检索结果-内蒙古大学图书馆

中草药 2020年第20期51卷 5302-5310页

作者：贺润丽王晓英韩毅丽刘计权杜晨晖王莉花山西中医药大学山西太原030619 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室云南昆明650223

目的挖掘与款冬萜类化合物生物合成途径相关的关键酶基因。方法利用Illumina HiSeq2500测序平台对野生款冬花蕾和叶进行转录组测序,使用Trinity软件de novo从头组装,并通过基因功能注释、差异表达基因分析等生物信息学方法进行分析,挖... 详细信息

目的挖掘与款冬萜类化合物生物合成途径相关的关键酶基因。方法利用Illumina HiSeq2500测序平台对野生款冬花蕾和叶进行转录组测序,使用Trinity软件de novo从头组装,并通过基因功能注释、差异表达基因分析等生物信息学方法进行分析,挖掘款冬中萜类化合物生物合成途径相关的酶基因。结果转录组测序获得39912371条高质量reads(SRA号:SRR9113366,SRR9113367),组装获得91118条Unigene,55830条Unigene在NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG等数据库得到注释。鉴定出参与款冬萜类化合物生物合成相关酶基因的129个Unigene,包括91个参与三萜骨架生物合成酶基因,32个萜类合成酶基因,6个细胞色素P450基因,其中差异表达基因25个,涉及上游MVA途径的4个差异基因在花蕾中表达量高于叶,MEP途径的5个差异基因在叶中表达高于花蕾,另外还有10个基因在叶中高表达,9个基因在花蕾中高表达。根据差异基因HMGR、TPS、AS、CYP450基因在花蕾中高表达,推测可能与花蕾中萜类物质含量高有关。结论从款冬转录组数据库中初步获得了可能参与萜类化合物生物合成途径的候选关键酶基因,为进一步阐明款冬萜类化合物生物合成的分子机制奠定基础。

关键词：款冬转录组萜类化合物生物合成基因表达

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华南农业大学学报 2015年第2期36卷 13-18页

作者：周国雁伍少云隆文杰雷涌涛云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室云南昆明650223

【目的】通过比较模拟干旱胁迫条件下全生育期抗旱性不同的云南小麦资源种子萌发期抗旱性相关性状的差异,寻找早期阶段对全生育期抗旱性强弱有指标作用的种子萌发期性状.【方法】采用PEG-6000高渗溶液渗透胁迫法,观察了2种5亚种70份材... 详细信息

【目的】通过比较模拟干旱胁迫条件下全生育期抗旱性不同的云南小麦资源种子萌发期抗旱性相关性状的差异,寻找早期阶段对全生育期抗旱性强弱有指标作用的种子萌发期性状.【方法】采用PEG-6000高渗溶液渗透胁迫法,观察了2种5亚种70份材料的发芽势、发芽率、胚根数、最大胚根长、胚芽鞘长和胚芽长等6个种子萌发期抗旱性的相关性状,分析了观察平均值及相对值与抗旱指数、抗旱系数的相关性.【结果和结论】在5个亚种的全生育期抗旱性强-极强品种与极弱的对照品种云选11-12、与中等或弱-极弱的品种比较中,没有一个观察性状的平均值及其相对值有一致的显著差异,也没有一个观察性状的平均值及其相对值与所有5个亚种抗旱性强-极强品种的抗旱指数、抗旱系数有一致的显著或极显著的相关性.结果表明仅用同一个抗旱性相关性状将所有亚种抗旱性强-极强的品种都区分出来是不现实的,需要利用种子萌发期的一些相关性状(如相对胚根数、相对胚芽鞘长、相对胚芽长、相对最大胚根长和根芽长比等)并结合其与抗旱指数、抗旱系数的相关性,才能筛选出不同亚种的抗旱性强-极强的育种材料.

关键词：小麦种子萌发期抗旱性状抗旱系数抗旱指数相关性

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侵染假酸浆的泰国番茄黄化曲叶病毒全基因组结构特征

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植物保护 2023年第2期49卷 111-120,151页

作者：张水英赵丽玲钟静李婷婷丁铭云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室昆明650223

为明确假酸浆Nicandra physalodes叶片黄化、皱缩症状是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,本研究利用分子检测方法和生物信息学技术鉴定了假酸浆样品中的病毒种类。从采集的病样中克隆并获得了2条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列... 详细信息

