检索结果-内蒙古大学图书馆

生物工程学报 2022年第10期38卷 3888-3900页

作者：门丽影张涛武舒佳马百平董悦生常蕾张瑶徐平安徽医科大学基础医学院安徽合肥230032 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所中国医学科学院蛋白质组学与药物研发新技术创新单元国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所北京100850 大连理工大学生物工程学院辽宁大连116024

2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种在全球范围内广泛存在的代谢性疾病,不及时治疗可能会引发众多危及生命的并发症。肝脏代谢在糖尿病发生发展的过程中扮演着至关重要的角色。目前已有报道中药知母用于缓解胰岛素抵抗及... 详细信息

2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种在全球范围内广泛存在的代谢性疾病,不及时治疗可能会引发众多危及生命的并发症。肝脏代谢在糖尿病发生发展的过程中扮演着至关重要的角色。目前已有报道中药知母用于缓解胰岛素抵抗及糖尿病,但其能否缓解糖尿病中肝脏代谢的异常仍有待深入研究。因此,提取了高脂饮食和化学药物链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导的2型糖尿病大鼠模型、知母提取物处理的2型糖尿病大鼠模型、高脂饮食大鼠模型以及正常饮食大鼠对照组的肝脏蛋白,通过基于质谱的定量蛋白质组学串联质量标签(tandem mass tag,TMT)标记技术获得定量蛋白质组数据。利用生物信息学软件对各组数据进行层次聚类分析及主成分分析,并以P<0.05,差异倍数(fold change)>1.5作为阈值标准进行火山图分析,发现知母提取物治疗组相较未治疗组与正常对照组更接近,表明肝脏组织定量蛋白质组数据能够反映知母提取物对2型糖尿病大鼠模型的治疗效果。筛选获得了表达水平与知母提取物治疗密切相关的关键蛋白簇。利用在线网站分析蛋白簇的GO功能与KEGG通路,发现知母缓解2型糖尿病模型大鼠肝脏脂肪酸代谢异常可能与关键蛋白Ndufa6和Prkar2b的表达水平回调有关。

关键词： 2型糖尿病肝脏知母定量蛋白质组学脂肪酸代谢

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人类蛋白质组计划研究现状与趋势

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中国基础科学 2020年第4期22卷 1-6,50页

作者：姜颖张普民贺福初蛋白质组学国家重点实验室军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心北京102206

在人类基因组草图完成之际,一批科学家迅速集结于国际人类蛋白质组组织(HUPO)旗下,启动"人类蛋白质组计划(HPP)"。近20年来,以鉴定和定量复杂体系中基因组编码全套蛋白质为核心的蛋白质组学技术获得了空前发展。在这篇文章中... 详细信息

在人类基因组草图完成之际,一批科学家迅速集结于国际人类蛋白质组组织(HUPO)旗下,启动"人类蛋白质组计划(HPP)"。近20年来,以鉴定和定量复杂体系中基因组编码全套蛋白质为核心的蛋白质组学技术获得了空前发展。在这篇文章中,我们将回顾HPP的发展历程和我国在蛋白质组学领域的最新进展,并简略讨论"蛋白质组学驱动的精准医学"的发展趋势和应用前景。

关键词：人类蛋白质组计划人类肝脏蛋白质组计划蛋白质组学驱动的精准医学

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人尿液蛋白质N-糖肽富集和质谱鉴定的新方法研究

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质谱学报 2018年第2期39卷 149-157页

作者：黄俊杰焦丰龙王和平朱丽华秦伟捷钱小红华北理工大学基础医学院河北唐山063200 军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京102206 河北省慢性疾病重点实验室河北唐山063000

蛋白质的N-糖基化修饰参与了许多重要的生理过程,是研究多种重大疾病诊断标志物的热点。与其他体液活检样本相比,尿液可以无创、大量获取,并且不受稳态调节的影响,能够在一定程度上反映整个机体的生理和病理状态。因此,人尿液蛋白质N-... 详细信息

