检索结果-内蒙古大学图书馆

现代肿瘤医学 2023年第12期31卷 2275-2283页

作者：毕艳青黄容宋伟张子英田梓璇刘敏包含闫涛夏远张楠张星光内蒙古医科大学公共卫生学院生物统计学系内蒙古呼和浩特010110 北京协和医学院基础医学研究所基础医学科学院医学分子生物学国家重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005 内蒙古医科大学基础医学院生物统计学系内蒙古呼和浩特010110

目的:寻找新的有效生物标志物用于肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的早期诊断和预后预测。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载HCC样本的转录组和临床数据,利用TCGA队列的mRNA丰度数据和TTN突变信息,根... 详细信息

目的:寻找新的有效生物标志物用于肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的早期诊断和预后预测。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载HCC样本的转录组和临床数据,利用TCGA队列的mRNA丰度数据和TTN突变信息,根据野生型TTN和突变型TTN HCC患者之间的基因表达差异,表征特定的TTN突变相关特征。生存分析筛选与HCC患者预后相关的基因,单因素Cox回归构建预后风险模型。通过GO注释、途径富集分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)确定与HCC患者预后相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的功能。结果:通过单变量Cox回归和Kaplan-Meier生存分析确定的5个基因,腹前同源盒1(ventral anterior homeobox 1,VAX1)、基质金属蛋白酶3(matrix metalloproteinase 3,MMP3)、CXC型趋化因子5(CXC-type chemokine 5,CXCL5)、转酮醇酶样蛋白1(transketolase-like protein 1,TKTL1)和电压门控钾通道Kv1.3(voltage-gated potassium channel Kv1.3,KCNA3)构成了HCC患者总生存(overall survival,OS)预后基因特征。结论:5个TTN突变相关基因,包括VAX1、MMP3、CXCL5、TKTL1和KCNA3,可作为HCC患者生存和预后的潜在生物标志物和治疗靶点。

关键词： TTN突变基因标记预后功能分析肝细胞肝癌

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K562细胞中N-乙酰基转移酶10的RNA结合图谱分析

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 739-744页

作者：李高原王妍然王芳余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-callin... 详细信息

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-calling分析和对peaks进行注释,鉴定NAT10结合位点。并对所结合基因的类型和结合区域进行分析。进一步通过基因功能富集分析,探索其结合的RNA的功能。结果NAT10主要结合于蛋白质编码基因的转录本,并在3′非翻译区域(3′UTR)富集,预测显示其结合的转录本与DNA损伤修复等功能相关。结论NAT10可能通过与DNA损伤修复相关信使RNA(mRNA)的3′UTR区域结合,实现基因表达调控作用。

关键词： N-乙酰基转移酶10 K562细胞紫外交联免疫沉淀测序技术(eCLIP-seq)

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PABPC1对人单核白血病细胞系THP-1翻译活性的影响

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 751-754页

作者：翟雪莹王芳余佳中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的研究细胞质多聚腺苷酸结合蛋白-1(PABPC1)对人单核细胞白血病细胞系THP-1翻译活性的影响。方法在THP-1细胞中转染shPABPC1,Western blot验证敲低效率,多聚核糖体分析技术检测细胞翻译活性变化。结果转染后THP-1细胞中PABPC1表达被抑... 详细信息

目的研究细胞质多聚腺苷酸结合蛋白-1(PABPC1)对人单核细胞白血病细胞系THP-1翻译活性的影响。方法在THP-1细胞中转染shPABPC1,Western blot验证敲低效率,多聚核糖体分析技术检测细胞翻译活性变化。结果转染后THP-1细胞中PABPC1表达被抑制(P<0.001);与对照组相比,敲低PABPC1组的翻译活性减弱。结论敲低PABPC1可抑制THP-1细胞翻译活性,PABPC1可能成为治疗急性髓系白血病(AML)的潜在靶点。

关键词：急性髓系白血病(AML) 细胞质多聚腺苷酸(A)结合蛋白-1 翻译

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基于自转运蛋白Ag43的HPV16L1蛋白的细菌表面展示

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第3期42卷 178-184页

作者：蔡锟王哲黄丕英韦良婉王星媛许雪梅储引娣朱沛沛范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国人民解放军总医院第二医学中心神经内科二病区国家老年疾病临床医学研究中心北京100036

