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基于外周血单个核细胞转录组的冠心病RNA N^(6)-甲基腺苷相关生物标志物研究

中国分子心脏病学杂志 2024年第2期24卷 5978-5985页

作者：吴佳妮任晓晓杨志良陈恕凤杨彬王来元中国医学科学院、北京协和医学院、阜外医院、心血管疾病国家重点实验室、中国医学科学院心血管流行病学重点实验室流行病研究部北京100037

目的通过分析冠心病病例外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)MeRIP-seq数据和RNA-seq数据,筛选潜在的诊断冠心病的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)相关生物标志物,为冠心病防治提供新思路。方法分析冠心... 详细信息

目的通过分析冠心病病例外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)MeRIP-seq数据和RNA-seq数据,筛选潜在的诊断冠心病的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)相关生物标志物,为冠心病防治提供新思路。方法分析冠心病病例对照PBMCs表达谱(GSE113079)中m6A功能基因的表达情况,借助LASSO和logistic回归筛选与冠心病相关的m6A功能基因。随后,分析冠心病病例对照PBMCs的MeRIP-seq和RNA-seq数据,筛选差异m6A甲基化且差异表达基因,通过多种方式筛选到潜在的冠心病诊断标志物,并在公共数据库验证其诊断冠心病的效能。结果在141例冠心病患者和健康对照的表达谱数据(GSE113079)中,两组间有22个m6A功能基因的表达水平存在显著差异,受试者操作特征(ROC)曲线分析表明,ELAVL1、IGF2BP2和METTL14的三基因组合识别冠心病的曲线下面积(AUC)为0.98。将GSE113079数据与冠心病MeRIP-seq、RNA-seq数据联合分析,得到47个m6A靶基因。经过LASSO和logistic回归筛选后,ADM和SH2D2A基因组合在冠心病表达谱数据(GSE113079)的AUC为1,经验证,在心肌梗死外周血表达谱数据(GSE66360)中的AUC为0.79。在动脉粥样硬化斑块表达谱数据(GSE43292和GSE28829)中,与对照组相比,ADM基因表达水平在斑块中显著升高(P<0.05)。结论通过综合分析冠心病表达谱数据库GSE113079,得到m6A功能基因组合(ELAVL1、IGF2BP2和METTL14),进一步结合MeRIP-seq、RNA-seq数据筛选出靶基因ADM和SH2D2A,经验证集验证ADM是潜在的冠心病标志物。

关键词：冠心病 m6A修饰转录组测序 m6A功能基因生物标志物

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大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA调控网络研究

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中国分子心脏病学杂志 2020年第1期20卷 3234-3240页

作者：宁小彤蔡璨曲诚家任晓晓邓克勇杨彬鲁向锋王来元陈恕凤北京协和医学院中国医学科学院阜外医院心血管疾病国家重点实验室中国医学科学院心血管流行病学重点实验室流行病学研究部北京市100037

目的构建大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选血管新生内膜形成中的关键调控基因。方法首先建立大鼠颈动脉球囊损伤模型。将12只SD大鼠随机分为2组(每组6只):手术组,利用2F取栓球囊于... 详细信息

目的构建大鼠颈动脉球囊损伤模型的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选血管新生内膜形成中的关键调控基因。方法首先建立大鼠颈动脉球囊损伤模型。将12只SD大鼠随机分为2组(每组6只):手术组,利用2F取栓球囊于左颈总动脉行球囊损伤术;假手术组:夹闭左颈总动脉,使血流阻断时间接近球囊损伤术操作时间。术后14 d取颈总动脉血管组织,提取总RNA,进行长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和信使mRNA(messenger RNA,mRNA)测序。应用生物信息学方法进行差异表达lncRNA和mRNA共表达分析、基因功能(Gene Ontology,GO)和信号通路(Pathway)分析;通过数据库预测微小RNA(microRNA,miRNA)与lncRNA及mRNA的结合关系,并从中筛选已报道在大鼠血管内膜增生过程中有生物学功能的miRNA相关的结合关系,得到最终的ceRNA网络。结果与假手术组相比,手术组鉴定出1731个差异表达的mRNAs和99个差异表达的lncRNAs;GO和Pathway分析显示,差异表达的mRNA主要参与调节免疫反应、细胞迁移、细胞黏附等。ceRNA分析构建了由46个mRNAs、18个lncRNAs和16个miRNAs组成的ceRNA网络,其中AABR07073245.1、Col6a3、AABR07071659.2和AABR07067310.2所介导的ceRNA调控轴可能在大鼠血管新生内膜形成中具有重要调控作用。结论本研究系统分析大鼠颈动脉球囊损伤模型表达谱,构建的ceRNA调控网络可能在大鼠血管内膜增生过程中具有重要调控作用,有望为动脉粥样硬化的防治提供新的靶点与分子标志物。