蛋白质的N-糖基化修饰参与了许多重要的生理过程,是研究多种重大疾病诊断标志物的热点。与其他体液活检样本相比,尿液可以无创、大量获取,并且不受稳态调节的影响,能够在一定程度上反映整个机体的生理和病理状态。因此,人尿液蛋白质N-糖基化的规模化研究对疾病诊断标记物的筛选和治疗靶点的发现均具有重大意义。由于人尿液中的N-糖蛋白含量有限,修饰比例较低,在质谱分析时N-糖肽易被高丰度的非糖肽所掩盖,难以鉴定。因此,发展高效、高选择性的富集材料是实现尿蛋白N-糖基化深度覆盖的必要前提。本研究利用巯基-烯点击化学反应,使用[3-(甲基丙烯酰氨基)丙基]二甲基(3-硫代丙基)氢氧化铵内盐(SPP)制备了两性离子修饰亲水硅胶材料(SPP-SiO2)。该材料成功地应用于标准糖蛋白和健康人尿蛋白N-糖肽的富集和质谱检测,共鉴定了包含1 065个位点的633个尿液糖蛋白,比文献报道的鉴定规模提高了12.2%,证明了该亲水材料在尿液糖蛋白质组研究中的应用潜力。

关键词：巯基-烯点击化学法尿蛋白 N-糖肽富集质谱鉴定

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质谱方法实现抗体类药物糖链修饰的鉴定与定量研究

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中国生物工程杂志 2018年第1期38卷 32-41页

作者：黄怡李晓宇田芳钱小红应万涛安徽医科大学合肥230032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组学研究中心国家蛋白质科学中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

目的：基于液质联用的串联质谱技术,建立基于完整糖肽水平的抗体药糖型定性定量分析方法,并用于生物仿制药糖型研究。方法：基于液相色谱质谱技术,从完整糖肽水平对糖型进行定性定量分析,同时与传统超高效液相荧光检测（ultra performan... 详细信息

目的：基于液质联用的串联质谱技术,建立基于完整糖肽水平的抗体药糖型定性定量分析方法,并用于生物仿制药糖型研究。方法：基于液相色谱质谱技术,从完整糖肽水平对糖型进行定性定量分析,同时与传统超高效液相荧光检测（ultra performance liquid chromatography_fluorescence detection,UPLC-FLR）结果比较,获得最优分析策略,并用于曲妥珠单抗仿制药批次间糖型定性定量分析。结果：UPLC-FLR方法定量分析了贝伐单抗7种糖型;液质联用方法定量19种糖型;经亲水相互作用色谱（hydrophilic interaction liquid chromatography,HILIC）富集后,定量22种糖型。曲妥珠单抗仿制药批次间糖型定量结果显示良好的一致性。结论：基于液质联用的方法,具有速度快、灵敏度高、检测糖型种类多等优势,有望作为一种稳定的抗体药物糖蛋白位点特异性定量分析策略。

关键词：超高效液相荧光检测液质联用抗体药物完整糖肽定量

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基于离心式富集装置的酪氨酸磷酸肽分析新方法

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分析化学 2017年第10期45卷 1434-1440页

作者：孙婕张万军时照梅秦伟捷钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心

酪氨酸磷酸化及其相应激酶活性的研究在抗肿瘤药物靶点的研发中具有重要意义。由于酪氨酸磷酸化仅占蛋白质总磷酸化含量的不足0.1%,因此规模化的酪氨酸磷酸化鉴定面临着重大技术挑战。本研究构建了TiO;串联C;反相填料的离心式富集装置,... 详细信息

酪氨酸磷酸化及其相应激酶活性的研究在抗肿瘤药物靶点的研发中具有重要意义。由于酪氨酸磷酸化仅占蛋白质总磷酸化含量的不足0.1%,因此规模化的酪氨酸磷酸化鉴定面临着重大技术挑战。本研究构建了TiO;串联C;反相填料的离心式富集装置,结合抗体免疫沉淀法,建立了酪氨酸磷酸肽的富集策略。此新型富集装置由吸头、适配器和离心（EP）管组成,将TiO;富集磷酸肽和C;填料反相分离磷酸肽有机结合,以离心的方式进行样品的上样、清洗、洗脱和分离,再通过抗酪氨酸磷酸化抗体进一步特异性富集酪氨酸磷酸肽,从而实现了酪氨酸磷酸肽的高效富集和大规模质谱鉴定。通过离心式富集装置简化了实验步骤,减少了样品损失和人为因素干扰;而且离心式、平行化的样品处理方式可显著提高分析通量。将此策略成功用于小鼠肝脏蛋白质酪氨酸磷酸化肽段的富集和质谱鉴定,在5 mg鼠肝蛋白中共鉴定出967个酪氨酸磷酸化位点,对应545个蛋白质,显示了其在蛋白质组学研究中的应用潜力。