为明确假酸浆Nicandra physalodes叶片黄化、皱缩症状是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,本研究利用分子检测方法和生物信息学技术鉴定了假酸浆样品中的病毒种类。从采集的病样中克隆并获得了2条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和1条beta卫星全序列,经全序列分析发现,该双生病毒的两条DNA-A全序列与泰国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl Thailand virus,TYLCTHV)云南分离物TYLCTHV-YN1732一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近;beta卫星的全序列与云南番茄曲叶beta卫星(tomato leaf curl Yunnan betasatellite,TLCYnB)的分离物YN5230一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近。重组分析显示,假酸浆上分离的TYLCTHV-YN5735-12是一个重组病毒,有两个重组事件,一个主要发生在AV 1的编码区,由中国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV)和广西大戟曲叶病毒(euphorbia leaf curl Guangxi virus,EuLCGXV)重组形成,另一个重组事件主要发生在基因间隔区(IR区),由泰国烟草卷叶病毒(tobacco leaf curl Thailand virus,TbLCTHV)和TYLCTHV重组形成。研究结果表明,假酸浆是TYLCTHV的新寄主,这是单组分菜豆金色花叶病毒属病毒及其伴随beta卫星侵染假酸浆的首次报道。

关键词：假酸浆泰国番茄黄化曲叶病毒基因组特征重组

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元江普通野生稻中抗白叶枯病基因鉴定与分析

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华北农学报 2023年第2期38卷 199-205页

作者：卢源达钟巧芳王波张敦宇殷富有王玲仙程在全陈玲云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室云南昆明650205 云南农业大学植物保护学院云南昆明650224

元江普通野生稻(YP)是一份被称为植物活化石的种质材料,同时其也拥有大量的抗性(R)基因。为了鉴定元江普通野生稻中含有目前已知白叶枯病抗性基因的情况。以元江普通野生稻(YP)、渗入系后代(L214和G252)及其渗入系的感病亲本栽培稻合系3... 详细信息

元江普通野生稻(YP)是一份被称为植物活化石的种质材料,同时其也拥有大量的抗性(R)基因。为了鉴定元江普通野生稻中含有目前已知白叶枯病抗性基因的情况。以元江普通野生稻(YP)、渗入系后代(L214和G252)及其渗入系的感病亲本栽培稻合系35(HX35)作为供试材料,通过接菌鉴定、功能标记检测、同源克隆和实时荧光定量(qRT-PCR)技术来评价这些材料对白叶枯病的抗性。接菌鉴定结果显示,YP、L214、G252对供试的白叶枯病菌C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C9和PXO99^(A)均表现出抗性且病斑长度均小于2 cm;而HX35对供试的9个菌株均表现出感病且病斑长度远超6 cm。白叶枯病抗性基因检测结果显示,YP中含有Xa10的同源基因,HX35、L214、G252中含有xa23的感病同源基因。序列比对结果显示,抗病基因Xa10与YP中的Xa10启动子的效应因子结合元件(EBE_(AvrXa10))区域序列差异较大。同样地,隐性感病基因xa23与HX35、L214和G252中的xa23启动子的效应因子结合元件(EBE_(AvrXa23))区域序列一致。qRT-PCR结果显示,在接了PXO99^(A)菌株24 h后,YP、HX35、L214和G252中的免疫反应被激活,而YP中的Xa10和HX35、L214、G252中的xa23在所有处理时间段内均未被诱导表达。由此推测,YP、L214和G252中可能含有新的抗白叶枯病基因。

关键词：元江普通野生稻渗入系白叶枯病抗性基因

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水稻抗白叶枯病基因Xa47(t)a的敲除及抗性鉴定

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植物保护学报 2023年第4期50卷 883-893页

作者：卢源达张敦宇王玲仙肖素勤杜云龙陈玲云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室昆明650205 云南农业大学植物保护学院昆明650224

为鉴定水稻Xa47(t)a基因对白叶枯病的抗性,以水稻种质L214为材料,通过构建针对Xa47(t)a基因的Xa47(t)a-Cas9敲除载体来获得敲除突变体,利用生物信息学技术对突变的Xa47(t)a基因进行突变类型分析,同时采用实时荧光定量PCR(quantitative r... 详细信息

为鉴定水稻Xa47(t)a基因对白叶枯病的抗性,以水稻种质L214为材料,通过构建针对Xa47(t)a基因的Xa47(t)a-Cas9敲除载体来获得敲除突变体,利用生物信息学技术对突变的Xa47(t)a基因进行突变类型分析,同时采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)技术分析突变体中Xa47(t)a及病程相关基因的表达情况,并于水稻孕穗期对突变体及其野生型植株接种11株白叶枯病菌Xanthomonas oryzae ***菌株进行抗性鉴定。结果表明,在Xa47(t)a基因的第2外显子区域进行基因编辑后成功获得25株T0代突变体株系;测序分析发现T0代突变体株系中有13种不同的突变体类型,其中纯合突变体有3种类型,且突变位点均在靶标位点的11位碱基处缺失1~4个A碱基;氨基酸序列分析发现大部分突变体中Xa47a编码的蛋白翻译会提前终止,由原来的803个氨基酸变为144~166个氨基酸;qPCR分析结果表明突变体中Xa47(t)a及大部分病程相关基因的表达水平显著低于野生型株系;抗性鉴定结果显示,生长至孕穗期的T1代纯合突变体株系对白叶枯病菌Y8、C5、C9、PXO99A、T7147、YJdp-2和YJws-2菌株的抗性显著低于野生型株系。表明Xa47(t)a基因赋予了稻种材料L214良好的抗白叶枯病功能。