关键词：动脉粥样硬化颈动脉球囊损伤模型新生内膜长链非编码RNA 竞争性内源RNA

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小鼠高脂血症模型的竞争性内源RNA调控网络研究

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中国分子心脏病学杂志 2020年第1期20卷 3241-3248页

作者：王延羽任晓晓邓克勇杨彬曹杰陈恕凤王来元中国医学科学院北京协和医学院国家心血管病中心阜外医院心血管疾病国家重点实验室中国医学科学院心血管流行病学重点实验室流行病学研究部北京市100037

目的基于高通量测序数据,探讨小鼠高脂血症模型中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达特征及竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选lncRNA介导的参与血脂异常发生发展的关键调控通路。方法应用正... 详细信息

目的基于高通量测序数据,探讨小鼠高脂血症模型中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达特征及竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选lncRNA介导的参与血脂异常发生发展的关键调控通路。方法应用正常饮食和高脂饮食分别诱导ApoE-/-小鼠12周,建立高脂血症模型;进行肝脏全转录组测序,筛选差异表达的lncRNAs、微小RNAs(microRNAs,miRNAs)和信使RNAs(messenger RNAs,mRNAs);对差异表达的mRNAs进行基因功能(Gene Ontology,GO)分析和信号通路(KEGG)注释;结合并分析lncRNA-mRNA共表达关系、miRNA-mRNA靶向关系、lncRNA-miRNA共表达和靶向关系,构建lncRNA介导的ceRNA网络并筛选关键ceRNA调控轴。结果高脂血症小鼠肝脏全转录组测序筛选出117个差异表达lncRNAs、53个差异表达miRNAs和1689个差异表达mRNAs;差异表达的mRNAs主要参与脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程和类固醇代谢过程等生物学功能,涉及PPAR信号通路和不饱和脂肪酸合成等途径;构建的ceRNA调控网络包括16个lncRNAs节点、18个miRNAs节点和33个mRNAs节点,其中lnc-Dubr介导的ceRNA调控轴可能对血脂异常具有重要调控作用。结论成功绘制出高脂血症小鼠肝脏lncRNA介导的ceRNA调控网络,并筛选出具有潜在生物学作用的ceRNA调控轴,有望为高脂血症及其他心血管疾病的发生发展和治疗提供新的线索和思路。

关键词：高脂血症长链非编码RNA 竞争性内源RNA 调控网络

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冠心病新的长链非编码RNA loc338758生物学功能研究

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中国分子心脏病学杂志 2019年第2期19卷 2839-2843页

作者：朱慧娟杨彬李宏帆李琳王来元中国医学科学院北京协和医学院国家心血管病中心阜外医院心血管疾病国家重点实验室中国医学科学院心血管流行病学重点实验室流行病学研究部

目的中国人冠心病全基因组关联研究鉴定了4个新的冠心病易感区域,其中12q21.33区域中rs7136259位点附近有一个功能未知的长链非编码RNAloc338758,本研究旨在探索loc338758在动脉粥样硬化及冠心病发生中的生物学功能。方法应用实时荧光... 详细信息