关键词：酪氨酸磷酸化富集质谱蛋白质组翻译后修饰

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肝胆肿瘤术后难治性复发患者的精准医学临床实践

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中华肝胆外科杂志 2019年第4期25卷 241-245页

作者：崔超胡丙洋万涛武聚山林栋栋李玉冯林春徐白萱戴广海叶慧义徐平卢实春解放军总医院第一医学中心肝胆外科北京100853 首都医科大学附属北京佑安医院普外中心北京100069 解放军总医院第一医学中心放疗科北京100853 解放军总医院第一医学中心核医学科北京100853 解放军总医院第一医学中心肿瘤内科北京100853 解放军总医院第一医学中心放射科北京100853 军事医学科学院放射与辐射医学研究所、北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100850

目的总结肝胆肿瘤术后难治性复发患者应用靶向与免疫联合精准治疗的初步临床效果,探讨精准医学时代多学科综合治疗在肝胆肿瘤术后难治性复发患者治疗中的价值。方法前瞻性收集解放军总医院第一医学中心肝胆外科2016年6月至2019年1月门... 详细信息

目的总结肝胆肿瘤术后难治性复发患者应用靶向与免疫联合精准治疗的初步临床效果,探讨精准医学时代多学科综合治疗在肝胆肿瘤术后难治性复发患者治疗中的价值。方法前瞻性收集解放军总医院第一医学中心肝胆外科2016年6月至2019年1月门诊及住院诊治的52例肝胆肿瘤术后难治性复发患者资料,其中男性37例,女性15例,年龄(56.2±8.5)岁。基于二代基因测序和其他组学包括蛋白组学的结果,为患者制定最适的治疗方案。随访并使用修订的实体瘤疗效评价标准(mRECIST)评估疗效。结果52例患者随访3~31个月,中位随访时间7个月。完全缓解(CR)14例,部分缓解(PR)8例,稳定(SD)14例,疾病进展(PD)16例(其中死亡4例),总的客观缓解率(ORR)为42.3%(22/52),疾病控制率(DCR)为69.2%(36/52)。中位无进展生存期为7个月。6个月生存率、1年生存率分别为100.0%(48/48)和87.5%(21/24)。结论精准医学理念在肝胆肿瘤术后难治性复发患者治疗中有良好的指导作用,多靶点酪氨酸激酶抑制剂合并免疫检查点阻断剂联合治疗方案可获得较好的疾病控制率,建议临床上进一步推广使用。

关键词：肝肿瘤胆囊肿瘤复发精准医学

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C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列预测方法的研究进展

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生物化学与生物物理进展 2017年第7期44卷 573-579页

作者：沈磐杨冬贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

C2H2型锌指蛋白是哺乳动物中数量最多的一类转录调控因子.C2H2型锌指蛋白中含有的C2H2型锌指基序多是不相同的,表明它们很可能结合不同的DNA序列,从而调控不同的基因,行使多样化的调控功能.然而,目前大多数C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列... 详细信息

C2H2型锌指蛋白是哺乳动物中数量最多的一类转录调控因子.C2H2型锌指蛋白中含有的C2H2型锌指基序多是不相同的,表明它们很可能结合不同的DNA序列,从而调控不同的基因,行使多样化的调控功能.然而,目前大多数C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列仍不明确,这阻碍了C2H2型锌指蛋白的功能研究.目前,针对C2H2型锌指蛋白的靶序列预测已有一些初步的研究.本文介绍了C2H2型锌指基序与DNA结合的经典模式,并对C2H2型锌指蛋白靶序列预测方法中所用到的算法、训练集、金标准数据集及相应工具进行了全面系统的总结归纳,旨在丰富对C2H2型锌指蛋白靶序列预测原理和工具的认识,为C2H2型锌指蛋白靶序列的精确预测和更深入的功能研究打下基础.