目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/... 详细信息

目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/552、Ag43/700;(2)克隆HPV16L1编码基因序列,利用基因工程手段将其分别连接到上述4种Ag43表面展示载体,获得4种重组蛋白表达载体;(3)HPV16L1-Ag43融合蛋白表达及SDS-PAGE分析;(4)利用胰蛋白酶消化验证HPV16L1蛋白在大肠埃希菌的表面展示。结果:琼脂糖凝胶电泳结果显示PCR扩增获得的Ag43和HPV16L1条带与预期大小一致,表面展示载体和重组蛋白表达载体的基因序列均通过基因测序验证无误。经IPTG诱导后,构建的4种Ag43表面展示载体均能表达HPV16L1蛋白。胰蛋白酶消化后,4种重组蛋白条带均减弱,且Ag43/700-HPV16L1条带减弱最明显。结论:成功构建了基于自转运蛋白Ag43的细菌表面展示载体,HPV16L1蛋白可通过构建的4种Ag43表面展示载体表达并展示在大肠埃希菌表面,且仅保留α-螺旋和β-桶状结构域部分的Ag43表达载体即Ag43/700的表面展示效果最优。

关键词：自转运蛋白细菌表面展示 HPV16L1 Ag43

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体重指数与急性冠脉综合征患者院内不良心脑血管事件的相关性

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中华心血管病杂志 2024年第1期52卷 42-48页

作者：周晴朱丹王怡亭董文阅杨杰温军刘军杨娜赵冬花欣炜唐熠达中国医学科学院、北京协和医学院、国家心血管病中心、阜外医院冠心病中心北京100037 北京大学第三医院心内科、中国医学科学院医学科研管理/代谢性心血管疾病基础与临床研究创新单元、血管医学研究所、血管稳态与重构全国重点实验室、国家卫生健康委心血管分子生物学与调节肽重点实验室、心血管受体研究北京市重点实验室北京100191 首都医科大学附属北京安贞医院、北京市心肺血管疾病研究所临床与流行病研究中心北京100029

目的了解体重指数(BMI)与急性冠脉综合征(ACS)患者院内主要不良心脑血管事件(MACCE)的相关性。方法该研究是一项多中心前瞻性队列研究。研究数据来源于中国心血管疾病医疗质量改善(CCC)项目。入选2014年11月1日至2019年12月31日CCC项目... 详细信息

目的了解体重指数(BMI)与急性冠脉综合征(ACS)患者院内主要不良心脑血管事件(MACCE)的相关性。方法该研究是一项多中心前瞻性队列研究。研究数据来源于中国心血管疾病医疗质量改善(CCC)项目。入选2014年11月1日至2019年12月31日CCC项目中年龄介于18~80岁的ACS住院患者,按照入院第1次测得的BMI分为4组:低体重组(BMI<18.5 kg/m^(2))、正常体重组(BMI 18.5~24.9 kg/m^(2))、超重组(BMI 25.0~29.9 kg/m^(2))和肥胖组(BMI≥30.0 kg/m^(2))。主要结局为住院期间发生的MACCE,包括全因死亡、再次心肌梗死、心力衰竭、心原性休克、心脏骤停和卒中。采用多因素logistic回归模型分析BMI与院内MACCE发生风险的关系。结果研究共纳入71681例ACS住院患者,年龄(63.4±14.7)岁,女性占26.5%(18979/71681),低体重组、正常体重组、超重组和肥胖组分别有2154、41960、24140和3427例。低体重组、正常体重组、超重组和肥胖组的院内MACCE发生率分别为14.9%(322/2154)、9.5%(3997/41960)、7.9%(1908/24140)和7.0%(240/3427)(P<0.001)。多因素logistic回归分析结果显示,低体重组的MACCE发生风险高于正常体重组(OR=1.30,95%CI 1.13~1.49,P<0.001),超重组和肥胖组MACCE发生风险与正常体重组差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论BMI低于正常的ACS患者院内MACCE发生风险高,BMI有可能成为评价ACS患者短期预后的一项指标。

关键词：急性冠状动脉综合征体重指数预后

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AHR抑制剂CH223191提高辐照小鼠骨髓移植效果

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基础医学与临床 2023年第2期43卷 233-240页

作者：庞瑞洋周力吕家迪中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院免疫学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究骨髓移植过程中辐射诱导的旁观者效应对供体骨髓细胞的影响以及芳香烃受体(AHR)抑制剂CH223191对供体骨髓细胞的保护作用。方法将小鼠分为9 Gy辐照组和12 Gy辐照组,不同辐照剂量辐射后移植相同数量供体骨髓细胞,流式细胞术检测... 详细信息