关键词： Xa47(t)a基因基因敲除水稻白叶枯病种质L214 抗性鉴定突变类型

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侵染青蒿的烟草曲茎病毒的分子鉴定及基因组结构特征分析

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植物保护 2021年第5期47卷 126-133页

作者：钟静赵丽玲李婷婷丁铭云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业农村部西南农业基因资源与种质创制重点实验室昆明650223

菜豆金色花叶病毒属病毒是一类在全球热带及亚热带地区造成严重经济损失的植物病毒,田间杂草是这类病毒重要的中间寄主。本研究从云南省玉溪市采集了表现黄脉的青蒿植株,通过PCR扩增、克隆及测序从样品中获得两条菜豆金色花叶病毒属病毒... 详细信息

菜豆金色花叶病毒属病毒是一类在全球热带及亚热带地区造成严重经济损失的植物病毒,田间杂草是这类病毒重要的中间寄主。本研究从云南省玉溪市采集了表现黄脉的青蒿植株,通过PCR扩增、克隆及测序从样品中获得两条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全基因组序列,分别为YN6393-23和YN6393-27,其全长均为2739 bp,相似性为100%。序列分析发现,YN6393-23和YN6393-27的核苷酸序列与烟草曲茎病毒Tobacco curly shoot virus(TbCSV)的分离物YN4584的核苷酸序列相似性最高,为99.45%。根据国际病毒分类委员会对菜豆金色花叶病毒属病毒种的分类标准,全基因组序列相似性大于91%则为同种病毒,表明此病毒分离物为烟草曲茎病毒的一个分离物。这是菜豆金色花叶病毒属病毒侵染青蒿植株的首次报道。

关键词：青蒿烟草曲茎病毒杂草

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侵染云南雾水葛的菜豆金色花叶病毒属病毒的全基因组结构特征

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植物病理学报 2022年第2期52卷 179-190页

作者：张水英赵丽玲李婷婷钟静陈越丁铭云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业农村部西南农业基因资源与种质创制重点实验室昆明650223

为明确云南雾水葛表现叶片黄化、花叶等症状的植株是否被菜豆金色黄花叶病毒属病毒侵染,本研究通过PCR扩增、克隆测序及核苷酸序列特征分析,确定样品中病原种类及其系统进化关系。结果显示,该病样中检测到雾水葛金色花叶病毒(pouzolzia ... 详细信息

为明确云南雾水葛表现叶片黄化、花叶等症状的植株是否被菜豆金色黄花叶病毒属病毒侵染,本研究通过PCR扩增、克隆测序及核苷酸序列特征分析,确定样品中病原种类及其系统进化关系。结果显示,该病样中检测到雾水葛金色花叶病毒(pouzolzia golden mosaic virus, PouGMV),该分离物全基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属单组分病毒结构特征,与来自越南的Vietam分离物(KC857508)亲缘关系最近,相似性最高达94.6%,与PouGMV其他分离物亲缘关系相对较远,相似性在88.9%~93.2%之间。病毒alpha卫星分子检测及分析显示,该样品中检测到的alpha卫星分子,其全长核苷酸序列与云南番茄黄化曲叶alpha卫星(tomato yellow leaf curl Yunnan alphasatellite, TYLCYnA)相似性最高,达到92.3%。研究结果表明云南雾水葛中分离到PouGMV,且异源伴随TYLCYnA卫星分子。这是雾水葛金色花叶病毒伴随alpha卫星分子侵染雾水葛的首次报道。

关键词：雾水葛雾水葛金色花叶病毒 Alpha卫星分子基因组结构

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云南铁壳麦的穗发芽抗性鉴定与分析

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麦类作物学报 2020年第3期40卷 310-319页

作者：周国雁陈丹隆文杰武晓阳蔡青伍少云云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室云南昆明650205

为了解云南铁壳麦(Triticum aestivum ***)的穗发芽抗性及其机制、筛选抗性材料,以白粒推广良种云麦53号为对照,采用整穗发芽、整粒发芽及分子功能标记的方法,鉴定了55份云南铁壳麦的穗发芽抗性及种子的休眠特性,分析了发芽指数(germina... 详细信息

