检索结果-内蒙古大学图书馆

双取代铵氧化物(R2HNO)与双取代羟胺(R2NOH)的相互转换机制的理论研究--取代基的电负性和立体效应影响

高等学校化学学报 2009年第5期30卷 1010-1013页

作者：石国升丁益宏吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下,对一系列双取代铵氧化物(R2HNO)与双取代羟胺(R2NOH){R=NH2,N(CH3)2,N(CH2CH3)2,N[C(CH3)3]2,OH,OCH3,OCH2CH3,OC(CH3)3}的相互转换机制进行了理论研究.研究结果表明,双取代铵氧化物R2HNO的热力学和动力学稳定性受电负性和立体效应的综合控制.其中胺基系列热力学稳定性以空间位阻的影响为主,而烷氧基系列热力学稳定性以电负性的影响为主.而两者的动力学稳定性均以电负性影响为主.

关键词：双取代铵氧化物双取代羟胺热力学稳定性动力学稳定性

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Exendin-4中13号残基的分子动力学模拟

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高等学校化学学报 2009年第8期30卷 1641-1644页

作者：王嵩赵熹郑清川黄旭日孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相... 详细信息

Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相互作用模式及能量进行了分析.阐明了Gln突变为Tyr的活性增强的内在原因,结果表明,突变的Exendin-4能够通过改变自身结构的局部柔性调整与蛋白受体相互作用,从而可以改善Exendin-4与其蛋白受体的结合能力.

关键词： Exendin-4 分子动力学模拟复合物静电作用

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低聚乙烯链在碳纳米管侧壁上的图案化吸附

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高等学校化学学报 2009年第6期30卷 1227-1229页

作者：刘佳赵莉吕中元李泽生吉林大学理论化学研究所国家理论计算重点实验室长春130023

The patterning adsorption of the polyethylene oligomer(PE) on the side-wall of carbon nanotubes(CNTs) composed of CNT(5,5),CNT(10,0) and heterojunction was researched using the classical molecular dynamic *** configuration of the PE chains on the side-wall of the CNTs depended on the dimensional matching of PE and CNT *** patterning adsorption was presented when the length of the PE chains and the pure CNT part matched.

关键词：尺寸匹配度碳纳米管低聚乙烯吸附分子动力学模拟异质结

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卤代氰基卡宾自由基XCCN(X=F，Cl，Br)的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第9期30卷 1839-1843页

作者：赵增霞侯春园张红星孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在Cs对称性和ANO-S基组下,使用全活化空间自洽场方法(CASSCF),研究了卤代氰基卡宾自由基及其阴离子的低能电子激发态性质.为了进一步考虑电子的动态相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算结果表明,XCCN的... 详细信息

在Cs对称性和ANO-S基组下,使用全活化空间自洽场方法(CASSCF),研究了卤代氰基卡宾自由基及其阴离子的低能电子激发态性质.为了进一步考虑电子的动态相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算结果表明,XCCN的基态是三重态.单重态和三重态的能隙差ΔES-T(kJ/mol):7.4(FCCN)<13.4(ClCCN)<16.6(BrCCN).计算得到,XCCN(X=F,Cl,Br)最低垂直激发能分别为408.3,385.4和345.2kJ/mol,这归因于π(a′)→nxy的电子跃迁;XCCN的电子亲和势分别为235.7,233.0和237.2kJ/mol,与HCCN相比,其电子亲和势变大.

关键词：卤代氰基卡宾多组态自洽场理论多组态二级微扰理论单重态三重态

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基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第8期30卷 1592-1595页

作者：李岱霖郑清川张红星姬海涛杨金刚房学迅吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 吉林大学理论化学研究所分子酶学工程教育部重点实验室长春130023

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮... 详细信息

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.

关键词：基质金属蛋白酶分子对接密度泛函理论焦性没食子酸杨梅黄酮

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分子模拟研究烯二炔环发色团分子从新制癌菌素的释放机理

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化学学报 2009年第16期67卷 1835-1838页

作者：赵熹王嵩徐晓华黄旭日吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061 吉林大学中日联谊医院感染科长春130041

烯二炔环发色团分子(Enediynering chromophore)虽然对DNA具有较好的切割性,但由于它缺乏稳定性,必须与蛋白结合形成非共价化合物(即新制癌菌素:Neocarzinostatin)才能进入细胞发挥生理作用.作为一种已在临床上应用的抗肿瘤药物,烯二炔... 详细信息

烯二炔环发色团分子(Enediynering chromophore)虽然对DNA具有较好的切割性,但由于它缺乏稳定性,必须与蛋白结合形成非共价化合物(即新制癌菌素:Neocarzinostatin)才能进入细胞发挥生理作用.作为一种已在临床上应用的抗肿瘤药物,烯二炔环发色团分子从结合蛋白释放到细胞过程仍然是不清楚的.以新制癌菌素复合物和对应的结合蛋白的X射线衍射结构作为研究对象,运用分子动力学的模拟和拉伸动力学方法研究烯二炔环发色团分子从结合蛋白中释放的机理.模拟结果表明从萘酸基方向释放可能是烯二炔环发色团分子最佳的释放路径.