目的探究骨髓移植过程中辐射诱导的旁观者效应对供体骨髓细胞的影响以及芳香烃受体(AHR)抑制剂CH223191对供体骨髓细胞的保护作用。方法将小鼠分为9 Gy辐照组和12 Gy辐照组,不同辐照剂量辐射后移植相同数量供体骨髓细胞,流式细胞术检测外周血细胞总数、外周血供体细胞嵌合率及数量;ELISA检测未辐照小鼠和辐照小鼠血清活性氧(ROS)水平;将供体骨髓细胞分为对照组、9 Gy辐照组和12 Gy辐照组体外培养,分别加入未辐照小鼠血清、9 Gy和12 Gy辐照小鼠血清处理,ATP活力测定法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞凋亡情况,RT-qPCR检测Cyp1a1与Cyp1b1的mRNA表达;将辐照血清处理后的骨髓细胞分为CH223191治疗组与对照组,加入CH223191处理后,比较细胞活力、细胞凋亡、细胞内ROS水平,RT-qPCR检测Cyp1a1与Cyp1b1的mRNA表达;将骨髓移植小鼠分为CH223191治疗组和对照组,治疗组腹腔注射CH223191,记录小鼠体质量、外周血供体细胞嵌合率及数量、骨髓内供体细胞嵌合率及数量。结果小鼠经9 Gy或12 Gy辐照后,12 Gy辐照组外周血细胞总数少于9Gy辐照组(P<0.05),而骨髓移植后外周血供体细胞嵌合率无明显差异,并且12 Gy辐照组外周血供体细胞数明显少于9Gy辐照组(P<0.05);小鼠经辐照后,血清内ROS水平上升(P<0.01);经辐照小鼠血清处理的供体骨髓细胞活力降低,凋亡比例升高(均P<0.01),辐照小鼠血清处理的供体骨髓细胞中Cyp1a1与Cyp1b1 mRNA均升高(P<0.05);辐照小鼠血清处理的供体骨髓细胞加入CH223191后,Cyp1a1与Cyp1b1 mRNA水平降低(P<0.05),细胞活力升高,细胞内ROS水平降低,细胞凋亡比例减少(均P<0.01);骨髓移植后,CH223191治疗组小鼠体质量相对于对照组减轻较少,外周血供体细胞嵌合率与细胞数高于对照组,骨髓内供体细胞比例与数量均高于对照组(均P<0.05)。结论CH223191通过抑制AHR激活,减少辐射诱导的旁观者效应对移植骨髓细胞的损伤,提升小鼠骨髓移植效果。

关键词：骨髓移植辐射诱导的旁观者效应芳香烃受体活性氧

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泛癌中SMYD3的表达与预后及免疫浸润之间的关系

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基础医学与临床 2023年第1期43卷 68-75页

作者：陈浩然司甜姜懿珅王殿恒周雅博吕家迪中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、免疫学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的研究SMYD3表达在泛癌中的预后价值,分析SMYD3对于肿瘤组织免疫浸润的影响。方法从TCGA、GTEx、HPA等数据库收集基因表达矩阵以及蛋白质表达等数据。使用Kaplan-Meier算法评价了SMYD3在不同肿瘤中的预后价值。使用ESTIMATE算法和Time... 详细信息

目的研究SMYD3表达在泛癌中的预后价值,分析SMYD3对于肿瘤组织免疫浸润的影响。方法从TCGA、GTEx、HPA等数据库收集基因表达矩阵以及蛋白质表达等数据。使用Kaplan-Meier算法评价了SMYD3在不同肿瘤中的预后价值。使用ESTIMATE算法和Timer数据库的信息分析SMYD3与免疫浸润的关系。以小鼠黑色素瘤细胞系B16为例,在细胞水平验证SMYD3对抗原提呈基因表达的影响。结果转录组和蛋白组学数据表明SMYD3在肿瘤组织中表达升高,并且SMYD3的高表达和泛癌的不良预后相关(P<0.05);SMYD3抑制了多种免疫细胞的浸润(P<0.05),敲除Smyd3的B16细胞抗原呈递基因表达水平升高(P<0.05)。结论Smyd3是一个重要的肿瘤预后相关基因,其通过下调抗原递呈基因的表达,抑制免疫细胞浸润,诱导肿瘤细胞免疫逃逸。

关键词： SMYD3 泛癌分析免疫浸润免疫逃逸 MHC-Ⅰ类分子

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利用类器官培养构建小鼠肝脏衰老模型

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基础医学与临床 2023年第4期43卷 554-559页

作者：卢琰周雅博陈洁中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、免疫学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的利用类器官培养构建体外快速诱导的小鼠肝脏衰老模型。方法通过两步灌注法获取小鼠肝细胞并对其进行类器官培养。通过形态学、qPCR和免疫荧光对类器官进行初步鉴定,通过检测其对LDL的摄取能力判断肝脏类器官的功能。用油酸(OA)处理... 详细信息