关键词：转录因子 C2H2型锌指蛋白靶序列预测

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跨平台的质谱蛋白回归定量和质量控制的参数方法

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质谱学报 2017年第6期38卷 611-619页

作者：魏来刘万霖丁琛秦钧蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 复旦大学生命科学学院上海200032

各质谱厂商通常使用不同的软件进行蛋白鉴定和定量,导致获得的数据和结果的通用性不佳。另外,目前蛋白质定量的准确性仍有提升空间。因此,开发一个标准化、自动化且定量更准确的蛋白质定量流程具有现实意义。采用肽段保留时间对齐和回... 详细信息

各质谱厂商通常使用不同的软件进行蛋白鉴定和定量,导致获得的数据和结果的通用性不佳。另外,目前蛋白质定量的准确性仍有提升空间。因此,开发一个标准化、自动化且定量更准确的蛋白质定量流程具有现实意义。采用肽段保留时间对齐和回归技术,可有效地减少中低丰度肽段鉴定信息缺失带来的影响,提高中低丰度蛋白的定量能力。一个综合考虑信号峰宽分布、保留时间分布以及肽段同位素模式分布等因素的肽段筛选器,可以有效地过滤掉不适宜定量的肽段信号,使肽段离子流色谱(XIC)峰定量面积的计算更为准确。该流程由数据开源转换、保留时间对齐与回归定量、肽段筛选器等模块构成,可准确定量不同平台产出的质谱数据,并明显改善低丰度蛋白的无标定量。经对比,该流程对蛋白质组学动态范围标准蛋白集(UPS2)的定量比MaxQuant和Proteome Discoverer的定量更准确。

关键词：质谱蛋白定量离子流色谱(XIC) 保留时间

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蛋白质相互作用数据库

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中国生物化学与分子生物学报 2017年第8期33卷 760-767页

作者：王建军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心.北京北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分... 详细信息

随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类:(1)综合蛋白质相互作用数据库;(2)特定物种的蛋白质相互作用数据库;(3)生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。

关键词：蛋白质相互作用蛋白质相互作用组数据库网络资源

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通过NIR-Ⅱ成像和蛋白质组学分析鉴定潜在的肿瘤生物标志物

通过NIR-Ⅱ成像和蛋白质组学分析鉴定潜在的肿瘤生物标志物

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中国药理学会分析药理学专业委员会成立大会、第三届全国分析药理学学术大会暨贵州省药学会药学青年专业委员会成立大会

作者：周晖杨靖肖玉玲徐平洪学传病毒学国家重点实验室武汉大学药学院军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心西藏大学医学院

目的:建立快速可靠的靶向分子研究体系,鉴定特异的肝病潜在治疗靶点,用于指导临床治疗。方法:建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果:微型染色体维持蛋白(MCM)是DNA复制的重要组成部分,可作... 详细信息

目的:建立快速可靠的靶向分子研究体系,鉴定特异的肝病潜在治疗靶点,用于指导临床治疗。方法:建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果:微型染色体维持蛋白(MCM)是DNA复制的重要组成部分,可作为诊断癌症的新型生物标志物。通过蛋白质组鉴定到肝癌靶向分子微小染色体维持蛋白MCM2在肝癌组织中显著上调(>5倍癌/癌旁),MCM2与肝癌患者分期和生存期相关,抑制MCM2能显著影响肝癌细胞系增殖。在细胞水平研究表明,MCM2可能通过影响细胞周期蛋白CDKs 2/7,阻滞S期发展进而影响肝癌细胞增殖,揭示了MCM2与CDK2/7的复杂调控关系。我们开发了一种新型NIR-Ⅱ(第二近红外窗口,1000-1700 nn)小有机荧光染料(CH1055),这比传统的近红一区外成像更有优势。将CH1055与MCM2抗体结合后得到新型探针CH1055-MCM2,发现其在小鼠体内对肝癌具有很强的靶向性。讨论:MCM2是潜在的肝癌靶点,这种新型NIR-Ⅱ探针具有很大的潜力,可用于肝细胞癌的早期诊断和精确的图像引导肿瘤切除手术。

关键词：近红外二区肝癌 MC

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