目的中国人冠心病全基因组关联研究鉴定了4个新的冠心病易感区域,其中12q21.33区域中rs7136259位点附近有一个功能未知的长链非编码RNAloc338758,本研究旨在探索loc338758在动脉粥样硬化及冠心病发生中的生物学功能。方法应用实时荧光定量聚合酶链反应检测一般人群和冠心病患者、对照人群外周血单个核细胞RNA中loc338758及其邻近基因ATP2B1mRNA的表达水平;应用ENCODE数据库分析loc338758所在基因组片段的功能调控元件;应用双荧光素酶报告基因系统检测包含loc338758的基因组片段的转录调控作用;构建、包装过表达loc338758的腺病毒,在人脐静脉内皮细胞中过表达loc338758,应用实时荧光定量聚合酶链反应检测loc338758临近基因ATP2B1的mRNA表达水平,应用蛋白质印迹技术检测ATP2B1蛋白表达水平。结果在一般人群样本中loc338758mRNA水平与冠心病易感位点rs7136259的疾病风险等位基因T的基因型分布显著相关。与对照组相比,loc338758mRNA水平在冠心病病例组中显著上升,而ATP2B1基因mRNA表达水平在冠心病病例组中显著下降。ENCODE数据库分析显示在血管内皮细胞中loc338758所在基因组片段具有丰富的转录调控元件。双荧光素酶报告基因结果表明包含loc338758的基因组片段显著抑制基因的转录活性。在人脐静脉内皮细胞中腺病毒介导的loc338758过表达显著抑制ATP2B1基因mRNA和蛋白表达水平。结论冠心病易感区域12q21.33中新的长链非编码RNAloc338758具有抑制基因转录活性的作用,能够抑制临近基因ATP2B1的表达。提示loc338758可能通过负调控ATP2B1基因的表达,从而影响内皮细胞功能紊乱,参与动脉粥样硬化及冠心病的发生和发展。

关键词：冠心病易感区域长链非编码RNA loc338758 ATP2B1

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中国成年人超重和肥胖与高血压发病关系的随访研究

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中华流行病学杂志 2016年第5期37卷 606-611页

作者：冯宝玉陈纪春李莹黄建凤李建新赵连成曹杰刘小清黄辰邓颖阮连生郭东双俞玲陈娜萦杨睿海杨小平顾东风北京协和医学院中国医学科学院阜外医院国家心血管病中心心血管疾病国家重点实验室流行病研究部 100037 广东省心血管病研究所广东省人民医院广东省医学科学院流行病学研究室广州510080 四川省疾病预防控制中心慢性非传染性疾病预防控制所成都610044 浙江省舟山市普陀心脑血管病防治研究所普陀人民医院心内科舟山316100 山西省盂县人民医院心血管病研究室阳泉045100 福建省立医院心内科福州350001 广西壮族自治区疾病预防控制中心慢性非传染性疾病防制所南宁530021 陕西省汉中市心血管病研究所 723000 金坛区疾病预防控制中心慢性非传染性疾病防制科常州213200

目的探讨中国成年人超重和肥胖与高血压发病的关系。方法研究对象来自中国心血管病流行病学多中心协作研究和中国心血管健康多中心合作研究，两项研究分别于1998年和2000--2001年开展基线调查，并在2007--2008年开展统一的健康状况随访... 详细信息

目的探讨中国成年人超重和肥胖与高血压发病的关系。方法研究对象来自中国心血管病流行病学多中心协作研究和中国心血管健康多中心合作研究，两项研究分别于1998年和2000--2001年开展基线调查，并在2007--2008年开展统一的健康状况随访。共纳入13739名研究对象进入最终分析，按照BMI将研究对象分成四组：低体重组（〈18．5kg／m2）、正常体重组（18．5-23．9kg／m2）、超重组（24．0—27．9kg／m2）和肥胖组（≥28．0kg／m2）。计算四组人群年龄标化的高血压累积发病率；并以正常体重组为参照，使用广义线性回归模型计算其他三组高血压发病风险RR值及其95％CI。结果本研究平均随访8．1年，确诊新发高血压4271例，其中男性2012例，女性2259例。低体重组、正常体重组、超重组和肥胖组的年龄标化高血压累积发病率分别为21．6％、30．6％、42．4％和50．8％，随着BMI的升高而升高（趋势P〈0．001）。以正常体重组为参照调整协变量，男性低体重组、超重组和肥胖组的RR值（95％CI）分别为0．78（0．64—0．95）、1．22（1．13～1．30）和1．28（1．16～1．42）；女性分别为0．89（0．77～1．03）、1．16（1．09～1．23）和1．28（1．18～1．38）。结论我国超重和肥胖者的高血压发病风险明显升高，应加强对超重和肥胖人群的高血压防控。

关键词：高血压肥胖发病风险体质指数队列研究

来源：评论

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