关键词：新制癌菌素烯二炔环发色团分子分子动力学

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[M(N)X2]-(M=Ru，Os；X=S2C6H4，mnt)的电子结构和光谱性质的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第11期30卷 2284-2287页

作者：李明霞周欣张红星付宏刚孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 黑龙江大学功能无机材料化学省部共建重点实验室哈尔滨150080

利用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法优化了氮化钌和氮化锇配合物[M(N)X2]-[M=Ru,Os;X=S2C6H4,mnt(maleonitriledithiolate)]的基态几何结构,得到的几何参数与实验结果吻合得很好.采用TD-DFT方法,得到了配合物在CH3CN溶液中的激发态电... 详细信息

利用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法优化了氮化钌和氮化锇配合物[M(N)X2]-[M=Ru,Os;X=S2C6H4,mnt(maleonitriledithiolate)]的基态几何结构,得到的几何参数与实验结果吻合得很好.采用TD-DFT方法,得到了配合物在CH3CN溶液中的激发态电子结构和电子吸收光谱.利用SCRF方法中的CPCM模型来模拟溶剂化效应.研究结果表明,配合物1~4在CH3CN溶液中的吸收跃迁性质相似,低能吸收均被指认为LMCT和LLCT的混合跃迁,高能吸收均被指认为ILCT/LLCT跃迁.

关键词：氮化钌配合物氮化锇配合物吸收光谱密度泛函理论含时密度泛函理论

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恢复蛋白EF-hand与钙离子去耦合作用的拉伸分子动力学模拟

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化学学报 2009年第14期67卷 1597-1602页

作者：李吉来耿彩云步宇翔张亮张来斌黄旭日孙家锺山东大学化学与化工学院胶体与界面化学教育部重点实验室济南250100 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

恢复蛋白Recoverin是一重要的神经钙传感蛋白.为澄清EF-hand与Ca2+耦合/去耦合作用机制,采用拉伸分子动力学(SMD)方法对其进行了一系列等外力和等速度的非平衡分子动力学模拟.研究结果表明EF-2和EF-3loop区氨基酸螯合Ca2+能力大小顺序... 详细信息

恢复蛋白Recoverin是一重要的神经钙传感蛋白.为澄清EF-hand与Ca2+耦合/去耦合作用机制,采用拉伸分子动力学(SMD)方法对其进行了一系列等外力和等速度的非平衡分子动力学模拟.研究结果表明EF-2和EF-3loop区氨基酸螯合Ca2+能力大小顺序分别为Asn-76理论模拟和试验结果我们推测Ca2+离子诱导恢复蛋白的构象转变是一个两步过程.在该细胞信号Ca2+离子与恢复蛋白耦合过程中,EF-3和Ca2+耦合作用触发恢复蛋白构象转变,而EF-2和Ca2+的耦合作用起续航作用,促使变构过程完成.

关键词：恢复蛋白变构过程信号传导去耦合作用拉伸分子动力学 Ca^2+/豆蔻酰基开关

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分子动力学模拟1-丁烯和正丁烷在MCM-22分子筛中的扩散行为

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高等学校化学学报 2009年第8期30卷 1611-1614页

作者：张国郑清川周欣白福全刘涛张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 黑龙江大学化学化工与材料学院哈尔滨150080

应用分子动力学方法研究了1-丁烯和正丁烷在MCM-22型分子筛(ITQ-1)中的扩散行为.得到了两种物质在ITQ-1分子筛两个独立孔道中的均方位移曲线、自扩散系数和扩散轨迹.计算结果表明,在温度为400 K时,1-丁烯或正丁烷在十元环孔道中的扩散... 详细信息

应用分子动力学方法研究了1-丁烯和正丁烷在MCM-22型分子筛(ITQ-1)中的扩散行为.得到了两种物质在ITQ-1分子筛两个独立孔道中的均方位移曲线、自扩散系数和扩散轨迹.计算结果表明,在温度为400 K时,1-丁烯或正丁烷在十元环孔道中的扩散明显低于在超笼中的扩散,吸附质在超笼的底部和顶部的扩散明显低于在超笼中心的扩散;1-丁烯和正丁烷在ITQ-1分子筛的超笼中两者扩散速率较为相似,而在十元环中,两者的扩散速率差别较大.可以推测,选择性催化主要发生在十元环中.

关键词： ITQ-1分子筛分子动力学模拟 1-丁烯正丁烷

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噻吩分子及其与异辛烷二元混合物在MCM-22分子筛中吸附的蒙特卡罗模拟

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物理化学学报 2009年第2期25卷 218-222页

作者：张国白福全周欣刘涛潘清江付宏刚张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 黑龙江大学化学化工与材料学院哈尔滨150080

应用巨正则蒙特卡罗模拟方法研究了噻吩分子以及噻吩与异辛烷混合物在MCM-22分子筛中的吸附和分布.通过模拟获得了噻吩分子在MCM-22分子筛中不同温度(298、363和393K)下的吸附等温线和等量吸附热,以及298K时噻吩和异辛烷分子二元混合物... 详细信息

应用巨正则蒙特卡罗模拟方法研究了噻吩分子以及噻吩与异辛烷混合物在MCM-22分子筛中的吸附和分布.通过模拟获得了噻吩分子在MCM-22分子筛中不同温度(298、363和393K)下的吸附等温线和等量吸附热,以及298K时噻吩和异辛烷分子二元混合物在MCM-22分子筛中的吸附及分布情况.结果表明,吸附温度和吸附压力对噻吩分子在MCM-22分子筛吸附都有影响,但等量吸附热受温度和吸附量影响较小.对于二元混合物的吸附,噻吩和异辛烷在分子筛中存在竞争吸附过程,噻吩能够大量吸附在MCM-22分子的十元环和超笼中,而异辛烷主要吸附在MCM-22分子筛的超笼系统,从而可以将噻吩分子与异辛烷分子分离开来.

关键词：巨正则蒙特卡罗模拟 MCM-22分子筛噻吩异辛烷

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