挑战。发展以递交为基础、以整合为导向的数据存储技术,以主题为基础、以交互为导向的数据共享技术,以及以传统信息技术为基础、以前沿信息技术为导向的数据分析挖掘技术,并同时开展标准质控相关研究,是生物医学大数据存储、共享和转化的新思路,也是构建新一代生物医学大数据研究中心的技术关键和未来趋势。

关键词：生物医学大数据整合交互数据挖掘

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SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测

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科学通报 2004年第11期49卷 1121-1122页

作者：张原郑楠郝沛钟扬中国科学院植物研究所系统与进化植物学开放实验室北京100093 北京师范大学生命科学学院中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心复旦大学生命科学学院上海200433

严重急性呼吸系统综合症(severe acute respiratory syndrome,SARS)病原体--SARS冠状病毒(SARS-CoV)的基因组结构和表达模式已被详细描述[1～10].Spike蛋白作为冠状病毒粒子表面的结构性糖蛋白,负责结合宿主细胞受体,诱导病毒包膜和细... 详细信息

严重急性呼吸系统综合症(severe acute respiratory syndrome,SARS)病原体--SARS冠状病毒(SARS-CoV)的基因组结构和表达模式已被详细描述[1～10].Spike蛋白作为冠状病毒粒子表面的结构性糖蛋白,负责结合宿主细胞受体,诱导病毒包膜和细胞膜的融合,刺激机体产生中和抗体并与介导细胞发生免疫反应[1].……

关键词： SARS冠状病毒 S基因最近共同祖先序列 Spike蛋白适应性严重急性呼吸系统综合症

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