为了解云南铁壳麦(Triticum aestivum ***)的穗发芽抗性及其机制、筛选抗性材料,以白粒推广良种云麦53号为对照,采用整穗发芽、整粒发芽及分子功能标记的方法,鉴定了55份云南铁壳麦的穗发芽抗性及种子的休眠特性,分析了发芽指数(germination index,GI)在穗发芽抗性级别不同的材料间、分子功能标记基因等位变异间的差异及籽粒发芽率(germination percent,GP)在不同休眠级别的材料间的差异。结果表明,以整穗发芽率(spikes germination rate,SGR)为鉴定指标,在对照云麦53号的SGR达76.2%的前提下,云南铁壳麦除1份材料SGR为2%外,其他材料的SGR都为0,与对照相比,对穗发芽的抗性都很强。以GI为鉴定指标,供试云南铁壳麦对穗发芽的抗性则较弱,抗性材料较少,GI为15.5%~72.8%(对照的GI为65.7%),GI在抗性级别不同的材料间明显不同。以籽粒发芽率为依据,云南铁壳麦的种子休眠性可分为休眠、中度休眠、浅休眠和无休眠4级,GP在不同休眠级别的材料间也显著不同。用STS功能标记Vp1B3扩增出A带(652 bp)、C带(无带)的材料,其GI均与扩增出B带(569 bp)材料的GI有明显差异;用标记Vp1A3扩增出B带(170 bp)材料的GI与C带(无带)材料的GI也有明显差异,其他3个功能标记(Tasdr-B1、Tamyb10D1、Tamyb10D)扩增到不同带型材料的GI则无明显的不同,用分子标记获得的结果不能解释云南铁壳麦的穗发芽抗性或种子休眠特性的变化。

关键词：云南铁壳麦穗发芽抗性种子休眠鉴定分子功能标记

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侵染木薯的两种单组分菜豆金色花叶病毒属病毒及卫星分子基因组结构特征分析

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植物病理学报 2021年第2期51卷 171-183页

作者：钟静赵丽玲封庆红李婷婷丁铭云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业农村部西南农业基因资源与种质创制重点实验室昆明650223

为明确木薯(Manihot esculenta Crantz)植株叶片皱缩、畸形是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省红河州田间采集具有疑似感染症状的木薯植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物、种专化性引物及卫星分子引物进行PC... 详细信息

为明确木薯(Manihot esculenta Crantz)植株叶片皱缩、畸形是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省红河州田间采集具有疑似感染症状的木薯植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物、种专化性引物及卫星分子引物进行PCR扩增、克隆,通过测序分析其核苷酸序列特征并对其进行系统进化分析。结果显示,从采集疑似病叶中共克隆获得4条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和6条beta卫星分子全序列,经全序列分析发现侵染木薯的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于烟草曲茎病毒(tobacco curly shoot virus, TbCSV)和中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus, AYVCNV)。TbCSV木薯分离物全基因组核苷酸序列与分离自云南的TbCSV-YN2247(KX290925)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到96.67%;AYVCNV木薯分离物全基因组核苷酸序列与分离自云南的AYVCNV-YN4326(KU601622)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到95.80%;侵染木薯的beta卫星分子分别为赛葵黄脉病毒beta卫星(malvastrum yellow vein betasatellite, MaYVB)和中国胜红蓟黄脉病毒beta卫星(ageratum yellow vein China virus betasatellite, AYVCNB),MaYVB-YN6332-12全基因组核苷酸序列与分离自云南的MaYVB-Y216(KX290925)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到96.4%;AYVCNB-YN6338-17全基因组核苷酸序列与分离自海南的AYVCNB-Hn9(KU601622)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到90.4%,表明木薯是这两种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主。单组分菜豆金色花叶病毒属病毒及其伴随beta卫星分子可以复合侵染木薯植株为首次发现。

关键词：木薯烟草曲茎病毒中国胜红蓟黄脉病毒基因组结构

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云南元江普通野生稻群体Wx基因(CT)_n重复序列和第1内含子G/T位碱基分析

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植物遗传资源学报 2012年第4期13卷 647-649,654页

作者：孙一丁陆辉许明辉云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室昆明650223

对云南元江普通野生稻90个个体Wx基因区段内的重复序列(CT)n和第1内含子供体+1位碱基G/T分别进行了比较分析。结果表明云南元江普通野生稻3个居群中的90个单株在重复序列(CT)n和G/T位点纯合一致,没有多态性;其G/T位点碱基均为G;其重复序... 详细信息

对云南元江普通野生稻90个个体Wx基因区段内的重复序列(CT)n和第1内含子供体+1位碱基G/T分别进行了比较分析。结果表明云南元江普通野生稻3个居群中的90个单株在重复序列(CT)n和G/T位点纯合一致,没有多态性;其G/T位点碱基均为G;其重复序列(CT)n基因型与云南地方籼稻品种优势基因型相似但又有所区别。本研究结果为云南元江普通野生稻Wx基因利用和在稻种进化上的地位提供了信息。

关键词：云南普通野生稻 Wx基因微卫星重复序列 G/T碱基遗传多样性

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