目的利用类器官培养构建体外快速诱导的小鼠肝脏衰老模型。方法通过两步灌注法获取小鼠肝细胞并对其进行类器官培养。通过形态学、qPCR和免疫荧光对类器官进行初步鉴定,通过检测其对LDL的摄取能力判断肝脏类器官的功能。用油酸(OA)处理肝脏类器官,检测其生长情况、衰老相关分泌表型、LDL的摄取能力和肝细胞活性氧(ROS)水平,分析肝脏衰老模型构建是否成功。进一步使用N-乙酰半胱氨酸(NAC)处理肝细胞,检测以上表型和功能的变化,利用此模型探究ROS对衰老的影响。结果两步灌注法获取到大量有活性的原代小鼠肝细胞,通过在基质胶中3D培养可获得具有自我复制能力的肝脏类器官,qPCR显示其表达肝脏标志基因,免疫荧光结果显示其高表达白蛋白(ALB),并且肝脏类器官具有对LDL正常的摄取功能。用油酸处理后,肝脏类器官生长减慢,衰老相关分泌表型基因表达上调(P<0.001),对LDL的摄取能力降低(P<0.001),ROS明显上升(P<0.001)。以上表型在使用NAC处理后均得以缓解(P<0.01或P<0.001)。结论油酸处理可在体外成功构建小鼠肝脏的衰老模型,加入NAC后可清除ROS,减缓衰老的发生。

关键词：原代肝细胞类器官油酸活性氧衰老

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通过定向内胚层的高效分化提高多能干细胞体外生成肝细胞样细胞的效率

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基础医学与临床 2023年第7期43卷 1045-1052页

作者：闫煜聪杨淑春贾玉艳黄粤中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院医学遗传学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的优化多能干细胞(PSCs)体外定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的方法,提高得到HLCs的效率。方法根据体内肝细胞发育的规律,优化多能干细胞逐级诱导分化成HLCs过程中使用的细胞因子,制定出更高效率的肝细胞定向分化体系,并在人胚胎干细胞(... 详细信息

目的优化多能干细胞(PSCs)体外定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的方法,提高得到HLCs的效率。方法根据体内肝细胞发育的规律,优化多能干细胞逐级诱导分化成HLCs过程中使用的细胞因子,制定出更高效率的肝细胞定向分化体系,并在人胚胎干细胞(hESCs)系H9上进行分化实验。通过对分化不同阶段的细胞进行形态学观察、标志基因表达水平的RT-qPCR检测以及流式细胞术测量分析,综合评估得到HLCs的效率。结果在hESCs向定向内胚层(DE)分化阶段的培养基中同时添加细胞因子激活素A、骨形态发生蛋白4(BMP4)和成纤维细胞因子2(FGF2),能显著提高该阶段标志基因的表达量,荧光示踪和流式分选也表明最终得到的HLCs的比例明显增加。结论DE的高效分化能提高PSCs向HLCs的分化效率。

关键词：分化多能干细胞定向内胚层肝细胞样细胞

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靶向TLR4的口服寡核苷酸药物BZL-sRNA-20可有效缓解小鼠急性肺损伤

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中国科学：生命科学 2024年第7期54卷 1279-1291页

作者：赵丹丹秦宇豪刘佳齐汤克功鲁帅尧刘子睿林烨暄张聪黄凤鸣常佳慧李昌田明尧马一鸣李晓芸周丛照李霄彭小忠金宁一蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005 中国医学科学院医学生物学研究所昆明650031 中国农业科学院长春兽医研究所长春130122 中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家研究中心合肥230027

2019年12月底,新型冠状病毒病(coronavirus disease 2019,COVID-19)开始流行.急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)和急性肺损伤(acute lung injury,ALI)是由细菌脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)、禽流感病毒和新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)等引发的高致死疾病.Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)是ARDS和ALI病理通路中的关键靶点.草药小RNA(small RNA,sRNA)已被报道是草药药效的重要成分之一.本研究发现,半枝莲来源的小核酸BZL-sRNA-20(检索号:B59471456;ID:F2201.Q001979.B11)是TLR4及促炎细胞因子的有效抑制剂,可下调细菌脂磷壁酸(lipoteichoic acid,LTA)和聚肌苷酸-聚胞苷酸(Poly(I:C))引发上升的促炎细胞因子水平,并能挽救禽流感病毒H5N1,SARSCoV-2及其多种变异株感染所致的细胞死亡.此外,口服本草体(bencaosome):(鞘氨醇(d22:0)+BZL-sRNA-20)可缓解LPS与SARS-CoV-2诱导的小鼠急性肺损伤.本研究结果表明,半枝莲来源的BZL-sRNA-20可能是一种广谱治疗ARDS/ALI的寡核苷酸药物.

关键词：寡核苷酸药物中草药 ARDS/ALI SARS-CoV-2

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